司马休之、鲁宗之、韩延之等人本来投奔后秦。后秦被晋朝灭掉以前,鲁宗之已死,司马休之等人则见机逃到北魏,并在北魏做了官。刘裕灭掉后秦,搜查几天,始终没有发现他们,只好罢休。晋廷已先后派琅玡王司马德文与司空王恢之先后赶赴洛阳修谒五陵。刘裕想上奏请求将都城迁到洛阳,王仲德劝他说:“将士们在外作战已久,个个疲惫不堪,归家心切,迁都之事还是缓些进行吧。”刘裕只好暂时打消迁都的念头。晋廷已加封刘裕为相国,令他管理百官,处理朝事,并赐给他十个州郡,封他为宋公,刘裕仍假装推辞。晋安帝于是封他为王,又赐给他十个州郡,刘裕还是上奏推辞。刘裕正想进军西北,忽然京中递来急报,竟是前将军刘穆之得病身亡的消息。刘裕心中不禁悲痛,流下数行泪。
刘穆之是刘裕的心腹。自刘裕西征后,刘穆之内总朝政,外供军需,决策时刚毅果断,大小事情都处理得恰到好处。属吏抱来的奏章堆满了一屋子,刘穆之目览耳听,手批口酬,不用多久就全部处理完了。刘穆之平时喜欢结交名士,常常是宾客满堂,对答时没有一丝倦容。刘穆之只在饮食方面比较奢华,即便是他一个人吃饭,也常常是满桌子的山珍海味。一次,他对刘裕说:“我出身贫贱,差点连自己都养不活,要不是遇到您,我哪有今天的荣华富贵。我知道您对我每天的奢侈饭食不满,但除了这点我让你失望以外,其他方面,我一丝一毫也不敢辜负您。”刘裕当然笑着应允,对刘穆之始终信而不疑。每次出师,无论国事还是家事,刘裕全部委托他处理,刘穆之也极尽心力,勉力报效。不久,晋安帝降旨,赐给刘裕九锡礼,刘穆之异常惊异,因为他竟不曾知晓这件事。后来,了解到是刘裕密派行营长史王弘,向安帝婉转恳请九锡礼,刘穆之因自己不曾参与此事而深感愧疚。不久,愧惧成疾,竟然逝世。
刘裕失去一位贤才,自然不放心国内。于是决意东归,随即封二子刘义真为安西将军,令他督管雍、梁、秦州军事,镇守关中。刘义真当时只是一个十三岁的小孩子,刘裕任命咨议将军王修为长史,王镇恶为司马,沈田子、毛德祖、傅弘之为参军从事,令他们辅佐刘义真。三秦父老听说刘裕整装欲返,都跑到他的营房,哭着挽留说:“这里的汉民饱受胡人的压迫已一百多年,今天能有幸再次目睹汉仪,大家都十分高兴。长安十陵是汉室的祖墓,咸阳宫阙是汉室的旧宅,公舍弃这里,还能去哪儿啊?”刘裕也黯然泣下,劝慰他们说:“我受命于朝廷,不得擅自留在此处,我深感你们的诚意,所以让儿子刘义真及文武贤才留在这里,守护你们。你们就安心在这里生活吧!”众人听了这话才退去。
沈田子嫉妒王镇恶,经常对刘裕说:“王镇恶的家人都在关中,很难保证他不会叛变。”刘裕只是好言劝慰沈田子。一天,沈田子又与傅弘之一同劝谏刘裕。刘裕叹道:“古人说‘猛兽不如群狐’。我留下你们十几位文武将才,令你们统帅一万多名士兵,却没想到你们还怕一个王镇恶?”说完,随即起程。
当时后秦西北,有一座统万城,是夏主赫连勃勃的领地。赫连勃勃原本姓刘,父亲名叫卫辰,曾建立牙代他。后来刘卫辰被北魏杀死,刘勃勃逃到后秦,后秦任命他为安北将军,令他镇守北部。秦魏通好以后,刘勃勃背着后秦自称夏王,将姓氏改为赫连氏,并屡次骚扰后秦边疆。刘裕攻打后秦的消息传来时,赫连勃勃对群臣说:“刘裕这次肯定能拿下关中,但不会久留,如果他让儿子及将吏留守关中的话,那么关中必定是我们的囊中之物!”随即秣马厉兵,进据安定,降服岭北郡县。刘裕曾致信赫连勃勃,想和他结为兄弟,赫连勃勃含糊答复。不久,刘裕仓促东归,赫连勃勃立即令儿子赫连璝率两万名士兵向长安进发,令前将军赫连昌出兵潼关,长史王买德率兵攻打青泥,自率大军做后援。
