在蔡洲静驻了好几天,卢循、徐道复见石头城畔的军容井然有序,没有一丝慌乱,不禁有些后悔,忙派发十多艘战舰攻打石头城外的防护栅栏。刘裕下令用神臂弓迎敌,一发数箭,敌船无不摧毁,卢循只好退去。不久,卢循用调虎离山之计,攻扑石头城,但仍旧碰壁;转攻各郡,各郡守都早已加固壁垒。卢循见毫无所得,便对徐道复说:“我军已疲惫不堪,不如退据寻阳,合力攻取荆州,然后再来谋取建康吧。”随即令贼党范崇民率五千名士兵据守南陵,大军则退往寻阳。
晋廷封刘裕为太尉中书监,并赐给他一把黄钺。刘裕随即保荐王仲德为辅国将军,刘钟为广川太守,蒯恩为河间太守。让他们与谘议参军孟怀玉率兵追击贼众,自己则操练水军,广修战舰。楼船一修成,刘裕便令将军孙处、沈田子率领一百多艘战舰走海路,径直奔往番禺,直捣卢循的老巢。各位将领认为海路迂远,也十分艰险,并且容易分散兵力。刘裕笑而不答,只是嘱咐孙处说:“十二月大军必破妖虏。你们先捣破贼巢,使他们走投无路,到那时,贼人自然手到擒来!”孙处等人只好领命而去。
卢循回到寻阳想方设法联络谯纵,约他夹攻荆州。谯纵当即答应,并向后秦求援。秦主姚兴封谯纵为大都督,兼相国、蜀王,并调桓谦协助他。谯纵任命桓谦为荆州刺史,谯道福为梁州刺史,令二人率两万多名士兵入侵荆州。后秦将军苟林也奉秦主姚兴之命率骑兵赶来会师。一时间,卢循声势十分浩大。
卢循率兵东下时,荆、扬二州有些闭塞,还不知道这一消息。当卢循退而攻打荆州时,荆州刺史刘道规正派司马王镇之前去,会合天门太守檀道济、广武将军到彦之,一同去援救建康。途中,王镇之突然遭到后秦将军苟林与卢循的夹击,一阵拼杀,王镇之败退。卢循重重犒赏秦军,令苟林进攻江陵,苟林随即入驻江津。桓谦也召集两万贼众,进据枝江。敌众两路大军交逼,江陵大震,城中的兵民大多怀着观望的心态。刘道规默察民情,索性大开城门,令士兵自行选择去留,同时严阵等待敌寇。士兵不禁惮服,没有一个人出逃,城中十分安定。
当时,鲁宗之已升任雍州刺史,自襄阳率兵前来支援荆州。有人说鲁宗之不安好心,刘道规却毫不在意。他不但单骑出城,将鲁宗之迎入城中,与他开怀畅谈,甚至还让他留守荆州城,自己则亲自带兵出击,讨伐贼人。大军水陆并进,在枝江击毙桓谦,苟林闻风而逃。参军刘遵奉刘道规之命追击,在巴陵一带击毙苟林。
刘道规返回江陵,刚送走鲁宗之,就收到徐道复率领三万士兵长驱而来的消息。当时,已经来不及追回鲁宗之军,刘道规只得部署各军,准备迎战。碰巧刘遵得胜而归,于是一前一后的两支军队,杀得轻敌的徐道复大败,逃回湓口。江陵转危为安。
刘裕听说江陵无恙,贼众连吃败仗,便令刘毅监管太尉府,全权处理府内事务,然后亲自率领刘藩、檀韶等将领南讨贼党。大军刚出发,便接到王仲德的捷报,说已赶走悍贼范崇民,夺回南陵。刘裕很是欣慰,当即赶到南陵城与王仲德会师,进军雷池。在雷池一带,刘裕军杀得卢循孤舟窜往番禺,徐道复退守始兴。晋将军刘藩、孟怀玉不依不饶,继续追剿卢、徐两贼,刘裕则率余军凯旋而归。晋安帝要封刘裕为大将军、扬州牧,并赏他二十名仪卫,刘裕推辞说:“卢循、徐道复两贼还没有除掉,臣怎么能接受陛下的封赏?”晋安帝于是收回成命。
在逃亡途中,卢循一路上召集了不下万人的残众,准备退回番禺。徐道复也召集兵马,退守始兴。只是始兴虽然安然无恙,番禺却早已落入晋军手中。卢循听说巢穴已被攻破,惊慌失措,忙率部众与晋军争抢番禺,却被晋将军孙处、沈田子、刘藩击败。卢循慌忙逃往南方的交州,最后在晋军的堵截中投水自尽。徐道复也被孟怀玉斩杀。南方逆党,至此都被荡平。
不久,荆州刺史刘道规因病请求离职。晋廷派刘毅前往荆州继任刺史,调任刘道规为豫州刺史。刘道规在荆州数年,秋毫无犯,体恤百姓,没想到调到豫州不久,就病逝了。荆州人得知,都垂泪不已,很是伤心。
刘毅自豫州战败后,虽然在刘裕面前谦逊不少,但心里却越发猜忌他。刘裕向来不善舞文弄墨,刘毅却很有文才,所以朝中词臣都喜欢与刘毅交往。仆射谢混、丹阳尹郗僧施与刘毅往来尤为密切。刘毅出任荆州刺史后,将刘道规之前施行的政策尽改无遗,又将豫州文武旧吏调到荆州,安置在自己麾下;并上奏要求兼管交广,任命郗僧施为南蛮校尉,毛修之为南郡太守。
