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说完了司马迁的出生时间和出生地点，我们该来说说他的家世了。
首先引起我们兴趣的，应该是他的姓氏——司马。我国的姓氏很多，每一个姓氏都有自己的渊源，那是个很复杂的问题。我们只能说，到周朝，由于人口渐多，原有的奴隶制度已经无法适应社会需要，因此姓氏才衍生出来。那时，有以官为姓氏的，也有以封邑为姓氏的，司马就是一个官名，掌管军事。
对于司马这个姓氏的起源，司马迁在《史记》的自序中曾有所叙述，但依然无法给我们十分清晰的印象，他的家族谱系实在很难追究。粗略的叙述应该是，司马迁的一位祖先是个管军事的官，后来到了周朝时成为史官，再后来逐渐分散到各诸侯国，就各行各业都有了。
昔在颛顼，命南正重以司天，北正黎以司地。唐虞之际，绍重、黎之后，使复典之，至于夏、商，故重、黎氏世序天地。其在周，程伯休甫其后也。当周宣王时，失其守而为司马氏。司马氏世典周史。
春秋时秦国的司马错是司马迁的一位先人，大约早他180年，是那位一上台就车裂商鞅的秦惠王的手下大将。他曾经和主张连横的张仪，为了攻打韩国还是攻打在今四川成都一带的蜀国，在秦惠王面前展开辩论。张仪认为伐韩可以乘机胁迫邻近的周王室，然后可以挟天子以令诸侯，是推行王业不可避免的一步。司马错则认为“欲富国者务广其地；欲强兵者务富其民”，而且挟持天子会引起其他诸侯国的反感，正好以此为借口合力抗秦。因此，他主张伐蜀，不但可以从中得到经济利益，还不会引起六国的注意。
这个有远见的论调获得了秦惠王的支持。那时，蜀国正在和今重庆一带的另一个小国巴国相互攻击，于是秦国很容易地将其吞并。司马错可以说是汉族经营四川的第一人，他劝秦惠王伐蜀时曾说“拔一国而天下不以为暴，利尽西海而天下不以为贪”，后来秦国能够兼并六国，他这个富国以强兵的重经济策略还是起到了很大作用的。
司马错以后，我们现在所知道的，就是司马错的孙子司马靳，他是曾在长平之役中坑杀赵国四十万士卒的秦国大将白起的部下，长平之役他也参加了。也许是因为与白起关系密切吧，后来白起高呼“我何罪于天而至此哉”被秦昭王赐死时，司马靳也被一同赐死。
司马靳的孙子叫司马昌，曾在秦始皇的政府中担任主管铁矿事务的官。
司马昌的儿子，也就是司马迁的曾祖父，叫司马无怿，他做过汉市长。所谓“汉市”，有人说是地名。秦汉的县官，治理万户以上的叫“令”，万户以下的叫“长”。这么说来，他应该是个县令。不过还有另外一种说法，说长安城内有四个市，他是这种“市”的市长。不管怎么说，他的官职并不太大。
司马迁的祖父叫司马喜，他似乎没做过什么特别的事，司马迁只说他曾是五大夫。接下来就是司马迁的父亲司马谈。
从整个家族的事迹看起来，司马迁可知的祖先中，除了司马错曾经有过显著的功勋外，其余大都是中下级的官吏。他们是司马氏离开周朝王室以后奔向秦国的一支，世居龙门一带。司马迁的祖先成了秦人以后，似乎一直没有重操他们更老的祖先在周朝王室担任史官的事业，一直到他的父亲司马谈，才又重回史官一途。