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《奏定大学堂章程》与《钦定京师大学堂章程》的巨大差别，不只在于突出文学课程的设置，更在于以西式的“文学史”取代传统的“文章流别”。后者对“词章”课程的说明，只有“中国词章流别”六字；前者则洋洋洒洒两千言，除总论性质的“中国文学研究法略解”外，各门课程均有具体的提示。如“历代文章流别”：“日本有《中国文学史》，可仿其意自行编纂讲授”；“历代名家论文要言”：“如《文心雕龙》之类，凡散见子史集部者，由教员搜集编为讲义”；“周秦诸子”：“文学史家于周秦诸子当论其文，非宗其学术也，汉魏诸子亦可浏览”。
1903年颁布的《大学堂章程》，在“文学科大学”里专设“中国文学门”，主要课程包括“文学研究法”、“《说文》学”、“音韵学”、“历代文章流别”、“古人论文要言”、“周秦至今文章名家”、“四库集部提要”、“西国文学史”等十六种。其中最值得注意的是，要求讲授“西国文学史”，以及提醒教员“历代文章流别”一课的讲授，应以日本的《中国文学史》为摹本。此前讲授“词章”，着眼于技能训练，故以吟诵、品味、模拟、创作为中心；如今改为“文学史”，主要是一种知识传授，并不要求配合写作练习。《大学堂章程》对此有所解释：
博学而知文章源流者，必能工诗赋，听学者自为之，学堂勿庸课习。
大学“勿庸课习”诗赋，中小学又有“学堂内万不宜作诗，以免多占时刻”的规定
，长此以往，不待五四新文化运动兴起，传统诗文在西式学堂这一文学承传的重地，已必定日渐“边缘化”。诗文一事，虽说“诵读既多，必然能作”；但学堂之排斥作诗，将文学教育界定为“文章流别”之分疏或“文学史”的讲授，我以为，此举更接近日本及欧美汉学家的研究思路。
西式学堂的文学教育，不再以《唐诗别裁集》或《古文辞类纂》为意，那么，学生该如何在茫茫书海里获取所需知识？总不能再要求他们在《四库》、《七略》中自己求索。时人比较中西教育之异同，对外国学堂皆编有“由浅入深、条理秩然”的教本大为欣赏，以为可省去学生许多暗中摸索的工夫
。可是，一到具体落实，依旧阻力重重——尤其是大学文科教材的编纂。
1898年，负责筹办京师大学堂的管学大臣孙家鼐，便主张“编书宜慎也”。“西学各书，应令编译局迅速编译”，这点孙大臣没有异议；至于中学，经书部分“仍以列圣钦定者为定本”，史学诸书则“前人编辑颇多善本，可以择用”。但这一说法，明显不能成立。中国人之自编适应中小学学制需要的近代意味的教科书，始于19世纪90年代
。至于尚在创设阶段的大学堂，哪来“颇多善本”的教科书？其实，孙大臣担心的是，教科书的编写，使得“士论多有不服”。以教科书的编纂比附王安石的“创为三经新义，颁行学宫”，以为会导致“以一家之学而范围天下”
，孙大臣明显误解了西式学堂里教科书普及知识的功能。
1902年，张百熙执掌大学堂，重提教科书的编纂。西政、西艺，以翻译为主，只需删去“与中国风气不同及牵涉宗教之处”；反而是有关“中学”的教习，找不到适用的教材。之所以急于将浩如烟海的“百家之书”，“编为简要课本，按时计日，分授诸生”，目的是：
欲令教者少有依据，学者稍傍津涯，则必须有此循序渐进由浅入深之等级。故学堂又以编辑课本为第一要事。
依此思路，京师大学堂除采用编书局所译之教本外，也要求各科教习自编讲义。国人编纂的大学堂讲义，历经岁月沧桑，现在存留下来的数量不多，只有张鹤龄编《伦理学讲义》、王舟瑶编《经学科讲义》与《中国通史讲义》、屠寄编《史学科讲义》、邹代钧编《中国地理讲义》，以及陈黻宸编《中国史讲义》等寥寥数种
。最后一种之所以“残缺不全”，据说是因“提倡民权”而遭到焚毁
。
京师大学堂的讲义，不只使用于校内，还可能传播到全国各地。如国文科教员林传甲的《中国文学史》，1904年的原刊本难得一见，而1910年武林谋新室的翻印本则流传甚广。深入解剖林著，对我们理解京师大学堂的教科书建设，以及新学制下的文学教育，将是不可多得的范例。
作为第一部借鉴和运用西方文学史著述体例撰写的《中国文学史》，林传甲此书历来备受关注
。既是“开山之作”，缺陷在所难免，论者往往宽厚待之，甚至努力发掘其实际上并不存在的“自创体例”与“独出机杼”。《大学堂章程》的提醒，以及林氏的自述，使得世人较多关注此书与其时已有中译本的《历朝文学史》（笹川种郎作）的关系。这自然没错，只是林著对于笹川“文学史”的借鉴，尤其是将其改造成为“一部中国古代散文史”
