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1856年5月6日，西格蒙德·弗洛伊德诞生于摩拉维亚弗莱堡市（现属德国）的一个中产阶级犹太家庭。弗洛伊德的祖辈早年定居在科隆，由于犹太人遭到大肆迫害，他们不得不背井离乡，向东逃难一直到立陶宛。19世纪，他们离开立陶宛，穿过加西里亚，迁返回来。
弗洛伊德的父亲雅各布是一位心地善良、乐于助人的犹太商人。雅各布在弗莱堡市和他的祖父西斯金合伙做些小生意，他们经营布匹、羊毛、蜂蜜等物品，生意还不错，因此生活比较宽裕，但并没有多少资产。
弗洛伊德诞生时，他的父亲雅各布已经40岁了。但母亲非常年轻，看上去像是弗洛伊德的姐姐。她是雅各布的第二任妻子，比雅各布小20岁。雅各布和前妻生有两个男孩，弗洛伊德的母亲为雅各布生了8个孩子，弗洛伊德是最大的一个。
弗莱堡的自然景观和犹太人的意识形态都对弗洛伊德以后的生活有很明显的影响。雅各布经常带着小弗洛伊德到附近的茂密森林去玩，那是从喀尔巴阡山一直伸展而来的森林。 这些经历使得弗洛伊德对大自然强烈的喜爱之情迅速滋长。后来，他回忆这段时光时说：“这些满足了我智慧上和美学上的需要。”他曾写道：“我在城市里从未真正感到舒适，无论任何时候，我都难以忘怀我家附近的美丽树林……”
犹太人的血缘、心理、信仰、智慧，像日出日落一样成为弗洛伊德生活的一部分。母亲对宗教的虔诚之心对弗洛伊德产生了尤为深刻的影响，使他笃信犹太人的宗教。后来，他把民族的重要性看得仅次于他的“精神分析说”。他经常强调：“我的父母亲是犹太人，我自己也一直保有犹太人的传统。”
雅各布的乐观性格对弗洛伊德也产生了不可忽视的影响。在弗洛伊德女儿的心目中，她父亲最突出的性格就是单纯，这完全遗传自雅各布。弗洛伊德酷爱事物的单纯化结构，并因而怀抱着某种想把一切都还原成最简单的元素的愿望。
1859年，奥意战争爆发。弗洛伊德全家人离开了弗莱堡，他们先到达德国的莱比锡，后来又迁往维也纳。维也纳是欧洲最著名的文化中心之一，在音乐、哲学、文学、经济各个方面都取得了闻名世界的成就。这时，维也纳正在发生着巨大的转变，富丽堂皇的环形大街被建设起来，宽广的大道把城市和多瑙河连接在一起。
迁往维也纳时，弗洛伊德4岁，他们全家住在简陋的公寓里。在这里，犹太人随时会受到敌对分子的侮辱和突然袭击。所以，弗洛伊德在成长的过程中，始终受到反犹主义的威胁。这种环境使弗洛伊德慢慢地形成了坚强、抗争的性格。
人口众多的弗洛伊德家的日子越来越艰难。弗洛伊德的两个异母哥哥伊曼努尔和菲力浦带着他们的妻儿搬到英国的曼彻斯特去了。伊曼努尔和菲力浦在那里开了家毛织品工厂，并迅速地发展起来。弗洛伊德一直向往英国，在他的心目中英国是自由的国度。英国对弗洛伊德而言，的确具有特殊意义，因为他生命的最后时刻就是在那儿度过的。
在维也纳，弗洛伊德完成了他全部的学业。弗洛伊德最先受到的教育来自他的父母，然后在私立学校进行了一段短时间的学习，最后到当地的公立学校就读。由于雅各布的知识较多地来自犹太教法典和生活经验，所以，他给弗洛伊德的教育多半是与犹太教有关的历史、地理和其他知识。因此，弗洛伊德从小打下的犹太教教育基础，使他对犹太教的习俗、典礼、节日的内容、历史来源及演变过程非常熟悉。
