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殖民时期的最大事变，是爆发于1676年弗吉尼亚的培根起义。这次起义的领导人，名叫纳萨尼尔·培根，是一位英国乡绅的后裔。这次起义，典型地反映了北美殖民地的社会关系和矛盾，以及这些矛盾的性质。
这次起义的原因，主要是由于航海条例的实行，殖民地主要种植物在国际市场上滞销，为买回国王恩惠的自由而加在殖民者头上的税收增长，殖民地的自治权被资产阶级的腐朽所嘲弄，大批小农破产。因此，起义带有很强的自发性和群众性，并反映着殖民地大多数人的思想和情绪。
当时任弗吉尼亚总督的威廉·伯克利（William Berkeley）是在38年前由英王查理一世任命的。他曾是英国“秘密会议”的成员，英国内战爆发时他上任不过几个月。1644年夏，当查理一世在康沃尔击败国会军时，伯克利和国王在一起。后因殖民地发生印第安人大屠杀，才于1645年6月返回殖民地。当查理一世被处死后，他宣称查理二世为国王。1652年，当国会的舰队航行到詹姆斯顿时，他集结了军队并准备顽抗到底。查理二世在英复辟后，一度辞职的伯克利再度成为总督，并解散殖民地代议制政府。他是一位顽固的保王派。
在复辟期间，弗吉尼亚长期国会中有议员30名，其中6名上校、2名中校、1名少校、14名上尉，他们被授予2000—30000英亩不等的土地。1675年，众议院议长获得了15000磅烟草，每个议员获得了15000磅烟草，开会期间的总花费达539390磅烟草。征税员的薪水也获得了增加，总计花费达1601046磅，平均每户要出资150英镑。所有这些，都加重了殖民地移民的赋税，引起了民众的不满。
1660年前夕，弗吉尼亚人与荷兰人之间有大规模贸易，弗吉尼亚用烟草交换荷兰的手工艺品，给殖民地带来了巨大财富。但英国航海条例出台，要求从殖民地出口的烟草，必须运到英格兰及其他的领地，而殖民地所需要的工业品，必须从英国进口。荷兰给殖民地的烟草支付每磅3便士，而现在它在英国每磅只能卖半便士。一个收获1000磅烟草的种植者，在航海条例颁布前可获12镑收入，在航海条例通过后能收入45先令就算不错了。1667年的英荷战争波及北美，荷兰战舰开到北美海域，殖民地运送烟草的船只，9／10被荷兰人俘走。
殖民地的许多土地，本来已被总督授给亲信和官吏。在查理二世复辟后，又发专门的土地授予令，位于波托马克河和拉帕汉诺克河之间的大量土地被授予了阿克顿伯爵和卡尔佩珀子爵，此专利权不仅包括以前授予的土地，而且包括了其余全部殖民地。在这种状况下，殖民地派出了自己的代理人，在英国与当局进行了艰苦的谈判，虽然最终迫使两人放弃了他们的专利，但在执行中却受到了种种阻碍。所以，当国王宣布撤销其授权时，培根领导的起义也终于爆发了。
起义的导火线，是对印第安人的战争。1675年夏，一些住在波托马克河北岸的萨斯奎哈纳族人，渡过波托马克河杀死了一些居民，抢了一些物品后返回了马里兰。培根虽是殖民地参议员，属上流社会的一员，但他曾被印第安人赶出了种植园，印第安人还杀死了他的管理人，因此很自然地成为当地民众武装的领袖，被要求带领他们去攻击印第安人。而总督伯克利最初认为，萨斯奎哈纳族人的暴行是由别人挑起的，拒绝派兵镇压这些印第安人，导致培根擅自向印第安人进攻。虽然培根取得了胜利，但培根及其追随者背叛了和印第安人的同盟，伯克利宣称：“培根和他的支持者是非法、反叛和造反”，并悬赏捉拿培根甚至要他的人头。这样，这次对印第安人的战争，后来就演变成反抗殖民当局的起义。这次起义的追随者，主要是受到印第安人威胁，但又得不到殖民当局保护的边疆自由人。
在起义过程中，培根曾设法使殖民地议会通过了一部《培根法》，此法给所有自由人以选举权，给选民在地方法院讨论征税时以代表资格。它结束了自己维持的教区会，规定了治安官、征税员和其他官员的报酬，规定治安官任职不得超过一年，任何人不得同时占据忏悔官、法院成员、测量员或土地回收人中的两个职位，参议院成员得辞去宪法院的席位。此法成为弗吉尼亚自治政府发展中的界标，但被总督和国王所否决。
培根发表宣言，宣布伯克利及其同伙为“卖国贼”，并威胁要没收他们的财产，除非这些人在4天之内投降。其后，他又召集大约70名当地重要种植园主开会，并要求他们向他保证3条：参加他反对印第安人的行动，阻止任何企图反对他的人，反对任何派往弗吉尼亚的英军。结果，虽然许多人表示反对最后一条要求，但仍有不少于69人签字。在培根的率领下，起义者逐渐向弗吉尼亚首府靠拢，总督伯克利不得不从詹姆斯顿撤退。1676年9月17日培根的人占领了詹姆斯顿，并放火烧毁了这座首府。之后，培根穿过约克河，把总部设在科隆尼尔·奥古斯丁·沃纳，并迅速控制了河东岸以外的整个弗吉尼亚。这时，培根下令渡过切萨比克湾，企图抓获总督伯克利，但未成功。1676年10月26日，培根病死于赤痢，起义军随之瓦解。
这次北美殖民地历史上最大的起义，深刻地暴露了殖民地社会内部的矛盾，并第一次给英国的殖民统治以打击，英王不得不命令伯克利返回英国。伯克利于1677年7月13日死去。