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《内经》时代，是指《内经》一书的成书时代，已如上述。提出《内经》时代或确立《内经》成书时代的目的，在于划定一个时间范围，探寻中医学思想形成的轨迹，并通过东西方医学的比较，说明在这样一个历史时期东西方医学的发展状况，尤其是思维方式、精神文化等方面的异同点。
我们不能否认这样一个基本事实：在支配着我们的基本生活态度的文化观念中，包含着一些并非纯然得自中国古代传统精神的内容，西学对我们而言早已不是纯粹外在的新奇的东西了。经过了近代中国的一系列变革之后，中国文化已浸染了西学，其某些思想方式已渐渐深入中国人的心灵。但是，在一般意义上的精神文化等方面，依旧是中国式的。尽管经历了近现代这样一个特殊时期，但我们仍具有深厚的精神文化传统，而且善于同化外来的文化因素。近代西方医学的大量涌入，改变了中国医学的传统格局，传统的中医学受到了严重的冲击，面临着严峻的挑战，迫使我们不得不思考这样一些问题：
中医学理论是在古代特定的社会、政治、经济、文化环境中形成的，如果将其置于中国传统文化背景中进行考察分析，一切都显得那么顺理成章；但与西方科学技术（包括西方医学）放在一起，就有许多不融洽了。怎样才能借鉴现代的东西呢？这使人感到困惑。如果不借鉴，在与中医学形成阶段相同的环境中，我们又能做些什么呢？我们所希望的变革何时才能实现？难道我们错了吗？难道中医学真的那么完善吗？
我们应该这样认识，任何一种理论或任何一个学科，其生命力都是有限的，当科学发展到一定阶段（或程度）时，这种已经完善了的理论或已经完备了的学科就失去了它应有的作用，成为科学进步的严重障碍。
在对待中医学的发展问题上，我们的态度是，把医学科学化，不论是东方的还是西方的，都如实地放在其本来发生和发展着的政治、经济、文化背景中，客观地进行比较、分析。通过分析找出中西医学两种理论的结合点，取长补短，充分发挥它们各自的优势，建立起一种集中西医学之长的新的医学体系。
以下通过对《内经》时代东西方医学的比较，谈谈我们的看法。
谈到文化异质，这就不是单纯的医学问题，涉及东西方政治、经济、文化、科学技术等多个方面。
从第一个自然哲学家泰勒斯开始，到马其顿王亚历山大大帝征服全希腊为止的200多年间，是希腊科学的古典时代。泰勒斯既是西方第一个哲学家，也是第一个科学家，是西方哲学的开创者。他留下了一句名言：“万物源于水。”这句话只从字面上看并不正确，但有意义的是这种说话的方式。首先，它是一个普遍的命题，它探讨世界的共同本原，这是哲学思维的开始，也是科学地对待自然界的第一个原则。科学从具体、复杂、多样的现象中找出共同的原理，再从中解释、说明、预言更多的现象。其次，它开创了唯物主义传统，它所找到的本原是物质性的，而不是任何其他精神性的东西，这也是自然科学的伟大传统之一，即力求从自然界本身说明自然界，而不求助于非自然界的事物。在中国也出现过以水为世界本原的思想，见于《管子·水地》篇，但它却没有生命力，后被气论哲学代替了。
自从泰勒斯提出“万物源于水”的命题之后，自然哲学家们相继发展了对自然现象进行说明的理论，如阿那克西米尼认为万物都由气组成等。在中国出现了“五行说”、“八卦说”。但是这些解释都不能令人信服，因为单一的自然物是不能作为自然界统一的物质基础的。看来，如果科学的概念不能牢固地建立，科学就不会取得大的发展。
