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首先来谈谈最关键的：如何查询轨道交通的路线、换乘方式和时刻表的信息。
无论JR、私铁还是地铁，都有官网可以查询相关内容，但都是相对独立的。旅行时往往需要在多家公司运营的线路间不断换乘，这里介绍一个能够查询全日本轨道交通信息的网站。
网址：ekikara.jp
这是一个日文网站，但不会日文也可以用。通过这个网站，能够计算出应该使用哪种交通PASS：在网站上查好单独票价，然后与PASS价格相对比即可。在日本旅行时，最好能够了解车站名称、列车名称和路线名称的准确日文写法，可以在问路时写在纸上给别人看。
接下来以搜索东京到京都的轨道交通为例，说明该网站的使用方法。
step1： 在页面左边栏的“乗り換え案内”，即“换乘指南”，输入出发地和目的地车站的名称，选择预计的出发或到达时间，点击检索按钮。车站名需要输入日文，如果中日文地名相同，如“京都”，则直接用中文输入法输入；如果日文地名为繁体字，如“東京”，则输入繁体字；如果地名中包含日文假名或中文没有的汉字，可以用日文搜索引擎找到该地名，复制粘贴即可。
step2： 进入条件选择页面，按需要进行选择。如果有多个车站名称中都含有第一步输入的地名，网站就会给出列表，供进一步选择。要特别注意乘车限制一栏，如果想检索新干线等快车，就要把“新幹線”和“特急”都选上，如果不想乘坐这样的快车，就不要勾选这几项。最后点击检索按钮。
step3： 如果在第二步中选择了“新幹線”和“特急”，就会得到这样的结果：
如果在第二步中没有选择“新幹線”和“特急”，而是选择慢车，则会得到这样的结果：
*如果查不到自己想要的车次或列车类型，可以多试几个出发时间。
*在日本乘坐各种轨道交通，换乘十分常见，同一家公司的线路换乘时就不用出站，直接按指示前往下一趟车停靠的站台即可，和乘坐地铁的换乘方式类似。
在日本旅行，轨道交通是最方便的交通手段，但也最让人抓狂,特别是第一次到日本的人。日本的轨道交通发达，运营方式也与其他国家存在很大差异。一般的国家只有城市间的“火车”与城市内部的“地铁”，最多再加上少量轻轨或郊区火车路线。日本不但有相当于国营火车的JR和各个城市的市营地铁、有轨电车，还有数家私营铁道公司。若干家公司共同在一个地区运营不同的线路，各卖各的票，各有各的特征，往往让旅行者一头雾水，不知所措。所以在去日本旅行之前，非常有必要系统地了解日本的轨道交通知识。
JR ，即Japanese Railway的缩写，日文发音“ジェーアール”，类似“杰阿鲁”。包括东日本、东海、西日本、北海道、九州和四国六大公司。
各JR分公司的官网如下，可以查到路线信息，包括时刻表、票价和优惠票的发售情况。
JR东日本（含中文）：www.jreast.co.jp
JR东海（日英双语）：jr-central.co.jp
JR西日本（含中文）：www.westjr.co.jp
JR北海道（含中文）：www.jrhokkaido.co.jp
JR九州（含中文）：www.jrkyushu.co.jp
JR四国（含中文）：www.jr-shikoku.co.jp
JR东日本包括关东地区和东北地区，JR东海是指中部地区，JR西日本则包括近畿地区和中国地区。
JR是“火车”，但日本环境特殊，铁路发展极其密集，JR早已成了像地铁一样的交通工具。对日本人来说，无论乘坐JR还是私铁、地铁，都叫乘“电车”。既可以乘电车上班，也可以乘电车出远门。对于旅行者也一样，在各大城市间乘坐轨道交通移动，JR是其中最重要的手段，东京、大阪等线路密集的城市，JR也是市区移动的重要方式。
根据速度，JR列车分类如下：
从松本前往长野的普通列车。
普通列车：又称为“各停”，即“各站停车”，是JR中最慢的车，逢站必停。乘坐这种列车，只需购买“乘车券”。只有在乘坐指定席或GREEN席（即软座）的情况下，才需加购指定席券或GREEN席券。
