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六 督抚衙门改革：会议厅与幕职分科
在清代，督抚作为一省最高行政总管和监督官，由于其具有中央派遣大员的身份，处于居高临下控驭一切的地位。布政使与按察使虽是其属员，但均别署而立，各自承担一方面主管事务，受督抚监督和控驭。这种体制下的督抚衙门既无职能部门，也无辅佐官，与其商讨工作的只有属于私人关系的幕僚。鉴于此，有学者将督抚称为“独任之机关”。
晚清以来，督抚主掌一省地方的各项事务增多，权力由以监督控驭为主走向以主持各种新政事务为主，体现了由“虚”走向“实”的特点。这样，原有的体制不能适应，于是督抚纷纷设置局所以分管各方面事务；
另外扩大幕府，以集思广益，加强行政决策。局所的出现和幕府的扩大，都是督抚行政职能扩展和变化的表征。
1904年，湖南巡抚赵尔巽饬司道开设议事公所，定章14条，“一切应行新政事宜均就所中议办，先行选举议董，以投票多数为定，再行送由中丞核准，方得与议”，并分常会、特会。常会月朔举行，特会为有地方大事或巡抚交议之件而设。
因资料缺乏，现在尚无法了解湖南议事公所的实际存在和运作情况，但它的出现，是将合议形式纳入督抚行政体制的最早实践。
1906年，出使德国大臣杨晟在条陈官制大纲中，提出省开设参事会的建议。该参事会以诸司及名誉职员组织之，另加派省中高等官吏参与之，而以督抚为会长。
“参事会”是杨晟“察内国之宜，略采外国之制”后提出的，说明当时官员们已注意到督抚行政体制与宪政不相吻合，并力图参照宪政体制，实行行政合议制度。
既然实行宪政的目标已定，那么，改革督抚制度就是必然的选择。1906年厘定官制大臣拿出两层办法电商各省督抚时，在第一层办法中提出了“同署办公”一法，即“合院司所掌于一署，名之曰行省衙门，督抚总理本衙门政务，略如各部尚书。藩臬两司，略如部丞。其下参酌京部官制，合并藩臬以外司道局所，分设各司，酌设官，略如参议者领之。以下分设各曹，置五品至九品官分掌之。每督抚率同属官定时入署，事关急速者即可决议施行，疑难者亦可悉心商榷，一稿同画，不必彼此移送申详”。并认为此法“与立宪国官制最为相近”。
然而多数督抚反对“同署办公”。
他们或认为同画一稿，会“轻重无别”，造成权限无分和互相推诿；
或认为同署办公虽“极为省便”，但人才缺乏，财力竭蹶，难以实行。
山东巡抚杨士骧则认为同署办公只适应于边疆“地僻政简”之省份，内地应“仍宜其旧”，“分署置事”，只在遇有疑难时，可随时会议。
还有的认为设立公署，分置各曹，办法虽好，但无经费则一切托诸空谈。
如果单从行政学的角度而言，“同署办公”本来是有利于建立统一的省级政府行政体系，有利于省级行政长官的集权的。但如此一来，将会有两方面重要影响：一是省级政府作为地方最高行政机关的形成；二是这种体制可能会改变督抚的权力行使。当时引发督抚直接反对的是后者。因为晚清以来，各省纷纷成立的局所皆由督抚直接领导，每有重要事件，均是由督抚与司局“着重之一二员或二三员便坐燕见”，“纵谈深透，反复筹思，乃能筹定一议”。
所以他们认为同署办公不仅会带来草率敷衍、牵制推诿的问题，而且会影响自身独断权力的行使，故而竭力反对。
但面临宪政的巨大压力，督抚衙门不能不改。江苏巡抚陈夔龙提出变通之法：“于院署设一议政公所，院司道局各官每日定时聚会，将各署局紧要事件公同议决施行。”
