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尽管近十年来，中国的马克思主义的国际关系学有了长足的发展，但是也存在着不少的问题。这些问题包括：（1）理论上系统性差，没有马克思主义国际关系的系统理论体系；（2）引用领导人与政府观点较多，缺乏对领导人与政府观点的进行历史唯物主义的理论分析；（3）在借鉴西方国际关系理论与方法过程中，有时分不清它们与马克思主义的区别；（4）大批判倾向过重，缺乏有理论深度的分析；（5）中国学者在整体上理论素养和知识结构有待进一步提高。这些问题在中国学者中已经引起了重视，并且在探索克服这些问题以进一步发展中国的马克思主义国际关系学的方法。
中国的马克思主义国际关系学中理论系统性差是指中国的学者没有借助于马克思主义理论建立自己的国际关系系统理论。中国的国际关系学界迄今没有具有世界影响的马克思主义的国际关系理论，而当前世界有影响的马克思主义国际关系理论主要是西方马克思主义者的国际关系理论（如沃勒斯坦为代表的世界体系论、考克斯为代表的新葛兰西主义学派以及斯蒂芬·海默的理论）和拉美学者的理论（如依附论和依附发展论）。作为世界最主要的社会主义国家，马克思主义作为国家意识形态得到广泛传播，中国却没有自己系统的马克思主义的国际关系理论不能不说是一大遗憾。这并不是说，中国马克思主义学者的著述中没有理论的影子，但这些理论影子多为零散的，不成体系，不像“世界体系论”用历史唯物主义方法系统地解释资本主义世界体系产生、发展的原因，也没有像葛兰西学派那样运用历史唯物主义原理系统地解释资本主义世界秩序变化的必然性和变革世界秩序的可能性，更不像依附理论那样，运用历史唯物主义来系统解释不发达国家之所以不发达或依附的原因并指出摆脱依附的战略。从上述有世界影响的国际关系理论中，我们可以看到国际关系是怎样的（即各类国家在世界中地位是什么，由什么因素决定了它们的地位，它们在国际关系中相互关系是怎样，决定各类国家对外关系的内外因素是什么，国际关系变化的动力）；通过这些理论我们可以看到这些理论作者的世界观（或者看待世界的价值体系，或者说国际关系应该是怎样的），体会到作者的研究国际关系的方法论；通过这些理论我们可以用他们的理论解释许多国际关系的具体问题。而中国现在缺乏这种用自己的眼光有系统地解释整体国际关系、阐述国际关系应该的价值体系和研究国际关系方法的理论。中国的学者更多地是引用与借鉴他人的理论和方法，没有在马克思主义基本原理基础上，以中国自己独特的文化建立起来的系统国际关系理论。
中国马克思主义的国际关系学者在对具体国际问题（包括对中国的外交原则和领导人的外交思想）进行研究时，有时过多地引用中国领导人的讲话和党的文件，缺乏用历史唯物主义原理对领导人的讲话和政府观点进行理论分析，使人产生一种感觉：中国的马克思主义国际关系理论就是引用“语录”。比如在是一些研究中国领导人的外交和对外战略思想的著述中，出现一种有趣的现象，把领导人的讲话中关键词作为一个主题，再用领导人的讲话内容进行解释，再进一步就是对领导人讲话按照党报或政府文件进行详细说明与解释，使人感到无须再进行国际关系研究，只要把领导人的讲话、党报和政府文件堆在一起就是理论。再如对“和平与发展”的研究中，有些学者直接引用党和政府的文件作为对“和平与发展”重要意义的解释，没有对“和平与发展”产生的世界政治经济背景，它与作为变革理论的马克思主义理论有什么关系，它与传统的“战略与革命”命题所体现对世界变革的思维上有什么不同，由于对这些缺乏历史唯物主义的理论分析，仅引用领导人讲话和政府文件来说明其重要意义就显得有些马克思主义的国际关系学的论述没有什么学术性。
