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《尚书》成书于春秋末年，由孔子编纂而成。
其时，正是社会大变革、大动荡的时期，“周室微而礼、乐废，《诗》《书》缺”（《史记·孔子世家》）。孔子深感不安，他一边搜集整理古籍，编订《诗》《书》《礼》《乐》《易》《春秋》，一边讲学授课，把上述六种典籍作为教材向弟子传授。
秦始皇统一六国后，为统一思想、令行禁止，在李斯的建议下，大举焚书坑儒。除医药、占卜之类的书籍外，凡不是秦国史官所写、不是官家所藏之书，统统在30天内焚毁。《尚书》自然难得以幸免。
当时，济南有个姓伏，人称伏生的人，曾在秦朝做过博士，有一部私藏的《尚书》。秦始皇下令焚书时，他偷偷将《尚书》藏在了家中的墙壁内。过了七八年，待刘邦、项羽的楚汉之争结束，“汉定，伏生求其书，亡数十篇，独得二十九篇”（《史记·儒林传》），其余数十篇朽折散绝，成了残文断简。在此后的几十年中，伏生就用这部不全的《尚书》讲学于齐、鲁之间。
汉文帝刘恒即位后，十分注重搜集整理古籍。他听说伏生有一部《尚书》，就派掌故官晁错前去搜集。此时的伏生，已经九十多岁，不能进京，而《尚书》也早已破烂残缺。晁错只好住在伏生家中，由他口授讲解，自己一一记录。伏生所藏《尚书》是用什么文字写成，已不得而知。但晁错记录时所用文字却是当时通行的隶书，于是被称为今文《尚书》，今文《尚书》成为官方定本，并通行于世。后来，一些传经者为使大家尊信，竟将今文《尚书》说成原本就是二十九篇。因为二十九取法于天象，即北斗星加二十八宿之数。
汉武帝末年，分封在曲阜的鲁恭王刘余，因扩建宫殿拆除孔子旧居，在墙壁中发现了几部古书，其中一部即是《尚书》。由于这部《尚书》是用先秦字体书写，故称为古文《尚书》。所谓“古文”，其实就是晚周民间的别体字。那时恭王肃然起敬，不敢再拆房子，赶紧将这些古书交还于孔子的后人孔安国。孔安国将古文《尚书》和通行的今文《尚书》比对，结果多出十六篇。孔安国顿时如获至宝，毕恭毕敬地将《尚书》献给了皇上。由于古文《尚书》语言佶屈聱牙、字体奇异难辨，一时无人通读，朝廷只好封压起来。
直到成帝时，经学家刘歆领校皇家藏书，用古文《尚书》校勘今文《尚书》，校出今文《尚书》脱简及异文若干，便向皇上建议推行古文《尚书》，可是立即引起众人不满，并由此暴发了一场今、古《尚书》之 争。
今文派继承了先秦诸子遗风，思以其道易天下，主张通经致用。他们解经只重微言大义，研究其历史、政治。古文派不重哲学而重历史，他们要负起保存和传播文献的责任，留心在章句、训诂、典礼、名物之间。其间，古文《尚书》还出现了“河间献王本”“中秘古文本”“张霸百两篇本”“杜林漆书本”等。比较流行的是“杜林漆书本”，因为该本没有“佚书”十六篇，只有同于今文《尚书》的二十九篇，贾逵、马融、郑玄、王肃等大家，先后为其作注，越发赢得了人们的尊信。
西晋永嘉之乱，大量古籍流失，今文、古文《尚书》随之亡佚。东晋初年，豫章内史梅赜突然献上一部用“隶古定”字体书写、由孔安国作传的古文《尚书》，并序共五十九篇。由于经文完整和注解详明，该书受到朝野上下的重视，以《书》经的地位确立并流传开来。
唐天宝年间，尚书郎卫包，奉诏改古文《尚书》从今文，纠错多处。开成年间将改后的今文本刻在“唐石经”中，成为版刻本之祖。经学大家孔颖达据此撰写了《尚书正义》二十卷，南宋时期与“孔传”合刊为《尚书注疏》（“孔传”为注，《正义》为疏），明、清时期刻在《十三经注疏》中。
从唐代起，开始有人对梅赜所献古文《尚书》置疑，至宋代吴棫提出辨析后，经元代吴澄、明代梅鷟、清代阎若璩和惠栋等人的严密考证，最后判定其中二十五篇为“伪古文《尚书》”，“孔安国传”是“伪孔传”，该本属“伪孔本”。但伪孔本中所保存的今文《尚书》二十八篇，却是商周文献的唯一遗存，是极为珍贵的文献资料。