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德川时代是学术思想流派活跃的文化时代。其特色主要包括：其一，旧学说不断分化，官学朱子学面临严重挑战。其二，新学说层出不穷，新人辈出，并通过师承关系，形成新兴知识分子的集团力量和人才链。其三，各学派互联互动，交织融会，并顺应时代的需要，最终形成为近代日本国家发展战略提供基本思路的经世学派。
旧学说的不断分化，主要表现为儒学其他学派对朱子学离心离德，并在争鸣中开展批判。其中，山鹿素行（1622—1685）、伊藤仁斋（1627—1705）、荻生徂徕（1666—1728）等古学派学者，分别从圣学、古义学、古文辞学等学派的立场出发，抨击朱子学脱离先秦儒学的本义，误人子弟，主张重返孔孟古典，阐发原著的真谛，以经世济民。其中，山鹿认为“道之大原者出于天地，知之能之者圣人也”；尊崇伏羲、神农、黄帝、尧、舜、禹、商汤、文王、周武、周公、孔子为圣人，批评汉唐及宋儒等“阳儒阴异端也”，致使“圣人之学至此大变”，“道统之传，至宋竟泯没”，虽“口唱圣教”，不过“诬世惑民”。
因此，山鹿举起“圣学”的旗号，强调“圣人者知至而心正，天地之间无不通也，其行也笃而有条理，其接应也从容而中礼，其治国平天下也事物各得其处”；强调“圣学”、“圣教”均乃“为人之道”，“学唯学于古训，致其知，而施日用也”。
山鹿的弟子们更公开指责“汉唐之训诂，宋明之理学，各利口饶舌而欲辨惑，惑愈深，令圣人坐于涂炭”，“诬世累惑”，“说道而谬人者，天下之大罪也”，慨叹“中华既已如此，何况本朝乎！”赞扬山鹿“崇周公、孔子之道，初举圣学纲领”。
伊藤仁斋初学朱子学，后来发现宋儒以佛教和老庄学说歪曲孔孟的原意，于是埋头研究孔孟原著，重新阐释先秦儒学的古义，世称古义学之祖。伊藤认为：“孔孟之学，厄于注家久矣。汉晋之间，多以老庄解之；宋元以来，又以禅学混之。学者习之既久，讲之既熟，日化月迁，其卒为禅学见解，而于孔孟之旨，茫然乎不知其为何物”。
凭借其深厚的汉文功底，伊藤经过考据，论证孔孟的古义经何人、在何时被曲解为后世的儒学，用功之深，堪称第一。荻生徂徕认为：圣人者，无非尧、舜、禹、商汤、周文王、武王、周公而已，“先王之道”仅存于《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《易》、《春秋》等六经之中；只有通过对六经中先王时代古文辞的研讨，才会掌握“先王之道”的真谛。他对朱熹编纂的《四书章句集注》的评价是：除《论语》具有古文辞研究价值之外，其余《大学》、《中庸》、《孟子》等均因过度诠释失去本义不足为训。古学派对官学朱子学的批判，其意义不仅在于学理的阐发，而且对幕府官学提出了尖锐挑战。正因为如此，1790年老中松平定信厉行“宽政禁异学”，古学派首当其冲，多部著作被列为禁书。
中江藤树（1608—1648）号称日本阳明学之祖，崇尚孝道，强调“孝德，神妙莫测，广大深远”，实践以“爱”与“敬”为核心的“全孝之心法”，即可达到“致良知”的境界。中江认为“立身行道之本在明德，明德之本，在以良知为镜而独慎”，强调“此良知若为磨而不磷，捏而不缁之灵明，可明愚痴不肖凡夫之心也”，“此乃大学致知格物之功夫也”。
中江的弟子熊泽蕃山（1619—1691）突出“慎独”的理念，认为“思无邪、无自欺与诚意，皆慎独之义”，善恶皆“发自心中一念”，“思乃心之官”，“万物皆备于我”，强调个人主观能动性；提出“时处位论”，认为“道与法有别”，“道是三纲五常”，“法乃圣人应时处位，作事制宜”。
熊泽还将“应时处位论”用诸实践，进呈应对洪水、饥荒之策，辅佐备前藩藩主池田光政。阳明学者代有传人，江户时代中期有三轮执斋（1669—1744）、中根东里（1694—1765）等；江户时代后期，则有佐藤一斋（1772—1859）。一斋先在岩村藩入仕，后在幕府任儒官，阳奉朱子学，暗中兜售阳明学，人称其“阳朱阴王”。佐藤为幕末著名的阳明学者，入门受教的佐久间象山、横井小楠、中村正直等均为近代化建设中的俊才。江户时代阳明学者，摈弃朱子学的理气二元论，倡导突出个人主观能动性的“致良知”，强调行动精神的“知行合一”，贬斥朱子学的虚礼空论，对开阔人们的视野有积极作用。
