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传说中原各族的共同祖先本姓公孙，生长于姬水（今陕西武功漆水河）之滨，故后改姓姬。居轩辕之丘（在今陕西省武功县），故号轩辕氏。少典之子（少典：一说是部族名，一说是人名），以土德王，土色黄，故称黄帝。《易·系辞下》载：“神农氏没，黄帝、尧、舜氏作，通其变，使民不倦。”孔颖达疏：“黄帝，有熊氏少典之子，姬姓也。”《史记·五帝本纪》载：“黄帝者，少典之子，姓公孙，名曰轩辕。生而神灵，弱而能言，幼而徇齐，长而敦敏，成而聪明。”司马贞索隐：“有土德之瑞，土色黄，故称黄帝，犹神农火德王而称炎帝然也。”其生卒年份为公元前2 697年—公元前2 599年。
黄帝有25子，得姓者14人。黄帝死后葬于桥山。其孙高阳立，即颛顼帝。颛顼死后，黄帝曾孙高辛立，即帝喾。喾死，子放勋立，即尧。尧死，舜立，舜是颛顼的六世孙。黄帝、颛顼、帝喾、尧、舜即是五帝。黄帝是五帝之首。
黄帝与炎帝是华夏民族的始祖。《国语·晋语》载：“昔少典娶于有
氏，生黄帝、炎帝。黄帝以姬水成，炎帝以姜水（今陕西宝鸡清姜河）成。成而异德，故黄帝为姬，炎帝为姜。二帝用师以相济也，异德之故也。”这是中国历史上最早记载炎帝、黄帝诞生地的史料。因此，炎黄二帝都是起源于陕西省中部渭河流域的两个血缘关系相近的部落首领。后来，两个部落争夺领地，展开阪泉（一说今山西运城解池附近，一说今河北涿鹿东南）之战，黄帝打败了炎帝，两个部落渐渐融合成华夏族，华夏族在汉朝以后称为“汉人”，唐朝以后又称为“唐人”。炎帝和黄帝也是中国文化、技术的始祖，他们以及他们的臣子、后代创造了上古几乎所有重要的发明。
《重广补注黄帝内经素问·序》：
在昔黄帝之御极也，以理身绪余治天下，坐于明堂之上，临观八极，考建五常，以谓人之生也。负阴而抱阳，食味而被色，外有寒暑之相荡，内有喜怒之交侵，夭昏札瘥，国家代有。将欲敛时五福，以敷锡厥庶民，乃与岐伯上穷天纪，下极地理，远取诸物，近取诸身，更相问难，垂法以福万世。于是雷公之伦，授业传之，而《内经》作矣。历代宝之，未有失坠。
又《黄帝内经素问注》序：
夫释缚脱艰，全真导气，拯黎元于仁寿，济羸劣以获安者，非三圣道则不能致之矣。孔安国序《尚书》曰：伏羲、神农、黄帝之书，谓之三坟，言大道也。班固《汉书·艺文志》曰：《黄帝内经》十八卷。《素问》即其经之九卷也，兼《灵枢》九卷，乃其数焉。……然而其文简、其意博、其理奥、其趣深，天地之象分，阴阳之候列，变化之由表，死生之兆彰，不谋而遐迩自同，勿约而幽明斯契，稽其言有微，验之事不忒，诚可谓至道之宗，奉生之始矣。
为什么医书独独和黄帝发生关系？可从三方面讨论其原因：
其一，阴阳五行说是由邹衍发展完备的。《史记·孟子荀卿列传》说邹衍“其语闳大不经，……先序今以上至黄帝，学者所共术”，可见邹衍是特别推崇黄帝的。医学家采用了阴阳五行说做医学理论，受邹衍的影响，当然要和黄帝发生关系。
其二，从现在研究的成果来看，依托黄帝之医籍，在汉代以前已有之。如西汉司马迁《史记·扁鹊仓公列传》记载公乘阳庆授仓公淳于意古先道遗传之书中，就有《黄帝扁鹊之脉书》。1973年在湖南长沙马王堆汉墓出土的古医书《十问》中，就有“黄帝问天师”、“黄帝问大成”、“黄帝问曹熬”、“黄帝问容成”等内容。除医籍之外，依托黄帝之书在先秦及秦汉其他文献中亦不少见。如《汉书·艺文志》收集托名黄帝及其群臣的著作20多部，其中10多部被班固注明为“依托”，依托之人多在战国时期。汉初黄老之学大盛于世，托名黄帝之风更甚于战国。如汉代淮南王刘安《淮南子·修务训》所云：“世俗之人多尊古而贱今，故为道者必托之于神农、黄帝而后能入说。”