关中守将沈田子与傅弘之督兵出击,听说夏兵声势浩大,二人不敢前进,退守留回堡。沈田子派使者向王镇恶求援,王镇恶对王修说:“刘公将十岁幼儿托付给我们,我们应该竭力辅佐。现在大敌当前,我军却拥兵不进,以后怎么退敌呢?”随即令来使回去,然后亲自率部将赶去支援。沈田子得知后,越发憎恨王镇恶,于是假意邀请他商议军事,伺机将他杀害。
傅弘之非常惊惧,跑回去告诉刘义真,刘义真急忙召来王修商议。王修当即在城外设下埋伏,当沈田子带着亲信前来,然后将他们一网打尽。王修斥责沈田子擅自杀害大将,当即将他斩首。而后任命冠军将军毛修之为安西司马,令他与傅弘之一同出城迎战。晋军大胜赫连璝于池阳,随后大破夏兵于寡妇渡,斩杀无数敌将,夏军撤退。
刘裕回到彭城,还没来得及入朝,便听说王镇恶遇害。他当即上奏恳请追封王镇恶为左将军青州刺史;任命彭城内史刘遵考为并州刺史,兼任河东太守,镇守蒲阪;任命荆州刺史刘道怜为徐、兖二州刺史,调任徐州刺史刘义隆为荆州刺史,令到彦之、张邵、王昙首、王华等人为参佐。刘义隆年少,府事都由张邵裁决。刘裕又召来刘义隆,对他说:“王昙首器宇深沉,是宰相之才。你记住不管遇到什么事,都要去咨询他。”刘义隆应命而去。
忽然,关中又传来急报,说长安大乱,夏兵四逼,这位雄才大略的刘寄奴顿时惶急起来。原来,刘义真年少好玩,喜欢亲近同龄人,又滥赏无度。王修经常劝谏刘义真,并限制刘义真赏赐他人。没想到,一些小人对刘义真吹耳旁风:“王镇恶想谋反,结果被沈田子杀掉,王修又杀掉沈田子,难道他就不想谋反?”久而久之,刘义真便相信了那些谗言,随即让亲信除掉王修。王修一死,夏兵伺机进兵,直逼长安。刘义真又悔又恨,慌忙让人回国求援。刘裕急忙令辅国将军蒯恩率兵速去救援,并召刘义真回国;又任命右司马朱龄石为雍州刺史,令他代为镇守关中。朱龄石临行时,刘裕对他说:“你抵达长安后,告诉义真,务必轻装速发,到了关外再慢慢行进。如果关右实在守不住了,你就和义真一起回来。”
朱龄石出发后,刘裕又派中书侍郎朱超石前去抚慰河洛。蒯恩抵达长安,催促刘义真整装东归。刘义真的奇货珍玩非常多,足足收拾了三五天,直到朱龄石赶来,他还没起程。朱龄石一再恳请,他才慢慢悠悠地从长安出发。一路上,他的亲信又不断劫财劫色,行进的速度自然缓慢。途中接连遇险,得到消息的夏兵屡次追杀过来,多亏傅弘之、蒯恩二人奋力断后,刘义真才暂时脱险,然而他仍不肯舍弃辎重。到了青泥,傅弘之、蒯恩力竭被擒。司马毛修之与刘义真失散,正四处寻觅,谁知冤家路窄,竟遇到夏将王买德,毛修之也被擒去。刘义真躲在草垛中,形单影只,极其凄苦。当时,天已昏黑,辨不出路径,刘义自觉凶多吉少。突然听到一阵呼声,声音竟然十分耳熟,刘义真连忙匍匐出来,一看是参军段宏,喜极而泣。段宏将刘义真捆在背上,策马飞奔,逃离青泥。
赫连勃勃进攻长安,长安百姓驱逐朱龄石。朱龄石焚去宫殿,奔往潼关,途中被赫连昌擒住。朱龄石的弟弟朱超石赶往蒲阪,打探兄长的消息,结果也被夏军抓获,送到赫连勃勃军前,后来与兄长一道奔赴黄泉。赫连勃勃听说傅弘之骁勇,让他投降,傅弘之不肯屈服。赫连勃勃便扒掉傅弘之的衣服,把他扔到雪窖中,傅弘之叫骂而死。赫连勃勃随即攻入长安,占据关中。
