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在2008年“两会”后的记者招待会上，温总理曾经语重心长地指出：“一个国家的财政史是惊心动魄的。如果你读它，会从中看到不仅是经济的发展，而且是社会的结构和公平正义。”从这个意义上说，取消长达60年的预算外资金制度，的确是中国公共财政预算史上革命性的事件。
纵观预算外资金产生和发展的历史，我们不得不承认预算外资金在我国的经济发展中曾经起到了十分积极的作用，功不可没。但是随着国家与国有企业分配关系的调整，政府职能的不断扩大，财政收支矛盾的突出以及税权集中与事权分散矛盾的日益加剧，导致了预算外资金的快速增长，由此也暴露了越来越多的问题。
从我国经济发展的进程来看，预算外资金是对高度集中的计划经济体制进行行政性分权改革的必然结果，有一定的积极作用。
（1）在一定程度和范围内解决了中央和地方的财政困难。例如，在新中国成立之初，为了保证战争的胜利和减轻人民负担，各个机关、部队、学校、企事业单位都纷纷开展生产活动，建立起了“小公家务”，它作为预算外资金的雏形，在一定程度上缓解了新中国成立初期我国地方和企事业单位的财政困难；另外在分税制改革前,20世纪80年代中期中央政府开始征收“能源交通基金”,1989年征收“预算调节基金”，虽然这些都是为了维持中央财政正常运转而采取的非常措施，反映出当时我国中央和地方财政关系上存在着很大的问题，但不可否认的是预算外资金确实起到了为中央政府融资的作用。
（2）调动了地方、部门和企事业单位的积极性。预算外资金的增长大大快于预算内，是重要的活力源泉，在改革前期表现得尤为突出，它相当于在传统体制上打开渐进改革的突破口，为后续许多方面改革提供操作空间，同时扩大了地方政府财权，调动了地方政府理财和发展地区经济的积极性。在“多劳多得”的刺激下，广东、浙江等沿海地区经济迅速崛起。
（3）给了地方、部门、企事业单位一个相对平和、心理冲击较小的市场理财环境，有利于地方、部门和各单位因地制宜灵活机动地进行生产建设和发展事业。例如，从1954年起，国家允许地方开征工商税附加作为地方自筹资金，以用于城市公用事业的维护；并允许一部分零散收入划到预算外由各单位自收自支、单独管理；企业开始设置奖励基金、福利基金、大修理基金，作为企业专项基金放在预算外管理。另外,1979年7月，我国开始对企业进行扩权试点；1980年1月，推行利润留成制度，建立企业生产发展基金、职工福利基金和职工奖励基金；1981年，对国营工交企业和主管部门，根据不同情况实行多种形式的利润留成和盈亏包干办法。1983年和1984年国家两次对国营企业进行“利改税”。第一次“利改税”规定凡有盈利的国营大中型企业，均按照实现利润和55%的税率缴纳所得税。税后利润一部分上缴国家，一部分按照国家核定的留利水平留给企业，用于生产发展基金、职工集体福利基金和奖金。这些无疑都为地方、部门和各单位预留了一定的发展空间。
（4）分担了财政的负担，解决了财政包揽过多的问题，有利于促进有条件的事业单位逐步走上企业化管理的道路。例如，从1980年起，开始实行“经费包干、结余留用”的办法；另外陆续开征教育费附加、车辆购置费附加等行政事业性收费项目；同时允许事业单位开展多种经营、有偿服务增加收入，鼓励事业单位由全额向差额、差额向自收自支过渡，对一些收入比较固定的自收自支单位实行企业化管理制度。
（5）基本上保证了国家重点支出，保证了政权机关和各项事业的正常运转。预算外资金专款专用，专设账户，为重点支出开了小灶。例如，为了保证森林采伐迹地的更新，有计划地发展国营和集体营造林事业，不断扩大森林资源，根据以林养林的原则建立了育林基金制度。第一个五年计划时期（1953—1957年）对育林基金做过一些规定。1972年5月，由农林部、财政部正式发布了《育林基金管理暂行办法》，明确规定了征收范围、征收标准和使用方向。1980年6月颁布的《高等学校建立学校基金和奖励制度试行办法》，规定学校校办工厂、农场、招待所等收入留归学校自收自支；中小学在教育改革中开办的工厂、农场经营所得收入，规定不纳入预算，作为预算外资金管理，留作改善校办工厂、农场的生产条件和办学条件，购置图书、仪器、电化教育和卫生问题等设施，以及改善师生员工集体生活福利和奖励之用。这一规定对于弥补教育资金的不足起到了重要的作用。
然而预算外资金的大量存在，客观上阻碍了财政体制改革从建设性财政转向公共财政。另外大规模的资金游离于财政管理之外，对国民经济的健康发展产生了巨大的冲击作用，导致国民收入分配格局的失调和分配秩序的混乱，增加了改革的难度，其弊端日益凸显。