宋代司马光《传家集·与范景仁第四书》云：“谓《素问》为真黄帝之书，则恐未可。黄帝亦治天下，岂可终日坐明堂，与岐伯论医药针灸耶？此周汉之间医者依托以取重耳。”朱熹《文集·古史余论》亦云：“窃意黄帝聪明神智……而世之言此者，因自托焉，以信其说于后世。”至明代，王袆《青岩丛说》云：“《内经》谓为黄帝之书，虽先秦之士依仿而托之，其言质奥而义弘深，实医家之宗旨，殆犹吾儒之六经乎。”方孝孺《逊志斋集·卷四·读三坟书》亦云：“然世之伪书众矣，《内经》称黄帝，《汲冢书》称周，皆出于战国、秦汉之人。”宋景濂《文集》又云：“《黄帝内经》虽疑先秦之士依仿而托之。其言深，其旨邃以弘，其考辨信而有征，是当为医家之宗。”清代崔述《补上古考信录·卷上·黄帝说》亦云：“世所传《素问》一书，载黄帝与岐伯问答之言，而《灵枢》《阴符经》或亦称为黄帝所作。至战国诸子书述黄帝者尤众。余按黄帝之时，尚无史册，安得有书传于后世……因假托之以为言耳。”
可见，《黄帝内经》
书名冠以“黄帝”，显为崇古依托。
其三，《内经》的思想与道家有相当大的关系，道家推崇黄帝，汉初黄老并称，医家自然要与黄帝发生关系。
关于《内经》的成书时代，高保衡等《甲乙经新校正·序》：“或曰《素问》、《针经》、《明堂》三部之书，非黄帝书，似出于战国。”
宋代司马光：“然谓《素问》为真黄帝之书，则恐未可。黄帝亦治天下，岂可终日坐明堂，与岐伯论医药针灸耶？此周汉之间医者依托以取重耳。”
宋代程颢：“《素问》之书，必出于战国之末，观其气象知之。”
明代方孝孺：“然世之伪书众矣，如《内经》称黄帝，《汲冢书》称周，皆出于战国、秦汉之人。故其书虽伪，而其人近古，有可取者。”
清代魏荔彤《伤寒论本义》：“轩岐之书，类春秋战国人所为，而托于上古。”
有学者从人体词语的使用情况研究《素问》的成书时代，发现在《素问》中，头和首、肌和肉、皮和肤、眼和目等这些常见人体词语出现频率很高，分布广泛，意义用法也出入不大，有其用词的习惯和特色，与战国时代的作品有很大差别，更接近于汉人的作品。
也有学者从菽豆演变和干支纪年两方面研究《内经》的成书时代，认为“从干支纪年在西汉时才出现、在《淮南子》中才见记载来看，《黄帝内经》不可能在春秋、战国或秦汉之际就已成书，时间要晚，很可能是在西汉，在《淮南子》之后才成书的”。
还有学者从语言学方面对《内经》的成书时代进行探索，提出：“《黄帝内经》一书经历了多次改编和修订，流传至今早已不复当初的面貌，尽管如此，通过语言学的考察，大致能确定其主要部分应成书于春秋战国时代。”
我们认为，关于《内经》一书的成书时代，龙伯坚的研究最全面、最中肯。他分别对《素问》和《灵枢》的成书时代进行了考证，认为：
《素问》前期作品，上不能早于扁鹊［战国时期医学家，约生于周威烈王十九年（公元前407年），卒于赧王五年（公元前310年）］，下不能晚于仓公（约公元前205年—？）。其中不讲阴阳五行的部分大概是公元前4世纪的作品，讲阴阳五行的部分大概为公元3世纪中后期的作品。其中有的部分可能是西汉的作品。
《素问》后期作品，著作时代比较晚，如《六节藏象论》第一段《新校正》疑为王冰补入；《至真要大论》中药物的上中下三品，以及方剂的君臣佐使比《神农本草经》进步，说明是东汉时期的作品。
《素问》中个别的后期作品，如《灵兰秘典论》中的“中正之官”、“州都之官”，是曹魏以后才有的官名。
即《素问》一书是战国时代的许多医学家将以前历代口耳相传的经验汇集后所做出的书面总结，后来又掺入了西汉和东汉医学家的作品。它最早的著作时代大概是公元前4世纪，最晚的著作时代大概是公元2世纪，其中也有个别公元3世纪以后的作品掺入在内。这是集体劳动的成果，不是属于某一个人的。《四库全书简明目录·黄帝素问》条说：“其书云出上古，固未必然。然亦必周秦间人传述旧闻，著之竹帛。”这一说法是正确的。
关于《灵枢》的真伪问题，曾经有很长时间的争论。宋代晁公武和元代吕复都提出过怀疑，清代杭世骏肯定该书是王冰伪托的，《四库全书总目提要》同意他这一说法。后来经过陆心源和余嘉锡的详细考证，认为此书在《难经》、《甲乙经》时代就有，不是唐宋以后的。该说可以成为定论。
