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两广总督成为定制后，其称谓、权责、驻地等在不同历史时期也有些变化。总体而言，两广总督的称谓有总督、赞理、提督、总制等。名称不同，内涵稍异。在明代，都察院官员“在外加都御史或副、佥都御史衔者，有总督，有提督，有巡抚，有总督兼巡抚，提督兼巡抚……巡抚兼军务者加提督，有总兵地方加赞理或参赞，所辖多、事重者加总督”
。可见，这些官员均列衔都察院，名义上是中央派驻地方的官员，而非地方官。从职权和级别上看，赞理高于提督，总督高于赞理。而“总制”属临时性称谓，正德时曾一度由总督改称总制，这仅是名称的变更。嘉靖、隆庆时，朝廷为便于打击福建、广东沿海的倭寇海盗，曾两度令两广总督兼管福建军务，称为“总督广闽军务”，事毕即除兼职。
至清代，除雍正时为平“苗乱”，广西曾短暂地归云贵总督管辖，两广总督改称广东总督，及此后两广曾短暂分设总督，称广东总督、广西总督外，两广总督这一称谓一直未变。
两广总督的权责则视其兼职和加衔而定：无兼职者，只管辖两广的军事；兼一省或两省巡抚者，兼管一省或两省的行政和司法；加“带管盐法”时，兼管两广盐政；为“总制闽广军务”时，兼管福建军务。两广总督均加都察院都御史或副、佥都御史衔，嘉靖以后常兼兵部侍郎甚至尚书衔。
这些职衔能强化其职权和地位。两广总督的驻地有常驻地，有行台。其常驻地最初为广西梧州，至明嘉靖四十三年（1564），移驻广东肇庆，至清乾隆十一年（1746）迁驻广州，经历了由西往东的移徙过程。梧州为常驻地时，肇庆和广州为其行台；肇庆为常驻地时，梧州和广州则为其行台。现将其历史沿革分述如下。
两广总督、赞理、提督、总制等均为简称，其全称往往表明其权限和职责。最初，两广总督的全称为“总督两广军务”。其权责在朝廷颁给两广总督马昂的敕书中有明确规定：
今特授尔总督关防，往广东、广西总督军务，所在总兵等官并听节制，所有一应军务升赏，悉从尔等便宜而行。务在齐心协力，设策运谋，湔除宿弊，振起军威，除盗安民，肃清岭海。凡遇地方有警，即相机抚捕……如军职官自都指挥而下，敢有退怯，怀奸误事，听尔等以军法从事，或径奏闻区处。
可见其权限是管理广东、广西两省的所有军事，行政及司法则不在其权限之内，其职责是“振起军威，除盗安民，肃清岭海”。至景泰五年（1454）五月，朝廷命两广总督马昂兼任广西巡抚，此为两广总督首度兼任巡抚，其全称遂为“总督两广军务兼巡抚广西地方”，其权限和职责除上述之外，还增加了广西巡抚的权责，即广西省的行政及司法亦归其管辖。具体如敕书所载：
今复命尔兼巡抚广西地方，抚安兵民，操练军马，禁防盗贼，督令所司。凡遇人民饥荒，设法赈济；城池坍塌，用工修理。宣布朝廷之意，振作各司府州县。奉公守法之官员中有廉勤公谨者，量加奖谕；其贪酷徇私、事迹显著者，除五品以上及军职具奏区处，民职六品以下并刁泼军民，尔即拿问如律，轻则就彼发落，重则械送来京。其有军民词讼，轻则量宜责罚，重则送发巡按御史、司府州县究问。凡事有便于军民者，听尔从宜处置具奏。
成化五年朝廷复设两广总督时，命兼两广巡抚，其全称又改为“总督两广军务兼理巡抚”，其权责扩大为管辖广东、广西两省的军事、行政和司法。正德十四年（1519），因正德皇帝有“总督军务之号”，改总督两广军务都御史为总制军务，不久又改称提督。
嘉靖四十二年（1563）二月，朝廷为便于打击福建、广东沿海倭寇，命两广提督张臬兼理福建军务，全称改为“总制闽广军务”，九月吴桂芳接任后除兼职。
嘉靖四十三年（1564），因广西盗贼纷起，另设广西巡抚，两广提督只兼巡抚广东。
嘉靖四十五年（1566），改两广提督为总督两广军务兼理粮饷巡抚广西地方，另设广东巡抚。
隆庆三年（1569），增设广西巡抚，除兼职。隆庆四年（1570）复革广东巡抚，改为提督两广军务兼理粮饷巡抚广东，广西新设巡抚与两广总兵、参将、游击、守备并三司等官俱听节制。万历二年（1574），以惠、潮有寇，暂移提督驻潮州，事平复后归肇庆。万历三年（1575）仍改称总督，加“带管盐法”，全称为“总督两广军务兼理粮饷带管盐法兼巡抚广东地方”
，相沿至明末。崇祯五年（1632），总督熊文灿为便于打击海盗，暂时移驻广州，九年（1636）回驻肇庆。
崇祯十七年（1644）三月，明朝灭亡，但两广总督并未随之而亡，而是依附南明政权续存了八年，且成为南明永历政权的重要力量。直到清顺治九年即南明永历六年（1652）六月，清军攻克琼州（今海南），南明最后一任两广总督杜永和降清，南明两广总督才寿终正寝。
清室入主中原后继承了明朝的督抚制度，并进一步制度化，在两广设立两广总督，且明确了其作为两广地区最高地方长官的属性。
关于清朝设立两广总督的时间，《清史稿》卷一一六《职官志三·外官》“总督巡抚”条说：“顺治元年，置广东总督，驻广州，兼辖广西。”这种说法显然有误，因为清军在顺治二年（1645）五月攻克南京以前，未曾过长江，首次攻克广州则是在顺治三年（1646）十二月，故不可能在顺治元年置广东总督，驻广州。清朝首次置两广总督是在顺治三年冬。清军经福建入广东，克潮州、惠州后，清将佟养甲奉命署两广总督，以便平定两广。至顺治四年（1647）五月，广东初定，清廷正式任命佟养甲为兵部尚书兼右都御史，总督两广军务带管盐法兼巡抚广东，
驻广州。顺治五年（1648），江西金声桓、广东李成栋相继反叛，归附南明桂王朱由榔，总督佟养甲被胁迫而降，不久被杀，清朝两广总督亦废。
顺治六年（1649）五月，广东、广西分设巡抚。
顺治十年（1653）六月，复设两广总督，不兼巡抚。
顺治十三年（1656）二月，两广总督移驻梧州。
顺治十八年（1661）八月，广东、广西分设总督
，广东总督移驻廉州。康熙二年（1663）三月，广东总督移驻广州。
康熙四年（1665）五月，广西、广东总督复合并为两广总督，仍驻肇庆。
雍正元年（1723）八月，广东、广西又各分置总督，次年四月复合。雍正六年（1728）十月，因苗乱，以广西隶云贵总督，两广总督改称广东总督。
雍正十年（1732），广东总督府移驻广州。
雍正十二年（1734）十二月，广西复归广东总督管辖，改称两广总督，仍驻肇庆。
乾隆十一年（1746），两广总督府迁驻广州
，之后一直驻扎于此。光绪三十一年（1905），两广总督仍兼广东巡抚。
宣统三年（1911）九月，在武昌起义的影响下，广东革命党人发动广州起义，建立军政府，宣布独立，清朝最后一任两广总督张鸣岐逃往香港。
至此，历经明清两代，前后延续近450年的两广总督制度几乎同时与清王朝一起退出了历史舞台。