快速列车： 只在部分车站停车，速度比普通列车快，但价格一样，也只需购买“乘车券”。
①区间快速：例如某快速列车的路线为A-B-C，其中A到B只在大站停车，而B到C每站都停，称为区间快速。
②新快速与特别快速：只停部分站点，特别快速一般比新快速停站少。
③通勤快速：只在上下班高峰运行的快速列车。
著名的“大和路”快速列车。
急行列车： 速度比快速列车更快，耗时更少，停站更少，价格也更贵。乘坐急行列车，一般需要购买乘车券+急行券（自由席或指定席）。
札幌和青森间的“はまなす”是JR目前唯一定期开行的急行列车。
特急列车： 速度和耗时都优于急行列车，价格更贵，需要购买乘车券+特急券（自由席或指定席）。
青森和函馆间的特急列车“白鳥”。
新干线： 最快也是最昂贵的车种，需要购买乘车券+自由席券或指定席券才能乘车。目前的新干线以东京为核心，向西沿名古屋、京都、大阪、神户、广岛、福冈等主要城市，最远可达鹿儿岛，向北则途径仙台等城市，最终抵达青森。另外还有开往长野和北陆方向的新干线。北海道新干线预计2015年开通。
九州新干线“つばめ”。
寝台列车： 即卧铺列车，铺位不同票价也不同，总体来说，卧铺车在日本比新干线要奢侈得多，基本属于高级观光列车，线路极少，且有陆续停止运行的倾向。乘坐时需在乘车券、急行券/特急券等基础上加购寝台券。
豪华卧铺特急列车“北斗星”。
特殊列车： 一些观光地往往会在旅游旺季运行特别列车，车辆外表和内部装饰都别具一格。这种列车的票价，需要在乘坐前查询相关资料。有的特别列车与普通列车相同，乘坐时只需购买乘车券，有的特别列车则有独立的票价规定。
夏季在富良野和美瑛间运行的观光列车“ノロッコ”。
特别夜行列车： 在特定的季节里，如夏季，各地的JR往往会开行特别夜行列车，省钱省时。但这样的夜行列车一般只有座席，没有卧铺。
特定季节在新潟和东京新宿间运行的夜行列车“ムーンライトえちご”。
接下来解释一下“指定席”和“自由席”。
自由席，就是“随便坐”。普通列车和快速列车的绝大部分车厢都是自由席，上车后随便坐，就像地铁一样。急行、特急列车和新干线有部分自由席，票价比指定席便宜。例如乘坐特急列车自由席，要买“乘车券+自由席特急券”。在主要节假日及旺季乘坐热门路线时，如果想要在自由席车厢内找到座位，要提前到站台排队，否则可能在拥挤的车厢里站好几个小时。
指定席，也就是对号入座的席位，急行、特急列车和新干线都有，普通列车上也可能出现。在同一趟列车上，指定席的票价要比自由席贵。另外，有些列车是“全车指定”，也就是所有席位都要对号入座。例如夏天临时开行的新潟和东京间的夜行列车属于普通列车，但全车都是指定席，所以在乘坐时需要买“乘车券+指定席券”。
下面是与车票有关的常用词：
第一次去日本，很多旅行者都会选择游览关东和关西两大地区，这需要查清东京和京都/大阪间的交通方式。不少人对日本的轨道交通有误解，认为所有的火车都像新干线一样快，其实不然。而且日本并不像很多人想象得那么小，由于是一个狭长的国家，旅行时的交通耗时往往超出预想。
那么，东京和京都/大阪之间的交通该如何选择呢？
从东京到京都，如果乘坐新干线，单程最快约2小时20分钟，如果乘坐普通列车，单程最快约8小时30分钟；
从东京到大阪，如果乘坐新干线，单程最快约2小时35分钟，如果乘坐普通列车，单程最快约9小时。
由于没有夜车，所以东京和京都/大阪间一般只能选择新干线，否则将耗费整个白天在路上。除了铁道迷，一般没有人这样选择。
当然，如果不想坐昂贵的新干线，旅行者还可以选择夜行巴士。两个地区之间也有昼行巴士运行，但同样耗时很长，而夜行巴士不但将交通费和住宿费合二为一，还不耽误白天的游玩，省时又省钱，是性价比最高的方式。
另外，不少旅行者由于假期有限，想在短时间内乘轨道交通玩遍关东、关西和北海道几大地区，这种行程也是不太推荐的。例如从东京到北海道的札幌，乘坐新干线+特急列车的最快组合，单程最快也需要9小时（未来北海道开通新干线后会缩短，但仍会相当耗时），从大阪到札幌则至少需要约12小时20分钟。这意味着将在路上耗费大量时间，而且只有青森到函馆间有夜行列车，造成游玩时只能走马观花，总体来说不值得。