片山兼山（1730—1782）初学徂徕学，后来则反其道而行之，不再穷究古文辞，转而注重对经义的理解，广采唐宋诸家之长，著述《周易类考》等著作，创立了折中学派。
水户学因水户藩第二代藩主德川光圊（1628—1700）编修《大日本史》而得名。前期水户学的代表人物为安积澹泊斋（1656—1737）、栗山潜峰（1671—1706）、三宅观谰（1664—1718）等彰考馆总裁或编修们，主倡崇儒敬神、君臣名分和忠孝一体；后期水户学的著名学者藤田幽谷（1774—1826）、藤田东湖（1806—1855）父子，以及会泽安（1781—1863）、栗田宽（1835—1899）等《大日本史》的编修们，针对欧美船舰袭扰日本近海日益严重的现实，力主尊王攘夷，维护国家的安全。藤田幽谷从儒学的君臣名分论出发，盛赞德川家康“正君臣之名，严上下之分，其至德岂在文王之下”，鼓吹“天朝开辟以来，皇统一姓而传之无穷，拥神器，握宝图，礼乐旧章率由未改”，“天皇之尊，宇内无二”；主张“幕府尊皇室，则诸侯崇幕府；诸侯崇幕府，则公卿大夫敬诸侯”，
强调尊王论下的公武秩序关系。1825年，幕府针对外国特别是英国船舰水兵不断在东北的常陆和东南的萨摩等地登陆并强索食物和淡水，发布《外国船驱逐令》，命沿海诸藩无须请示幕府，均可开炮赶走驰入近海的外国船舰。就在同年，会泽安写成《新论》，力倡尊王攘夷论。会泽说：“神州乃日出之所，元气始生之处。天日之嗣之天皇世世临御宸极，永久不易，固乃大地之元首，万国之纲纪也，诚宜照临宇内，皇化所暨，无分远迩”；“而今，西洋野蛮之国以胫足之贱，奔走四海，蹂躏诸国，眇视跛履，竟敢欲凌驾上国日本。此为何等之骄暴哉”；号召“豪杰奋起”，扫除“胡羯腥膻”。
会泽还就国体、形势、虏情、守御、长计等五方面，提出启迪了一代尊王攘夷人士有所作为的新论。
总之，古学派、折中学派、阳明学派、水户学派等同属儒学范畴，却以不同的论说立场对官学朱子学展开批判。御用的朱子学学者，特别是圣堂林家的掌门人及其门徒则起而反击，甚至动用官学特有的思想镇压权或施展阴谋手段，对儒林中的其他“异学”大张挞伐。然而，“异学”学者并未轻易屈服，依旧在不正常的氛围下，坚持学术立场，进行着变相的争鸣。与此同时，古学的经世务实精神，水户学的尊王攘夷论和阳明学的焕发个人主观能动性的有为意识等，为幕末兴起的尊王攘夷运动提供了思想武器，鼓舞着中下级武士走向政治斗争的第一线。
所谓新学说，主要分两类：其一是作为陈旧的官学朱子学的另类对立面出现的国学；其二是相对于日本传统思想而言的异质文化学派，如兰学。新学说破土而出，彼此渗透并纷纷开宗立派，竞相招徒授业。这种兴旺景象，是德川时代经济发展和社会生活多样性在学术思想领域的反映。
当然，各种新学说的活跃程度和社会影响不尽相同。例如，安藤昌益（1703—1762）在其著作《自然真营道》及其缩写本《统道真传》中，以“自然者五行也”为立论基础，论述金木水火土五大元素“无始无终”，循回进退、演化转变而成天地万物、鸟兽鱼虫、阴阳男女；认为“五行无胜劣、始终、上下、贵贱”，早在神农、伏羲之前，人们“知耕农织业，所为自然也”，“自然耕，自然织，自耕食，自织着”，“自知自成，自然真营道也”。
安藤的“五行自然说”具有否定封建剥削和等级身份制的进步意义，然而，其学说却是在将近200年后，才被发现并得到初步介绍。换言之，安藤的思想反映了当时的社会矛盾和农民的要求，但对现实并无任何影响。再如，京都绸缎商店学徒出身石田梅岩（1685—1744）提倡勤俭、安分守己和以心体性的石门心学，并于1729年在京都车屋町开办私塾，受徒授业。石门心学持君臣名分论的立场，为商人争地位，认为“士农工商皆助天下之治”，“助君乃四民之职分”，“士乃原来有位之臣，农人乃草莽之臣，商工乃市井之臣”，“商人之买卖乃扶助天下”，“何以贱视商人营利”。
