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就在蔡元培已跃上大比之巅，遥看青云之路时，“蕞尔小国”日本，羽翼已丰，也像西方列强一样，要用枪炮打开大清帝国的门了。此时的中国，又会用一种怎样的姿态来面对？
蔡元培从小受到的是“两耳不闻窗外事，一心只读圣贤书”的教育，而这场全方位的较量将要彻彻底底地改变中国，也使蔡元培的人生价值观，以及人生的道路大为改变。
1894年下半年，蔡元培才到翰林院供职，开始了自己的京官生活。应李慈铭之邀，他还成了李氏嗣子家的私家教师，为其讲授《春秋左氏传》。此外，李慈铭天津“问津书院”的课卷阅卷之事，也成了他的案头工作。平日里，蔡元培便住在李宅。
7月25日，举世震惊的中日甲午战争爆发。持续了半年多的战争伴随着北洋海军的全军覆没而结束，中国与日本签订了丧权辱国的《马关条约》。清政府不仅要赔偿巨额赔款，还要割让领土。
作为朝廷的官吏，蔡元培对战争的情况、结果自然清清楚楚。对于这样的国之大事，他也只能感慨关怀，深思其原因。当时的蔡元培是支持主战意向的，即使知道《马关条约》的消息，他仍然坚持：“依宋、聂诸军，经数十战，渐成劲旅，杀敌致果，此其时矣。”可是清政府极端腐败，几乎是无药可救，这只能让初出茅庐的翰林青年痛哭流涕罢了。
是年7月，蔡元培在《杂记》中写道：“……二十七日报谓：日人已发哀美敦战书，订期于昨日十二下钟开仗，据此，则中日已构兵矣。此间杳不得消息，未知若何。”
同年10月，蔡元培为了支持主战派，协同翰林院中一些有志之士共谋良策，他亲笔给朝廷写了奏章，名为《与文廷式等奏请密联英德以御倭人折》，奏章中明确表明：敌情叵测，宜出奇计，以弭兵衅。
蔡元培等人告诫政府，如果只能和不能战，则“和也不可恃，战败而遂和，则国必不复振”。
蔡元培在折中还引用了兵法中“善败不亡”的名言，希望让清政府清醒起来，从失败中找到不足，转败为胜。
1895年，随着中日甲午的战败，条约的签订，蔡元培难以掩饰心中的愤怒之情，在《杂记》中这样记述：“上决与倭议和，和约十事。其大者，割台湾，割奉天辽东以东，遵海而南至旅顺，给兵费二万万，定七年毕给。倭人驻兵威海，岁给兵费五十万。俟二万万毕给，乃退兵。皆允之矣。日蹙百里，日伏祸机，韩魏于秦，宋于金，不如是之甚也！”又言：“倭饷竭师罢，不能持久……依宋、聂诸军，经数十战，渐成劲旅，杀敌致果，此其时矣。圣上谦抑，博访廷议，而强臣跋扈，政府困茸，外内狼狈，应疑恫侣，以成场灶之计，聚铁铸错，一至于此，可为痛哭流涕长太息者也！”
《马关条约》的签订，极大地刺激了整个中国，尤其像蔡元培这样的敏感知识分子。他为清政府的无能痛哭，更为民族、为国家痛哭！
诚然，中国败仗以及不平等条约的签订，始于鸦片战争，但那个时候，国人普遍认为，这些都是科技的因素，国外的坚船利炮难以敌对。吃败仗，割地赔款，也是无奈之举。
嚣张的日本，不但在战争上取得了胜利，也像其他列强那样向中国开刀。
于是，国人在压迫下惊醒了。蔡元培在《绍兴推广学堂议》中说道：甲午以后，中国睡而将醒。
甲午之后，中国的半殖民地化程度进一步加深。屈辱中的国人，尤其是把“国家兴亡，匹夫有责”视为己任的知识分子，不得不对过去进行深刻反思。
渐渐地，有识之士终于懂得打开国门看世界，以及富国强兵的道理。他们认识到，中国的封建专制制度，也是造成中国落后的重要原因，“师夷长技以制夷”并不能彻底改变中国，政治的改变才是势在必行的。
而如何才能解决这个问题？
当时有两条路，一是坚持康有为、梁启超为代表的改良主义道路；二是走孙中山为代表的革命道路。
1894年11月24日，孙中山在美国檀香山成立“兴中会”，口号是“振兴中华，挽救危局”。次年初，孙中山将总部设于香港，明确提出“驱除鞑虏，恢复中华，创立合众政府”。
这一口号的提出，直接表明了“兴中会”反封建的革命性质。可在当时，“兴中会”的思想并未得到广泛接受，只是在少部分知识分子中流传。
故而，改良主义应运而生。康有为、梁启超为代表的戊戌变法运动产生一定影响。而早在1888年，康有为就曾上书光绪帝要求变法，可当时并未被批准。
1895年，《马关条约》签订的消息传到京城，此时，康、梁二人正逢会试。5月2日，他们二人联同1300多名举人联名上书，请求变法，表明变法的重要性，倘若不及时变法，外国入侵会更加严重，人们的反抗也会日益增强。
光绪帝深受震动，也不愿作亡国之君，于是下令筹划此事。1898年6月，光绪帝排除众议，下诏变法。
可好景不长，是年9月，慈禧太后发动宫廷政变，囚禁光绪帝，而康、梁二人遂亡命日本，剩下谭嗣同、杨锐、刘光第、康广仁、林旭、杨深秀，即为“戊戌六君子”，被杀于北京菜市口。至此，维新变法宣告失败。
蔡元培对戊戌变法的态度固然赞许，他曾说过：“维新党人，吾所默许。”可他却并未参与其中，这又是何缘故？
他在《口述传略》中解释道：“康、梁新用事，拜康门者踵相接。孑民与梁卓如君有己丑同年关系，而于戊戌六君子中，尤佩服谭复生君。然是时，梁、谭皆在炙手可热之时，耻相依附，不往纳交。直至民国七年，为对德宣战问题，在外交后援会演说，始与梁卓如君相识。其孤僻如此。然八月间，康党失败，而孑民即于九月间请假出京，其乡人因以康党疑之，彼亦不与辩也。孑民是时持论，谓康党所以失败，由于不先培养革新之人才，而欲以少数人弋取政权，排斥顽旧，不能不情见势绌。”
可见，蔡元培之所以未参加变法，原因有二：一是康、谭在炙手可热之时，他“耻相依附”；二是他与改良派走的是不同的道路。
这是蔡元培自己所说的原因，而非世人所想，他对康有为、梁启超二人的为人不满，他曾对梁启超的《读西学书法》批评道：“取《西学书目表》之识语演简为繁……末篇立意本正面窜入本师康有为悖谬之言，为可恨也。”
蔡元培和康、梁二人有人格上的差异，不过最重要的还是主张的不同，道路的不同。康、梁主张的是变法以强国之路，而蔡元培选择的是以教育救国的道路。
加之变法失败之后，六君子于北京被杀，而康、梁二人逃亡日本，蔡元培对他们的行为更是颇为不齿。
其时，身为京官的蔡元培，对朝廷也有了略微的感触，无形中，他渐渐发生了改变。