第一次到日本旅行的人往往对如何乘坐JR心里没底。怎么买票、怎么换乘、怎么在车上找到座位……其实一切都非常简单。想想那些西方游客。他们可是一个汉字都不认识。而中国的旅行者至少能凭汉字很快确认不少东西。
step1 购票
人工柜台：如果需要购买特急券、急行券或特殊席位，还是人工柜台更加保险。可以把目的地、列车种类和座位要求用汉字写在纸上给售票员看。另外，还有两种票一般需要到人工柜台购买：一是优惠票，例如往返折扣票或各种PASS；二是远距离车票，即车站在自动售票机上方显示的路线图范围外。
自动售票机：首先，查看自动售票机上方的路线图，每一个地名下方或旁边都写着一个数字，那就是从你目前的所在地到该站的票价。查好价钱后，把相应的钱投入售票机，售票机上的价格按钮就会亮起。
售票机上会有若干价格按钮，每一个按钮上写着不同数字，代表着从这站出发可能会支出的票价。例如一台机器上有200、500、800、1000四个按钮，就意味着最便宜的票价是200。随着距离增加，票价会依次增至500、800、1000。
如果坐到最远的一站就需要1000。假设查看地图，发现票价为200，就向机器中投入至少200。如果投入200整，那么只有200的按钮会亮起，按下按钮即可。如果你没有零钱，投入了500，那么200和500的按钮都会亮起，你只需按下200的按钮，然后等待机器找回300即可。
自动售票机、时刻表和路线图，奈良县的JR长柄站拥有一座无人小站的标准配置。
总之，按下相应的价格按钮后，只要等待出票和找零就可以了。自动售票机上买到的JR票一般是一张很小的硬纸条，下车前一定要保存好。
step2 进站
买好票，就要去找检票口进站。日文中称为“改札口”。
注意检票口上方的电子显示屏，上面会有接下来一段时间内发车的列车车次、目的地、发车时间、停靠站台等信息，最重要的就是确认停靠站台，也就是在哪里上车。
然后检票进站。大中型城市的JR车站检票口都使用自动检票机，将车票塞进检票机，穿过自动门，然后从另一端取回车票即可。出站时车票一般由机器收回。
JR博多站内的换乘通道，电子显示屏和地面的指示很清晰。
当你乘坐的列车需要购买一张以上的票，如乘坐特急列车自由席，购买“乘车券+自由席特急券”时，只需把乘车券塞进检票机，自由席特急券会由列车员在车上检查。
不少小城市及城镇的JR车站检票口还是人工检票，把车票递给工作人员即可。
step3 找站台
JR车站的站台以数字编号。进站以后，很快就会看到站台的指示标牌。
如果是大型车站，通过检票口后会看到一条宽大的通道，或一片较为开阔的空间（有很多小商铺）。各个站台的入口就分布在通道两侧或空间四周，找到号码以后按指示上下楼梯即可到达相应站台。
如果是小站，例如只有两个站台的车站，通过检票口后就会来到其中一个站台。想去对面的站台，一般要通过地道或天桥。
只有两个站台的JR美瑛站，站台间靠天桥相连。
step4 确定车次与发车时间
来到站台后，可以看到站台上方有电子显示屏，显示该站台接下来将出发或经停的2〜3趟列车的目的地、车次、列车种类和时间等。
同时，站台上还有相应的彩色路线图和时刻表。时刻表分为“平日”（工作日）和“土·休日”（周末和假日），详细标注了每一趟车的发车时刻。而路线图则标明了该路线每一站的名称以及普通、快速、急行、特急等各种列车的停站信息。
JR札幌站站台上方的电子信息牌。
step5 确定车厢
如果乘坐普通列车或快速列车，不需要确定停车时车厢的位置，几乎都是自由席。乘坐指定席或软座时，就要根据车体表面或车厢内部的标志来寻找座位。
卧铺特急列车“北斗星”车门上方的标志。
如果乘坐急行、特急、卧铺、新干线等列车，要在上车时确定哪几节车厢是自由席，哪几节车厢是指定席。“指定席”、“自由席”等字样和车厢编号在每节车厢的入口处都有。卧铺车车门上方也会标注该节车厢是哪个等级的铺位。