（1）预算外收入进一步加剧了“建设财政”、“养人财政”的特征。从预算外资金的结构来看，它已经成为地方基础设施建设和其他发展支出投资融资中的一个重要的资金来源。由于缺乏一般科学管理原则和政绩显示的需要，一些预算外资金被地方政府投入到具有短期效益、快捷的工程上，重复建设和盲目建设现象非常普遍，成为诱发固定资产投资膨胀的主要原因，扰乱了国民经济的正常秩序。1998年中央政府提出要从建设性财政转向公共财政，但多年来公共支出的比例不升反降。以2005年为例，国家财政总收入为3.16万亿元，经济建设费用支出9 317亿元，占财政收入的29.4%；行政管理费用支出6 512.3亿元，占20.58%。超过一半的财政收入用于投资建设和行政运营，社会公共事业和教育支出只占财政收入的28.3%（平新乔、刘黄,2005）。另外很多政府部门为了自身利益，将许多收费和罚款进行了所谓的“收支两条线”改革，并且还实行超收奖励的体制，形成“冗员—收费供养”之间的恶性循环。这无疑是对建设社会主义政治文明的挑战（周天勇,2007）。
（2）预算外资金滋生政府浪费和财政腐败。由于预算外资金不受人大监督，地方政府可以方便地把预算内资源转移到预算外，甚至都没有进行预算外资金管理，而直接分散在各级政府职能部门。1985年我国开始全国性的“财政物价大检查”行动，清理各级行政机关、企事业单位侵占、截留的预算外资金状况，到1997年共查出违纪资金2 044亿元，上缴1 331亿元（财政部“财政监督”课题组,2003）。可见因为缺乏有效的制约和管理机制，预算外资金在运用过程中，造成我国近几年投资、消费的双重膨胀，导致地方政府违规行为的产生，变成各种腐败现象的重要经济根源，破坏了国家预算的统一与完整，侵蚀了税基，使许多应纳入预算内的各级政府的财力游离于财政预算之外，动摇了政府内生财力的稳定增长。因此，也有人戏称：“预算外”是个筐，计划亏空、违章开销、三公消费、职工福利、年终红包……一切见不得阳光的“开支”都能往里装。
（3）预算外资金导致地区差异增大，扩大了收入差距。财政本来应该是通过再分配的功能缩小各类差别，但预算外财力对经济、社会的平等问题、收入差别问题均有负面影响，扰乱了中央与地方、政府与企业、国家与个人的分配关系。我们以2004年我国地方政府的财政收入为例：当年地方预算内收入为11893.37亿元，中央转移给地方的收入8 000亿元（估算），地方预算外收入为4 323.25亿元，土地财政收入6 150.55亿元（估算），共30367.17亿元，是当年中央政府财政支出的3.85倍，是GDP的22.19%。在地方政府可支配的财力中，预算外收入与土地财政收入之和占到34.5%，且未纳入预算管理。并且，政府级别越往下，对预算外收入与土地财政收入的依赖也更为严重。由此我们可以看到，当土地收入成为地方谋取预算外资金最主要的来源时，由于地租与地区的经济发展水平成正相关关系，预算外财政更加拉大地区间不平衡的鸿沟（平新乔,2007）。另外，从分配关系上看，预算外资金的膨胀破坏了国家预算的完整性，在地方收入增长的情况下，削弱了中央固定收入；名目繁多的罚款、收费、摊派等加重了企业负担，破坏了社会经济秩序，不利于形成公平竞争；预算外资金的收支挂钩，挤占了预算内收入，由于各单位的创收能力不同，导致各行业各单位的收入分配失衡局面不断加剧（谢旭人,2009）。
（4）预算外资金分散了政府财力，造成政府内生财力隐性化，加剧了财政困难，削弱了政府协调和控制宏观经济和社会发展的能力。预算外资金的迅速增长，其直接后果是政府内生财力隐性化，减少了预算内收入，侵蚀了税基，加速了正规财政体制地位的下降，为地方政府的税收努力提供了一种可替代的出路，使得完善的地方税收收入体系的建立愈加困难，同时分散了财力。财力分散，使国家财政难以筹集足够的资金支持基础产业和科教文卫事业的发展，影响预算内财政收入的稳定增长和财力规模的不断壮大，使经济结构的调节能力弱化，影响国家产业政策的贯彻，不利于整个国民经济的协调发展。另外，规模庞大的预算外资金主要分散在各级政府和行政事业单位手中，支出具有很大的随意性，由局部利益决定，在一定程度上是无效率的。同时，财力分散，加剧了财政预算平衡工作难度，预算内收支连年出现赤字，而预算外收支却连年结余，从而在一定程度上制约了整个国民经济的发展和经济体制改革的进程。
（5）预算外资金膨胀导致社会集团消费失控。因为预算外资金的分散管理和追求短期利益的特性，大部分预算外资金被转移到消费领域。预算外资金的使用使社会集团和个人非理性消费扩大。社会集团购买力是消费基金的一个重要组成部分，这部分购买力的过度膨胀，一方面会造成消费基金的过快增长，加重财政负担；同时在物资紧缺的年代，还会增加群众购买紧俏商品的困难，影响政府与群众的关系，影响社会风气和精神文明建设。据国家统计局统计,1984年下半年由于预算外资金的快速膨胀，使得1984年和1985年的集团购买力分别比上年增长了26.5%和26.3%，大大超过了同期工业总产值14%和18%的增长率。这对于后来严重的通货膨胀和市场无法发挥调控能力都带来了一定的影响（谢旭人,2009）。