弗洛伊德具有过人的才智，9岁时就以优异的成绩进入中学。在中学里，弗洛伊德曾连续七年名列前茅，并享受到一些特别优待——几乎全部的课程都免试通过。
弗洛伊德刻苦、努力，是个优秀的孩子。他接受的是严格的古典文化教育，因此，他的拉丁语和希腊语非常好，并且能以简单的句子来表达最复杂的观点。此外，他也学了法语和英语，一有空闲，还自修西班牙语和意大利语。在他妹妹们的记忆中，弗洛伊德所交的朋友都是学习上的伙伴而非玩伴。他经常指导妹妹们的功课，还充当了她们的阅读指导员。“如果他认为我在看的书不适合像我这样年纪的女孩子阅读，他便会说：‘安娜，你现在看那本书为时过早！’”弗洛伊德对他的家庭，尤其对他妹妹们的态度，是他相信命运操纵在个人手中的早期征兆。
弗洛伊德也和其他的男孩子一样，喜爱冒险的游戏。他对军事有着极大的兴趣，拿破仑是他早年心目中的英雄人物，亚历山大也是，他将他们的英勇事迹背得滚瓜烂熟。弗洛伊德为比他小10岁的弟弟起的名字就是亚历山大。他解释说，这是因为亚历山大是一位见义勇为的英雄。
弗洛伊德是最受母亲宠爱的孩子，他的母亲把他看得像黄金般珍贵，家里很多事情都以他为中心，尤其在他以最高的荣誉从中学毕业以后，更是如此。例如，家中的其他孩子只能点蜡烛，他却有煤油灯。在妹妹安娜开始学钢琴以后，因为弗洛伊德埋怨琴声太吵，结果钢琴被搬走了。弗洛伊德后来说：“如果一个人成为他母亲最理想的儿子，那么他一生都会存有胜利的感觉，以及获得成功的自信心，也一定会很坚强。”
强烈的求知欲是弗洛伊德突出的特点，他喜爱钻研各类学科，读书和思考是他生活的大部分。他喜欢歌德的作品，歌德的许多带有教育意义的、表达深刻思想的短诗深得弗洛伊德的心。莎士比亚是弗洛伊德最为推崇的人之一，他看完了莎士比亚的所有著作，而且总是摘取莎士比亚著作中最精华的部分进行背诵。
1870年，普法战争爆发。14岁的弗洛伊德对这场战争产生了浓厚的兴趣，他密切注视战争的发展。他的书桌上一直摊着一张大地图，并用小旗作标志表示战争的进展情况。弗洛伊德激动地向妹妹讲述战争的情况，并说明各场战斗的意义。
16岁的弗洛伊德已经是一个风度翩翩的少年了，他有着浓密的黑发和晶莹明亮的眼睛，全身散发着自信的光芒。弗洛伊德尚未决定将来职业的方向。他在学校里有位高年级的好友，此人后来成为颇有声望的政治家。在这位好友强烈的影响下，弗洛伊德萌生了学习法律的念头。而且，法律能开启通往政界的大门，那是一个犹太人可以发挥影响力的少数场所之一。
当时，达尔文的学说是一个很热门的话题，这些理论使人们觉得，人类对世界的认识可能产生一个重大的飞跃。弗洛伊德被它深深地吸引住了，他渴望去研究人这一奇特的生命个体，但这并不是他想学医的全部原因。在毕业前夕，卡尔·布吕尔教授给他们上了一堂课，他朗诵了一段歌德描写大自然的优美动人的散文，弗洛伊德深受感动。
弗洛伊德从小就热爱大自然界中的一切。歌德的散文和诗歌把他带回到美丽的大自然的怀抱中去。歌德的诗句激发了弗洛伊德想要探索人与自然奥秘的精神。弗洛伊德说：“人类的好奇心首先是指向人类本身所关心的那些事物上。”毫无疑问，人类个人的本质恰恰是人类最关心的问题之一。这些原因促使弗洛伊德下定决心攻读医学专业。