石门心学的社会影响，显然为安藤藏之于书斋中的“五行自然说”所无法比拟。即使如此，石门心学只是在农民和町人中保持一定的影响，对大局的发展进程并无左右的能力。真正对政治生活产生强烈影响的应为国学、兰学和经世学等新兴学派。
国学，亦称“皇国学”。国学倡导排佛斥儒，否认神佛一体观念，鄙视儒学和儒学者；主张复古，即研读日本的古典书籍，焕发日本固有的民族精神，从而复兴并弘扬古代的“皇神之道”，尊崇皇室，振兴神道。国学兴盛于德川时代中期，其先驱学者为德川前期的佛教真言宗僧侣契冲（1640—1701）和歌学者、居士下河边长流（1627—1688）。契冲通过对《万叶集》的深入研究，认为中世的歌学因掺杂了儒佛之学而谬误累累，应重新加以注释，以正本清源；强调“神国”日本固有的神道，应加以发掘提倡以取代佛法儒学。理由是：“本朝乃神国也”，“上古之时，唯以神道治天下”；认为《万叶集》等“和歌如千锤百炼之黄金指环，上可以通道，下可及世间人情”，事关盛衰兴亡和神道精神的探索，必须加以切实研究。同时，深受儒学熏陶的契冲又认为神道幽玄，难以预测，认为应该“以神道为本，兼取儒佛”。
这种神、儒、佛三教混淆的思想拼盘现象，说明国学在初创时期难以遽然避免儒佛的影响。下河边长流在密友契冲启发下，研读《万叶集》，致力发现日本固有的精神，撰成《万叶集管见》、《万叶集名寄》等研究著作。他们的探索，还停留在对《万叶集》等诗歌集开展文献研究的范围内，但作为国学的开山鼻祖，契冲、下河边长流已提出崇尚神道，强调探寻儒佛尚未传入之前的日本“古人之心”，摆脱“可笑”的“儒典佛书”禁锢等基本主张。
继契冲之后，先后扬名于德川时代中期的“国学四大人”，把国学的研究和传播推向高潮。其中，契冲的弟子神官荷田春满（1669—1736）主张从研究《万叶集》、《古今集》入手，钻研“神国”日本的固有精神。荷田痛惜儒佛兴盛而“国家之学废堕”的现状，对阴阳五行之说充斥神道强烈不满，为此上书幕府，要求振兴“皇神之教”，焕发国乃“神国”，道乃神道的精神，较早提出“国体论”的基本观点。
荷田的弟子贺茂真渊（1697—1769）出身神官，继承师训，主张埋头钻研《万叶集》、《古今集》、《源氏物语》、《古事记》、《日本书纪》等古代诗歌文学和史著，在肃清附会、追随儒佛等外国之道学风的过程中，发现并弘扬日本固有的民族文化精髓。为此，贺茂公开提出“回归古代”的口号，还把他所阐发的古道精髓，概括为“皇神之道”。
经贺茂之手，国学的基本立场更加完整化和系统化，作为新兴学派而浮出水面。但代价沉重，因为贺茂对儒学否定的同时，也在灌输片面的认识论和极端的种族优越论理念。在《国意考》中，贺茂首先对儒学圣人大加贬斥，认为尧将天下禅让给历山的农夫舜，并非至善而是“过善为恶”；舜又将天下禅让给恶人的儿子禹，禅让未必尽善；周文王夸称天下三分有其二引来杀身之祸；周武王伐纣未必被舆论所认同；周公灭殷商诸侯四十余家，杀伐凶狠，故孔子对周公灭人之国颇有微词。尤其是儒学传入日本，导致君臣分离和动乱。对当时称之为“唐国”的中国，贺茂也不无贬薄，认为日本是“人心正直之国，教导虽少但能遵守”；“唐国人心险恶”，“朝闻教，夕已忘之”；日本的“复古之道”堪与天地无穷，“唐国之道”转眼即逝，如此等等。
对佛教，贺茂也加以指责和抨击。
贺茂的弟子，问屋商人出身的本居宣长（1730—1801），为国学的集大成者。本居耗尽心血，完成了44卷的大部头著作《古事记传》。本居坚信以“天照大神”为主角的神代记述是信史；批判儒学中的易姓革命观，颂扬以死报效皇室的忠臣楠木正成。值得注意的是，本居对日本文化的民族特性进行了有深度的探讨和概括，认为贯穿古典名著《源氏物语》的精髓，即为日本民族所独有的“物哀”之心。他说：“所谓物哀，首先是怜悯一切细微之物。所见所闻，心之所感，成叹息之声，今以另言之，则为‘啊——’，此即物哀是也”；“遇当感之事，心无所动，无所感，是谓不知物哀，乃无心之人也”。
本居还把“物哀”之心用诸于现实政治，强调百姓和町人集体告状的“强诉”，“看似小事，实非小事，乃甚为重大之事也”，认为“强诉”之所以发生，“皆非下之非，皆乃上之非也”。
