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方尖碑上通常都雕刻着埃及的书写符号，也就是象形文字。到公元4世纪末，认识这种象形文字符号的人已经所剩无几。大约就在这个时期，一位名叫赫拉波罗（Horapollo）的埃及人写文章向人们灌输了一种观念，就是象形文字的符号是一种秘密的符号语言，其中隐藏着伟大的宗教真理。实际上早在公元1世纪，罗马作家老普林尼（Pliny the Elder）就已经声称埃及人把他们最秘密的知识刻写在了方尖碑上，他说这种知识的重要性甚至不亚于宇宙的性质和生命的意义。于是人们相信埃及人拥有这种秘密，而这也成为有关古代埃及的重要神话。
随着埃及在公元4世纪成为一个基督教国家，法老时代的那些“异教”文化被抛弃一边。《旧约》希伯来正典经书作出了埃及人的多神教不如犹太人的一神教的比较。早期的基督徒仍然相信异教神的存在，但却认为他们的地位很低，与魔鬼同级，一些讲述埃及神是如何暴虐纵欲的神话被用来支持这种观点。
穆斯林阿拉伯人在公元7世纪征服了埃及，他们对古埃及的宗教同样持敌视态度。然而对炼金术感兴趣的阿拉伯学者确实保留了一些被称为《赫尔墨斯集》的文本，它们创作于希腊罗马时代的埃及，主要用希腊文写成。这些文本据说是伟大圣贤赫尔墨斯·特利斯墨吉斯忒斯（Hermes Trismegistus）的秘密教义，赫尔墨斯这个人物部分源于埃及智慧之神图特（Thoth）。《赫尔墨斯集》把希腊哲学与埃及神话融为一体，赋予巫术和炼金术比喻意义，并向初学者许诺只要他们听从赫尔墨斯的教导，就把不死的秘密传授给他们。