中国学者在引用与借鉴西方非马克思主义国际关系理论和方法时，有时分不清它们与马克思主义的区别，甚至与马克思主义混为一谈。比如马克思主义与现实主义都认为，国际关系的本质是充满矛盾性的，国家关系存在着冲突性。马克思主义是从生产组织方式来分析这一问题的，而现实主义是从给定的无政府结构和人/国家的不变本质先验性地得到这一结论的，两者从根本上不同。有些学者认为两者是一致的，甚至还引用一些西方学者的话来验证自己的观点（应该说这是西方一些学者对马克思主义的理解不准确）。一些学者弄不清马克思主义与西方主流理论在方法论上的区别，也把国家视为个体的原子，仅用工具理性的逻辑来分析国家对外部世界的反应，把西方主流国际关系理论的个体主义方法论等同于马克思主义的历史唯物主义。
另外，中国学者对国际关系一些重要概念的理解也与马克思主义不同，比如权力。马克思主义所谈的权力是一种社会关系中的权力，没有脱离社会交往的过程，而中国一些国际关系的著述一方面声称用历史唯物主义的方法去分析国际关系，但实际上仅以国家的实力（更准确地说是大国的生产能力与摧毁能力对比）看待权力，把实力作为可以转化为任意国际关系结果的通货，而不是从具体的世界生产与交往方式着手去分析权力关系。这种方法看似是唯物主义，实质犹如马克思批判过的“金钱拜物教”一样，是一种“权力拜物教”（fetishism of power）
，具有机械唯物主义色彩。
中国一些马克思主义观点的国际关系著述中大批判倾向过重，缺乏说理分析。比如对西方新干涉主义的批判，往往就是简单地强调主权高于人权，简单否定地一切国际干涉，把所有的国际干涉都说成是霸权主义。其实西方国家鼓吹的新干涉主义是以普遍的道义原则和人民主权原则来达到其自私的和改造世界的目的。根据马克思主义的观点，国家是有阶级属性的，统治者对人民的压迫是与人民主权的概念相违背的。如果简单片面地强调主权高于主权，往往产生理论上的悖论和道义的缺乏。使人感到社会主义中国就是不要人权，以主权否定人权。另外，中国学者论述中的大批判性还表现为对国际经济体制上。比如对战后美国建立的国际经济体制，往往把它说成是美国实现霸权的工具（这无疑是正确的），但也应该看到这种体制与过去体制（19世纪自由放任体制）相比存在的进步性。如果看不到这种进步性就无法理解西方工人阶级生活在战后的改善，资本主义战后的发展，就不会看到经济全球化对工人阶级产生的负面作用，以及由此产生的历史变革的必然性。从历史发展的角度看，正是资本主义的发展才可能导致资本主义的灭亡。人类不可能抽象地看待世界的进步。
尽管近十年，中国国际关系学者队伍有了长足的增长，并且学者的理论素养也比之过去有了极大的提高。但是，由于种种原因，中国马克思主义国际关系学学者队伍整体上还存在着种种不足，表现在：缺乏对世界的了解、缺乏国际关系历史与理论方面的知识，缺乏对马克思主义方法论如何应用到国际关系领域的能力。因而，造成马克思主义的国际关系学发展过程中出现观点雷同严重，引用“语录”多于理论分析，简单批判有余，深入说理不足，分不清西方主流理论与马克思主义内在的区别，没有自己特色的理论。
中国学者近来也注意到中国马克思主义国际关系学存在的问题，也开始探索如何发展中国的马克思主义国际关系学。有的学者开始探讨中国马克思主义国际关系学今后的发展的思路，有的学者开始从方法论的角度尝试借鉴西方国际关系理论探讨建立中国马克思主义国际关系学的研究范式，并克服目前其存在的问题，有的学者在思考如何借鉴引入西方马克思主义国际关系理论方法论、甚至是非马克思主义国际关系理论的方法论来建设中国马克思主义的国际关系理论。
郭树勇在《试论马克思主义国际关系思想及其研究方向》一文提出：马克思主义国际关系思想是一个开放的、复杂的体系，至少包括经典马克思主义国际关系思想、苏联特色马克思主义国际关系思想、西方马克思主义国际关系思想以及中国特色马克思主义国际关系思想等四个子系统，要与时俱进地研究马克思主义国际关系思想，应该借鉴现实主义、新制度主义和建构主义的理论资源。
