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两广总督府常驻肇庆，始于明嘉靖四十三年（1564）两广提督吴桂芳将总督府从广西梧州迁至肇庆，终于清乾隆十一年（1746）两广总督策楞将总督府从肇庆迁往广州，前后通计约182年。其间，两广总督府曾几度短暂移驻梧州、广州等地，故明清时期，两广总督府实际驻肇庆的时间不足182年。对此，王元林、张孟刚曾撰有《明清两广总督驻肇庆的时间初探》
一文进行了初步考证，其结论是：明代（含南明的2年）两广总督驻肇庆的时间为82年，清代两广总督实际驻肇庆的时间为73年，二者共计155年。从笔者接触到的史料来看，这个结果仍有商榷的余地。首先，王文计算总督府驻肇时间在明代为82年，是从嘉靖四十三年（1564）起至南明隆武二年（1646）止，然而其间总督府也曾短暂迁驻梧州和广州，实际常驻肇庆的时间不到82年。尽管成书于万历中期的《广东通志》卷六《藩省志六》记载说，自吴桂芳将总督府徙于肇庆后，“迄今不易”，似乎吴桂芳一举而定，至万历中期，总督府一直驻扎于肇庆。其实不然。当时，总督军门尚处于“移镇无定”
的状态。隆庆初，户部在议复两广总督张瀚的一份奏疏中说“先年将总督军门移镇梧州，居中调度”
；隆庆五年（1571）六月，兵部在议复两广总督李迁的奏疏中又说“提督军门驻扎梧州，为两广要地”
。此外，清乾隆时《梧州府志》的修撰者曾亲见梧州总府题名碑，该碑所记“先后驻节于梧有功绩可稽者”，“自韩雍，止李迁”
，隆庆五年八月由广西巡抚升任接替李迁总督之位的殷正茂则不在该题名碑之上
。据此可以推测，在隆庆初，总督军门曾回驻梧州，最迟至隆庆五年八月尚在梧州；两广总督府最后定驻肇庆，当是始自殷正茂。对于两广总督府移回梧州及殷正茂将其定驻肇庆，史籍应有明确记载，但笔者多方查搜，只找到上述间接史料以凭推测，相关的直接史料只能留待博洽君子求之。当然，总督府定驻肇庆后，总督因事亦常短暂移驻他处，如万历八年（1580），总督刘尧诲为征剿广西十寨，就曾将“督府移驻苍梧”，事平即回肇庆
；又如前文提到的万历二年以惠、潮有寇，督府暂移驻潮州，事平复后归肇庆。这种情况不当视为总督府的迁徙。因此，明代两广总督府常驻肇庆的时间应减去隆庆间回驻梧州的4年，再减去上文已提到的崇祯五年至九年移驻广州的4年，共计约74年。
其次，王先生在统计清代两广总督府驻肇庆的时间时，所用的史料是舛误甚多的《清史稿》卷一一六《职官志三·外官》“总督巡抚”条下的“两广总督”目，且将两广分设总督时广东总督驻肇庆的年份也排除在外，故其统计结果73年并不准确。据上文“两广总督沿革”的清代部分可知，清代两广总督驻肇庆的时间为：康熙四年四月至雍正元年七月（计58年），雍正二年四月至六年九月（计4年），雍正十二年十二月至乾隆十一年（计12年），共计74年。此外，雍正元年八月至次年三月、雍正六年十月至雍正十年，共计约5年的时间，两广分设总督或广西暂归云贵总督管辖时，广东总督亦驻肇庆。若将这5年包括在内，则共计79年。因此，明清两广总督（含广东总督）实际驻肇庆的时间应为153年，比驻梧州的时间（约105年）长49年，比驻广州的时间（约177年）则短24年。
在两广总督府驻肇庆的153年间，共有两广总督（含广东总督）48任47人，其中明朝27任27人，南明4任4人，清朝17任16人（见附录2）。