对本居执弟子礼的平田笃胤（1776—1843），以研究《古事记》、《日本书纪》见长。平田受道教神仙说的影响，向往并热衷于宣扬“记纪”中记述的“神代”世界，鼓吹“神国论”和“日本优越论”。他将宇宙解释为天、地和黄泉等三种层次；认为“皇国”日本上有天照大神君临的天界，下有须佐之男命神幽居的黄泉界，居于大地各国之首，故日本是“皇大御国，乃万国本御柱之御国”，“卓越于万国”，“我天皇熟知君临万国大君之真理，后亦知灵魂之去向”，要求门徒“坚定大倭心”。
同时，平田把神道提高到无以复加的高度，以神和神道解释儒学的伦理道德，强调“皇神之道”的基本宗旨。他认为：儒学的“敬义仁智勇”等人伦五常，都是神意的体现；现世人的行为均受到幽冥之神的审视和善恶的评判；人性由天神赋予，只有除掉私智，人的行为方能符合神代的要求，方能生活在真正的神道世界、即“皇神之道”的世界中。“皇神之道”的宗旨是“清净为本，避恶污秽，事君亲以忠孝，惠妻子，多生子孙，家族和睦，取信于朋友，怜惜奴婢，光耀门庭”等；攻击佛教是“神敌”，指责释迦牟尼“抛君父”、“弃妻子”，违反人性，等等。
“国学四大人”对国学的发展分别做出了不同的学术贡献，他们倡导和宣扬日本固有的民族文化精神，在当时的历史条件下，具有一定的积极意义。首先，国学从排佛斥儒的批判立场出发，对幕府实施思想控制的两大工具佛教和朱子学展开了猛烈攻击，有助于削弱领主的人身和思想控制。其次，国学的复古主张，即重返尚未建立幕府专制统治的古代世界，反映了农民、町人对幕藩领主政治腐败与搜刮盘剥的强烈不满，并在政权更替的关键时刻，使复古成为维新政府的旗号。第三，国学极力推崇“皇神之道”，并对“神代”世界加以刻意渲染，是在鼓吹神道外衣包裹下的尊王攘夷意识。幕末的著名国学者大国隆正、玉松操等，与下级公卿、武士岩仓具视、大久保利通等密谋倒幕计划和新政府的建构，即把尊王的主张变成了实际政治行动。
与此同时，国学标榜弘扬日本固有的民族文化精髓，日本文化的神秘性乃至鼓吹极端的民族优越意识，消极影响深远。离开了儒学和佛教等外来文化的滋养，日本传统文化只能倒退到巫咒时代，而且日本文化的“固有性”也绝非国学者所说的那么纯正。由于国学者自幼深受佛教、儒学的熏陶，治学于幕府时代儒佛为尊的现实社会，因此，在其国学的阐释中，仍无法完全摆脱儒佛特别是儒学的思想影响。在许多场合，国学者甚至要借助儒学来宣扬国学。例如，在平田笃胤的人伦五常观、“皇神之道”的宗旨阐发中，儒学的五伦五常几乎是被原汁原味地和盘托出，甚至还夹杂了道教五福论的若干成分，变成贴上神道标签的思想大杂烩。
另外，国学的历史积极意义只是相对而言的。其复古的主张，表达了社会大众尤其是町人和农民要求摆脱幕藩领主统治的意愿。实际上，国学的主要研修者，也多半来自町人和农民。本居宣长和平田笃胤的大多数门徒为町人、农民、神官。换言之，国学研修者的多数成员，均为幕藩领主统治的被损害者，同时也是时代的落伍者。他们对现状不满，却看不到未来发展的前景，只能在向后看的历史回忆中，乃至在“皇国”、“皇神”的极端自我夸大和陶醉中，寄托自我满足的虚幻憧憬。作为反映没落社会群体的没落情绪的国学，其价值取向复杂，甚至是相互矛盾的。随着时代的进步，国学的积极作用迅速减少并走向反动。真正能够与时俱进的新学说，当属海外输入的兰学。
兰学，即德川时代的西洋学，因借助荷兰语学习欧洲近代医学、天文、地理、数理化等自然科学知识而得名。兰学在日本发展曲折，逐渐形成受制于官方和民间自行发展等两个兰学者群体。
官方控制下的兰学者群体，具有明显的御用性。锁国后，幕府加紧对进口西洋物品和人员的严格管理，只保留长崎出岛的荷兰商馆，与欧洲保持着有限的联系。作为来日贸易的交换条件，荷兰商馆的馆长必须定期前往江户拜见幕府将军，呈交“荷兰风说书”，即荷兰文的国际消息资料汇编。幕府指定少数专门人员加以学习、研究，严加控制。