从理论上讲，把一个物体一分为二，它会变得更小，但仍然是一个物体，它还可以继续被一分为二。留基伯、德谟克利特提出了科学史上极为重要的原子论思想，主张世界是统一的，自然现象可以得到统一的解释，但统一不是在宏观层次上进行的，不是将一些自然物归结为另一些自然物，而是将宏观的东西归结为微观的东西，即将物体分割过程进行到最后所出现的那个极限——原子，它是世界的共同基础。从这一点上讲，原子论者与《老子》的“道生一，一生二，二生三，三生万物，万物负阴而抱阳，冲气以为和”和《易传·系辞上》中的“易有太极，是生两仪，两仪生四象，四象生八卦”等，在思想上有着何等的差别。在中国古代哲学家看来，事物是无限可分的，并没有认识到有这样一个极限问题，也没有认识到有这样一个不同层次的问题，以至于将这样的观点广泛应用于各个领域，尤其是中医学。如《素问·阴阳离合论》说：“阴阳者，数之可十，推之可百，数之可千，推之可万，万之大不可胜数，然其要一也。”从这里看不到阴阳的层次性，也看不到随着划分有什么质上的差别，更没有量的规定。无论如何，它都没有一个极限。
在原子论者看来，各种事物之间存在差别是因为组成它们的原子在形状、大小、数量上不一样。这种认识，把不同事物之间的质的区别还原成一些量的差异，使统一的自然界可以用数的科学来描述。也正因为有了这样的基础，才使得数学成为自然科学中必不可少的部分。在中医学理论中，缺乏在这种意义上的数的认识。
被称为“西方医学之父”的希波克拉底（公元前460年—公元前377年）及在他影响下的希波克拉底学派医学，注重生物学观念和综合观念。
希波克拉底以前的古希腊哲学家已经提出了由土、气、水、火四种元素组成世界万物的“四元素学说”，在此基础上提出的“四体液学说”成了希波克拉底理论的基础。希波克拉底说：“人的身体内有血液、黏液、黄疸、黑疸；这些元素构成了人的体质，通过这些元素便有痛苦的感觉或享有健康。这些元素的比例、能量和体积配合得当，并且是完善地混合在一起时，人就有完全的健康。当某一元素过多或缺乏时，或一元素单独处于身体一处，血与其他元素不相配合时，便感到痛苦。当一种元素离开其他元素而孤立时，不仅仅是它原来的地方要闹病，就是它所停留的地方也要闹病；因为过多了，就造成痛苦和疾病。事实上，当一种元素流出体外超过所应当流出的量时，这个空虚处便酿成疾病。另一方面，假如体内发生这种空虚，即当某元素移动或离开其他元素时，依上面所说的，人一定感到双重的痛苦：一在该元素所离开的地方，一在该元素所流到的地方。”
该学派的病理学主要是有关体液方面的，并且将疾病与自然联系起来。《论气、水和地区》一文提出了这样一种思想：把大宇宙和小宇宙现象之间的因果关系直接联系起来。他的著名箴言是：“自然是疾病的康复者。”这表明他十分强调发挥病人自身的抗病能力。
希波克拉底注重哲学理论，甚至说：“医生而兼通哲学，那就是神了。”这只是一种思维的形式和说理的方式，他更注重的还是医学实践。他只是把哲学的思维方式融于医学理论之中，并没有用哲学理论代替医学理论。
例如，在诊断方面，他强调医生要将自己的视觉、听觉、触觉、嗅觉、味觉运用于临床实践。胸部有病时，若将耳朵靠近病人胸廓，能听到像发酵的醋一样的沸腾声，这是对得胸膜炎时胸膜摩擦音生动而形象的描述。这与中医学在诊断疾病时所应用的阴阳五行理论指导下更侧重于推测的四诊方法有明显的不同。
希波克拉底之后的另一位医学上的伟大先驱者——亚里士多德（约生于公元前384年），在生物学方面也有着精深的研究成果，从他那里可以找到比较解剖学的起源，是一位为生物科学奠定基础的思想家。
