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（1）财政与银行各自的发展。
20世纪90年代，我国的资金运行状况已经发生了深刻变化。90年代初，在企业投资的资金来源中,70%来源于财政之外。即使是在国家投资的“盘子”里，银行贷款和企业“自筹”也是主要的资金来源。这与改革之初资金由财政统收统支完全不同，这一变化使得金融政策在宏观经济调控中占据了主导地位。从1993年开始，按照《国务院关于金融体制改革的决定》，中国人民银行进一步强化金融调控、金融监管和金融服务职责，划转政策性业务和商业银行业务。1995年3月18日，《中华人民共和国中国人民银行法》颁布，首次以国家立法形式确立了中国人民银行作为中央银行的地位，标志着中央银行体制走向了法制化、规范化的轨道。5月10日，第八届全国人民代表大会常务委员会第十三次会议又通过了《中华人民共和国商业银行法》，开创了商业银行新时代。1997年11月，我国召开第一次全国金融工作会议，确定了一系列金融改革的方针、政策和措施，明确指出国有商业银行改革的重要性，提出必须加强信贷管理，降低不良贷款比例，明确将四大专业银行改造为四大商业银行。
财政方面,1994年实施的分税制改革成效无疑是明显的。改革前的1993年，国家财政收入仅为4 348.95亿元；到了2003年，财政收入猛增至21715.25亿元,10年间增长了4倍，财政收入占GDP的比重由1993年的12.6%提高到2003年的18.6%，中央财政收入占全国财政收入的比重由39%提高到54.6%。国家财政实力的增强和中央财政收入规模的壮大，有力地支持了财政职能的发挥，中央政府的宏观调控能力也随之加强。
（2）财政银行“连裆裤”关系的变化。
在我国相当长的一段时期内，财政出现赤字会自动向中央银行借款或透支，而财政出现结余，则自动由中央银行占用。
1993年，国务院下发通知，要求财政不得向中央银行透支。同年12月25日，《国务院关于金融体制改革的决定》正式下发，文件要求“财政部停止向中国人民银行借款，财政预算先支后收的头寸短缺靠短期国债解决，财政赤字通过发行国债弥补”。此后，《预算法》和《中国人民银行法》相继颁布实施，这两部法律正式以立法的形式切断了财政和央行的这种直接联系。其中《中国人民银行法》第29条明确规定，“中国人民银行不得对政府财政透支，不得直接认购、包销国债和其他政府债券”。从1994年起，国家财政改变了债务收入不列赤字、财政赤字通过向中央银行透支或借款弥补的传统做法，而以国际通行的口径计算赤字，以国际通行的做法弥补赤字，即债务收入不列正常财政收入。此项改革对于推动财政与银行关系的正常化起到了巨大作用。2002年12月，财政部与中国人民银行联合发布《国库存款计付利息管理暂行办法》，开始实行国库存款计息，这是新中国成立以来财政资金首次按照货币市场化计价（谢旭人,2009,p.75）。
（1）财政银行配合不协调。
中国人民银行自1984年从财政部脱离出来，单独履行中央银行职能以后，与财政部共同管理宏观经济。从目标特征点来看，财政政策更侧重于结构调整，货币政策更注重需求总量调整，但在实际配合中，两者之间缺乏调控机制与作用的协调，导致产业结构至今调整缓慢；从长期目标看，财政政策与货币政策都承担了促进经济增长的重要职能，使得两者的目标缺乏明确的界定；从阶段特征来看，两者的政策目标都带有浓重的相机抉择特性，财政政策正在试图降低与经济冷热的相关性，而货币政策的经济增长“发动机”功能也逐渐向“稳定器”功能转变，使得各个政策内部存在的协调问题表现到外部的政策目标上的冲突愈发明显。二者的不协调主要体现在以下几点（姚云琦,2007）：
