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会稽和山阴这两座城，明清时均属绍兴府，绍兴府有八县，山阴、会稽两县署与府署同城，两座小城，隔河相望。而在民国时期，此府就荒废了，于是，这两座县城合二为一，变成现在人们所熟知的绍兴。
绍兴，极具特色和韵味的江南水乡。晋代书法家王羲之曾说过，“山阴道上行，如在镜中游”。城的背面是杭州湾，南靠会稽山，塔影倒映，千岩竞秀，万壑争流，可谓景色怡人。
绍兴的文化积淀也甚是深厚，是享誉全国的文化古城。它在景色优美的同时，更是造就了很多优美的传说，养育了许多杰出的学者、诗人、书法家、政治家等。
相传上古时代，帝王虞舜，曾亲临此地，巡守游憩，因此，这里至今还保留了一些地名：舜王山、舜山庙、巡守台、舜江等。相传大禹在治水之后，曾在茅山会同诸侯庆功，禹死后就把这座山改做了自己的墓地。于是，后人就把茅山改名为会稽山。
1868年1月11日（清同治六年十二月十七日），蔡元培就降生在浙江省山阴县城中笔飞弄故宅，家中世代经商。因此，相比之下，蔡先生的家庭在当时还算是不错的。祖父蔡嘉谟在当地早已经商，并育有7个孩子，长子蔡光普为蔡元培的父亲，是一个钱庄经理，其母为周氏。
蔡光普又名宝煜，字耀山，一向待人和善、友好，是慷慨之人，和朋友交往，宽松随和，他最为突出的特点是，“有货必应，欠者不忍索”，朋友们都称赞他：待人接物都恰到好处。然而，家人却常揶揄以“爱无差等”。
母亲周氏，精明而慈爱，却又不乏严厉，特别是对她的儿女的教育，是典型的贤妻良母。
蔡元培，乳名阿培，家中的兄弟姐妹，一共7人，他在家中排行老四，两岁时，由奶娘陈氏抚育。同他的兄弟姐妹相比，小阿培生性平和，举止娴静。
一次，女佣带阿培兄弟下楼游玩，没想到女佣抱堂兄下楼之后恰逢他事，慌忙之中，竟然忘记了小阿培。让人意想不到的是，小阿培直直地端坐在楼口，等待女佣，淡定自若，很久之后才被家人发现。
蔡元培18岁以前，从未离开过家乡，因而这里占据他整个生命历程的三分之一还多，家乡的文化氛围之浓厚，使得蔡元培耳濡目染，这对其日后的成才无疑产生了潜移默化的影响。
1873年，小阿培正式进入自家延师开设的私塾，习字读书，年仅6岁，按照辈分的先后，给小阿培正式定学名为元培，家中唯一一个从事文学的六叔，给他取名为鹤卿。私塾老师是一位周姓先生，即元培的首任老师。那时候私塾的功课教授很有规矩：先生坐定，学生站在一旁，先生先读，学生随之听声模仿，最后回到自己的座位上一起高声朗读。蔡元培就跟着他诵读《百家姓》《神童诗》等启蒙读物，然后就是四书五经了。
当然，除了读书之外，还有两种课：习字和对课。蔡元培曾回忆说：“习字，先用描红法，即购得红印范本，用墨笔描写。先由先生把住学生的手，依样描写，连笔画的先后也指示了。进一步摹写，是墨印的或先生写的范本，叫作影格，用纸蒙在上面，照样摹写，与现在用拷贝纸的样子相同，再进一步临写，是选取名人帖子，看熟了，在别纸仿写出来。”
对课，简单来说，就是由老师出一字，学生对出一字，字数逐渐增多，而且必须以名词对名词，动词对动词，不仅词义相似，词性还要相近。诸如，天对地、山对水，桃红对柳绿等。等到四个字的对课已经合格，就可以学作五言诗了。这种对课游戏是作诗文的基本要求，其形式对应而又善于变化，聪慧的蔡元培甚是喜欢。
随后几年时间，他摒除世尘，专心读书，逐渐进入门径。读书入迷之时甚至可以一边嚼豆一边读书至忘我之状。
某日傍晚，蔡元培像往常一样在家中读书学习，家中突然失火，家人都惊骇不已，急呼其出家门，而他却因专注读书而浑然不知。
在蔡元培11岁那年，父亲蔡光普因病逝世。因蔡光普从不忍向人索欠债款，故而其去世后，家中并没有积蓄。家庭重担全由母亲周氏独自肩挑，经济状况每况愈下，加之家中人口较多，渐入困顿，“世交中，有欲集款以赡其遗孤者，母亲周氏均不肯接受，亲力辞之”。
蔡家已今非昔比，周氏又“亲力辞之”，一家人生活之窘况可想而知。幸而，蔡元培的父亲在世时待友深厚，一班朋友此前有借贷者，彼时都会主动去还债。如此，周氏凭着这些还款，又典当了些衣物，艰难地将几个儿子抚养成人，并时刻教诲他们，一定要自立、自强，不依赖旁人。
蔡光普的好友章叔翰在其去世的挽联上说：“若有几许精神，持己接人，都要到极好处。”蔡元培亦曾深情回忆道：
我母亲是精明而又慈爱的，我所受的母教比父教为多，因父亲去世时，我年纪还小……母亲最慎于言语，将见一亲友，必先揣度彼将怎样说，我将怎样对。别后，又追想他是这样说，我是这样对，我错了没有。且时时择我们所能了解的，讲给我们听，为我们养成慎言的习惯。我母亲为我们理发时，与我们共饭时，常指出我们的缺点，督促我们用功。我们如有错误，我母亲从不恕骂，但说明理由，令我们改过。若履诫不改，我母亲就于清晨我们未起时，掀开被头，用一束竹筱打股臀等处，历数各种过失，带我们服罪认改而后已。选用竹筱，因为着肤虽痛，而不致伤骨。又不打头面上，恐有痕迹，为见者所笑。我母亲的仁慈而恳切，影响我们的品性甚大。
家人的和谐相处，父亲的慈爱随和，母亲的节俭慎言，使蔡元培耳濡目染，形成了蔡元培日后宽厚、自立、勤俭的性格。
因蔡光普病逝这一变故，使得周氏每天一副忧心忡忡的愁苦面容，小小年纪的蔡元培看在眼里，急在心里，听母亲与诸长辈的谈论，也稍稍明了由盛而衰的缘故，感触良多。
原本无忧无虑的蔡元培，此时却也思绪万千。他感受到家庭衰落的痛楚，也因了这一变故，使得他读书的环境改变了很多。其时，蔡家已经无力再请塾师，蔡元培也只能就近读书。
读书之初，他先是寄居到姨母家，在那附读一年，之后由姨母家转到李申甫的私塾馆读书。这位李申甫先生的教学方式注重的是背诵，每天上课，自己先读诵一遍，之后让学生们循声照读，而后让学生回自己的位置上再次读诵，直到可以背诵为止，剩余时间则温习已读的各书。
在上课以前，把读过的书统统送到先生的桌上，背对先生而站立，先生在每一本上撮一句，让学生背诵下去，倘若哪个背不下来或有差误，打手心便是免不了的。而下一个学生背诵时若有差池，就得加倍打手心。这位李先生对学生的要求极其严格，学生若不达其要求，便会对学生苛责体罚，来此念书的学生几乎都被李先生责罚过。
一次，李先生要求蔡元培背诵《易经》，蔡元培频频出错，最后竟被李先生责打手心数百下。
不过，也正因有这么一位严厉的老师，才成就了日后优秀的蔡元培，也使他在日后科考中展示出了其显达的独门功夫——八股文。