《内经》时代，西方医学史上还有一位重要的医学家——盖仑（约公元130年—公元200年）。他对于医学科学的贡献，以解剖生理学领域的建树最为重要。盖仑被后人称为“解剖学之王”、“实验生理学奠基人”和“实验医学奠基人”，是西方医学史上继希波克拉底这第一座巨峰之后，能与之争高竞秀的第二座巨峰，是古罗马名医、西方古代医学之集大成者。
盖仑的著作是西方古代医学史上的一个顶点。这主要表现在其著作汇集了他一生以希波克拉底理论为依据的丰富的实践经验和实际观察的研究成果。另一方面，他以自己论断的最高见解武装自己，并确信自己的科学知识的正确性。他以亚里士多德哲学为基础，建立了一座庞大的医学知识体系。
他深受亚里士多德的影响，在解剖学方面又比前人更有研究。他能毫不犹豫地将解剖动物的研究转移到人体解剖上来，但以与亚里士多德的哲学相合为前提。如他在生理学方面的假说，只要与亚里士多德的哲学前提相合时，便可得到证实。他知道动脉包含血液，他是第一个用实验证明动脉搏动的人。由于他仍以传统的“精气学说”为依据，因此，他所虚构的“心血管学说”，虽然精致，却是完全错误的。如他认为灵气是生命的要素，灵气共有三种：动物灵气位于脑，是感觉和动作的中心；生命灵气在心内与血液相混合，是血液循环的中心，并且是身体内调节热的中心；自然灵气从肝到血液，是营养和新陈代谢的中心。
尽管盖仑在很多方面留给后代在今天看来是极其错误并造成了极其不良后果的“遗产”，但作为在西方古代医学史上具有重要影响力的医学家，他具有认识上的才能并且拥有重大发现和创新的实验观察成果。
如在盖仑以前，一般都认为静脉内含有血液，而动脉内则不含血液，只含空气；盖仑用一个极其简单的动物实验彻底否定了这种错误的理论。他从动物的身体上分离出一段动脉，然后将两个结扎部位之间的部分切开，结果流出了鲜红的血液。他还用十分精细的手术，将鸽子颈部一条支配喉头肌肉的神经——喉返神经分离出来，将它剪断，结果鸽子其余的一切功能都未改变，只是永远不会啼叫了。在神经生理学方面，他通过脊髓切断实验获得了划时代的发现，在第一、第三椎骨间切割脊髓，动物立即死亡；在第三、第四椎骨间切割，导致呼吸抑制；第六椎骨以下切割，造成胸部肌肉麻痹；而在更下方切割脊髓，则仅引起下肢、膀胱和肠道瘫痪。这样他首次证明了脊髓的节段性机能。他还是第一个结扎双侧输尿管的人，他发现结扎输尿管之后，尿液积存于结扎部位上方的肾脏和输尿管，而膀胱内并无尿液，证明尿液是在肾脏形成的，与膀胱无关。
从希波克拉底到盖仑，对人体生理功能、病理变化等方面的认识和推测以及受哲学思想影响等方面，与《内经》时代的中医学是何等的相似。这里我们并无意说明东西方医学在早期的形成阶段谁优谁劣，也没有必要去这样评判，事实上也根本不能用这样的标准来评价两种医学。我们的目的是，通过对东西方医学形成和发展进程的考察，探寻其思想轨迹，比较其思维形式。
我们承认，在医学的形成发展过程中，其理论体系的建立，一定会受某种哲学思想的影响和支配，东西方医学皆如此。我们也承认，在某些事件的发生上，也必然存在着一些偶然的因素。如对于膀胱的认识，盖仑第一个结扎了单侧和双侧输尿管，证明了尿液在肾脏中形成；而《内经》由于受气化理论的影响，尽管也认识到肾与水液代谢的关系，但却把肾与膀胱完全“割断”了，仅靠“气化”来维系着。然而，《内经》在另一些方面却做出了直到今天仍让人感到惊讶的事情，如对视神经束的认识和对消化道长度测量的精确程度。
所以我们说，科学家是人类科学技术发展的载体，各个时代的科学家是那个时代科学技术的创造者，是科学技术的代表和体现者。如果说人类科学事业是一条无限向前延伸的锁链的话，那么，科学家就是连接这条无止境延伸的锁链的一个个环。