《素问》在唐代王冰编次注解的时候，已经亡佚了第七十二《刺法论》和第七十三《本病论》两篇。到了北宋高保衡、林亿等校正医书的时候，这两篇忽然又出现了，有经文并且还有注文。《新校正》当时就怀疑，认为没有可取的地方。日本丹波元简认为这两篇的经文和注解都是出于一人之手，辞理浅薄，肯定是王冰以后的人所伪造的。《素问》遗篇的著作时代，是在王冰以后，高保衡、林亿之前，大概是在公元9、10世纪。
今天的《内经》、《素问》经过王冰编次注解，又经宋代校正。而《灵枢》是宋哲宗元祐八年（公元1093年）高丽所献的《针经》经史崧由九卷改编为二十四卷而成的。原本《灵枢》虽曾经高保衡等校正，但当时所校正的是一残本，已失。
总之，我们今天所见到的《内经》一书，非一人一时之作。正如元明间人戴良《九灵山房集·卷二十七·沧州翁传》引吕复言：“《内经·素问》，世称黄帝、岐伯问答之书，乃观其旨意，殆非一时之言。其所撰者，亦非一人之手。”
“黄帝内经”这一名称最早见于《汉书·艺文志·方技略》，其“医经”部分载：“《黄帝内经》十八卷，《外经》三十七卷。”“内经”与“外经”是相对的名称。《汉书·艺文志》是东汉班固根据西汉末年刘歆所撰的《七略》编成的。这表明在刘歆时代，即公元前1世纪的末年已有“黄帝内经”这一名称。
《史记·扁鹊仓公列传》说：“长桑君……乃悉取其《禁方书》尽与扁鹊。”公元前5世纪上半期扁鹊时代只有“禁方书”的名称，并无“内经”名称，而且医书和黄帝也没有发生关系。
据《史记·扁鹊仓公列传》，在高后八年（公元前180年），仓公的老师公乘阳庆传给他一批医书，即《黄帝扁鹊之脉书》、《上下经》、《五色诊》、《奇咳术》、《揆度》、《阴阳外变》、《药论》、《石神》、《接阴阳禁书》。此时医书与黄帝便有了关系。
“素问”之名最早见于《伤寒杂病论·自序》：“余宗族素多，向余二百，建安纪元以来，犹未十稔，其死亡者，三分有二，伤寒十居其七。感往昔之沦丧，伤横夭之莫救。乃勤求古训，博采众方，撰用《素问》、《九卷》、《八十一难》、《阴阳大论》、《胎胪药录》，并《平脉辨证》，为《伤寒杂病论》合十六卷，虽未能尽愈诸病，庶可以见病知源，若能寻余所集，思过半矣。”
“灵枢”之名，《新校正》曰：“又《素问》外九卷，汉张仲景及西晋王叔和《脉经》只谓之九卷，皇甫士安名为针经，亦专名九卷。杨玄操云：《黄帝内经》二帙，帙各九卷。按《隋书·经籍志》谓之九灵，王冰名为灵枢。”
（一）“内经”命名的由来
在古代医学著作中，以“经”为书名的除《内经》外，尚有《神农本草经》、《针灸甲乙经》、《难经》、《中藏经》等。“经”字的含义，《左传·昭公二十五年》：“夫礼天之经也。”注云：“经者，道之常也。”陆德明《经典释文》解释谓：“经者，常也，法也，径也，由也。”
“内”和“外”是相对而言的。如《汉书·艺文志》所载书目，医经七家中有《黄帝内经》、《黄帝外经》，《扁鹊内经》、《扁鹊外经》，《白氏内经》、《白氏外经》等。如《医籍考》说：“犹《易》内外卦及《春秋》内外传、《庄子》内外篇、《韩非》内外诸说，以次第名焉者，不必有深意。”
关于“内经”命名的由来，明清之际，也有诸多解释。如吴昆说：“五内阴阳谓之内，万世宗法谓之经。”
（二）“素问”命名的由来
全元起说：“素者，本也。问者，黄帝问岐伯也。方陈性情之源，五行之本，故曰素问。”马莳、吴昆、张介宾等认为是“平素问答之书”的意思。
林亿《新校正》说：“按《乾凿度》云：夫有形者生于无形，故有太易，有太初，有太始，有太素。太易者，未见气也。太初者，气之始也。太始者，形之始也。太素者，质之始也。气形质具而疴瘵由是萌生，故黄帝问此太素，质之始也，素问之名，义或由此。”
（三）“灵枢”命名的由来
马莳曰：“谓之曰灵枢者，正以枢为门户，阖辟所系，而灵乃至神至玄之称，此书之功，何以异是。”
丹波元胤曰：“今考《道藏》中有《玉枢》、《神枢》、《灵轴》等之经，而又收入是经……则《灵枢》之称，意出于羽流者欤！”
关于三个书名，张介宾的注释或许更通俗易懂。即“内者性命之道，经者藏道之书。平素所讲问，是谓《素问》。神灵之枢要，是谓《灵枢》”（《类经·一卷》）。