有一点需要特别说明：在客流高峰期乘坐热门线路，自由席很可能拥挤不堪。要提前到站台排队。如果排队时列车还没有来，可以在站台上寻找各节车厢停靠位置的标志。这种标志可能写在地上，也可能挂在站台上方。列车车门上方标有该车厢的席位类型。
JR札幌站站台上方指示车辆停车位置的简易标志。 |
JR鸟栖站站台地面上的停车位置标志。 |
step6 上车
如果是指定席或软座，按车内座号标志寻找座位即可。座位上方有行李架，两节车厢之间有时会有放大件行李的空间，尤其是新干线、特急等列车。
夜行列车“ムーンライトえちご”车厢内的标志很清晰：指定席，1号车厢。
报站： JR主要线路上运营的部分列车车门上方或车厢前后部上方会有电子显示屏，列车员每站也都会广播报站。
事故： 如果遇到“人身事故”，指的是有人在前方铁道上自杀。
换车： 有时会遇到换车的情况。例如路线是A-B-C，从A到B客流量大，由8节车厢编组运行，但到了B后，客流量减少，从B到C就会改为4节车厢编组运行。列车员会提前通知，请后4节车厢的乘客在B站下车，转移到前4节车厢。
厕所： 厕所一般位于车厢的最前端或最后部，不是每节车厢都有。
大大小小的JR车站遍布日本各地，有的是高楼大厦，有的只有一个小站棚。不少城市的JR车站藏在大楼的底层，不仔细看很难发现。
①大型JR车站往往是城市的综合购物娱乐中心。
JR东京站 |
JR京都站 |
JR博多站 |
②中型JR车站建筑往往不高，车站的额外功能也不多。
JR大垣站 |
JR函馆站 |
JR唐津站 |
③小型JR车站多为平房，结构较为简单，以售票为主，有的附带便利店等设施，但建筑风格更加变化多样。
JR关原站 |
JR吉野里站 |
JR宇佐站 |
④超小型JR车站基本就是一栋简易房屋，其中包括不少无人站。
JR木幡站 |
JR长柄站 |
JR都府楼南站 |
在日本旅行，尤其是在人口不太密集的地方，旅行者可能会遇到从无人站上车、乘坐“ONE MAN列车”、又在无人站下车的情况。“ONE MAN列车”日文写作“ワンマン”，全车只有一名司机、没有其他列车员，一般有1〜2节车厢。无人站没有自动检票机和检票员，车上当然更没有，那怎么检票呢？有两种方法：
①在车站用自动售票机买票。无人站虽然没有工作人员，但有些会设置自动售票机。上车前在自动售票机买好票，按照车厢标示，从上车门上车（一般在车厢后部），下车时从前门下车，将票扔进门边的票箱里即可。如果下车站是有人车站，车内广播会提前通知，下车时不用将票扔进票箱，直接到车站的出站口检票出站。听不懂广播也没关系，车厢内一般都有示意图，标明了哪些车站有人，哪些车站无人。
②上车后买票。从上车门上车后，会看到门边的机器吐出小纸条，即“整理券”。取下一张整理券，上面会有数字。下车前，注意车厢最前面的显示屏，上面会有从“1”开始的几排阿拉伯数字，数字下方会有不同的票价。找到与你手中整理券上一样的数字，该数字下方的票价即是你需要付的，下车时直接将钱放入票箱里即可。票箱一般附带可以换开1000日元纸币和各种硬币的机器。
注意： 一定要到下车前再确认显示屏。例如整理券号码是“5”，而这趟车的最低票价是100日元，你刚上车时显示屏上“5”的下面就是“100”。如果只坐一站，那么就是100日元。但随着你坐的距离越来越长，票价会变化，“5”下面的数字可能会变成“200”、“300”……所以一定要在快下车时再确认票价。
使用PASS的旅行者，如果在无人站下车，下车时把PASS拿给司机看即可。
各地的ONE MAN列车。 |
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（1）JR全日本PASS
全称“JAPAN RAIL PASS”，是专门针对外国旅行者的JR全日本通票，需要在赴日前购买兑换券，到达日本后在JR车站的绿色窗口换票。
官网（含中文）：www.japanrailpass.net