李滨在《什么是马克思主义的国际关系理论？》一文中借鉴西方马克思主义者对马克思主义的界定，并提出了中国的马克思国际关系学研究存在的问题及其改善的方向。李滨认为，马克思主义的国际关系理论有四个共同点，即冲突的、动态的世界观、历史唯物主义的方法论、对资本主义世界体系的社会分析和对社会主义的向往；中国马克思主义国际关系研究在这四个方面存在的问题有：（1）在强调国际关系矛盾与冲突时，往往简单化地看待马克思主义中的革命与斗争的含义，仅仅把暴力革命视为矛盾的唯一解决方式；或认为马克思主义是一种变革的理论，与中国目前提倡的“和平与发展”不协调。（2）一方面声称用历史唯物主义的方法来分析国际关系，但实际上却用工具理性逻辑与给定无政府结构作为国际关系冲突与矛盾的根源（如仅从大国的实力对比），而不是从具体的经济活动来分析国际关系的矛盾与冲突，这实质是回到西方主流的国际关系理论假设基础上。（3）中国学者缺乏对世界生产过程、生产关系以及由此产生的国际社会关系和政治关系进行有说服力的系统研究，缺乏像西方马克思主义者如沃勒斯坦、考克斯等人那样对世界资本主义进行深入分析的著作；（4）中国学者对国际正义/世界正义的伦理研究很少，因此，较少对现存的世界秩序不公正性进行有说服力的理论阐述，往往以简单的大批判来代替理论上的说理。
胡宗山在《西方学者关于马克思主义国际政治思想研究探析》一文中评介了西方学者对马克思主义国际政治思想的学科地位、主要内容的研究，分析了马克思主义与当代一些重要左翼国际关系理论派别（如批判理论、世界体系论和依附论）的关系，介绍了西方学者对《帝国主义论》（胡宗山认为这是最重要的马克思主义国际关系理论）一书的评价，他认为，西方学者对马克思主义国际关系理论的研究既有客观的一面，如马克思主义没有完整的国际关系理论、马克思主义的国际关系思想是一种阶级分析法，这能为国内学界深入研究和发展马克思主义国际政治理论提供借鉴，同时他也指出西方对马克思主义国际关系思想的理论与评价存在着不少错误，中国学者在建立马克思主义的国际关系理论时必须注意，不能不加分析地吸收，应对其进行剖析和驳斥。
这样，他希望通过对西方学者对马克思主义国际政治思想的研究来为发展中国的马克思主义国际关系学提供一定的借鉴。
梁守德在《中国国际政治学理论建设的探索》
一文中提出，国际政治学理论的中国特色，必须在马克思主义的指导下，以中国政治家（毛泽东、邓小平）的国际政治理论为范式，吸取中国文化传统和西方国际政治学理论的优秀成果，力求符合世情的实际和国情的实际，寻找世情同国情的最佳汇合点，以维护中国的权利出发，用历史唯物主义来建立中国特色的国际关系理论。关于世情，梁守德认为，世情发生变化，世情以时代主题和主要矛盾为集中体现。当今世界的主要矛盾已经不是战争引起革命、革命制止战争、以世界革命为纲，而是世界各国日益增长的和平与发展需要同不公正、不平等的国际经济政治旧秩序的矛盾。关于中国国情和中国在世界的定位，梁守德认为：（1）中国是二战后率先从半殖民地半封建基础上和平崛起的发展中经济大国；（2）中国是一个有综合国力的世界性政治大国，是迈向世界多极化格局中的“一极”；（3）中国是处于社会主义初级阶段的大国，实施以社会主义为主体、以资本主义为补充的“一国两制”。中国的国情和定位，集中到一点就是指明中国的主要矛盾发生了变化。当今中国社会的主要矛盾不是阶级斗争，而是人民日益增长的物质文化需要同落后的社会生产之间的矛盾。这一主要矛盾决定了当今中国的最大需要和根本任务：对内是发展生产力，以经济建设为中心；对外是维护世界和平，促进共同发展。这些矛盾决定了中国国际政治学的主要任务是维护和平与发展，建立更加公正合理的国际经济政治新秩序。或者说，中国的马克思主义国际关系学应发展的方向或关注的问题就是从理论上阐述维护和平，促进发展，建立公正合理国际秩序的必要性。