云贵总督丁振铎则认为，若同署办公，易使“坐言则应接疏而用力少，起行则应接密而用力多，一日之间，外交军政势必遍接各司，庞杂鞅掌，纵姿禀过人，几何不外强中干、架支度日也”。他建议，于院署设值班处，“司道以类相从，以序相及，务间日一周，重要者立禀商，届班则各司道率其属咸集，分稿为奏、为电奏、为札、为电报，一事同议，一议同决，一决同诺，此外无私谒”。
从“同署办公”到“设议政公所”、“值班处”，不仅仅是名称的改变，而是对督抚衙门的不同方向的改革。“同署办公”是将司道局所并入督抚衙门，分设各职能部门——司，公文“一稿同画”，这样一来，督抚衙门将成为一个内部结构层次复杂的实体，将向省级政府转化。而“议政公所”、“值班处”则只是一种临时性的合议场所，它是在不改变原有督抚衙门结构的前提下，通过行政合议办法，改变决策机制，改革幅度和对督抚的影响都小得多。
两人的建议启发了编制馆，遂采取成本最小的改革方案，“参照闽督丁（丁的电报是以滇督身份发的，此时已调任闽督——引者注）、苏抚陈之议，于院署设一议政处，院司道局各官定时聚会，将各署局紧要事件公同议决施行。”
这样，在随之草拟的《直省官制通则草案》中，将议政处改为会议厅，提出了“各省督抚应于本署设会议厅”的改革目标。
在次年7月公布的《直省官制通则》中，要求“各省督抚应于本署设会议厅，定期传集司道以下官会议紧要事件，决定施行。如有关地方之事，亦可由官酌择公正乡绅与议。”
依据这一规定，会议厅只是督抚与官员会商与决策紧要事件的地方，督抚衙门的改革只在行政决策层面上，由督抚的“独断”转成“行政合议体之制”。
较早设置会议厅的是安徽巡抚冯煦。1907年《东方杂志》有一则报道：
皖抚冯梦帅以续订直省官制抚署应设会议厅，特师其意，暂设立于本署，厅事自七月初一日起，每值刚日辰初至巳正，会现任司道以下及督练公所、营务处、警察局各总办、提调；柔日辰初至巳正，会各局所总办、提调，各学堂监督、提调。凡于地方行政有应决议者，则各衙门局所先开事由，复杂者用说帖单，简者用标目，所议政策有当时定议者，则立二簿记之，一存抚署，一存藩署，以待实行。有当时未议定者，亦记其往复辩难之故，以待再议。再议不决，则博访通才，旁采舆论，俾得所折衷以施行之。惟至星期则延在省之乡先生及列于学会商会者，咨询利病，斟酌损益，亦立簿以备采择，藉收集思广益之助。
这段记载详细说明了安徽会议厅的运作情况，安徽省抚署会议厅不仅具有决策功能，还有咨询作用。唯“行之未久，旋复中辍”。
同年10月，闽浙总督松寿也于督署设立“会议堂”，“召集官绅定期开会，藉以研究本省行政事宜”，后因筹办谘议局，该会议堂举行数次后停止。
其他各省多按兵不动。直到1908年7月清廷公布谘议局章程后，情况才有所变化。原因是章程第12条有：常驻议员受督抚召集的时候，“可至会议厅以备询考”；第26条规定，谘议局于本省行政事件及会议厅议决事件有疑问，可以呈请督抚批答。
这些规定都使会议厅与谘议局产生关联。而在此前一年的10月，清廷就谕令各省速设谘议局
。经过一年的筹备和选举，至1909年，各省谘议局开办在即，这使各省会议厅的举办也变得紧迫起来。在这种情况下，1909年三四月开始，先后有直隶、江苏、吉林、广东等省先后设立会议厅。江苏巡抚陈启泰在奏折中说：
