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这位极具天赋的乡下男孩虽然热衷于制造种种器具，但却在郁郁寡欢中度过了青少年时代。1662年5月底，牛顿用速记法记下了他在前十年中犯下的所有罪行；有一小段时间，他还记下了自己在剑桥的所有不端行为。虽然拿“清教教义”这个词来形容牛顿信奉的宗教教义是完全不当的，但如果用与这个词相关的那些激进的新教伦理价值观来形容这些条目所反映的牛顿，则是再恰当不过的。牛顿记下的许多罪行都是他在虔诚的基督徒理应休息的安息日（“主日”）所做的一些事情。在17世纪50年代的许多个星期天，他要么读一本无关紧要的书，要么在小教堂中吃一个苹果，要么做一个滑键、一个钟表、一个捕鼠器或搓一截绳子，在晚间还会做一些馅饼。牛顿承认在上帝之日有过“无聊的谈话”，所以他也会在不经意间听到并记下许多训诫，这是不足为奇的。牛顿还写道他有一次完全错过了礼拜仪式。有时候，他将心思用在学习和钱财上，更喜欢“世俗的东西”，而没有将上帝放在心上。的确，牛顿记下的许多罪行都涉及他没能像一个虔诚的人那样生活的情形。“因为没能按照自己的信仰生活”，而且“疏于祈祷”，所以他远离了上帝。他没做到为了上帝而爱上帝，没有达到“渴望”上帝规诫的程度。
有些小插曲与村里其他孩子的经历也没有什么不同。牛顿曾在另一个男孩的帽子中放大头针“戳”人家，妈妈让他回家时拒绝回家，藏有一把石弓却向妈妈和外婆撒谎说没有。在其他时候，他还会跟仆人“闹翻”。有关食物的罪行也很突出。牛顿从克拉克的继子爱德华·斯托勒那里偷过樱桃棒，从妈妈的食品盒里偷过李子和糖。他还承认在病中暴饮暴食，实际上，在他所列的在剑桥求学时所犯的罪行清单上，头几条就是暴饮暴食。第一张罪行单上的其他评语描绘了牛顿心灵的阴暗面。他用拳打过自己的一个妹妹，殴打过“多人”，还狠揍过爱德华的弟弟阿瑟·斯托勒。牛顿的单子上还有“有过不洁的思想，说过不洁的话，有过不洁的行为，做过不洁的梦”，但其具体含义不详。牛顿还悔恨地写道他曾通过“非法的途径”使自己摆脱“忧伤”，但其具体所指也不清楚。牛顿还记得自己曾“希望死亡降临到一些人身上，诅咒他们死去”。最令人震惊的是，他还隐约记得曾经威胁要将继父和母亲连同他们的房子一起烧掉。这些都表明牛顿怀有强烈的憎恨。牛顿还编了一份常用词名单，依照弗朗西斯·格雷戈里1651年的《简明名词词典》的样式按字母进行排序。在“父亲”、“妻子”、“寡妇”等词后，牛顿加了“私通者”、“娼妓”等词——这些词是格雷戈里的书中所没有的，可能表达了他对母亲和继父的看法。
牛顿的愤怒还体现在生活的其他方面。孔杜伊特对牛顿相当熟悉，他认为从学业生涯之初开始，牛顿就在怨恨之心和竞争之念这两大力量的驱使下，一门心思要超过其他所有人。牛顿经常会对孔杜伊特讲一件他进入文法公学不久发生的事情。这个故事可能与他对于狠揍阿瑟·斯托勒的“供认”有关。当时，牛顿是班上垫底的学生。有一天，在上学的路上，一个同学踢了牛顿的肚子。放学后，他就和这个攻击者在教堂墓地打了一架。虽然牛顿“没有对手健壮，但他斗志昂扬，意志坚决，一直打到对手停手求饶为止”。随后，在校长儿子的唆使下，牛顿还强行将对手的脸抵到教堂的侧墙上。从此以后，牛顿开始发奋努力，在学习上赶超对手，终于在成绩名次上排到了对手的前面。而且更绝的是，他还一举成了全校拔尖的学生。
牛顿的课外活动会对他的学习产生消极的影响。但是只要他愿意，他就可以随时捡起功课，一举超越同学。牛顿就有这种本事。斯蒂克利写道：“有时候，一些愚笨的男孩会在排名上超过牛顿，但这往往会激励牛顿加倍努力，反超他们。”校长约翰·斯托克斯好像在早期就发现了牛顿的天赋。他曾经温言劝告牛顿以功课为重，但仍然无法让这个少年放开手中的锤子和锯子。可是，到了1659年下半年，牛顿的母亲决定让牛顿辍学，回家料理自家的庄园，并让一位可靠的仆人照看着牛顿。尽管如此，牛顿还是痴迷于制造水车与其他模型，而且一读起书来就会忘掉一切，根本无法胜任料理庄园的任务。他负责照看的牛羊会闯进附近的田地。有记录表明，这年10月他还因此被罚过款。牛顿还常常忘记吃饭；用斯蒂克利的话来说，“他整个心思都扑在哲学上了”。
各种传记在写到牛顿此时的发展时，都不再将他描写成一位极具天赋的技工，而会开始将他描绘成一位超脱的学者。后来，有好几样不同的证据表明，到牛顿前去剑桥求学的时候，他已经因自己超脱的行为或“愚钝的”行为而闻名乡里了。作为家务管理者，牛顿的确不可救药。他会贿赂仆人来代替他，而本人则跑到上学时寄宿过的那间阁楼里去寻求学者式的避难，全神贯注地阅读堆放在那里的医学书籍和科学书籍。在其他时候，他干脆就躺到篱笆或树下看书。还有一次，他拉的马挣脱了笼头，而他却一个劲地埋头看书，走了好几英里路都没有觉察。牛顿的母亲“对他的这种书生气怒不可遏”，而仆人们则称他为“一个傻小子”，认为他“永远都不会有什么作为”。
这时，校长斯托克斯向牛顿伸出了援手。斯托克斯告诉汉娜，牛顿极具天赋，不应埋没于“乡村俗务”中。他看到了“这个少年的非凡才能，惊叹于他的惊人发明、心灵手巧以及远远超过他的年龄的奇妙洞察力”。他还告诉汉娜，牛顿“将成为一位非常了不起的人”。斯托克斯还提出愿意免除牛顿的膳食费，这一点可能是促使汉娜同意儿子返回文法公学、预备上大学的关键因素。牛顿于1660年秋返校，并接受了拉丁语和希腊语的额外训练。在牛顿毕业离校的那一天，斯托克斯为他举行了一场激动人心的欢送会，据说还让学校的其他学生热泪盈眶。不过，斯蒂克利写道，仆人们可没有感受到这种情感，他们断言牛顿“一无是处，只配上上大学”。