①财政政策工具与货币政策工具之间的不协调。国债管理是财政政策和货币政策的连接点。中央政府通过国债的发行调整政府财政支出，执行扩张或紧缩的财政政策；中央银行在公开市场通过买卖国债调整市场利率，影响公众的投资和产出。但是，由于央行在手持政府债券难以满足公开市场操作回笼基础货币需求的情况下,2002年开始通过发行央行票据来进行公开市场操作。自此以后，央行票据的发行量逐年攀升，成为银行间债券市场的头号交易品种，这对同期限的国债品种产生了挤出效应。特别是进入2005年，央行票据的中期化趋势已经十分明显，进一步影响到中长期国债利率，使国债的价格随之波动。
②财政部门和银行部门配合的步调不一致。在新的宏观经济形势下，财政部与央行在政策手段上缺乏配合。如1996年以后一段时期，中国人民银行曾连续8次降低存、贷款利率。而在这期间，国家财政部发行国债与银行下调利率的步调不一致。1998年2月财政部发行国债，当这笔国债还没有认购完毕时，中国人民银行于3月25日宣布下调金融机构存、贷款利率，银行存贷款利率明显低于国债发行利率，给财政部造成很大压力。财政部不得不做出临时决定，暂停这次国债的发行工作，把国债的利率降低到与银行存款利率大致相同的程度继续发行。财政与银行配合的步调不一致，使国家财政背上了沉重的包袱，国债的成本大幅度增加，国债变成了代价高昂的收入,1997年国债发行规模为2 500亿元，发债成本就在450亿元左右。又如1998年，我国经济出现了严重的需求不足、通货紧缩、经济增长乏力的现象。为了刺激国内需求，拉动经济增长，实施了一系列积极的财政政策。如向国有商业银行增发1 000亿元国债，向国有独资银行发行2 700亿元特别国债等政策。但银行部门却很少有重大的政策出台，基本上实行的是紧缩政策，造成了国家财政的压力不断加重，不仅影响了扩大内需的效果和潜力，更重要的是加重了国家财政的风险。
③财政政策与货币政策的政策目标和时效不配合。货币政策和财政政策的协调配合是两种长短不同的政策时效的搭配。货币政策则以微调为主，在启动经济增长方面明显滞后，但在抑制经济过热、控制通货膨胀方面具有长期成效。财政政策以政策操作力度为特征，有迅速启动投资、拉动经济增长的作用，但容易引起过度赤字、经济过热和通货膨胀。因而，财政政策发挥的是经济增长引擎作用，只能作短期调整，不能长期大量使用。而我国目前在两种政策工具的使用上并没有具体的长、短期划分，财政政策运用较多，货币政策在遇到宏观经济的过热局面时显得手段不够，效果不佳。并且，货币政策的总量调节和财政政策的结构调整并没有完全达到预期目标。
（2）金融风险财政化。
金融风险财政化是指用财政手段解决银行等金融机构存在的问题，使金融风险通过向财政传导或转移得以释放。由于银行在现代市场经济中的核心地位，其稳定与否关系到整个经济的安全与可持续性，并会影响到社会的安定。因而，一旦金融体系出现问题，金融危机爆发的可能性便会加大，因此政府必然会介入，化解金融风险。
①财政为银行追加注资。在转型经济国家的银行业重组过程中，针对国有银行的注资行动十分普遍。经验研究结果表明，尽管快速步入市场经济轨道和实现银行的市场化转型是绝大多数发展中国家特别是转型经济国家的一种长期愿望，但剧变式的银行私有化和市场化很难行得通。于是，通过政府的注资与刻意推动来使国内银行业特别是政府银行业达到巴塞尔协议标准的要求，从而得到国际社会的普遍认可（如更高档次的评级）已经成为这些国家政府和银行业界竞相追逐的改革时尚，并在很大程度上左右着银行改革决策者的思维倾向（张杰,2004）。