1708年（宝永五年），意大利传教士西多奇冒险潜入日本传教，被警备人员逮捕。1709年，以正德之治而闻名天下的幕臣新井白石（1657—1725）传讯西多奇，多方探询国外情势。事后，新井根据传讯记录，写成《西洋纪闻》、《采览异言》等著作。这些著作记述了当时各国发展的最新动态，丰富了日本人的国际知识，有助于对外部世界的理解，对兰学的孕育也不乏积极意义。在此期间，长崎町人西川如见（1648—1724）费尽周折，利用各种渠道，搜集并整理从荷兰商馆或赴日贸易的中国商人处得到的信息资料，著成《华夷通商考》。书中介绍了有关西洋、中国和东南亚的地理、物产，社会风俗等情况，对打开日本人的眼界不无益处。尽管如此，这一期间有关西洋世界的认识仍带有偶然性，零散而不成系统。
至享保年间（1716—1736），兰学得到兴旺发展的良好机遇。执政的第八代将军德川吉宗（1684—1751）政治视野开阔，喜好海外新奇事物。在主持享保改革的过程中，吉宗提倡奖励“有用之学”而不问华夷之别。1720年，吉宗宣布汉译西洋图书解禁，允许非天主教宗教图书之外的汉译西洋书籍在市场上流通。“洋书解禁”，为西洋文化的流传、从而为兰学的滥觞打开了方便之门。
作为兰学的两大基础学科的天文学和医学，也在吉宗时代取得前所未有的新进展。1716年，吉宗任命颇有声望的西川如见为主管观测天象的“天文御用”，派员制造浑天仪，1744年在神田设立天文台，促进了天文学的发展。吉宗对西洋医学和医术颇感兴趣，故命汉医、本草家青木昆阳（1698—1769）和野吕元丈（1693—1761）等学习荷兰语。吉宗采取的开放政策，为兰学的发展和最终形成奠定了基础。
1774年，青木昆阳的弟子前野良泽（1723—1803）与其友杉田玄白（1733—1817）等8名志同道合者，耗费了4年时间，把荷兰文的《解剖学》汉译为四卷本的《解体新书》。以此为标志，兰学正式形成。兰学在其形成过程中，形成师承关系，人数急遽增加。前野良泽和衫田玄白的弟子大
玄泽（1757—1827）以弘扬师门新学说为己任，著书《兰学阶梯》，授徒凡百余人。在这个过程中，具有近代科学知识的新兴知识分子纷纷成才，逐步形成新时代所需要的人才梯队。兰学者中，不乏杰出人才。杉田玄白的朋友平贺源内（1729—1779）刻苦研读，勇于实践。他在学习物理、化学、医学课本的同时，还试制石棉布，仿造蓄电器、温度计，并能编写剧本、小说，可谓多才多艺。
民间自行发展的兰学者群体，是兰学日益普及的结果。在城市开设的民间兰学私塾中，有土生玄硕的迎翠堂、吉田长淑的兰馨堂、小石元瑞的究理堂、伊东玄朴的象先堂、佐藤泰然的顺天堂塾等十余个兰学塾。其中，绪方洪庵在大坂创办的适适斋塾最为有名。绪方洪庵（1810—1863）是个兰医，曾师事平井信道。1836年设塾授徒，门人数以千计。著名者，如大村益次郎、桥本左内、福泽谕吉、箕作秋坪、佐野常民等，他们在文明开化和近代制度的建设中功不可没；大鸟圭介、花房义质等先后出任驻朝鲜公使。仅仅一群洪庵弟子的活动，就勾画了幕末至明治初年历史活剧的主要情节。值得注意的是，兰学形成了人才梯队。洪庵的弟子大村益次郎和福泽谕吉又分别创办了鸠居堂、庆应义塾，扩大了兰学者群体的社会影响。拥有兰学孕育的新兴知识分子集团，是日本近代化之所以走在中韩两国前面的重要原因。
在前述的兰学发展过程中，外来的影响至关重要。其中，汉字文化乃至汉译西洋图书发挥了积极作用，乃是不争的事实。但研究者往往对此不置一词，因而极易造成错觉，以为兰学与中国无关，把兰学看成是日本学者与近代欧洲自然科学直接对话的结果。实际上，由于德川时代盛行仰慕汉学之风，知识人包括兰学者的汉学造诣颇高。他们喜用三个字的汉语式姓名，更以汉学修养深厚而自豪。作为兰学形成的标志性译作《解体新书》用文言汉文出版，是汉学与兰学相得益彰的例证。
当然，西欧学者的来访与讲学，确实发挥了推波助澜的积极作用。1775年，瑞典著名学者森伯格（Thunberg）应荷兰商馆的邀请，来日本讲授医学、天文、物理和经济。1779年学者蒂赛夫（Titsingh）出任荷兰商馆馆长，旅居长崎达5年之久。他们在日本讲学，开展调查，回国后出版《日本植物志》等著作，向欧洲介绍日本。
