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父母去世后，诸葛亮所能依靠的是兄长诸葛瑾。此时诸葛瑾已从洛阳回到故乡，挑起了家庭的重担。其实，即使父母仍健在，诸葛瑾也要回来，因为天下已不太平，洛阳成了动乱的中心。
诸葛亮4岁时爆发了张角领导的黄巾大起义，天下响应，万众影从，京师为之震动。灵帝召集群臣商议，决定解除党禁，发天下精兵镇压民变。黄巾起义改变了王朝的命运，也改变了许多人的一生。后来黄巾起义总算扑灭了，但朝廷元气大伤，社会更加贫困和动荡，政治更加黑暗，外戚和宦官的争斗更为剧烈，灵帝管不了，索性破罐子破摔，公开卖官鬻爵。
诸葛亮9岁时灵帝驾崩，大将军何进拥立皇子刘辩继位，紧接着发生了董卓等外兵入京事件，何进被杀，董卓鸩杀刘辩，改立另一位皇子刘协登基。为反抗董卓，袁绍、袁术、曹操等人联络十余位刺史、太守结盟起兵，开始了讨伐董卓之战。
诸葛亮11岁时，董卓挟汉献帝刘协迁都到了长安，后又被王允、吕布等人发动政变杀死，天下已完全进入群雄割据的混战时代。
诸葛亮13岁时，在兖州站稳脚跟的曹操借父亲遇害之名三次进攻徐州，其中第二次路过了诸葛亮的家乡。综合各种史料的记载，曹军早期的军纪比较差，这大概与曹军早期的构成有关，曹操起兵初期，收编了大量地方武装，还有相当多的黄巾军旧部，作战虽然勇猛，但纪律性较差，屡次留下屠城和残杀百姓的记录。
原本是避难之所的琅琊国，现在每天都有大量民众外逃。作为诸葛家长子的诸葛瑾，看着继母和两个弟弟、两个妹妹，不得不思考生存和安全问题。好在诸葛亮和诸葛瑾还有一个叔父，关键时刻给他们提供了帮助。
他的叔父名叫诸葛玄，是个有本事的人，早年在洛阳为官，具体担任什么职务不详，应该不是特别高级的官职，因为史书没有关于他在朝廷任官的任何记载。但地位也不会特别低，从他在洛阳的交游情况看，他有机会接触到不少上层人士，其中包括刘表和袁术。
刘表是汉室宗亲，袁术是世家子弟，诸葛玄跟他们非亲非故，也不是同乡，但关系处得很好，说明诸葛玄身上有着山东人所特有的崇信重义、好结交朋友的特点。就在诸葛玄回到家乡之前，刘表和袁术的事业各自有了很大发展，一个占据着荆州，一个占据着扬州，都是雄霸一方的割据军阀。
汉末群雄中数袁术野心最大，他到了扬州，但势力主要在长江以北。当时扬州下辖六个郡，江北只有两个，江南有四个，袁术一心向江南发展，他派孙策到江东，同时把目光盯上了江南的豫章郡，此时豫章郡太守周术死了，袁术觉得是个机会，他想起了诸葛玄，让人捎信给在阳都的老朋友，说自己想表奏诸葛玄为豫章郡太守。
袁术想到诸葛玄，至少说明三个问题：一是他们的关系确实很好；二是此前诸葛玄的官位不会太低；三是诸葛玄是个有能力的人，袁术觉得把这件事交给他没问题。
诸葛玄接到袁术的信，没有犹豫，就答应了下来。
其实，这是一次充满了各种未知的赴任，因为袁术虽然是朝廷正式任命的后将军，但他并没有权力任命郡太守。袁术的任命是非法的，这种做法在汉末叫作表奏。朝廷已迁往长安，被凉州军人挟持，各地人事任命，往往由地方上的掌权者把拟任官员的情况写一道奏表，向长安方向遥拜一下，念一遍，再将挟持天子的军阀们大骂一通，表一下忠心，程序就算完了。
不过诸葛玄来不及思考这些，看着曹操大军很快又要卷土重来，琅琊国将陷入灭顶之灾，为了一家人逃命，他决定冒一次险。
诸葛玄与诸葛瑾、诸葛亮哥俩商量后决定分成两路，自己先带领诸葛亮、诸葛均以及他们的两位姐姐去豫章郡上任，诸葛瑾留在家乡照顾继母，照看家中的产业。就这样，大约在汉献帝兴平元年（194），诸葛亮随叔父诸葛玄一起离开生活了14年的故乡阳都，开始了新的未知旅程。