使用该PASS可以在规定时间内无限次乘坐绝大部分JR列车，但新干线的“のぞみ”号（NOZOMI）和“みずほ”号（MIZUHO）除外。此外还可以乘坐以下交通工具的指定区间：
从东京直通运行前往下田的“伊豆舞女”号特急列车。
①JR西日本宫岛渡轮
②东京单轨电车全线
③青森铁道青森站到八户站间，不可中途下车
④JR石川铁道金泽站到津幡站间，不可中途下车
⑤爱之风富山铁道富山站到高冈站间，不可中途下车
最便宜的JR全日本PASS为7日的非软座PASS，售价29110日元，7日软座PASS售价38880日元。另有14日和21日的版本。要注意的是，即使购买了软座PASS，在乘坐卧铺列车或个别特殊座位列车时也需要补票。如果乘坐JR与私铁、地铁等在某一区段使用同一路线，需补上非JR区段的票价，例如从东京开往下田的“伊豆舞女”号特急列车，因在伊东到下田之间使用伊豆急行铁道，凭JR的PASS乘坐时要补上该段票价。
如果短时间内在日本进行长距离旅行，JR全日本PASS比较划算，短距离则不适合购买。比如，如果7天内要乘坐新干线在东京和京都间往返一次，可以考虑购买该PASS，如果只坐单程，则不必购买。
（2）各地区JR PASS
JR九州针对外国旅行者推出的PASS，分为北九州和全九州两版。
JR各公司都推出了面向外国旅行者的PASS，各自的官网（见14页）都有详细信息，请在购买前仔细阅读。一些提前预约有优惠的PASS，如JR西日本，也可以通过官网预约。
在这里简单介绍主要PASS如下：
①JR东日本PASS价格：22000日元
使用规则：开通后的14天内任意选择5天，
不必连续，也不必事先指定日期。
乘坐范围：JR东日本全线所有列车，以及伊豆急行、北越急行、青森铁道、IGR岩手银河铁道、东京单轨电车、仙台空港铁道、东京临海高速铁道、越后TOKIMEKI铁道（直江津-新井）和东武铁道前往日光的部分列车。
适用人群：从东京前往青森、岩手、宫城等东北地区进行长距离移动的旅行者。
注：JR东日本计划从2016年4月1日起变更该PASS，届时将分成19000日元的东北地区版和17000日元的长野·新潟地区版，使用规则仍为开通后14天内的任意5天，乘坐范围和预订方式请参考JR东日本中文官网。
②JR东京广域周游券价格：10000日元
使用规则：连续3天
乘坐范围：JR关东地区全线所有列车，以及东京单轨电车、东京临海高速铁道、伊豆急行、富士急行、上信电铁、埼玉新都市交通（大宫-铁道博物馆）、东武铁道部分列车（详见JR东日本官网）
适用人群：在关东地区频繁远距离移动的旅行者，例如连续前往轻井泽、富士山、伊豆、日光等地。
③JR关西PASS价格：2200〜6300日元（到达后再买贵100〜200日元）
使用规则：连续1〜4天
乘坐范围：JR关西地区的普通、快速和新快速列车，以及关西机场到京都的特急列车“はるか”号（HARUKA）自由席。
适用人群：在关西地区频繁大范围移动的旅行者，如前往姬路、敦贺、和歌山等地。如果从机场乘特急列车直接前往京都或者相反，可以购买1天版。
④JR关西广域PASS
价格：8500日元（到达后再买贵500日元）
使用规则：连续5天
乘坐范围：JR关西地区和冈山县、香川县部分地区的普通、快速、新快速和特急列车自由席，以及新大阪和冈山之间的新干线自由席。
适用人群：在关西地区和冈山县、香川县连续5天大范围移动的旅行者，如连续前往冈山、仓敷、高松、姬路、城崎温泉、纪伊白滨等地。
⑤JR关西&广岛地区PASS价格：13000日元（到达后再买贵1000日元）
使用规则：连续5天
乘坐范围：JR关西地区和广岛地区的普通、快速、新快速列车、特急列车自由席和山阳新干线新大阪至广岛区间自由席，以及JR西日本宫岛渡轮。
适用人群：在关西地区和广岛地区间频繁大范围移动的旅行者，如连续前往岩国、广岛、冈山、城崎温泉等地。
⑥JR山阳&山阴PASS价格：19000日元（到达后再买贵1000日元）
使用规则：连续7天