旅日本欧洲学者中，影响最大者，当数1823年作为荷兰商馆医生来日本的德国学者西博尔德（Siebold）。由于其医术高明、学问渊博，幕府特允许西博尔德上岸，在长崎郊区开设泷鸣塾，招徒授业长达5年之久。1832年西博尔德的弟子高野长英协助田原藩武士、渡边华山，与幕臣江川英龙、川路圣谟、松平乘豪以及儒官古贺侗庵等组成的兰学者沙龙团体“尚齿会”（也称“蛮社”），研讨兰学和西洋事物，关注时局的发展。一时间，兰学乃至“兰癖”之风大盛，涌现了语言学方面的宇田川玄随、天文学方面的志筑忠雄、历算方面的高桥景保、物理学方面的青地林宗、植物学和化学方面的宇田川榕庵、电气方面的桥本宗吉等学有专长的著名学者。
在城市兰学风气的浸润下，农村的“在村兰学”也在悄悄地发展。在村兰学的主要传播者是西医“在村兰方医”，他们进城入兰学塾求学数年乃至十数年后，重返故里行医。据调查，1868年在21所兰学塾学习的59名三河国（今爱知县境内）人中，43人来自农村，其中一半以上的人为町村医生子弟。
他们学成返乡后，采用内科、外科、妇科、儿科等西医治疗技术，开业行医。兰方医在中医“汉方医”主宰的农村町镇医疗领域，另辟西医的新天地。在把欧美的近代医学、医术推广到农村的同时，他们也传播了海外的新知识，从而为明治初年文明开化风潮进入农村，预做准备。
在未给统治者制造任何麻烦的限度内，幕府对兰学采取宽容和奖励的方针。1811年，幕府在天文方新设“蕃书和解方”，主持将“国家有用”的荷兰文图书翻译成日语的事务。官方兰学者只管埋头钻研西洋的自然科学知识，无意过问政治。然而，随着19世纪30年代东北亚国际形势的变化，欧美列强的舰船越来越频繁地出没日本近海。在外来冲击的刺激下，官方兰学者开始关注现实问题。
深受1837年美国“摩里逊”号事件刺激，1838年“尚齿会”的高野长英著《戊戌梦物语》，抨击锁国政策。在书中，高野自言“心痛国事”，身心俱疲，遂伏机掩书入梦。睡梦中，与硕学鸿儒数十人聚会，议论时政。与会者误将美国船“摩里逊”号当成英国船，对地理纬度和国土面积与日本相似的英国大加赞扬，认为英国之所以富强，是因为对外开放，“注重与各国开展贸易，远航各国，开发不毛之地，令人民殖民，教育土著”；在美洲、印度、非洲、东南亚等地，拥有广阔的国外领地和2.586万艘舰船，官兵58万余人，堪称五大洲的头等强国；在英国，“国人敏捷”，“做事认真”，“勤于文学”，“研究工技”，“磨炼武艺”，“以国富民强为要务”。此著对幕府的锁国方针提出强烈质疑，主张受理英国船送来的日本漂流民，也接受其通商要求。
“尚齿会”的另一位活跃人物渡边华山也因“摩里逊”号事件，著《慎机论》，纵论世界局势，抨击时弊。渡边认为西洋各国制度、风俗、人品有异，但均“以法治一国，有君有师，君传子，师传贤”，“据其天赋气质，使就道艺二学”；因此，其“艺术精博”、“政教羽翼鼓舞”和“审视天地四方，布教礼国”等均为中国“唐山”所不及；强调在亚洲，“不与西洋人通信者，唯我国而已”，因而要求日本与英国建立经贸关系，抨击幕府权臣、儒臣目光短浅、无所作为，疾呼不可“束手而待寇来”。
高野、渡边对锁国政策的批判，刺痛了幕府。朱子学林家的传人、目付鸟居龙藏等出于对新兴兰学的忌恨，趁机诬告渡边等欲偷渡无人岛，图谋不轨。1839年5月幕府下令逮捕渡边、高野，查禁“尚齿会”。渡边和高野在严酷的政治迫害下，先后自杀，史称“蛮社之狱”。经过这次镇压，官方兰学趋于消沉。民间兰学者却一如既往，继续发展。因此，在后来倒幕维新运动中呼风唤雨的杰出人物多来自民间兰学者群体。
与兰学兴起大体同步的另一新学派为经世学。经世学的政治理念是朱子学“治国”、“平天下”的入仕思想，其灵魂是国学的“国体”意识，兼具兰学超越岛国狭隘界限的世界眼光。经世学是各学派相互交融的产物，具备集不同学派之所长的综合优势。正因为如此，在诸多学派兴起并展开争鸣的德川时代，唯独经世学提出了相对完整的进攻型国家发展战略，为近代日本的崛起而未雨绸缪。
元禄时代之后，幕府的统治由盛转衰，幕藩体制内部的各种矛盾开始暴露。这种社会现实在学术思想领域的反映，是儒学界在继续维护君臣伦理道德的同时，更加关注现实问题，讲究为政之道。1717年荻生徂徕著《辨道》，认为“先王之道，先王所造也，非天地自然之道也。盖先王以聪明睿智之德，受天命、王天下。其心以安天下为务，是以尽其心力，极其智巧。作为是道，使天下后世之人由是而行之，岂天地自然有之哉”。
