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秦朝政权机构最高权力者为皇帝，皇帝下设三公（太尉，丞相，御史大夫）。
丞相下设中尉，九卿（卫尉，郎中令，太仆，廷尉，典客，奉常，宗正，少府，治粟内史）并管理下属各郡。
郡设郡尉，郡守，监察史。郡守管理下属各县。
县设县尉，县令，县丞。县令管下属各乡，乡下设游徼，三老，啬夫（管大乡），有秩（管小乡）。
三老管理下属各亭，亭设亭长。亭长管理下属各里，里设里长。
秦代职官图
秦朝中央官制的最大特征是皇权的至高无上。强大的君权以及对旧公族特权的不断削弱，也是秦国最后灭亡山东各国，统一中国的一个重要的原因。
秦王嬴政称始皇帝后，建立了由丞相、御史大夫、国尉、九卿等组成的中央政府，辅佐皇帝管理全国军政事务。
最高的行政官，上承皇帝诏命，下统百官，总揽政务。掌金印紫绶（《汉书·百官公卿表》：“相国、丞相，皆秦官，金印紫绶，掌丞天子助理万机。”）。秦国丞相之设始于秦武王二年，是年设左、右丞相。秦昭王三十二年，改相国。秦王嬴政未亲政时，以吕不韦为相邦，并置丞相昌平君，其间或左右二相并置、或设独相、或称相国。秦始皇统一全国后，定制置丞相一人，以李斯为之，秦二世诛李斯后，以赵高为相，因其为阉人而称中丞相。秦制，出任丞相的人均受封侯爵。
秦创置御史大夫，掌监察百官，为副丞相。掌银印青绶（《汉书·百官公卿表上》：“御史大夫，秦官，位上卿，银印青绶，掌副丞相。”《通典·职官典二》：“秦无司空，置御史大夫以贰于相。”）。与战国时列国普遍设置的负责记录与档案管理的御史不同，秦国的御史专掌纠察百官，是中国古代专门监察官制度的发端。御史大夫属官有两丞，一为御史丞，为大夫之副；一为御史中丞。其中御史中丞因为统领侍御史和诸郡监御史，可以命令御史按章纠弹百官，权力尤重。
仰丞相政令，分掌国事。掌银印青绶。九卿之属有负责皇室事务的如奉常，有负责国家政务的如廷尉。
卫尉 掌皇宫诸门屯兵。属官一公车司马令，凡吏民上书、四方贡献、朝廷征召等按法律要用公家车马，公车司马令即掌其事；属官二卫士令统领诸宫门卫兵。
郎中令 掌殿中议论、宾赞、受奏事、宫廷宿卫之事（《秦会要》：及主诸郎之在殿中侍卫，故曰郎中令）。郎中令的属官有负责议论的大夫；负责宾客迎送、接受群臣奏事的谒者；供奉宫廷、等待受职的诸郎；以及期门、羽林等禁卫军。
大夫， 为专门的谏议官，无定员，有谏议大夫、太中大夫、中大夫、谏大夫等各类官称（《齐职仪》：秦置谏议大夫，掌议论，无常员，多至数十人，属郎中令）。
谒者， 掌殿廷朝会礼仪、接受臣民章奏。置七十人，秩六百石。秦朝的谒者也常常作为朝廷的专使出外处理临时公事。
郎， 为待选之官，有评议国事的议郎，有陪侍皇帝车驾的中郎、侍郎等，无定员，除授常达千人之多。《汉书·百官公卿表》记载，议郎，中郎秩比六百石，侍郎秩比四百石，郎中秩比三百石。中郎分统于五官中郎将、左中郎将、右中郎将，郎中分统于车郎中将、户郎中将、骑郎中将。郎一般取自公卿等官僚子弟，一方面作为皇帝的扈从，一方面学习政务，是秦汉之际出仕的重要途径。