宪政日有进步，民智不患不开，所虑者各属地方官吏政治上之识见迂庸，事实间之应付失当，则以其昏昏，使人昭昭，官与民将有冲突之损而无辅助之益，是则新政前途大可忧也。臣近年体察属吏情形，约有两弊：一则新政未能贯通，往往于札饬应办之件面从心违，以延宕为得计；一则办法未有条理，往往于严定限期之件潦草塞责，以敷衍为能事。此皆政策无统一、名实无综核之故也……臣窃以为谘议局未立之先，应亟遵照官制通则，参仿日本办法，传集地方官吏会议，俾宪政筹备事件得以整齐划一，不致参差。
出于对谘议局召开后民智将会大开，而官员则依旧识见迂腐，进而招致官民冲突的担心，督抚欲以会议厅谋求抵制，是他们突然对会议厅持积极态度的重要原因。
《东方杂志》就有评论云：“谘议局将开，官先开会议以谋抵制，亦一政界之进步。”
此时设立的会议厅组织中，以直隶较为完备。直隶会议厅以总督为议长，定期传集会议，以现任司道暨所议事件主管各局所总办为议员，“督宪得随时命幕僚为临时议员参与会议，但不得加入议决之数。如有关地方事务，亦可传集谘议局议员到场，以备询考”。所议事件包括“督宪交议暨谘议局议案，谘议局呈请裁夺事件，对于总督所提出谘议局议案得陈述意见，答申总督咨询事件，其他本省重要行政事件”。会议分定期与临时两种，定期会议于每年正月举行，集议全年政务，参与者为全体议员和本省各府直隶厅州地方官。临时会议由总督决定随时定期开议。议员议案要得总督同意后在开议前预先布告，由总督裁决施行。如所议事件与局所有关，局所总办始得参加。另设立办事处，分议事、庶务两课，设提调一员、书记若干员。
值得注意的是，直隶会议厅所讨论的内容已与先前安徽会议厅大不相同。安徽会议厅只是新政事项的讨论、咨询、决策场所，而直隶会议厅则把交付和讨论谘议局议案作为主要内容。总督杨士骧就说：“拟就臣署设立会议厅，饬拟章程定期集议，撮其大端随时编辑议案，以备谘议局提议之用。”
很明显，在杨看来，会议厅就是为指导和约束谘议局所设，这反映督抚对谘议局开办将会使民权（主要是绅权）高涨的担忧和警惕。与此同时，办事处和提调书记的设立，也使会议厅有了常设机构。所以，会议厅功能和组织的转变，始于1909年直隶会议厅。
但吉林巡抚陈昭常却不以为然。他认为，直隶江苏等省的会议厅“大都皆为筹办宪政及预备议案而设，与会议厅原制亦稍有不合。”会议厅不能仅办宪政，也不能仅是提出和审核谘议局议案，而应是一个如同内阁那样的行政决策机关。所以，他与司道反复筹议，“仿各国阁议制度，参以各省已办成规，特于公署设行政会议处，会议一切行政事宜，而宪政筹备即于此为总核之所。”
吉林的行政会议处议长为督抚，正、副议员由司道、旗务、蒙务处长官和熟悉法政的官员担任，由督抚委任。在会议程序上，“凡关系本省最重要之行政事件由督抚定期召集正、副议员开正式会议，凡得多数议员之同意者即由议长核定施行。”“寻常行政事件由督抚指交副议员一人或数人条议，呈候核定施行”。
具有鲜明的行政决策核心机构的色彩，同时也确保了督抚在行政合议中的核心地位。
江苏巡抚则依据日本明治八年及十一年的地方官会议来理解会议厅，“盖以为地方官者练习政治”，“筹画民政，以立议院始基”。会议厅讨论一切应行筹备及地方兴革之件，各属官吏可条陈所见，互相考究，议定后各回本治实力奉行。江苏会议厅以藩司为议长，以学臬两司为副议长，粮道及局所总办会办各府直隶州均与议为议员。会议采取四种形式：凡筹备新政及绅民条陈事件属“公议”，公同议决；凡关系机要紧急事件则属“密议”，举行特别会议议决之；凡关于各署局地方彼此交涉事件，则以“合议”公同议决；凡关于一署局地方疑难事件，则属“交议”公同议决。会期由“大会”（十日或半月定期举行）、常会（每月会议两到三次）、临时会（遇有事故特别召集）三种。