乘坐范围：JR关西、山阳、山阴地区的大部分线路（包括冈山至四国高松区间，新干线区间为新大阪至北九州博多），以及智头急行和JR西日本宫岛渡轮。
适用人群：在关西、山阴、山阳地区频繁大范围移动的旅行者，可以九州和四国地区的PASS接续使用。
⑦JR高山&北陆PASS价格：13500日元（必须在赴日前购买）
使用规则：连续5天
乘坐范围：关西机场到金泽以及名古屋到富山区间的JR列车（最多可乘坐4次特急列车指定席，“はるか”号除外），金泽到富山的新干线自由席，以及从金泽、高山、新高冈往返白川乡和五箇山的巴士。
适用人群：在高山和北陆地区进行频繁大范围移动的旅行者。
⑧JR北海道PASS任选4天
使用规则：连续3天、5天、7天或10天内价格：16500〜24000日元
乘坐范围：JR北海道全线所有列车。
适用人群：在北海道进行频繁大范围移动的旅行者。
⑨JR四国PASS价格：6300〜9700日元
使用规则：连续2〜5天。
乘坐范围：JR四国全线所有列车，以及阿佐海岸铁道、高松琴平电铁、伊予铁道、土佐黑潮铁道和土佐电铁。
适用人群：环游四国的旅行者。
⑩JR九州PASS价格：8500〜18000日元
使用规则：连续3天或5天。
乘坐范围：北九州版向南至熊本、阿苏、丰后竹田、大分一线，可乘坐区域内所有JR列车，全九州版可乘坐JR九州全线所有列车，但两种PASS均不能乘坐小仓到博多区间的新干线。
适用人群：环游九州的旅行者。
随着海外游客数量上升，各地JR都在不断更新或增加各种PASS方便游客出行。这里列出的仅仅是主要PASS，且随时都有变更的可能，因此更多PASS以及相关使用条例还请大家及时到各家JR的官网上核定。
JR东日本+北海道PASS
由JR东日本和JR北海道联合发售，每年大致有三个使用期：3月1日〜4月10日、7月1日〜9月30日、12月10日〜次年1月10日。具体日期可能会有微小变化，购买时以JR东日本和JR北海道的官方信息为准（需查询日文官网）。
PASS的售价为10290日元，可连续使用7天，每张PASS对应1名乘客。
适用范围如下：JR东日本和JR北海道的所有普通列车和快速列车（乘坐指定席时需加买指定席券）；JR东日本和JR北海道的急行列车（需加买急行券）；函馆至新青森的特急列车（需加买自由席特急券，不可乘坐指定席）；新夕张至新得、蟹田至木古内、青森至新青森的特急列车；青森铁道；银河铁道；富士急行铁道。
此PASS多数情况下只适用于普通列车和快速列车，适合时间非常充裕、喜欢铁道漫游的旅行者购买。
青春18
从名字上看，“青春18”似乎是为年轻人设计的PASS，其实任何人都能买“青春18”。该PASS适用于全日本的所有JR普通列车和快速列车（乘坐指定席时需加买指定席券），以及宫岛渡轮和青森铁道的部分区间（青森至八户、青森至野边地、野边地至八户，不能中途下车），还有新夕张至新得、蟹田至木古内、青森至新青森、宫崎至宫崎空港的特急列车。
该PASS每年大致有三个使用期：3月1日〜4月10日、7月20日〜9月10日、12月10日〜次年1月10日。具体日期以购买时JR的官方信息为准。
截至2014年4月，该PASS的售价为11850日元，可以在使用期内1个人使用5天（可以连续也可以分开），也可以多人同时使用，如5人使用1天。
除了JR日本，日本铁道大致可以分为两种：“民营铁道”和“第三开发机构铁道”。
民营铁道，又称私营铁道或“私铁”。日本民营铁道协会共有56家铁道公司加盟，各公司均为纯粹的私营公司，官网（日文）：www.mintetsu.or.jp
官网中可以查到各家公司的介绍、最新信息以及各条路线周边的旅游信息。56家公司中，有16家是“大手会社”，即规模较大的公司。“第三开发机构铁道”是指政府和民间共同经营的铁道，有3种来源：一是从原来的国营铁道转换而成；二是从原来的私营铁道转换而成；三是从建设起就是政府和民间共同投资经营。目前属于“第三开发机构铁道”的有数十条。