1727年著《政谈》，荻生认为“建法度”、“衣食足”、“立制度”、役吏之仪皆乃“治之本”；强调礼乐政刑是“正道”，是圣人的为政之术；故应该以为政之术的成败得失，作为评论各时代政治是非功过的标准。
荻生突出儒学为政之道的一面，削弱了儒学倡导道德修养的另一面，把儒学经世致用、治国安邦的现实应用性提升到前所未有的高度，开启了经世学的思想源流。
在田沼时代，商品经济、对外贸易空前活跃，在注重实惠、利益，贿赂成风的纸醉金迷世风之下，儒学的道德说教愈加苍白无力，入仕经世意识受到欢迎。田沼时代还是兰学形成学派并兴旺发展时期，研究海外新奇事物、享用五花八门的舶来品，成为时尚。兰学乘“兰癖”之风，迅速传播。与此同时，倡导“皇神之道”、尊王敬神和悲天悯人的国学，也进入“四大人”名震海内的兴旺时期，研学者趋之若鹜。在此形势下，融会儒学、兰学和国学诸说之长的经世学破土而出，经世学者也往往具有研修儒、兰、国学等三学的经历。
经世学派早期的代表人物工藤平助（1734—1800）出身仙台藩医世家。他初学经史，后交结桂川甫舟、大
玄泽等兰学者，见识广增，并获利于荷兰商品的贩卖。1783年，工藤向幕府进呈《赤虾夷风说考》，评述俄国的远东政策和“赤虾夷”堪察加半岛的现状，建议与沿千岛群岛南下的俄国主动开展贸易，从中赢利并借以开发虾夷地（今北海道），变相提出开港论的主张。
林子平（1738—1793），江户人。自幼饱学汉学、古学，与工藤以兄弟相称，结交了不少兰学者。曾漫游国内各地，并在长崎逗留多日，与旅居在当地的荷兰、中国商人交往，了解海外情势。1785年著《三国通览图说》，1786年著《海国兵谈》，一时颇孚人望。林子平在其著作中，比较系统地提出了开港贸易论和海国防卫论。他认为：“江户日本桥下之流水，经海路直通中国和荷兰”，日本是连通世界大洋的海国；南下的俄国对日本造成了最大的威胁，必须加强国防；水战、铸炮为海国武备之根本，岛国日本的国防之要在强化海军军备，参照欧洲的样式造船，演练水军。
他还解释说，其著述《三国通览图说》的目的，“在于明确日本之三邻国朝鲜、琉球、虾夷地之地图”，一旦时机到来，“日本英雄率兵进入此三国时，能暗记此图以应变”。
顺便提及，在林子平绘制的东亚彩色地图中，用同一颜色标明钓鱼岛为中国版图内的群岛。
本多利明（1743—1820），越后国（今新睸县）人。深受阳明学、徂徕学的影响，还通过研读汉译西洋图书，掌握了欧洲的天文、地理、数学、测量学的学理和技术。曾挎刀游天下，驾船前往虾夷地。1798年著《经世秘策》、《西域物语》，1801年著《贸易论》、《经济放言》等骇世之作。本多的经世思想包括内政改革论、官营贸易论、殖民地经营论和称雄世界论等。他认为：幕藩领主应提倡研修数学、天文、地理学和航海术；改设郡县制，起用德才兼备的英俊之才而不问出身门第；鼓励国产品的开发，拓展开港贸易，实现“万民增殖”的目标；待国力富强，则进而开发虾夷地，殖民堪察加，“渐次兴业，取得大成就”，使“东洋的大日本岛”与“西洋的英吉利岛”并驾齐驱，同时成为世界第一的“大富国”和“大刚国”。
在《贸易论》中，本多颂扬丰臣秀吉是“顶天立地的大英雄”，鼓吹“发动战争，谋取国家利益乃为君之道的秘密”，断言“贸易之道”即“战争之道”，时机到来则“进攻外国并占领之”。
在其论述中，本多较早地提出了改造幕藩体制、对外扩张并一举成为世界强国的目标，将经世学的阐述提升到国策的高度。
海保青陵（1755—1817），丹后国（今京都府）人。行踪遍及30余藩国；治学深受徂徕学、兰学的影响。从1789年起，用“国字”即日文撰写有关国计民生、理财之道、兴利之学、事论政论的文章，并集成著作数十卷。青陵倡导重商主义的富国之策，以著名的“买卖论”来重新解释和剖析社会原理、人世伦理、君臣关系等问题。他认为社会的根本原理即商业交易的买卖规则，“买卖利息”即为“天地的道理原则”；“理即利”；自古以来的君臣关系乃“市井之道也”，即君卖臣以知行禄米而得其力，臣卖其力而得其米；年贡是领主把田地借贷给农民的利息，等等。结论是：轻视商业是愚蠢之举，武士也应该把经商作为其副业，富国的核心问题就在于赚取金钱。