东南亚金融危机以后，财政部便以出资人身份承担了处置银行业不良资产的责任，使银行的风险向财政传导。1998年，财政部发行了2 700亿元特别国债专项补充四大国有银行的资本金，以提高其资本充足率。2004年，通过国务院批准设立的中央汇金公司分别向中行和建行注资225亿美元，用于提高资本充足率，而汇金公司的终极所有人和出资人无疑就是财政部（申学锋,2006）。2005年国家动用150亿美元外汇储备补充工商银行的资本金（谢旭人,2009,p.130）。1994年以来，财政部通过税收返还、财政拨付等方式，分别向国家开发银行、中国农业发展银行和中国进出口银行拨补了500亿元、200亿元和50亿元注册资本金;2007年末通过汇金公司向国家开发银行补充了200亿美元的资本金（谢旭人,2009,p.132）。
②财政出资解决金融机构的退出问题。1995年以来，中央财政与地方财政分别或共同出资解决了一些金融机构的重组与退出问题。如2006年，中央财政与广东省政府共同建立了共管基金，用于弥补广东发展银行的重组资金缺口（谢旭人,2009,p.134）。
③消除银行等金融机构的历史包袱。1997年财政部冲销了国有商业银行的呆账300亿元,1998年又冲销了400亿元。2003—2005年在工商银行、中国银行、建设银行财务重组时，财政部核销了代表国家持有的三家银行所有者权益；在工商银行改制时，财政与工商银行建立共管基金，分期购买工商银行的损失类资产。为了帮助农村信用社消除历史包袱,2003年中央财政对亏损的农村信用社给予补贴，截至2007年末拨付88.01亿元补贴资金（谢旭人,2009,pp.130 135）。
④成立资产管理公司，收购国有商业银行的不良资产。1998年，国务院按照建行、工行、中行、农行四大国有商业银行的归口，分别成立了信达、华融、东方、长城四家资产管理公司，专门处置各银行的不良贷款，当年四家公司剥离了四大行1.4万亿元的政策性不良资产。
2004年，中行和建行进入股份制改革阶段。根据改革方案，此次财务重组的基本思路是先将两家银行原有的所有者权益、准备金和2003年利润全部转为风险准备，专门用于核销资产损失。中、建两行的未核销部分1 498亿元和1 289亿元“可疑类贷款”按市场方式出售给资产管理公司。尽管此次剥离引进了一些市场机制，有别于上次的做法，但本质上仍是财政埋单（阎坤、陈新平,2004）。
⑤中央财政的明补和暗补。一些被关闭的金融机构对外主权债务由中央财政负责偿还，这是中央政府的明补。在处理一些被关闭的金融机构时，对接手其相关资产和债务的国有商业银行，在一定期限内，可减免上交中央银行的再贷款利息，这等于中央财政提供了暗补（阎坤、陈新平,2004）。
（3）财政风险金融化。
①中央财政风险金融化。1994年以后，我国虽然从法律上阻止了财政向中央银行透支或借款，但是，一方面1994年以前的借款未归还，依然是影响货币政策的因素之一，直到2003年，中央财政向人民银行发行1 660亿元可转换国债，才解决了1994年以前历年财政向央行借款的历史遗留问题（谢旭人,2009,p.78）。另一方面，由于我国体制上的历史原因，导致央行缺乏独立性，在货币发行上存在财政部的“倒逼”现象，即财政部直接或间接地向央行强行借钱，央行不得不投入基础货币，加大了通货膨胀的压力。在面对更大的通货膨胀压力的年份里，这样的行为无疑加大了金融风险（姚云琦,2007）。
另外，政策性银行欠账导致基础货币的扩张呈刚性。我国在1994年成立3家政策性银行，其初衷之一就是割断政策性金融与基础货币之间的联系，从财政中分离出一部分资金对一些产业进行直接扶持。然而其结果却是，财政对政策性银行的巨额欠款，包括：财政对政策性银行所欠拨款；财政对政策性银行所欠补贴；财政所欠对农副产品采购企业的政策性亏损部分的补贴，从而导致中央银行对政策性银行发放的再贷款有增无减（姚云琦,2007）。