豫章郡管辖范围与今天江西省大致相当，郡治南昌县，即今江西省南昌市。
由阳都到南昌县路途遥远，诸葛亮随叔父赴任，可能走的路线是：由阳都南下进入东海郡，过郯城，再过彭城、下邳、梁国，转道汝南郡，由那里直向南，沿着南方大道过长江，到达豫章郡。
郯城、彭城、下邳、梁国都是当时各方势力反复争夺的战场，尤其是彭城，此前不久，曹军曾在此屠城，泗水为之断流。这是诸葛亮第一次走出家乡，虽然他才14岁，但心智已经成熟，一路上所见所闻，势必加深他对战争的认识和对苦难的理解。
一路上，当看到曹军留下的累累暴行时，诸葛亮的内心自然会生出许多厌恶和反感，留在心里的这种阴影将不自觉地影响到他今后的人生，有人说他后来宁愿投奔刘备也不愿意追随曹操，与此有很大关系。
接下来发生的事，史书有不同记载。
一个是《三国志》所说，远在长安的朝廷听说周术死了，正式任命了一个叫朱皓的人来当豫章郡太守，这样豫章郡便有了两个太守。面对这种情况，诸葛玄决定放弃，但他没有回老家阳都，也没有到袁术那里，而想到了另一位老朋友刘表，便去了荆州，依附于刘表（会汉朝更选朱皓代玄。玄素与荆州牧刘表有旧，往依之）。
另一个说法来自《献帝春秋》，朝廷得知周术已死，袁术私自委任诸葛玄为太守，便派朱皓来代替诸葛玄。朱皓从扬州刺史刘繇那里借来兵，攻打诸葛玄，诸葛玄不敌，退守西城，建安二年（197）正月，西城发生民变，暴民杀了诸葛玄，把首级送与刘繇（汉朝闻周术死，遣朱皓代玄。皓从扬州太守刘繇求兵击玄，玄退屯西城，皓入南昌。建安二年正月，西城民反，杀玄，送首诣繇）。
相比较而言，后一种说法影响更大，很多书上都采用这个说法。
《献帝春秋》相传作于汉末，作者失考，也有说它是西晋学者袁晔所撰，由于成书时间很早，所以是记录汉末三国历史的第一手材料。但看样子这部书并非出自大家手笔，裴松之一向对它很轻视，斥它轻弄翰墨、妄生异端，中间充满了秽杂虚谬，甚至认为它是“史籍之罪人”。结合后面发生的事，前一种说法似乎更可信。
袁术任命诸葛玄当太守，看似挺风光，其实风险很大。《襄阳记》有一条记载，说襄阳城里有个牵羊坛，每有新任刺史到任，必先来此坛，牵着一只羊绕坛走，看它能走几圈，走几圈往往预示该刺史能干几年。
现在不是太平盛世，刺史不好当，太守很难干，说走人就得走，每个人都有这样的思想准备，更何况诸葛玄的这个太守并非名正言顺。所以，当朝廷正式任命的太守到任后，诸葛玄没有理由跟他对抗到底，弃官是他的正常选择。
自动放弃了豫章太守一职后，诸葛玄没有回到家乡，是因为家乡的战乱更甚于之前，曹操果然发起了新的南征徐州之战，侄子诸葛瑾后来也携继母离开了阳都，远赴江东避难。
诸葛玄也没有选择回到袁术那里，一来袁术交给自己的事是这样的结局，他不想再去见袁术，二来听说袁术的野心越来越大，社会上到处流传，说袁术已经暗中做着僭越称帝的打算。在这种情况下，去投靠离豫章郡不远的故友刘表就是诸葛玄自然的选择。
如果诸葛玄在豫章郡被杀了，诸葛亮姐弟四人如何到的荆州，又如何依附的刘表，就成了很大问题。
而且，《献帝春秋》认为诸葛玄赴豫章郡上任不是袁术所任命，而是刘表任命，这又不符合逻辑。豫章郡属扬州，袁术自认为扬州是自己的地盘，还自兼扬州牧，所以会任命豫章郡太守。刘表是荆州牧，突然想起任命扬州的官员，不太可能。
换成袁绍、公孙瓒、袁术这样的人，这也许是可能的，但刘表一向表示忠于朝廷，是一名模范的地方大员，在别人都不太搭理天子的情况下，他还坚持年年向天子进贡，深得朝廷好感，让他越权任命不属于自己辖区的官员，不太能说得通。所以，正如陈寿所言，诸葛玄是袁术任命的，他后来去了刘表那里。