有些铁道公司虽然加入了上述的民营铁道协会，但性质属于“第三开发机构铁道”，如青森铁道。这里说的私营与半私营铁道除了在传统铁轨上行驶的常规样式，也包括各种单轨电车。
从奈良市平城京遗迹上穿过的近畿铁道是私营铁道的16家“大手”之一。 |
通向关西国际机场及和歌山县的“大手”之一的南海电铁。 |
迎来100周年的江之电也许是全日本最有魅力的私营铁道。 |
私营与半私营铁道的列车与车票和JR有不少相似之处。
特急列车： 分为两种，一种仅凭“乘车券”就可以乘车，另一种和JR一样，需要“乘车券+特急券”才能乘车。前者如京王电铁，后者如西武电铁。另外，名古屋铁道、南海电铁等铁道公司同时运营上述两种特急列车。部分铁道公司还运行“快速特急”、“准特急”等列车，其中“快速特急”的停站数量甚至少于特急，“准特急”的速度处于“特急”和“急行”之间。
急行列车： 乘坐JR的急行列车往往需要“乘车券+急行券”，但私营或半私营铁道的急行列车只用乘车券就能乘坐。急行列车又分“快速急行”、“区间急行”、“通勤急行”。“快速急行”的速度一般处于“特急”和“急行”之间。
准急列车/快速列车： 根据铁道公司的称呼习惯不同，速度慢于“急行”、快于“普通”的列车称为准急列车或快速列车。乘坐这样的列车只需乘车券。
高速列车/直行列车： “高速列车”只在名古屋铁道与近畿铁道存在，乘坐只需乘车券。“直行列车”目前只存在于近畿铁道生驹登山缆车的山上线，此路线上有两种列车运行，一种是各站都停，一种是直达山顶，即“直行列车”。
普通列车： 各站都停，只需乘车券。
私营铁道与半私营铁道的车站也多种多样。财大气粗的“大手”铁道公司往往在重要站点上盖起气派的大楼，而一些颇有特点的小铁道沿线则分布着数座充满魅力的小站。
京阪电车石山站 |
伊豆急行铁道下田站 |
京阪电车八幡市站 |
近畿铁道飞鸟站 |
分为两类，一是登山缆车，即“ケーブルカー”，沿轨道从山下上行。此类缆车一般都属于某家私营铁道公司。二是空中缆车，即“ループウェー”或“リフト”，前者一般为封闭式的车厢，可以搭载几十名客人，后者则是双脚悬空的露天座椅。
直达世界遗产比叡山延历寺的坂本登山缆车。 |
岐阜市金华山空中缆车。 |
日本铁道的购票方式大抵相同。但换乘时的购票及检票方式，有一点需要注意。在不同的铁道间换乘，一般都要先检票出站，再到另一家的检票口买票进站。但有些车站会有这样的情况：从私营铁道下车后，还没到出站口，JR的自动售票机便出现在眼前。这种情况下，需要先买好JR票，然后把私铁和JR的票同时塞进出站口的检票机。检票机会收回私铁票，吐出JR票，这时把JR票拿走保管好即可。这样的检票机既是私铁的出站口，又是JR的进站口。
日本很多城市的交通局负责运营轨道交通，比如各地的地铁就属于“市营”性质，还有很多路面电车因为“市营”而称为“市电”。
东京METRO人形町站。 |
福冈市地铁自动检票机。 |
在日本的大城市比较常见，乘坐方式也很简单，跟世界各地的地铁没什么区别。东京、名古屋、大阪等客流量大的地铁都会在相应时段设置女性专用车厢，例如工作日的早晚高峰。站台地面上一般会用粉色、黄色等标出女性车厢的位置以及时间段。
12岁以下的男孩和需要有人陪护或需要陪护他人的男性可以乘坐女性专用车厢。例如男性残障者+女性陪护人，或女性残障者+男性陪护人。如果在早晚高峰出行，尤其是独自旅行的女性，特别建议使用女性专用车厢。男性旅行者则要注意标识，不要误入女性专用车厢。
很多地铁都会出售1日券，周末时优惠幅度更大，可以多加利用。
市营电车一般以路面电车的形式在城市内运行，目前日本代表性的市营电车在札幌、函馆、熊本、鹿儿岛、东京（称为“都电”）等地可以看到。不是所有的路面电车都属于“市营”，也有很多属于私营、半私营铁道，比如在广岛、冈山市内运行的路面电车。有些地方的路面电车，如长崎，人们习惯称它为“长崎市电”，但它属于私营铁道，并非市营。
像函馆的街市一样多姿多彩的函馆市电。 |
明媚阳光下的熊本市电。 |