江苏巡抚虽不担任议长，但会议厅设于巡抚衙门，每次会议巡抚皆“亲临会场”，并亲自遴选两名参议官预备议案，居于掌控一切的核心地位。
到此时为止，已成立的会议厅在功能上的差别大致分二类：第一类如吉林、江苏，会议厅主要是行政议决机关；第二类如直隶等省，会议厅兼具行政议决和审查谘议局议案两种功能，并更强调以会议厅来指导、监督谘议局。这反映了督抚对会议厅的不同认知和偏好。
然而对许多督抚来说，当务之急是如何应对谘议局，如何通过对议案的操控，加强对谘议局的控制，所以，各省更愿意效法直隶会议厅规则和做法。督抚们对谘议局开办后民权高涨的担心也并非空穴来风。1909年各省谘议局召开后（新疆除外），出现多起与督抚冲突事件，使得督抚们大为反感（详见本书第三章）。1909年11月（宣统元年十月），翰林院侍读吴士鑑上了一份奏折，对谘议局的权限进行了猛烈抨击：
今就各省已开议之谘议局而论，督抚提议事件，谘议局驳回者每居多数，而谘议局提议事件，于督抚仅有交局复议、送院核议之权，是于“裁夺”二字之义未免名实不符，督抚实行监督上大有妨碍……现在官制未定，财政未理，谘议局所议事件既无一定之准则，安能尽见诸实行？况仓卒期间所选之议员，贤者固不乏人，然亦岂能一律骤假以民主国议院之特权？现在尚无对待之上议院以酌济之，其弊患何可胜道。愚臣一得之见，莫如以各省行政官之会议厅与谘议局作为对立，遇谘议局不应议决之议案，呈请督抚施行，即由督抚发交会议厅公同审查，说明原委理由，行局知照，不交复议。其应付复议者，仍照章办理。
宪政编查馆复议时除对《谘议局章程》有关条款进行解释外，认为吴折所提“以各省行政官之会议厅与谘议局作为对立”等语“不为无见”，又提出“会议厅第属行政合议体之制，而无审查谘议局事件之职，若将审查之权寄诸该厅，则非另行编制不可”，于是提出于会议厅内分设两科：一参事科，专司参议庶政施行之件；一审查科，专司审查谘议局议决案件，“呈请督抚裁夺施行者，由督抚发交该科公同审议，取决多数。”
吴士鑑奏折经宪政编查馆复议后，也就是1909年底至1910年，先后有贵州巡抚庞鸿书、两江总督张人骏、黑龙江巡抚周树模、江西巡抚冯汝骙、安徽巡抚朱家宝、山西巡抚丁宝铨、四川总督赵尔巽奏报成立会议厅，另有东三省总督锡良奏报奉天成立会议厅。在各省督抚的奏报中，都强调会议厅为与立法、司法分立的机关，并认为在各省谘议局已成立的情况下，设置会议厅有其必要性。黑龙江巡抚周树模说：“立宪首重分权，而大权统于行政，行政之要义专在执行，而执行之造端先由决议，故必有最高体制乃能统筹全局，定施政之方针必有合议机关乃能博采群言，收断行之效果。”
从加强行政权力的考虑，黑龙江参酌吉林的办法，成立行政会议厅。
从会议形式看，这一时期成立的会议厅大都分经常性会议与临时召集的会议两种，但名称不一。如黑龙江分通常、临时两种会议形式；
贵州则分通常、特别两种；
安徽分经常、临时两种；
四川分定期、临时两种。
在组织与职能方面，江苏以会议厅为议决机关，宪政筹备处为执行机关，“相辅而行”；
奉天则按宪政编查馆的新章分设参事、审查两科，“凡本省应行事件必须妥筹熟计者，隶参事科，凡谘议局呈请事件分别应行与否应复议与否、必须公同抉择者，隶审查科”。
四川虽没有明确分为两科，但将会议厅应议事件分成“执行事件”和“审查事件”两部分，“执行事件如整理庶政及预备发交谘议局议案等事”，“审查事件如审议行政诉讼及谘议局呈请施行等事”。