②地方财政风险金融化。我国地方各级政府存在不同程度的财政紧张，于是地方各级政府开始向基层银行分支机构转移财政风险，地方财政风险金融化问题比较突出。
第一，地方政府不规范的改制行为。在企业制度改革中，地方政府不规范的改制行为使金融资产蒙受了巨大的损失，实际上是银行为地方政府承担“改革”成本。在过去相当长一段时期，企业特别是国有企业承担了大量的社会责任，形成了大量的“财政隐性赤字”。在企业制度改革过程中，许多隐性赤字、历史问题逐渐显现出来，需要地方政府加以解决。地方政府在企业与银行的利益平衡上往往倾向于本地企业，甚至用牺牲银行利益的做法来保护企业利益。而且地方政府总想通过改制，帮助企业卸下包袱、轻装上阵，有的地方甚至借改制之名，行逃废债务之实。银行信贷资金被地方视为“准财政资金”加以运用，地方政府盲目兴办项目，一味追求“速度”、“政绩”而导致的低水平重复建设，并为此付出的改革费用，大部分都在银行“报销”（人民银行泰州市中心支行课题组,2004）。
第二，地方政府长期热衷于自办金融。地方政府自办金融在全国范围内普遍存在，如各种形式的社会集资、股金会、基金会等，由此产生的地方财政风险绝大部分已经或正在以各种名义“合法”地转嫁给基层银行分支机构。地方政府还存在以各种名目向人民银行融资的情况。如1997年在清理整顿信托投资公司、城市信用社、农村基金会、城市“三乱”（即乱批设金融机构、乱开展金融业务、乱集资）过程中，为解决被撤销金融机构支付个人合法债务和外债的资金缺口,26个省、市、自治区以地方财政作担保，总计向中国人民银行总行申请了1 411亿元的再贷款，而地方财政的还款能力明显不足。这样以央行的再贷款来解决此问题，无疑是将不良贷款“货币化”（人民银行泰州市中心支行课题组,2004）。
第三，地方财政供给范围内的公共部门负债日趋加重。随着地方财政供给范围内的公共部门负债日趋加重，受地方政府利益诱导的基层银行分支机构自觉不自觉地充当了“第二财政”的角色。长期以来，由于地方财力不足，各级政府对文教科卫、社会保障等社会性支出严重欠账，于是各级政府纷纷把目光转向了当地银行部门，希望通过当地银行部门调剂资金解决社会支出不足的难题。当地政府往往采取“银行贷款，财政贴息”的办法，来解决燃眉之急。一些财政拨款的事业单位，如各类各级学校也通过向银行贷款的办法来发展教育事业，形成巨大的债务包袱。地方政府采用银行贷款填补缺口的做法，无疑是“拆东补西”的权宜之计，其最终受害者都将是银行机构（人民银行泰州市中心支行课题组,2004）。
第四，地方政府投资欲望与日俱增。1998年我国实施了积极的财政政策，在政策的推动下，一度沉寂和压抑已久的地方政府投资热情被激发，各地掀起了一股以地方政府直接投资为主的投资热潮。但由于受地方财力严重匮乏的限制，地方政府维系高投入主要靠举债。在政府举债投资方式上，由于国家对地方政府直接举债行为进行了严格限制，越来越多的地方政府采用变通方式来举债，如通过成立类似“窗口公司”的负债载体来筹集资金。为了达到借贷主体合法化和筹资方便，地方各级政府部门尤其是地市级政府部门近年来纷纷设立各类公司，如城建部门成立城市基础设施建设公司，财政部门成立国资经营公司，交通部门根据道路名称成立建设公司，等等。这些企业又通过出资、参股裂变为多家独立法人企业，分别进行筹资，从事政府投资活动。在当前政府举债投资的资金中，银行信贷资金逐年增加。地方政府运用“变通”方式推动基层银行过多介入政府投资领域，形成了大量信贷资金长期化、财政化趋势，发展到一定阶段，必将形成信贷资金“空壳化”，为此银行业要为地方政府或财政承担巨额的资产损失，银行业的风险状况有可能进一步加剧。
