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1818年夏天，达尔文进入巴特拉博士在什鲁斯伯里创办的寄宿学校，一直到1825年夏天，达尔文一直都在这个寄宿学校读书学习。
巴特拉博士的学校是名副其实的寄宿学校。达尔文和他的同学们在这里完全可以享受真正的学校生活。这个学校离达尔文的家不算很远，只有两公里，因为从下课到点名的时间很长，学校封门之前也有很长的自由活动时间，所以达尔文经常偷偷跑回家中。从这种意义上说，达尔文一边过着寄宿生活，另一边也并没有失去家庭的温暖以及和家人之间感情的联络。
刚开始在这个学校生活的时候，达尔文几乎赶不上学校封门的时间，如果他不拼命地跑，就会被关在学校外面，这锻炼了达尔文高超的赛跑技能。大多数时候，他都能凭借自己的这项技能赶上进学校的最后时间，有时候快赶不上了，他就在内心不断地祈祷：“神啊！请帮助我赶上吧。”当时的达尔文认为，自己没有被关在学校外面不能归功于自己跑的速度快，而是向神的祈祷起了作用。
达尔文很小的时候，家人们都记得他非常喜欢独自散步，但是他散步的时候到底在想些什么呢？谁也不知道，后来达尔文还养成了沉思的习惯。
在达尔文的成长过程中，巴特拉博士的这所寄宿学校实在是没有太多帮助。因为那里教授的课程除了地理和历史外，其他的达尔文几乎都不感兴趣。
那个时候，达尔文没有学好任何一门外语。
达尔文上学的时候，还有一门重要的功课，那就是作诗。达尔文从来没有尝试过要把诗写好。那时候他有很多要好的同学，只要打开书，把书中的诗歌句子这里抄一句，那里抄一句，然后再借助要好的同学写的那些诗，拼凑一下，无论何种题目都能勉强交卷。
达尔文最头疼的是背诵之前教过的课业，那真是一种折磨。因为大多数时候达尔文都是利用做礼拜的时间临时抱佛脚，这种瞬间记忆不会长久，所以没出两天，他就忘得一干二净，连一行也背不出来了。那时候达尔文觉得这种背诵实在是浪费时间和精力。
虽然有这么多牢骚，达尔文毕竟还是个很勤奋的孩子，他作诗的时候认真地学习古典诗歌。罗马著名诗人贺拉斯的诗让达尔文很感兴趣。
快从寄宿学校毕业的时候，达尔文的成绩很一般，他的老师和父亲都觉得他太过平庸，甚至可以说他的智力和能力在普通人之下。他的父亲曾用十分尖锐的话训斥他：“你成天到晚只知道捉老鼠、打猎、玩狗，你这样不光是丢自己的脸，咱们全家人的脸都让你给丢光了！”
达尔文虽然有时候会被父亲责骂，但是他知道，他的父亲是世界上最和蔼可亲的人，他永远让达尔文感到特别温暖。他之所以会说出那些过分的话，想必是自己确实做了什么让他非常生气的事情。
达尔文的父亲不但是当地著名的医生，而且为人宽宏大量，独具知人之明，是个感情细腻的人。
有时候，达尔文会偷偷做一些小孩子的恶作剧，他的父亲每次都能够立刻察觉。因为这种敏锐的洞察力，达尔文不得不老老实实地将事情告诉父亲。
在达尔文的寄宿生活中，也发生了很多有趣的事。许多同学和老师都发现，当达尔文专心思索一个难题时，他就能表现出超凡的能力。
达尔文的家庭教师为他讲授几何学时，他因为解出了证明，心里充满了无限的自豪。达尔文的舅舅告诉他一些生活中的物理常识时，他也因为获得了宝贵的知识而十分快乐。
在各种兴趣中，达尔文最喜欢的就是看书，只要有书他就看。达尔文曾经端坐在闷热的宿舍窗户下欣赏莎士比亚的戏剧，一看就是好几个小时，从来都不会感到疲倦。达尔文也喜欢读苏格兰诗人汤姆森的《四季》，以及当时刚出名的拜伦等人的诗集。
寄宿学校生活刚刚开始时，达尔文的一个同学有一本书，叫《世界的奇妙》，达尔文对这本书爱不释手，他将书借来，痴迷地读了好几遍，还经常和同学们讨论书中的内容。这本书描写了“贝格尔号”的航海故事，这个故事第一次激发了达尔文环游世界的愿望。
在学校的最后一个学期，达尔文热衷于打猎。这时候的达尔文就像献身于神圣使命的人一样，每天都狂热地练习射击。当他第一次射到野鸭的时候，他激动得发抖，竟然连上子弹的力气都没有了。
达尔文对打猎的兴趣一直持续了很久，这让他赢得了“射击名手”的称号。后来他在剑桥上学时，还经常对着镜子持枪做瞄准练习。达尔文小时候就有搜集石头的爱好，上学之后，他对石头的兴趣更浓厚了，达尔文尤其喜欢搜集矿石。不过他的做法并不科学，他热衷于搜集那些流行的、新命名的矿石，但是搜集起来的矿石却没有经过具体分类。
达尔文对昆虫也有着浓厚的兴趣，他10岁时去威尔士海边的普拉斯威杜尔斯游玩，在那里找到一种他在家乡从未见过的有着红黑相间的翅膀的昆虫。在惊喜之余，达尔文对昆虫的兴趣更加浓厚了。达尔文读了怀特的《塞尔伯恩博物志》之后，又对鸟类产生了兴趣。他开始观察鸟类的习性，还把观察结果记录下来。达尔文觉得做一个鸟类学家是个不错的选择，但是当他把这个想法告诉父亲的时候，父亲却并不赞成。达尔文很疑惑，为什么大人都不想当鸟类学家呢？他当时真是个单纯的孩子。
达尔文的哥哥对化学十分着迷，他在庭园的仓库里堆放了一些化学器具，并把这个仓库当做实验室。他还叫达尔文当他的助手，帮他做实验。达尔文的哥哥曾专心地读过亨利和帕克斯的化学专著，所以在制造各种气体和化合物方面，他十分在行。达尔文也觉得做实验很有趣，他们经常“工作”到半夜。在这个实验室里，达尔文学到了很多实用的化学知识，这比学校里的那些理论课程对他有帮助。后来，达尔文和哥哥做实验的事传到了学校里，学校里从没有人这么做过，所以同学们给达尔文取了个绰号叫“瓦斯”。