与其他省相比，四川会议厅更偏重对谘议局议案的审核和制约。
1910年9月，宪政编查馆鉴于各省会议厅“条例仍未能一律”，为收画一、整齐之效，拟订了《各省会议厅规则》。规则规定了督抚对会议厅人事的操控权：会议厅参事科人员均由督抚遴派之司道府厅州县官、各局所总办和幕职承充；审查科人员除由督抚遴充的司道暨府厅州县官、通晓法律人员或现任司法官承充外，还有本省士绅，由谘议局按照督抚所定原数加倍公推，再呈请督抚派充。
在职能方面，参事科以议决本省行政事件为主，审查科以审查谘议局议决案件为主。值得注意的是关于“本省单行章程”的规定。本来依据谘议局章程，谘议局有议决本省单行章程规则之增删修改的权力。但会议厅规则则规定：“凡本省单行章程提交谘议局以前，先由参事科核订”；谘议局通过的“本省单行章程规则”及督抚衙门训令，也要由审查科审查，“如有与国家现行法令抵牾之处，得呈请督抚核办”。这样，会议厅就有了凌驾于谘议局之上、对其立法工作进行事前核订、事后审查的最高权力。而“督抚之训令”一条，在直隶总督提出异议后，宪政编查馆马上表示：“审查科本属补助机关，与谘议局地位不同，督抚所发训令如有与国家法令抵牾情事，仍由督抚负责，其应付审查与否，自可由督抚酌量办理。”
督抚训令是否交审查科审查，完全由督抚自行决定。
在会议厅权限职能扩大的同时，还明确规定会议厅的会期由督抚指定、会议事件及其次序由督抚宣布、两科会议决议事件呈候督抚核夺施行。
这样，督抚不仅是会议厅的召集人，还是决议的最后决定者。之后，宪政编查馆又对督抚与两科关系解释道：“督抚对于两科议决事件不以为然，可另定办法，交令再议。”
督抚仍然具有最后的行政决断权。
此外，在行政审判厅未设以前，所有行政审判事件均归审查科处理。即具有行政诉讼的裁决权。当时已有官员注意到规则颁布后会议厅功能的变化，湖广总督瑞澂说：“是现在会议厅范围甚广，与官制通则原定仅属行政合议体之制迥然不同。”
在督抚处于行政核心的情况下，合议制如何运行，将会完全依赖督抚个人的偏好。
《各省会议厅规则》公布后，各省纷纷进行了改组，设置两科并制定细则，规定会议程序。但两科人员仍表现出差异。浙江参事科人员遴选司道府厅州县官各局所总办与幕职担任，审查科由司道分别兼充，并遴选府厅州县官通晓法律人员与谘议局公推复选之士绅组成；
陕西省参事、审查两科分别十五人，“就属僚幕职中资望允孚、品学兼裕者分别遴派充任”，审查科士绅则先由谘议局加倍公推，再由巡抚“复选五人派充”。
安徽参事科由巡抚遴派现任司道各局所总办和幕职充任，审查科由巡抚遴派司道以下官暨通晓法律者八员，由谘议局公推士绅遴派八员。
尽管人数和组成成员有差别，但除遴选司道局所人员外，还强调“通晓法律”，这对于行政决策的优化是有利的。
尽管1910年会议厅规则颁布后，各省会议厅功能发生变化，但其行政合议体制的引入，一省之重大事件必通过定期的或临时召集的各级官员开会讨论议决后施行的机制建立，对改变督抚的独断体制还是有益的。
但另一方面，会议厅功能的转化历程也表明，清末外官制改革的每一步，无不受相关利益者的左右和牵制。虽然标榜三权分立，但整个官僚系统并不希望民权（立法权）大于行政权；虽然想引入合议制度以改变督抚独断体制，但在督抚的具体操弄下，行政合议制度在运行中仍然受到督抚个人的牵制。
在督抚制度中，督抚衙门既没有分工的政府组织，也没有庞大的附属官员，督抚“署中一切案牍，自有幕友襄理”。