青陵用重商主义的“买卖论”揭破朱子学虚伪的道德说教，提出在金钱面前人人平等而否定身份等级制观念等，在当时具有一定的积极意义。但是，他把商业流通视为社会财富的源泉，则是只见树木不见森林，甚至本末倒置，反映了町人商业资本的立场和认识的局限性。
经世学的集大成者当属佐藤信渊（1769—1850）。佐藤与本多均出生在日本海沿岸的商贸之地越后国。佐藤家富足殷实，为当地农学世家，学风务实。信渊聪明好学，曾游学四方，先后师事宇田川玄随、井上仲龙、平田笃胤、吉川源十郎等著名学者，还与“尚齿会”的渡边华山、高野长英交往密切。他先后研修兰学、儒学、国学和复古神道，喜读阳明学、徂徕学和经世学的名家名作。在文化年间（1804—1817），著《海防策》、《铁炮穷理论》、《西洋列国史略》等；在文政年间（1818—1829），著《经世要略》、《宇内混同秘策》、《天柱记》、《镕造化育论》、《经济要录》、《农政本论》、《草木六部耕种法》等著作；在天保年间（1830—1843），著《物价余论》、《经济问答》、《复古法概言》、《复古法问答书》等；在弘化至嘉永初年（1844—1850）年间，著《复古法》、《海防余论》、《存华挫夷论》、《垂统秘策》等。一生著书300余部，凡8000余卷，堪称杂学大家。
佐藤的学说虽杂，但其经世的思路却很清晰。概言之，对内，建议幕府实施全面的制度改革，对外则进行大规模的侵略扩张，最终让世界各国均臣服“皇国”日本。在其国内制度改革论中，信渊主张把江户改称东京，并迁皇都于此地；废除邦国林立的幕藩体制，改任大名为国家官吏；建立中央集权的三台六府新体制，即在天皇之下，设立教化、神事、太政等三台，下辖农事、开物、制造、融通、陆军、水军等六府，形成皇权至上的中央集权体制；撤销现存的士农工商等级身份制，改行诸业平等的八民制，即人分草民、树民、矿民、匠民、贾民、佣民、舟民、渔民等八民，皆可为国家官吏或国家劳动者，一民一业，不许兼业；废除租税，土地国有，禁止私营，诸业一律公营；确立国民教育制度，在各地设置小学校，普及教育；开办医疗、救济、慈善机构，保障民生，等等。
上述主张，似乎预言了几十年后开始的明治维新。
在其对外的策略中，佐藤呼吁航海通商、“紧急强化日本全国四海兵备”，积极主张进攻型的武力海外雄飞论，并明确规划了以西侵中国为主，兼顾北进、南进的多点进攻方向。在1823年写成的《混同秘策》的总论部分中，将日本外侵的理由、路线、步骤及最终目标等都逐一加以说明。佐藤宣称：“皇大御国乃大地最早创建之国，为世界万国之根本”，因而有权迫使各国向“皇国”日本称臣。他强调：“皇国欲开拓他国，必先从吞并中国开始”；“当今最易被皇国攻取之地，莫如中国的满洲”；欲夺取满洲，则应先攻占黑龙江流域，再南下松花江、盛京，继而兵进山海关，占领江南；一旦“将中国纳入日本版图，其他如西亚、暹罗、印度诸国”必“慕我之德，畏我之威，叩首匍匐而甘为臣仆”。
百余年以后，据传由当时的首相田中义一呈交给天皇裕仁的密件“田中奏折”被曝光，国际舆论为之哗然。如果将两个文件加以比较，则后者的“如欲征服中国，必先征服满蒙；如欲征服世界，必先征服中国；若中国被我完全征服，其他如小亚细亚、印度、南洋各民族，必敬畏我国而降伏于我”
的侵略方针，不仅在思路上与前者如出一辙，而且在措辞上居然也大同小异。这种相似性，可以为探讨“田中奏折”的真伪提供个案研究对象。
经世学派在总体上为近代日本进攻型的国家发展战略提供了若干思想素材，如外侵的武力手段、路线图、终极目标等。近代日本迅速崛起的主要原因之一，在于明治政府登台伊始就制定了适应当时国际形势的国家发展战略。进攻型国家战略的制定，又同经世学的先期探索有着密切的联系。
总之，江户时代学派的活跃，为近代日本的发展积蓄了新兴知识分子人才，提供了外向型国家战略的思路，这是幕府时代为明治维新留下的一笔丰厚的思想遗产。