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《中医古籍医案辑成·学术流派医案系列》依据贴近临床、同类合并、参考中医教材教学大纲、利于编排、方便查阅的原则对医案进行分类与编排。
内科医案按肺系、心系、脾胃、肝胆、肾系、气血津液、肢体经络等排列。
妇科医案按月经病、带下病、妊娠病、生产与产后病、乳房疾病、妇科杂病等排列，并将传统外科疾病中与妇科相关的乳痈、乳癖、乳核、乳岩等医案调整到妇科，以满足临床需要。
儿科医案按内科、外科、妇科、五官科、骨伤科顺序排列。年龄限定在十四岁以下，包括十四岁；对于部分医案中“一小儿”的提法则视医案出处的具体情况确定。
外科医案按皮肤病、性传播疾病、肛门直肠疾病、男性疾病等排列。
五官科医案按眼、耳、鼻、口齿、咽喉顺序排列。
对难以用病名或主症分类，而仅有病因、病机、舌脉等的描述者，归入其他医案。
《学术流派医案系列》为全面反映各学术流派的学术成就，其著作中所摘录或引用其他人的部分医案采用“附”的形式也予以摘录。医案中的方药及剂量原文照录，不加注解。对于古今疾病或病名不一致的医案，按照相关或相类的原则，或根据病因病机，或根据临床症状，或根据治法和方剂进行归类。同一医案有很多临床症状者，一般根据主症特征确定疾病名称。
对因刊刻疑误或理解易有歧义之处，用括号加“编者注”的形式注明本书作者的观点。原书有脱文，或模糊不清难以辨认者，以虚阙号“□”按所脱字数一一补入，不出校。
原书中的异体字、古字、俗字，统一以简化字律齐，不出注。
原书中的药物异名，予以保留，不出注。原书中的药名使用音同、音近字者，如朱砂作珠砂、僵虫作姜虫、菟丝子作兔丝子等，若不影响释名，不影响使用习惯，以规范药名律齐，不出注。
本书采用横排、简体、现代标点。版式变更造成的文字含义变化，今依现代排版予以改正，如“右药”改“右”为“上”，不出注。
每个医案尽量标明出处，以助方便快捷查找医案原文，避免误读或错引。
对部分医案或承上启下，或附于医论，或附于方剂，或附于本草，或案中只有方剂名称而无组成和剂量，采用附录的形式，将原书中的疾病名称、病机分析、方剂组成、方义分析、药物用法等用原文解释，以便于更好地理解和掌握。附录中的方剂组成，是根据该医案作者的著作中所述该方剂而引用的，包括经方或名方。