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然而，《菊与刀》的故事并非仅限于此；在该书的对象国日本，它演绎的传奇别开生面。1946年11月该书出版后，驻日本盟军最高司令官委托日本学者进行翻译。两年后的1948年，该书由日本学者长谷川松治完成翻译并出版，随即引发日本国民的阅读与讨论热潮，并多次再版。1967年，译者重新修订了译文，作为“现代教养文库”的一本由社会思想社出版。2005年，日本著名的“讲谈社学术文库”取得版权，继续出版发行。2008年，日本光文社将其作为“光文社古典新译文库”的一种，出版了由角田安正翻译的新译本。角田是日本防卫大学的教授，专攻俄罗斯研究。据“译者后记”所言，这位俄罗斯专家翻译《菊与刀》的契机正是该书新近出版了俄语译本。不过，该版本腰带上写的“盼望已久的新译！”更让读者注意乃至感慨：时隔六十年后，日本第二个版本终于姗姗来迟。
与版本稀少的状况相比，该书发行量似乎更能说明问题——截至2008年角田的新译本出版时为止，据统计，长谷川松治的译本发行量超过了两百万册；该书对日本国民的影响由此可见一斑。
实际上，早在1947年，日本学者鹤见和子就在左翼刊物《思想》（4月号）上率先发表书评“《菊与刀》：美国人眼中的日本道德观”，向日本学界介绍了该书的主要观点。《菊与刀》日译本出版后，日本知识界开始了对它历时漫长的评论、讨论与研究，迄今不绝如缕。在1950年《民族学研究》（第14卷第4号）特刊中，当时声望如日中天的数位学者，比如民俗学家柳田国男、哲学家和辻哲郎、汉学家津田左右吉等纷纷发表评论，盛况空前。其后，直接或间接讨论该书的论文与著作层出不穷。比如作为单行本，在二十世纪八十年代出版有《日本文化论试论：阅读本尼迪克特的<菊与刀>》，九十年代出版有《<菊与刀>的新解读方法》等。
另外，外国学者研究《菊与刀》的作品也得到了日本学者的关注。比如，美国学者道格拉斯·拉米斯的批判性著作《内化的外国——<菊与刀>再考》（1981年）得到了翻译出版。在该书中，拉米斯批评本尼迪克特仅凭借诗人的直观写作，因而认为《菊与刀》不是根据确凿的学术研究作品。拉米斯还率先指出本尼迪克特犯了“自民族中心主义”的错误；在这个意义上，他被认为早于后来大名鼎鼎的文化批评家爱德华·赛义德，开启了此后以揭露“自民族中心主义”为主旨的文化研究的先河。拉米斯的观点在日本引发了正反两个方向的争论，至今不休，但否定性的意见居上。
其实，日本学者对《菊与刀》的内容褒贬亦始终不一。比如，作为批评性的观点，前面提到的和辻哲郎指出，如果给“日本人”加上限定，诸如“日本军人的思考方法”、“日本俘虏的思考方法”等，那么本书所说的“日本人集团”就可以获得一定程度的理解与认可。然而，该书将历史、地区、集团、阶层等因素一概排除在外，采取了一种整体主义的视角，讨论了一般化的日本人，因而书中的“日本人的思考方法”、“日本文化的类型”这些说法就过于暧昧了。这种批评颇具有代表性，毕竟，任何对一般化的“日本人”的描述都很容易将现实中的个体脸谱化。
在众多的研究与评论中，森贞彦的解读尤其值得关注。在2002年刊行的《<菊与刀>新探》中，他分析了日本学者对《菊与刀》的各种典型误解，进而对该书进行了全面的辩护。比如，“菊”被解释为“掩饰起来的意志的自由”，而“刀”则象征着“自我责任的态度”。在接下来2003年出版的《孤儿<菊与刀>的感叹：学界巨头们犯的大错》中，作者将柳田国男、和辻哲郎、津田左右吉等学术巨人的评论放到了显微镜下，将他们的错误条分缕析。在他看来，这些巨人们仍未真正理解作者的本意。2004年，他继续推出新著《日俄战争与<菊与刀>：历史的新视点》。他依据自己对《菊与刀》的解读，以著名作家司马辽太郎的小说《坂上之云》为主要资料，重新分析了日俄战争中一些著名人物的行为方式。他认为自己依据《菊与刀》开发了一种新的历史分析方法，因而看到了迄今为止历史学家、社会学家所未见到的一面。2010年，作者再接再厉，出版了长达千页的《<菊与刀>注解》，完成了全新解释，并将日本的《菊与刀》研究推向了高峰。
这里要强调指出的是，一部由外国人撰写的讨论日本文化的著作持续得到日本学者的关注与讨论，这本身就构成了一种独特的日本文化现象。可以想见，《菊与刀》的传奇仍将在日本继续展开。