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1894年底，李慈铭作古，李家南迁。彼时，蔡元培搬至京城一胡同内的绍兴会馆。这一时段，他开始厌倦京官生活了。
次年夏天，鉴于对《马关条约》签订的不满，众多朝中人士纷纷请假离京。蔡元培的长兄也给他来信，告诫他要返归故里。不仅是别人的这些做法让蔡元培有了改弦易辙的念头，他自己在因中日甲午战败而心灰意冷的气氛中，对久居京城而徒有虚名、无所作为的状态也甚是不满。
他曾在给广州陶濬宣的信中言及：“夏秋之间，拟重游岭表，向茶陵夫子乞广局一席。”此即是蔡元培向两广总督谋求广雅书局的职务。
这一年的冬天，蔡元培请假一年，回到故乡。在回家的路上，他去拜访了名人张之洞，其实这也只是出于礼节的缘故。可在张之洞那里，恰逢康有为会试时的房师余诚格。其时，张之洞对康有为大加褒赞，“才高、博学、胆大、识精。许为杰出的人才”。
蔡元培听到他对康有为的评价，不禁陷入深思。因他曾经以读书人的眼光考察了康有为的《新学伪经考》，并对其中的一些做法不以为然，可没有过多地去思考其人。然他又对刚过去不久的康有为发起的“公车上书”的伟大壮举十分赞叹，今时加之张之洞对康有为大加赞美，蔡元培对康氏态度骤变。
话又说回来，其实改变的不仅仅是蔡元培自己，他似乎也察觉到，在中日甲午战争之后，整个社会风气也在不断地改变……
1896年，蔡元培赋闲在家有一年之久，期间，他开始接触新学著作和译本书。此前，中日甲午战争爆发之时，他就在北京阅读了不少有关国外的书籍，例如《日本新政考》《环游地球新录》等。这让他对日本、欧洲乃至世界的情况产生了浓厚的兴趣。
后来归乡，他又浏览了日本冈本监甫的《日本史略》、沈仲礼的《日本师船考》、郑观应的《盛世危言》、梁启超的《西学书目表》和《读西学书法》、华蘅芳的《算草丛存》以及《游俄汇编》《电学源流》《电学纲目》《光学量光力器图说》《声学》《代数难题》等。
一个读经史的翰林学士，此番能安心研读内容晦涩难懂的书籍，且涉猎甚广，是可见其令人吃惊的求知欲望的。
蔡元培涉猎广阔，读书多有评论。例如，他读完《盛世危言》后写道：“此书以西制为质，而集古籍及近世利病发挥之。时之言变法者，条目略具矣。”又在读完《适可斋纪言》四卷时评论：“其人于西学极深，论铁道，论海军，论外交，皆提纲挈领，批隙导窾，异乎沾沾然芥拾陈言，毛举细故以自鸣者。”后在通览了驻英公使馆参赞宋育仁撰写的《采风记》五卷后认为：“记事有条理，文亦渊雅。其宗旨，以西政善者皆暗合中国古制，遂欲以古制补其未备，以附于一变主道之宜，真通人之论。”
在传统文化的积淀之下，蔡元培遥望西学新知，顿感其别有洞天之景象。
蔡元培在阅读了大量书籍之后，领略众多，感受颇深，更是看到了国外科学与文化之发展，他深知祖国的落后，这不由得让其内心升出一丝悲哀。极度渴求知识的他，此刻已是如饥似渴，迫切希望以己之力量为祖国做些事。然而这些，他也只是在心里想着，只盼望着有一天能做到这一点。
闲居家乡的这一年，除了读书之外，蔡元培还与学友交游。在这期间，他写了许多“酬应之作”，有祭文、墓表、室铭、楼记等。同时也写了许多七言律诗，因其文笔古奥艰涩，从他著名的“怪八股”就显而易见，其文如此，其诗亦是如此，故而后世流传的不多。然诗中偶有神句“人生识字始生忧，百感茫茫不自由”等，却是非常值得玩味的。
11月，蔡元培始添丁进口，长子阿根出世，为了看望孩子，年底他便赶回北京请假。此行艰苦备尝，可“闻见特新，作诗颇多”。
1897年初夏，蔡夫人携子来京，蔡元培便迁出会馆，与家人暂居“方略馆”，不久又迁入绳匠胡同寓所。有了妻子、朋友的陪伴，蔡元培在京的生活更加安定，偶尔的出游更增添许多情趣。
再安定的生活，也不乏总有动荡之时。京城的报纸消息频频传播，国土被列强瓜分，这一消息不断刺激着蔡元培的赤诚之心。
1898年，在京城，维新氛围日浓，中文译本书已满足不了蔡元培，他开始学习外文，补充自己所缺。
蔡元培读书的变化，其实也伴随着其内心的变化。所谓心中所想，便会有所行动。从国文书籍，到译本书籍，再到不拘其科目，他都会拿来阅读。单从这一点上便可见，蔡元培在为心中所想积蓄能量。国家的事，就是他的心事。
是年6月，即是“百日维新”拉开帷幕之时，在此赘言数句：光绪帝颁布了一系列上谕，而官僚们却敷衍加搪塞，等待观望。蔡元培对变法深表赞许，只是当时的康、梁二人红得发紫，不免生出骄傲之气。故此，蔡元培置身事外，冷静观察，加上多年京官生活之体验，让他深知社会守旧实力的强大、维新变法之艰难。加之某些参政者一开始便露轻佻，就更让他反感了。
有记载云：“新政期间，诏开‘经济特科’，选拔‘洞达中外时务’之特殊人才，蔡因供职宗人府的同乡葛宝华荐举曾前往应征。”这被看成是蔡元培与新政的“唯一关联”。
9月，传来消息：朝中政变，戊戌新政只似一场空梦，于血雨腥风中陡然消散。官场仍是一片昏愦，民智尚未开启。
蔡元培悲愤之余，深切叹息道：“康党所以失败，由于不先培养革新之人才，而欲以少数人弋取政权，排斥顽旧，不能不情见势绌。”他敬佩谭嗣同，因其铁骨铮铮，故而视之为自己的“先驱”。
昔日维新的朋友，都已烟消云散，就连行事稳健的好友也被革职，永不再用。在京为官的生活，蔡元培已经厌倦，他不再留恋，更不想在此停留，他决定另寻它路，施展才华。
同年10月，蔡元培请假离京，带全家南去，放弃了京城的职位，开始了新的人生。
世事路途多磨难，人生所想，何去何从，四年半的翰林生涯，多属乏味，此时蔡元培的前路仍是海阔天空。