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日本是岛国，但四大岛相对完整，之间的陆路交通也比较完备，所以选择乘坐渡轮的海外旅行者较少。除了宫岛等地必要的超短距离渡轮，以及在某些群岛地区深度旅行时必须乘坐短距离渡轮，很少有人考虑这种海上交通。
通往世界遗产严岛神社的超短距离渡轮码头。 |
熊本到岛原的渡轮行驶在蔚蓝的天地间。 |
其实，在日本选择中长距离渡轮不失为一种性价比很高的好方法，特别是夕发朝至的渡轮，将交通费和住宿费合二为一，有着和夜行列车、夜行巴士一样省钱省时的效果。如果时间充裕，也可以选择一些超长距离渡轮。
日本的中长距离渡轮主要有以下线路：
北海道小樽至新潟县新潟、京都府舞鹤；
北海道苫小牧至青森县八户、宫城县仙台、茨城县大洗、秋田县秋田、新潟县新潟、爱知县名古屋、福井县敦贺；
东京都至德岛县德岛、福冈县北九州、鹿儿岛县志布志、冲绳县；
大阪府大阪/兵库县神户至福冈县新门司、大分县大分/别府、香川县高松、爱媛县松山/新居滨/东予、鹿儿岛县志布志、宫崎县宫崎；
和歌山县和歌山至德岛县德岛；
爱媛县松山至福冈县小仓、大分县别府、广岛县广岛/吴；
鹿儿岛县鹿儿岛至冲绳县。
除此之外，各个海峡、海湾的中短距离渡轮也可以选择，如青森县青森至北海道函馆，不但省钱，还能增加旅行的乐趣。
渡轮的路线信息可以首先参考以下综合网站，再根据网站的介绍链接到具体的渡轮公司官网查看票价、时刻表、预约方式等具体内容。
日本长距离渡轮协会（日文）：www.jlc-ferry.jp
日本旅客船协会（日英双语）：www.jships.or.jp
日本的出租车不便宜，一般的旅行者很少用到。如从成田机场到东京市中心，一般需要2万多日元。如果4人短距离同行，可以考虑适当使用出租车，人均费用可能比公共交通便宜。各地的出租车价格不同，例如东京起步价为730日元，2公里后每280米加90日元；京都市起步价为610日元，1.7公里后每313米加80日元；大阪市起步价为660日元，2公里以后每296米加80日元。TAXISITE网站（日文）：www.taxisite.com
京都街巷里的出租车。
日本的出租车电招服务比较普遍，还有很多公司都提供包车观光的项目。