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密尔于1806年5月20日出生在伦敦，父亲詹姆士·密尔是边沁创立的哲学激进派（philosophical radicals）的重要人物，信奉边沁的功利主义并将功利主义哲学运用于法学、政府、教育、政治经济学等领域。
密尔早年所受的教育是十分独特的。他从未上过正规学校，他的教育是在父亲詹姆士·密尔的严格指导下完成的：小密尔三岁开始学习希腊语，八岁学习拉丁文，并广泛阅读希腊、罗马的文学、历史及哲学著作。此后，又在父亲的友人大卫·李嘉图影响下研读政治经济学。
由于父亲的关系，密尔从小就受到边沁的关爱与影响。1821年，密尔阅读了边沁《立法论》法文译本，开始成为功利主义的信徒。密尔后来回忆到：“阅读此书成为我生命中的一个新纪元，也是我思想发展史上的一个转折点。”
此后，密尔曾帮助边沁整理出版《司法证据原理》。这是边沁一生中篇幅最长、最具技术性和最重要的学术著作。
根据《密尔自传》的描述，1827年，他陷入一场严重的精神危机，开始反思功利主义那种冷冰冰计算的理性主义，质疑作为功利主义核心内涵的联想主义心理学与快乐主义伦理学。他认识到，功利主义“分析的习惯对深谋远虑和洞察力来说是有利的，但对激情和美德的根基来说却是永久的蛀虫”，快乐主义的信条也不可能引导人们追求幸福生活。
此后，他从华兹华斯、拜伦、柯勒律治、圣西门、孔德、托克维尔、洪堡等人的思想中汲取养分，试图摆脱功利主义的影响。不过，一般学者认为，密尔思想的基本倾向最终仍是功利主义的。
1830年，密尔的感情生活出现了重大转折。他结识了哈莉特·泰勒（Harriet Taylor）夫人并开始了不寻常而浪漫的爱情生涯。哈莉特是约翰·泰勒的妻子。密尔与哈莉特相处多年，互相爱慕，在英国上流社会招致颇多非议。1849年，约翰·泰勒去世，1851年密尔和哈莉特结婚。婚后最重要的著作就是《论自由》，密尔在《论自由》卷首写了对妻子非常感人的献辞，提到这本书是他和妻子一字一句反复讨论的结果，几乎每一句都是两人的共同作品。1858年，妻子去世，安葬在法国阿维农附近的圣·维兰公墓。为了能够和亡妻在一起，密尔在墓地旁买了一处农舍，主要在那里度过他的余生。
作为哲学激进主义派别中的重要人物与自由主义事业的主要倡导者，密尔曾在1865年至1868年期间当选为英国下议院议员。在担任议员期间，他主张激进的自由派改革，提出比例代表选举制度以及妇女选举权等议案，均未获通过。
1873年5月7日，密尔在法国的阿维农去世，死后与妻子安葬在一起。
密尔一生著述颇丰，涉猎领域广泛，不少著作曾在历史上产生过重大影响。1843年出版的《逻辑学体系》被当时公认为逻辑学发展史上的巨著，该书在19世纪后半期一直是大学的标准教科书，并被翻译为多种文字，包括我国翻译家严复的中译本《穆勒名学》。1848年，密尔出版了《政治经济学原理》，获得巨大成功。在1890年马歇尔的《经济学原理》出版之前，该书一直是英语国家大学经济学的基础教科书。
不过，真正奠定了密尔显赫名声与巨大影响的是他晚年的三本小册子，即《论自由》（1859）、《代议制政府》（1861）与《妇女的屈从地位》（1869）。这几本小册子使密尔的名字走出大学的象牙塔，成为英国当时家喻户晓的人物。此外，同样重要的是，这几本小册子所阐发的自由主义与民主理念为当时英国的政治与社会改革提供了重要理论。
在这些著作中，《论自由》无疑是最有影响的作品。1859年该书甫一出版即引起巨大轰动，短时间内初版售罄，同年便印刷了第二版。以赛亚·伯林曾以高度敬仰的口吻描述密尔《论自由》对人类宽容与自由事业的贡献。他提到，在伟大的维多利亚时代诸导师中，“……最伟大的斗士，最清楚地阐明（自由）原则并因此奠定现代自由主义基础的，众所周之，是《论自由》的作者约翰·斯图亚特·密尔。用R.W.利文斯通恰当的说法，这本‘伟大的小书’，出版于一百年前。”
即令今天，《论自由》也是政治哲学领域的重要文献。自由主义理论家从《论自由》中寻找自由理论的经典阐释，并试图从中发现可以回答当今问题的思想启迪。
保守主义理论家则试图通过剖析密尔的《论自由》展示自由主义政治哲学的内在缺陷及危险后果。
西方理论家对密尔《论自由》截然不同的解释至少向我们展示，这本小册子的内涵远比我们通常想象的复杂。为了理解密尔这本小册子所包含的丰富思想与复杂逻辑，下文将依循《论自由》的文本，展示密尔的主要观点。