面对两种不同的政治文化背景，受不同哲学思想的影响和支配，从而形成两种不同的医学体系，这并不奇怪。然而令人惊奇的是，不同地域所形成的两种医学又有许多相似之处。
如前所述，希波克拉底学派医学主张的综合观念以及把人与自然联系为一体的思想，与《内经》所注重的整体观念，从基本的思维形式上看，非常一致。但并不能因此就认为东西方医学理论在其各自的形成阶段就表现出了思想上的一致性。
之所以会出现这样的情况，我们应从当时的政治、文化、科学技术背景来分析，应从当时人们的思维水平和思维能力来分析，更应从当时人们对人体生理、病理的认识水平来分析。当时生产力水平非常低下，理论思维和认识能力有限，关于人体生理、病理的知识非常贫乏，来自于技术和思想等方面的各种限制以及解剖、实验、观察手段极为原始。在这种情况下，对人体的认识人们所依赖的，除直接观察和借助动物解剖进行推理外，主要是猜测。这种猜测和推理只能是整体的和综合的，尽管也有在当时原子论影响下形成的有关人体内部的分析，就像对人体的解剖分析一样，但这毕竟十分有限，占主导地位的仍然是综合的和整体的。
问题的关键是，随着科学和思维的发展，以及人们对人体了解程度的加深，在医学科学中思维向着什么方向延伸，并最终形成什么形式的医学科学理论体系，这都是历史的必然。
东西方医学在各自的形成和发展过程中，受哲学思想影响和支配都是明显的。希波克拉底学派医学的“四体液学说”，是在古希腊哲学家“四元素学说”的基础上提出来的。盖仑关于心血管系统及其功能的描述，尽管是错误的，但也以传统的“精气学说”为根据。《内经》的情况与西方医学有明显不同，它以哲学理论为基本框架，建构了一个庞大的中医学理论体系，通过概念上实现从哲学向医学的转化，将古代哲学理论完全融于中医学理论之中，最后形成了哲学范畴与医学概念相互交织，用抽象概念说明具体问题，用哲学理论表述医学内容，理论混乱、概念内涵不明确这样的局面。这种区别的根本点在于：在利用哲学理论说明人体组织结构、生理功能、病理变化的过程中，是建立在经验、实验、观察基础上的理论说明，还是以哲学理论为指导，运用比类取象方法所进行的理论说明；是只借助哲学的理论思维方式，还是用哲学理论代替医学理论；是完全建立在对被观察对象进行客观基础上的理论概括，还是为附和某种理论而不完全符合事实的牵强附会。在这些方面，应该说西方医学更理智，中医学则更辩证。两种不同的思维方式，引导着东西方医学分别走向不同的道路。
希波克拉底医学的基本特征是：它建立在自然科学的广泛基础上，在临床医学上有丰富的经验，因果关系上有清晰而合乎逻辑的推理，这些基础使这一医学体系有了发展的可能。尽管这种体系对于解剖学知识全然无知，但是由于有正确的观察和深奥的推理，因此也能得到部分的补偿。
中医学里的阴阳学说、五行学说、气学理论等，其应用范围已远远超出了以希波克拉底学派和盖仑为代表的《内经》时代的西方医学对哲学的应用，涉及人体组织结构、生理功能、病理变化、疾病诊断、药物分类、药性分析、养生防治等多个方面，形成了一整套完整的理论体系，千百年来有效地指导着中医学的临床实践，为中华民族的繁衍昌盛和推动世界医学的发展，作出了积极的贡献。
需要说明的是，我们做这样的分析，并不是比较其间的优劣，它们之间也根本无优劣之分。我们的目的仍然是通过大量事实和理论分析，探寻两种医学体系形成与发展的思想轨迹，以期找出两者向着不同方向发展的原因以及它们的异同点，为促进中医学的发展奠定理论基础。