明清时期，两广总督府的常驻地曾经三变：始驻广西梧州，再移广东肇庆，终驻广东广州。从地理上看，两广总督府的创设及其由西向东、由边缘向中心区域迁驻的过程，是明清时期史称“南蛮之地”的两广地区逐渐被朝廷完全控制（首为军事，次为政治，最后是思想文化）并全面纳入国家统治之下的过程。因此，两广总督府由西向东移驻的根本原因就是明清两代的朝廷对两广地区（特别是苗、瑶、壮、黎等少数民族聚集区域）控制的强化。而每次移驻的具体原因还涉及地理条件、历史背景、军事形势、政治格局等因素，甚至还可能有一些偶然的主观因素，较为复杂。
明嘉靖四十三年（1564），两广提督吴桂芳应两广军事形势变化的需要，将总督府自广西梧州迁驻广东肇庆，此后一直到清乾隆十一年（1746）总督府再迁驻广州，两广总督府几乎一直驻肇庆，前后延续达183年，实际驻肇庆的时间也超过一个半世纪。可以说，这次移驻是一个具有历史意义的重要事件，它开启了两广总督府的新时代。
吴桂芳为什么要把始驻于广西梧州的总督府迁驻广东肇庆？具体的原因要从众多的史籍中探寻。吴桂芳迁总督府于肇庆一事，《明世宗实录》未见记载，而多见于两广的地方志，然甚为简略，对于迁驻的原因亦只言其概，未明其详。明万历《肇庆府志》载：“嘉靖四十三年，督府始移肇庆。自成化来总督府设于梧州。嘉靖间吴桂芳分守岭西久，吴都御史遂以旧按行台建督抚行台移居之。是后皆居于此。”
又载，吴桂芳于嘉靖“甲子，总督两广，郡人喜其复临，鼓舞迎之。时东省军兴，开府于肇庆”
。清嘉庆、道光年间的两广总督阮元在其所作《重建肇庆总督行台并题名碑记》中说：“嘉靖四十三年，总督吴桂芳因东事重于西事，始移驻肇庆，以行台为署，据各营劲兵，为兼顾之计，诚据形胜也。”
唯清雍正九年郝玉麟所修《广东通志》所载该事稍加详细：
初，两广各置巡抚，成化五年以事权相左，置总督而罢广西巡抚。至是（引者按，指嘉靖四十三年）复设，提督侍郎吴桂芳始开府于肇庆。桂芳以开府梧州，惠、潮山海寇时发，相去二千里，文檄往来，征调为难，乃徙于肇庆。
上述史料表明，吴桂芳于嘉靖四十三年将两广总督府移驻肇庆，以原来的总督行台作为衙署。至于迁移的原因，万历《肇庆府志》说是“东省军兴”，阮元则说“因东事重于西事”，均很含糊，唯《广东通志》所记较详细，说是因当时粤东惠州、潮州山海寇频发，而总督府远在梧州，两地“相去二千里，文檄往来，征调为难，乃徙于肇庆”。
其实，《广东通志》所说的原因只是一个诱因。两广总督府在嘉靖四十三年从广西梧州迁到广东肇庆，并不是历史的偶然，它与成化以来两广军事形势的变迁及肇庆的地理位置有着必然联系。这就要从两广总督的设置说起。
两广总督之设，源于景泰三年（1452）的广西“浔、梧瑶乱”。瑶乱发生后，广东总兵董兴与广西总兵武毅相互推诿不任事，兵部尚书于谦“请以翁信、陈旺易之，而特遣一大臣督军务，乃以命（王）翱。两广有总督自翱始”
。但此时的两广总督并非常设，至天顺元年（1457）就被裁撤。成化初，韩雍平定广西大藤峡瑶乱后，为便于协调两广军政事宜，朝廷复设两广总督，以韩雍充任。成化五年（1469），韩雍开府于梧州，次年四月始建总督府于府城东北面，成化七年（1471）六月总督府正式落成。
至此，两广总督成为定制，总督府则自此时至嘉靖后期的近百年间一直驻扎在梧州，梧州因此成为天下雄镇。
两广总督府之所以驻扎在梧州，主要因为当时军事防务的重点是在瑶乱不断的广西而非广东，朝廷的当务之急是要镇压广西境内的瑶族、壮族人民的反抗，防止浔州、梧州二府的瑶族反叛势力进入广东的雷（州）、廉（州）、高（州）、肇（庆）地区。由于梧州地处广西境内，虽与广东相邻，然离广东省会广州有千里之遥，离粤东的潮、惠二府则更远，达两千余里。两广总督处理广西的事务非常方便，但对于广东的事务只能遥制，甚为不便。所以，韩雍在梧州开府之后，又在肇庆设立两广总督的行台
，后来广州亦有总督行台之设
。