刘裕得到青泥战败的消息,又不知刘义真的死活,愤恨地想立即出师。侍中谢晦等人一番苦劝,他就是不听。不久,段宏飞奔而回,说刘义真已被救出。刘裕这才打消发兵的念头,只是登城北望,慨然流涕。刘义真回到彭城,晋廷贬黜他为建威将军兼任司州刺史,升任段宏为黄门郎。刘裕将刘遵考召回,令毛德祖前去接替,退守虎牢。随后,听说赫连勃勃称帝,刘裕也不禁雄心思逞,想做个江南天子,以度遗年。于是,相国、宋公的荣封,刘裕受了;九锡殊礼,他也领了;并尊继母萧氏为宋公太妃,封世子刘义符为中军将军。任命太尉军咨祭酒孔靖为宋国尚书令,青州刺史檀祗为领军将军,左长史王弘为仆射,从事中郎傅亮、蔡廓为侍中,谢晦为右卫将军右长史,郑鲜之为参军,殷景仁为秘书郎。其他的僚属都依晋朝制度分封,差不多成了晋宋分邦。孔靖不愿受职,慨然辞去。
接下来,刘裕就为自己的大事做准备了。什么大事?当然是篡位的大事。刘裕密嘱中书侍郎王韶之入都贿通内侍,让他伺机对晋安帝下毒。晋安帝的弟弟琅玡王司马德文,谒陵回京都后,见刘裕权位日隆,怕他会进逼晋安帝,因此随时留心防备。司马德文每天入宫仔细检查,就是晋安帝的饮食,他也总是先尝,然后才让晋安帝用膳。王韶之等人无隙可乘,晋安帝得以苟活几天。也许是晋安帝命数该绝,司马德文竟无故生病,不得不在宫外的府第休养,王韶之伺机指挥内侍勒死晋安帝。
当下,宫中传出晋安帝暴毙的消息,并传出一道遗诏,奉请司马德文继位。司马德文明知有变,无奈宫廷内外都是刘裕的爪牙,只好得过且过,登上帝位。史家称之为晋恭帝。第二年,司马德文改晋安帝元兴年号,称为元熙元年,册立王妃褚氏为皇后,大赦天下,加封百官。晋封刘裕为宋王,又加赐他十个州郡。刘裕这次全部受封,并将幕府迁到寿阳,又令朝臣代他向恭帝申请加赐殊礼。晋恭帝不敢怠慢,立即允准刘裕佩戴帝王礼冠,建天子旌旗,拥有天子规格的仪仗。刘裕当即封王太妃为太后,世子为太子,居然与晋廷无二。
勉强过了一年,刘裕已六十五岁,自思来日无多,急欲篡位。一时又不好开口,只得宴饮群臣,向他们暗示自己的心思。酒至半酣,刘裕捋着胡须,慢慢说:“桓玄谋权篡国,我倡义复兴,平定四海,功成业著,这才敢接受九锡礼。但是,现在我已老迈,这备极尊荣的地位让我觉得很不安,我想奉还爵位,归老京师,你们觉得怎么样?”群臣听了,摸不着头脑,只得随口敷衍,把功德巍巍、福寿绵绵之类的话说了一大堆,刘裕不但没有一丝喜悦,反而流露出一种惆怅的情绪。群臣始终不解,挨到日暮撤席,才各自散去。
中书令傅亮到了门外,才恍然大悟道:“我懂了!”随即又转身进去,谒见刘裕说:“臣应该暂时回京。”刘裕不禁点头,面露喜色。傅亮知道自己已猜中刘裕的心意,当即告辞出门。抬头一看,竟发现天空中出现一颗长星,光芒烛天,傅亮拍着大腿长叹道:“我以前不信天文,现在才知道天象真会应验啊!”第二天,他就急匆匆地赶回京都。
刘裕遣走傅亮后,就安心等着好消息。过了几日,果然有圣旨召他回京。刘裕令四子刘义康镇守寿阳,任命参军刘湛为长史,裁决府事,然后带着亲军即日起程。刘裕刚到京师,傅亮已纠集满朝文武逼迫晋恭帝禅位,并将早已拟好的诏书呈给晋恭帝。晋恭帝看完后,对身边的亲信说:“桓玄跋扈,我晋朝已经失去天下,全靠刘公仗义兴师,我朝才得以延续到现在。我早知会有今天,就是禅位也甘心!”随即提笔写下令刘裕受禅的诏书,并于第二天昭告天下。光禄大夫谢澹、尚书刘宣范当即将御玺捧送给宋王刘裕。
刘裕又上奏推辞,装出一副谦恭的模样。那时,晋恭帝已被逼出宫,退居琅玡王旧宅。百官送旧迎新,扬扬得意,唯独秘书监徐广面带哀愁。刘裕三揖三让,装腔作势了一番,然后才在南郊登坛,祭告天地。回宫后,刘裕驾御太极殿,接受百官的朝贺,大赦天下,改晋元熙二年为宋永初元年。册封晋恭帝为零陵王,令他迁居秣陵城,并让将军刘遵考率兵监管。