此外，地方财政风险金融化还可以通过很多间接途径实现。如地方政府向企业征收过头税或增加税外负担将导致银行信贷资金间接财政化，地方政府违背企业意愿或超出企业承受能力要求企业进行项目投资，在地方企业大部分的营运资金依赖银行贷款的现实情况下，将投资风险间接转嫁给金融机构等（人民银行泰州市中心支行课题组,2004）。
（1）财政金融风险相互转化的客观性。
社会主义市场经济发展过程中，政府需要纠正市场失灵，维护社会经济的稳定。特别是在我国市场体系还不十分成熟的情况下，经济运行中出现金融问题、金融风险或危机时，我国财政不仅有道义上的责任而且更有义务去承担一部分解决问题、危机的成本（肖俊涛,2009）。
改革开放以来，随着经济的发展以及企业、居民收入水平的提高，银行各项储蓄存款不断增加，提供资金的能力不断增强。在我国金融体系很大程度上受政府控制的情况下，当财政承担的职能与财政能力形成矛盾时，政府便会不可避免地直接或间接干预金融机构的行为，金融功能的“准财政化”就会部分替代财政功能，从而支持了我国的宏观经济不至于失控。因此，在转轨过程中，金融风险财政化与财政风险金融化有其一定的必然性。
（2）财政政策和货币政策相互配合欠协调。
一方面，货币政策不能有效地向财政政策传导。在我国目前的情况下，货币政策在相当程度上服从于财政政策，具体表现为：一是货币政策的制定被动地服从于中央和地方的经济发展目标和财政收支目标。我国目前的经济增长方式正在从粗放型向集约型方式转变，宏观调控仍然带有浓厚的行政色彩，因此货币政策不能有效地逆经济风向行事，只能被动地适应经济增长和财政政策，甚至对经济的周期性波动起推波助澜的作用。二是中央银行缺乏相对于财政部门的独立性。财政部门常常通过间接方式迫使金融部门增加货币供应量，直接或间接地增加了中央银行的货币投放量。同时，财政信用的发展分散了国家财力，削弱了中央银行的资金实力，直接导致中央银行宏观调控能力的下降。如在治理2004年经济过热的过程中，央行虽然采取了公开市场业务、调整准备金率等一系列收缩银根的做法，但真正起到作用的还是2004年3—5月国务院和发改委联合其他部委发布的一系列文件，才把局部行业和地区的经济过热局面控制下来。这说明了在我国目前的情况下，货币政策和中央银行缺乏自主性和独立性，必然导致金融体系被动地受到财政政策的影响。三是政府运用经济手段干预市场经济，在很多情况下的具体运用还停留在行政命令的层次，如何科学地运用财政货币政策还缺乏经验和科学论证，在市场经济发展过程中既存在金融机构行为不规范造成的金融风险，也存在由于政府不当干预金融行为造成的风险，当风险出现时，不得不动用财政力量加以解决。
另一方面，财政政策和货币政策相互传导途径不当，抵消政策效应。当前财政货币政策的传导是，财政发行国债，一方面扩大了财政支出，另一方面国家又强调财政收入的上升而加大税收力度。财政支出向财政收入的转移，抵消了积极财政政策的扩张效应，一些单位收到了财政拨款后又以交税或补税的方式上缴，对财政的欠款就是这种效应的反映。
同时，财政政策与货币政策在技术操作层面上界限模糊，财政政策以货币政策手段去操作，货币政策以财政政策手段去操作，没有起到二者分别应该起到的作用。而且，财政政策与货币政策之间缺乏默契配合，也造成财政金融风险相互转化（姚云琦,2007）。
（3）地方政府行为缺乏规范。
长期以来，地方财政困难的问题并没有从根本上解决，地方财政可用于发展各项事业以及经济建设的财力严重不足。而且地方政府职能并没有从根本上转变，地方政府过多干预经济、干预企业行为以及政府不恰当的直接投资依然存在，再加上地方政府大力发展地方社会事业、发展地方经济的“政绩”思想，在财政资金不足时，通过行政手段和其掌握的经济与社会管理职能迫使银行资金进入地方的基础设施建设、市政建设、市场开发、招商引资以及社会事业领域，使银行代替财政承担资金提供的“任务”（人民银行泰州市中心支行课题组,2004）。