自嘉靖中期以来，两广的防务形势开始发生变化。广西的瑶乱经成化以来的大规模征剿后，声势日弱，而广东境内（特别是粤北、粤东及琼州府）的瑶乱、黎乱、山贼、海寇等此起彼伏，日益猖獗，两广总督的防务重点逐渐转移到了广东。尤其是嘉靖后期，浙闽沿海一带的倭寇在戚继光等人的打击下纷纷逃向粤东潮、惠二府。这些倭寇动辄数万人，往往与当地的山贼、海盗相互勾结。他们攻占县城，烧毁民宅，杀戮官民，抢夺财物，奸淫妇女，无恶不作，气焰十分嚣张。
粤东形势更加严峻，成为两广总督的燃眉之急。当时的两广总督张臬就是因为没能处理好粤东的防务问题而被劾罢官的。
嘉靖四十二年九月，刚被任命为总理河道且还未来得及履新的吴桂芳突然被调往两广，改任两广提督，接替张臬。三个月后，吴桂芳抵达梧州两广总督府履任。他在梧州仅待了二十天，便率部东向，前往粤东潮、惠二府指挥讨倭平贼的战事。
在粤东讨倭平贼的过程中，吴桂芳深刻地体会到，总督府远在广西梧州，与当时两广军事防务广东重于广西的态势不相协调。于是，他决定把总督府东移至广东肇庆。
吴桂芳之所以把肇庆作为两广总督的新驻地，主要是基于两方面的考虑。其一，肇庆“襟五岭，带三江，绾两粤咽喉，为东南扼要之地”
，地理位置十分优越。当时两广防务的新形势要求两广总督将防务的重点放在广东，但同时要兼顾广西。肇庆在广东境内，地处西江中游，顺流而下可直抵省会广州，逆流而上可直达广西梧州，正好符合两广防务新形势的要求。正如明人林大春所言，总督府东移肇庆后，“俨然与苍梧旧镇角立而峙。即西省有事，直鼓行而西耳。假令东省诸郡有不虞，亦可以传檄而至。自不至于偏重遥制之患”
。其二，自韩雍以来，肇庆一直是两广总督府的行台所在地，而且两广总督府驻梧州时“去岭东郡甚远，地属炎荒，暑气为烈，故自先朝以来，先辈督府诸公往往以夏月移镇端州，名曰避暑，而实以城彼东方也”
。端州即肇庆府城所在地。可见，总督府在移驻肇庆之前，两广总督常在夏季移驻肇庆行台办公，名为避暑，实为以肇庆为基地，加强对广东的控制。因此，肇庆作为两广总督的驻地有着良好的历史及政治基础。此外，吴桂芳早年任广东参政分守岭西道时，舍省城广州而定居肇庆，任职期间深受肇庆官民的拥戴，以至于他任两广提督重回肇庆时，“郡人喜其复临，鼓舞迎之”
。吴桂芳曾在肇庆为官，对肇庆既熟悉又有民众基础，这对于他决定将总督府迁到肇庆亦有一定的影响。
据明崇祯《肇庆府志》记载，两广总督府位于肇庆府城东门内，原为元代廉访司旧址。明洪武初改为按察分司，洪武二十年（1387）改为岭南道，弘治中改为察院，嘉靖十五年（1536）改为抚按行台，于行台西旧府学空地建燕室，外建三司厅、把总厅及赏功所，是为总督行台衙署。嘉靖四十三年六月，吴桂芳把总督府迁到肇庆之时，正值讨倭平贼军情吃紧之际，未来得及大兴土木，修建一座像梧州总府那样雄伟壮观的总督衙门，而是因陋就简，在原有总督行台衙署的基础上，改建正堂五间、穿廊一间、后堂五间，左右各为耳房，堂西衙二列各五间。肇庆总督府的规制较为简陋，远逊于梧州的总督府。如此简陋的建筑显然与镇守两广的总督衙门的地位不相称。当时吴桂芳也意识到，如此规制“非所以重军旅、肃夷夏之具瞻也”，想待事宁之后进行重建。但当海盗山寇初定，吴桂芳正提议扩修总督府之际，朝廷一纸调令，将他调往南京兵部任侍郎。吴桂芳旋即离粤北上赴任，扩建总督府的计划就此搁置。好在他的继任者们终将其未竟之业逐步完成。
隆庆五年（1571），总督李迁在总督府衙的东面新建了一座谷阴亭。万历五年（1577），总督凌云翼重建后堂五间，名曰广益堂；建东、西二廊各七间，东、西二楼各五间，东楼叫大观楼，西楼叫读书楼；又建仪门、大门各三间，门外左边建坐营司、赏功所，右边建中军厅、医药局。