幕友是督抚自聘的助手，不属公职。如何聘幕友，聘多少幕友，仍是幕主自己的事。因此，幕府可以看作是一个非正式机构。
晚清以来，随着督抚权力的扩大，各种文书工作日益繁杂，督抚多札委幕友承担。如“张之洞莅鄂，废去聘请之幕宾刑名师爷，刑名、钱谷皆领以札委之文案，文案决事于本官”。
而经张之洞所札委的文案，多称“委员”。张之洞幕府中就有各种洋务委员、文案委员、矿政局委员、无烟药厂委员等。
札委改变了幕友与幕主之间私人性质的非正式关系，使其向正式的录用关系方面转化。与此同时，随着各种文案委员的设置，督抚衙门中逐渐形成了“文案处”一类的办公场所。
不过文案处并非正式机构，文案委员也多为幕僚，所以并未摆脱昔日幕府的缺陷，尤其晚清督抚迁调频繁，“入幕者大率随官移易，其势不能持久，不免视同传舍”，责任不能担当；即便有了文案处和文案文员，但具体办事仍依靠书吏，而督抚明知书吏之害，所以“姑念其熟悉成案，亦遂惮于改作”。
其种种弊端不仅影响吏治，而且影响行政效能。
上述变化虽体现出原有的督抚衙门制度在职能扩展的现实要求面前，不得不顺势而变的特点，但毕竟没有触动督抚行政制度。1906年出使各国考察政治大臣戴鸿慈等经过考察，眼界开阔了，对此别有一番新的认识：
各国官制，凡各衙署皆有主任官与辅佐官，主任官即一署之长官，辅佐官次于长官一等，承长官之指挥而辅佐其职权者也……各省督抚责任至重，藩、臬两司既各有职守，善后局、营务处等又各担一部分之责任，遂令督抚之下无一完全之辅佐官，至为可异。间有宏开幕府，妙选宾僚，虽亦稍收臂指之效，实则不受分毫之责。夫至任事而不受其责，则贤者或相率诿卸，而不肖者转得以营私，推至藩、臬、府、县各官，均有地方责任，亦皆独臂巨细，绝少分司，漏略阙疏，殊多未善。
该折提出的建议，是设参事以代幕僚，设秘书以代文案。至于各局所，除裁撤和归并外，存者悉为专官，并隶督抚。
出使大臣欲借鉴西方各国官署制度，以正式设置的参事、秘书等辅佐官取代非正式职官系列的幕僚和文案，以达“责任分明，诸务必举”之效，具有将督抚衙门科层化的意图，如能实行，将是对督抚衙门的重大改造。
1906年厘定官制大臣拿出外官改制方案会商各省督抚时，在省制改革中只提到“合署办公”和机构改革问题，并没有具体涉及幕府。但各省督抚回电中对于增设官员会加重经费困难、对于“骤然改制，恐致纷扰”的种种担忧，则使官制大臣不得不采取谨慎态度。报载：“现编制馆大臣会议谓，若强以为难，必至各省纷歧不一，或废而勿举，又使良法沮格不行。二者相权，惟有寓第一层宗旨于幕职之中，听督抚自行征辟。”
可见，实施幕职分科之制，是退而求次之法。
次年7月，《直省官制通则》经总核官制大臣奕劻等奏定后公布。其第4条为：“总督巡抚衙门各设幕职，佐理文牍，分科治事。”第5条规定的幕职员数、职掌为：“秘书员一人，承督抚之命，掌理机密折电函牍，凡不属各科之事皆隶。”设交涉科、吏科、民政科、度支科、礼科、学科、军政科、法科、农工商科、邮传科，每科设参事员一人，“承督抚之命，就主管事务，掌理各项文牍”，如事简者可酌量合并以一员兼任三科以下之事。另特别规定：“秘书员参事员不作为官缺，统由各省督抚自行征辟，无庸拘定官阶大小，但每年应将各员衔名及到差年月，分别奏咨存案。”秘书员参事员以下酌设助理及缮写人员，由各该省督抚酌定。
幕职分科既继承了原有的幕府办法，由督抚自行征辟，但又采用新的科层办法，对应中央部院和新政事务分设各科，用统一的规制将原来的人数不定的非正式的幕府改造为统一编制的幕职，使之各有职守，各有责成，改变了过去幕府“往往视为优游养望之地，漫无责成”