如果说西方医学在解剖学方面的限制是来自于宗教，在东方尤其是在《内经》时代的早期却没有看到多少限制。解剖学为什么在《内经》时代以后的相当长的时期里没有得到发展，就西方而言主要来自于宗教的影响，就东方而言则主要来自于尊古崇圣思想的影响，尤其是儒学思想的影响。看来，解剖学所面临的困境并不在东西方医学的形成阶段，而是在其发展过程中。
有关的解剖知识，东西方医学都可追溯到比《内经》时代更早的时期，如亚历山大里亚学派时期自由解剖尸体的风气和《内经》时代之前有关解剖学方面的记载。这里有一个很有意义的问题，西方医学史把早期的哲学学派——亚里士多德所说的伟大的意大利哲学学派看作是科学医学的曙光，该学派的学说曾成为科学医学最重要的基础。因为在此之前，医学尚处于本能医疗、经验医疗、魔术医疗、僧侣或宗教医疗等阶段。
但是，也应当看到这样一些事实：医学发展到具有实际知识和纯熟技术的高度，它仍然表现为一种纯粹的直接实用的医学，完全应用于为病人解除痛苦和延长生命的现实目的。用不着去找基本原因，更不必用逻辑去推求所看到的现象的原因和结果。实际上最初的哲学家也是博物学家和生物学家，他们从研究人又转向研究宇宙。他们认为宇宙是一个整体，用这种思想反过来研究人，建立了不可磨灭的哲学理论。
从有关资料来看，希波克拉底学派的解剖知识，是建立在动物解剖经验上的，所以，在希波克拉底医学学派中看不到多少明显或直接受宗教影响的痕迹。而到盖仑时代，人体解剖已被严格禁止。
在动物解剖方面，盖仑无疑比以前任何人都更有研究，他毫不犹豫地把动物解剖的研究成果转移到人体解剖上来。由于他的学说如在生理方面认为灵气是生命的要素，基本上与基督教的教义相符合，因而很快便得到教会的支持，他的权威性也因此得到相应的保证。这一点可以说明为什么他的学说一直到文艺复兴为止，都没有改变，并且处于不可动摇的地位；也可说明为什么他的解剖学观察曾被认为是唯一的经典，甚至不允许批判或试图拿它做试验，那些敢于对他的言论的真实性加以质疑的人，就被当作“异端”。另外，他的一神论体系又使他受到阿拉伯和希伯来医学的尊重，在数世纪中他一直保持着一种没有批评余地的地位。
我们应当承认，医学的形成是从研究人体开始的，就像哲学家也是首先从研究人开始，逐渐转向自然和社会一样，研究人是一切思想形成的前提和基础。对人的研究始于人体解剖。从这种意义上讲，解剖学是医学科学形成的唯一的基础。
从《内经》的全部内容来看，有大量的解剖学知识的记载。通过东西方医学的比较，我们看到，《内经》时代的解剖学成就一直居世界医学的前列，有些内容甚至可以与现代解剖学相媲美。
从《内经》早期作品的内容和《内经》之前有关解剖学（或外科学）的记载情况来看，在当时，解剖学是医学科学发展过程中的一种自觉的行为，并没有看到多少像西方那样因受宗教或其他影响而被严令禁止的迹象，可以认为那完全是为了医学发展的需要而开展的。从《灵枢·经水》所说“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而视之。其脏之坚脆，腑之大小，谷之多少，脉之长短，血之清浊，气之多少，……皆有大数”，反映出《内经》时代对人体外部、内部都有了一定的了解，解剖已成为认识人体内部不可或缺的方法之一。而且从有关篇章对人体消化道长度的记载来看，《内经》时代的解剖学水平已达到了相当的高度，远远高于《内经》时代的西方医学。
的确，第一部解剖学著作是中国人写的。但是，为什么解剖学在中医学没有得到应有的发展？我们认为有以下几个方面的原因：
（1）尊古崇圣思想的影响，此风延续至今，超过盖仑对西方医学的影响。
（2）传统文化中整体思想的束缚。
（3）《内经》时代后期儒学思想的影响。