万历八年（1580），总督刘尧诲大规模重建总督府衙，历时半载而成。新的总督府“堂寝、门庭、廊庑、轩墀之属，高耸深閟，弘敞壮丽，巍然为一方巨制”，“俨然与苍梧旧镇角立而峙”。
至此，肇庆总督府衙巍然壮观，足与梧州总府相媲美，与总督的地位亦相称。万历十六年（1588），总督刘继文迁衙于广益之后宅中正位，而以旧衙为广益堂，又扩建改建读书楼。崇祯十二年（1639），总督张镜心改建文来阁，并在其西面辟地修建射圃，用以练习射箭。
清康熙四年（1665）五月，两广总督府回驻肇庆。康熙八年（1669），总督周有德重建改建筹远楼、运筹堂。次年，总督金光祖捐俸重修总督衙署。乾隆二十四年（1759），肇庆知府吴绳年修撰《肇庆府志》时，将亲眼所见的总督行台衙署（按，两广总督府已于乾隆十一年迁往广州，肇庆的总督府已降为总督行台）的规制和布局作了如下叙述：“今查现存头门一座三间，前为照壁，两傍为东西辕门，为东西牌楼，后为仪门三间，又后为牌楼，又后为大堂三间，又后为二堂三间，又后为宅门，又后为后堂五间，后为后楼，又后为诸小房。辕门之东、大街之南为手本房，为号房，北为司道厅、府县厅，厅后西为厨房，中为马王庙，东为关帝庙，庙后为文来阁，为东西稿房，又后西为东书房，东为账房，又后西为福字堂，东为云壑堂，云壑堂后为大花园，园北为挹清堂。旁为亭者三，为池者一。花园西为小箭亭二堂，东有横门，通东箭道，箭亭二座，辕门西大街南为皂隶房，大街北为武官厅，后为盐政房，房后为来鹤堂，又后为幕客房，又后为双柱堂。大堂东有横门通西箭道，箭道后为关帝庙。”
此时的总督行台即为13年前的总督府。从吴绳年的描述中，我们不难看出，清代两广总督府衙的规制要比明代的宏大得多。毕竟，清代的两广总督已经完全地方化，成为封疆大吏，其品级、权力、体统均要高于明代的两广总督
，故其规制比明代宏大乃理所当然。可以想见，乾隆十一年前后是肇庆两广总督府衙最为壮观辉煌的时期。
此后，随着两广总督府迁驻广州，肇庆两广总督府降为总督行台，又因乾隆以降，粤西地方日趋安宁，总督西巡肇庆的机会越来越少，肇庆的总督行台遂日益衰败。因长期无人居住，总督行台的堂室等建筑逐渐朽坏而无人修葺，数十年后竟然全部倾圮。嘉庆十八年（1813），总督蒋攸铦令肇庆府会同肇庆协亲往勘明、拣出倒塌大小栋柱及砖瓦可用者，造具册档，分别点交高要县，申令查照存贮备案，并于头门外筑砌砖墙一道，与围墙接连，出示晓谕，不许兵民人等擅入，将总督府旧址封存保护。至道光初年两广总督阮元（1816—1826年在任）莅临肇庆时，昔日豪华气派的总督府衙及府内的楼台亭榭早已荡然无存，剩下的只是一片凄凉的瓦砾场和一对曾经雄踞于府衙大门前的石狮，以及一些残破的碑础。督府行台已成一片废墟，阮元只得借宿于阅江楼。阮元认为，肇庆为广东、广西两省的扼要之地，总督署虽移驻广州而兵不可移，驻扎于肇庆的各营将官尚且在城内都有衙署，而总督在城中却无片瓦，殊非政体。于是，他于道光五年（1825）在总督行台旧址重建行台，并续刻了止于乾隆九年的总督提名碑，立于大堂之前。新建总督行台的规制较以前简陋得多，“凡建东西辕门、仪门一进，屏门一进。正中为演武厅，恭悬御赐福寿字匾额。后堂五间，小楼房一间，上望七星岩。东西耳房各三间，厨房一间。前后周围垣墙修葺一新”
。此外，在大堂西面“开马射之埒，阶上设步射之序，阶下可练小队，东南建帅字旗，修复城南炮台”
。这样，总督巡历肇庆时就有了专门的暂时住所，且便于检阅军队，与肇庆作为总督行台驻地的体制基本相符。现在，肇庆两广总督行台旧址已成为城中路49号肇庆市人民政府所在地。除了这块永远搬不走的旧址外，两广总督府衙建筑实物幸存至今的唯有昔日高踞雄坐于府衙门前的那对石狮子，它们现在作为市级保护文物，露天存放在七星岩风景区内水月宫前，供游客观赏。