的状况，是督抚衙门的重要转变。
然而此一改革还有两点值得注意：一是此时的幕职分科与晚清以来督抚“札委”幕僚不同。“札委”是委任幕僚承担某一方面具体行政事务；而现在则是将幕职职掌限定在“佐理文牍”方面；“分科”则意味着掌理不同方面的文牍事务。也就是说，幕职实际是督抚衙门中辅佐督抚的办公机构。
二是幕职分科是对应中央部院而具体设置，而这种变化本身也是适应了晚清和新政以来督抚职权扩展的事实需要。其中暗含了一个事实：即在职权扩展的条件下，在中央不断下达指令，要督抚具体承担各种新政事务的情况下，督抚的职权越来越由“虚”走向“实”，督抚掌理的地方性事务日益增多，督抚作为一省之地方大吏的身份也日显突出，幕职分科实际也是适应这种变化的产物。
当然，由于实施还会遇到许多具体问题，所以各省实施幕职分科的时间拖得比较长。
各省的幕职分科表现出以下特点：首先，各省幕职多由文案处改设，但亦有不同情况。如广东将文案改为幕职，一切文牍电函均由总督“董率幕僚，手自撰拟”。
也就是说，广东是将文案幕僚转为幕职。也有的省保留了一部分旧有幕僚。如浙江增韫于宣统元年就任后，将巡抚衙门原有文案处改定幕职，设秘书参事助理各员。但由于有关词讼、田赋、官员升转之事属旧有的职能范围，所以仍然由原有的刑名钱谷幕僚办理。
还有的省是从各种候补或补用的道员、知府、同知、知县中遴选秘书员、参事员，并注意选用有所历练之人。如贵州巡抚庞书鸿认为：“欲求佐理行政机关，非延揽人才无以收集思广益之效”，所以选拔巡警道和知府各一员派充秘书员，各参事员也都从补用和实缺知州、知县中选拔。
其次，各省在设立幕职的过程中，在人员安排和内部机构方面对规则进行了一些变通处理。如江苏、山东、浙江、广东、贵州等省因秘书一人不敷任用，设置二名秘书官；安徽、江西、甘肃等省则设总秘书一名，副秘书二名；湖北除派二人为秘书外，还派四名参事兼任秘书。在科的设置方面，多数省设为十科，但也有减少或调整的。如河南巡抚因监管河工之事，所以专设河工参事一员；
广东交涉事务向由附设在督署的交涉局办理，所以不再另设交涉科参事。
黑龙江则增设旗蒙、边务两科，设参事6人，各兼两科之事。秘书、参事均从候补或补用道府州县等员中选拔。
最后，各省在设立幕职后，督抚署中开始出现“办公处”、“办公厅”作为幕职的办公之地。贵州设置办公厅后，要求幕职各员“逐日按定时刻由臣督同各幕职齐集办事，庶期昕夕讨论，案无留牍”。
江苏的办公厅也由巡抚“督同各幕职莅厅办事”。
然而因幕职与督抚的关系密切，所以在运行中不免会超越通则中“佐理文牍”的规定。就督抚本人来说，他们也更愿意把它看成“集思广益”之场所。河南巡抚宝棻就说，他到河南任职后，即将随带幕僚暨原旧在署人员遴委文案各职，“数月以来颇收集思广益之效”，故他所理解的幕职就有“赞助行政参预机谋”之责。
湖广总督瑞澂也说，湖北幕职所有各员“或随臣办事有年，学行俱堪取信，或由臣就地延访，资望亦属相孚，数月以来，臣遇事咨询，咸能称职”。
显然，瑞澂已把幕职视为个人的咨询机构了。
此外，在设置幕职分科的同时，一些省还裁撤衙门书吏，如浙江在裁撤书吏的同时，又对原有书吏进行考试，录用者为“录事”、“写生”。还革除书吏之私权规费，统一发给月薪。
广东裁撤书吏后又分别考核，“择其勤慎趋公者酌量留用，分隶各科，改称一、二、三等录事，其月给廪饩，以是为差”，
也就是以给予一定薪俸的录事等取代书吏。