仆射， 原为战车上的射手。秦朝则侍中、尚书、谒者、博士等官署皆置，为本署副长官，长官为令。《太平御览》卷二百零一：“秦汉之世，委政公卿，尚书之职，掌封奏，令赞文书，仆射主开闭，令不在，则仆射奏下其事。”
太仆 本为周朝官职，秦朝沿置，掌皇家车马。赵高出任郎中令之前任此职。
廷尉 最高司法官，属官有廷尉丞。廷尉署有狱，称廷尉狱，大臣有罪则下廷尉狱。
典客 掌诸侯与少数民族部族首领朝觐事务、接待诸郡县上计吏。属官有行人，备临时差遣远方。
奉常 掌宗庙祭祀礼仪（《通典·职官七》：“奉常，周为春官宗伯，掌邦礼，秦改奉常。”），银印青绶、秩中二千石（九卿皆同）。属官有负责宫廷音乐的太乐；负责太庙祭祀事务的太祝；负责皇帝饮食以及祭祀用食物供奉的太宰（与周朝的太宰不同）；负责管理巫医的太医；负责观察天时星象兼皇家史官的太史；负责应皇帝诏命进行卜筮太卜。
宗正 又称宗令，掌皇族亲属及登记宗室谱牒。皇族宗室有罪，则绝其属籍。属官有宗正丞。
少府 掌皇帝私产，照料皇帝日常生活起居。属官有：
御府令、御府丞， 掌皇帝服饰织造与保管；
尚冠令、尚冠丞， 掌皇帝各种礼服所需的皇冠；
尚衣令、尚衣丞， 掌服侍皇帝更衣；
尚食令、尚食丞， 掌服侍皇帝饮食；
尚沐令、尚沐丞， 掌皇帝洗浴；
尚席令、尚席丞， 掌皇帝就寝用具；
尚书令、尚书丞、尚书仆射， 掌宫中文书发启、呈送皇帝；
太官令、太官丞， 掌烹调皇帝饮食，主御膳食；
宦者令， 掌宫中诸宦官；
中书谒者令、中书谒者丞， 掌内宫导引、接待、典仪等，以宦官充；
太医令、太医丞， 掌皇帝与后宫医药；
都水长、都水丞， 掌诸郡县水利事务，在各重要水系都派驻官署；
乐府令、乐府丞， 掌宫廷音乐的排练、演奏、整理，以及音乐艺人的管理；
永巷令， 掌后宫宦官、宫女的生活，以及宫人犯罪的惩处。
少府的这些属官中，尚书、中书谒者两个官署对后世各个朝代的政制发展有深远的影响，其余诸“尚”后转为女官。
治粟内史 掌诸谷物、金玉之贮，相当于国库司库。属官有太仓令、太仓丞，掌国库中粮食的贮存；有平准令、平准丞，掌京师及诸郡物价（《通典·职官八》）。
掌银印青绶。列卿之属有中尉、将作少府、典属国、内史、主爵中尉、詹事、将行。
中尉 掌京师治安、兼管消防，是京城的卫戍长官。中尉署有丞、左右中侯、千牛等官佐。属官有武库令、武库丞，掌军器制造、贮存；有静室令，皇帝出巡时负责担任清道夫。
将作少府 掌皇宫等公共建筑事务，本署有两丞，左右中侯。属官有石室令、东园主章令、主章长、左校令、右校令、前校令、后校令、中校令。石室掌建筑石料、东园主章令掌木匠、主章长掌伐大木、五校掌营建。五校所属多为刑徒。
典属国 专掌召抚西南诸夷。
主爵中尉 掌诸侯以下诸爵的封赠及宾客祭祀飨食等事务。
詹事 太子卿，掌太子家，统领太子宫臣，秩二千石，詹事丞副之。属官有：
太子家令， 掌太子家刑罚、饮食、仓储、奴婢等事；
太子率更令， 掌漏刻、礼乐等；
卫率， 掌太子侍卫；
中庶子， 侍从太子；
太子舍人， 掌太子文书；
太子洗马， 太子出，则洗马为前驱；
少庶子， 掌太子诸庶务；
太子仆， 掌太子家车马。
秦朝虽然详细设置了太子宫官，但却未正式册立过太子。
将行 掌皇后礼仪。
皇后卫尉， 掌皇后卫队；
皇后少府， 掌皇后私人事务；
皇后少仆， 掌皇后车马。