，并非一时心血来潮，而是大有来头。
林著共十六篇，各篇目次如下：一、古文籀文、小篆、八分、草书、隶书、北朝书、唐以后正书之变迁；二、古今音韵之变迁；三、古今名义训诂之变迁；四、古以治化为文、今以词章为文，关于世运之升降；五、修辞立诚、辞达而已二语为文章之本；六、古经言有物、言有序、言有章为作文之法；七、群经文体；八、周秦传记杂史文体；九、周秦诸子文体；十、《史》《汉》《三国》四史文体；十一、诸史文体；十二、汉魏文体；十三、南北朝至隋文体；十四、唐宋至今文体；十五、骈散古合今分之渐；十六、骈文又分汉魏、六朝、唐、宋四体之别。对照《奏定大学堂章程》，不难发现，此十六章目，与“研究文学之要义”前十六款完全吻合。至于后二十五款，牵涉古今名家论文之异同、文学与地理之关系、有学之文与无学之文的分别、泰西各国文法的特点等，与“文学史”确实有点疏远，不说也罢。
对此写作策略，林著《中国文学史》的开篇部分其实有相当明晰的交代：
查《大学堂章程》中国文学专门科目所列研究文学众义，大端毕备，即取以为讲义目次。又采诸科关系文学者为子目，总为四十有一篇。每篇析之为十数章，每篇三千余言，甄择往训，附以鄙意，以资讲习。夫籀篆音义之变迁，经史子集之文体，汉魏唐宋之家法，书如烟海，以一人智力所窥，终恐挂一漏万。诸君于中国文字，皆研究有素，庶勖其不逮，俾成完善之帙。则传甲斯编，将仿日本笹川种郎《中国文学史》之意以成书焉。
此乃作者最初的设计，希望亦步亦趋，让“章程”的四十一款款款得到落实。可在实际写作过程中，因担心体例过于紊乱，放弃了后二十五款。讲义刊行前夕，作者撰写“题记”，对其“大胆取舍”做了辩解：“大学堂‘研究文学要义’，原系四十一款，兹已撰定十六款，其余二十五款，所举纲要，已略见于各篇，故不再赘录。”
其实，在已知的京师大学堂讲义中，林著堪称遵守章程的模范。王舟瑶、屠寄、陈黻宸、邹代钧等人讲义的章节安排，均与《大学堂章程》有很大出入。或许，这正好说明了其时“文学史”研究“妾身未明”的尴尬位置——既不像“经学”那样标准自定不待外求，也不像“地理学”那样基本取法域外著述，于是，只好照搬现成的大学堂章程。
正因如此，谈论林著之得失，与其从对于笹川著述的改造入手，不如更多关注作者是如何适应《大学堂章程》的。比如，常见论者批评林著排斥小说戏曲，可那正是大学堂章程的特点，林君只是太循规蹈矩罢了。还有，林著的论述大都蜻蜓点水，几无任何独创性可言，这也与其“依样画葫芦”的论述策略大有关系。而“每篇自具首尾，用纪事本末之体也；每章必列题目，用通鉴纲目之体也”，以及全书章节匀称，每篇字数相当，更是为了便于讲习。说到底，这是一部普及知识的“讲义”，不是立一家之言的“著述”——时人正是从这一角度接受此作的。
与林氏同在京师大学堂任教的“东文兼世界史、伦理、外国地理、代数、几何教员”江亢虎（绍铨），对“年二十，著书已等身”的作者之“奋笔疾书，日率千数百字，不四阅月《中国文学史》十六篇已杀青矣”，实际上颇有微词。强调此书不同于古人“瘁毕生精力”之“著述”，只是为了便利初学而写作：
况林子所为，非专家书而教科书，固将诏之后进，颁之学宫，以备海内言教育者讨论焉。其不可以过自珍秘者，体裁则然也。
区别“教科书”与“专家书”，这是个很有意思的提法。此后百年，中国学者热衷于撰写无数大同小异的《中国文学史》，很少人认真反省这一著述本身的内在限制，使得“教科书心态”弥漫于整个中国学界
。鲁迅说“我的《中国小说史略》，是先因为要教书糊口，这才陆续编成的”
，这话一点不假。假如没有“教书”这一职业，或者学校不设“文学史”这一课程，不只鲁迅，许多如今声名显赫的文学史家都可能不会从事“文学史”的著述。一直到今天，绝大部分《中国文学史》，都是应某种教学需要而撰写的。这种为“求教育普及之用”而撰写的文学史，是否真的如文学史家刘永济所称的，“直轮扁所谓古人之糟粕已矣”，尚可争议；但“文学史”的创制，乃“今之学制，仿自泰西”的产物
，这点倒是确凿无疑。
同是京师大学堂或北京大学的讲义，不见得非囿于“章程”不可。继林传甲而讲学上庠的，不乏艺高胆大的文人学者，其撰述也远比林著优秀。更重要的是，大学堂里的文派之争，直接影响了整个时代的文学潮流，甚至与五四新文化运动的兴起不无关系。