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东汉经过了平实温和的“明章之治”（即汉明帝、汉章帝统治时期采取的宽松治国和息兵养民的政策）后，进入了鲜有的吏治清明、经济发展和社会稳定的时期。好景不长，从章帝的儿子和帝开始，汉朝皇帝的寿命都异常短暂，大都是年幼即位。由于皇帝年幼无知，太后便理所当然肩负起掌政治国的重任，这样就会把朝廷变成太后家的私有物，导致外戚专权大封诸侯的情形。然而东汉的外戚，在才能方面无法与西汉的相比，但是他们的横暴跋扈却是有过之而无不及。
当年幼的皇帝可以独自掌管朝政之后，便无法忍受外戚的专横，于是联合宦官或地方上的力量一起消灭外戚，东汉的政局便在外戚和宦官的互相争斗中动荡不安。
汉和帝的儿子桓帝虽然是由外戚梁冀推立的，但他对梁冀的专横跋扈非常痛恨，于是就与有权势的宦官联合起来镇压梁氏一族，又借重地方上的宿儒名学来推展新政。因为东汉的知识分子非常重视名节，他们无形的精神力量成为左右政治的一股势力。虽然他们憎恨外戚当政，但是对于宦官的乱政也非常不满。他们在反对外戚的同时对宦官也大加攻击。桓帝无法控制这种局面，反而听信宦官的煽动，认为士大夫们结党营私，因而先后发生了两次震惊朝野的“党锢之祸”。敢于反对宦官乱政的士大夫们被全部逮捕或杀死，宦官因而更加目中无人，把持朝政。
经过了两次的“党锢之祸”后，东汉政权元气大伤，政治动荡，地方的治安非常混乱，终于爆发了“黄巾起义”。
“黄巾起义”是东汉灵帝时期，张角领导的一次有组织、有准备的全国性农民起义。因起义军头戴黄巾为标志，所以称为“黄巾起义”。
领袖张角是冀州巨鹿（今河北平乡西南）人，自称“大贤良师”，以传道和治病为名在农民中宣扬教义，进行秘密活动。他还广泛传播“苍天已死，黄天当立。岁在甲子，天下大吉”的谶语，又在各处府署门上用白土涂写“甲子”字样，作为发动起义的信号。由于当时政治一片黑暗，民不聊生，天下农民纷纷响应加入战斗。灵帝慌忙调集各地精兵围剿黄巾军，调派外戚大将军何进负责保卫京城，并且加强地方兵权，解除党锢之禁以安民心。各地豪强地主也起兵配合官军镇压起义，其中著名的有袁绍、袁术、公孙瓒、曹操、孙坚、刘备等。与此同时，各地还出现了许多独立的农民武装。
黄巾军各自为战，缺乏战斗经验，以致东汉王朝能集中兵力各个击破。黄巾起义和在它影响下的各族人民起义，持续了二十多年。
由于起义农民本身的弱点，起义被残酷镇压，但在农民起义的打击下，腐朽的东汉王朝已名存实亡。同时由于此役借重于地方兵权，造成了地方上的长官拥兵自重，渐渐形成一股强大的势力。
不久，灵帝崩逝，少帝继位，由何太后听政。何太后的哥哥何进垄断朝政，他不顾朝臣反对，与司隶校尉袁绍合谋，私召凉州军阀董卓入京。不料，董卓的军队还没有到达京城，这件事就被泄露出去了，何进被宦官张让杀死。接着，袁绍、曹操带兵入宫，将宦官二千余人赶尽杀绝后控制朝廷。
随后董卓率军进入洛阳，把何进的军队收归己部，吞并朝中其他兵力，势力大增。董卓依靠自己的兵力把持朝政，并废黜少帝，杀何太后，立陈留王刘协为汉献帝。汉献帝升他为太尉领前将军事，封为郿侯，进位相国。但是袁绍反对废帝，便号召地方群雄起而声讨董卓。当时宣言讨伐董卓的，有后将军袁术、冀州牧韩馥、豫州刺史孔伸、长沙太守孙坚及衮州刺史刘岱。董卓逼走袁绍等人，独揽军政大权。这时辽东的公孙度和荆州的刘表、益州的刘焉，都在招兵买马，扩充自己的实力。
不久，董卓因为过分残暴，被部下吕布杀死。董卓死后，他的部将们互相攻击，献帝乘机逃回洛阳。
兖州牧曹操把汉献帝迎接到许（河南许昌西南），运用了“挟天子以令诸侯”的手段。从此，朝廷实际大权都落入曹操的手中。
建安二年（197年），曹操在官渡大战中大破袁绍军。建安三年（198年），曹操打败吕布的军队。建安五年（200年），他又彻底打败袁绍的军队，统一了整个北方。这时，所剩下的割据范围仅有益州（四川）、江东（扬子江下游），以及汉中和荆州。
建安十二年（207年），曹操在军中扩充兵源、加紧训练，为消灭南方割据势力做准备，企图一举南侵，统一全国。