刘裕一一照允,将军胡藩说:“公以为刘将军会一直屈服于你吗?”刘裕沉思半晌,才问道:“什么意思?”胡藩回答说:“公统领百万雄师,战必胜,攻必取,刘毅原是自愧不如;但如果谈及文才,一谈一咏,刘毅却自命为豪雄。最近,有许多文士争相归附他,我担心刘毅未必甘心一直屈居于公之下。”刘裕微笑着说:“我与刘毅同心协力规复朝廷,他有功无过,我怎么能无故陷害他?”胡藩默然退去。
刘裕因刘毅的堂弟刘藩讨逆有功,提拔刘藩为兖州刺史,令他镇守广陵。不久,刘毅身患疾病,郗僧施便劝他上奏,请求调任刘藩为荆州副帅,刘毅当即照做。刘裕这才有些提防刘毅,假意允准刘毅的请求,召刘藩入朝。刘藩自广陵进入京都,刚到宫阙门外,便被逮入大牢。刘裕又向晋安帝诬告说:“刘毅、刘藩两兄弟与仆射谢混图谋不轨,请陛下立即下令赐死谢混、刘藩,讨伐刘毅!”晋安帝不经调查便下诏允准。刘裕立刻召集各军,准备西征。
刘裕任命司马休之为荆州刺史,令他随同前往,并令参军王镇恶、龙骧,将军蒯恩率领前队军士,袭击江陵。王镇恶率领一百多艘战船昼夜兼程,打着刘藩的旗号,直达豫章口。荆州人还没收到刘藩的死讯,以为是刘藩西来,丝毫没有防备。王镇恶舍舟登岸,径直奔往江陵城。刘毅探悉实情,当即下令关闭城门,谁知城门还没来得及关上,兵士还没披上铠甲,王镇恶已闯入城中,全城顿时鼎沸。刘毅率数百亲兵杀出城去,到佛寺投宿,寺僧不肯收纳他。无奈之下,刘毅自缢身亡。王镇恶搜到刘毅的尸首,将他的头颅砍下示众,并杀掉他的族人。
过了几天,刘裕军抵达江陵,杀死郗僧施,赦免毛修之,又调整了赋税,并抚慰人心,荆民大悦。荆州刺史司马休之上任,刘裕立即率大军返回京师。
西行时,刘裕曾令豫州刺史诸葛长民监管太尉军府,处理内部事务,又任命刘穆之为建威将军,辅佐诸葛长民。诸葛长民听说刘毅被杀,便私下对亲属说:“昨天杀彭越,今天斩韩信,恐怕我们也将大祸临头了!”诸葛长民的弟弟诸葛黎民说:“刘氏灭亡,诸葛氏怎么可能幸免于难?我们最好趁刘裕还没回来,赶紧起事!”诸葛长民犹豫不决,偷偷问刘穆之说:“有人说太尉对我不满,他为什么对我不满呢?”刘穆之说:“刘公远征,将家人托付给你照顾,如果他猜忌你的话,怎么会把家人托付给你?”
诸葛长民还是不放心,又致信冀州刺史刘敬宣,劝他共谋富贵。刘敬宣竟然将信件交给刘裕,刘裕随即放出消息,说将抵达京都。诸葛长民于是天天出城恭候,却不见刘裕回来。不料,刘裕半夜入京,回到府第,除了刘穆之外,无人知晓。第二天天刚亮,刘裕就升堂处理京中之事,诸葛长民这才得到消息,惊慌地赶来谒见刘裕。刘裕忙下堂迎接诸葛长民,并喝退堂上其他的人,与诸葛长民握手言欢。诸葛长民渐渐放松警惕,刚想告辞,帐后突然窜出一名壮士,一把抓住他,把他勒死了。诸葛长民的弟弟诸葛黎民、诸葛幼民以及堂弟诸葛秀之相继被斩首。
当时,京都流传一句话:“别嚣张,小心把你交给丁旿。”为什么京都会流传这么一句话呢?原来,刘裕府中埋伏着的壮士叫丁旿。勒死诸葛长民,击毙善斗的诸葛黎民,都是丁旿。众人畏惧他的强悍,所以才有这句话。
刘裕灭掉诸葛氏后,任命朱龄石为益州刺史,令他与宁朔将军臧熹、河间太守蒯恩、下邳太守刘钟率两万大军讨伐西蜀。当时许多人都说朱龄石威望太浅,难当重任,刘裕却力排众议说:“龄石文武全才,此去必能成功。你们要是不信,以后便知!”当下召来朱龄石,和他密谈了几句,又交给他一封锦函,上面写着:“到了白帝城再打开”。朱龄石随即出都,逆江西行。各位将领也不知道朱龄石究竟怎么进攻,只是一路跟着他晓行夜宿。到了白帝城,朱龄石才打开锦函,拿出信函,只见上面写着:
众军从外水攻取成都,臧熹从中水攻打广汉,老弱兵士乘高舰从内水前往黄虎,全军速战速决。违令者斩!
原来,从前刘敬宣讨伐谯纵时,取道黄虎,结果无功而返。此次,刘裕令众军取道外水,是吸取上次的教训。又怕谯纵预料到,所以刘裕特意令朱龄石派老弱士兵走内水,作为疑兵,牵制敌人;又令臧熹从中水进军,无非也是分散敌军的兵力。蜀王谯纵果然怀疑晋军仍然取道黄虎,急忙派谯道福驻守涪城,严防内水。那时,朱龄石已自外水趋往平模,距成都城只有两百里。谯纵得到情报后,忙派秦州刺史侯晖、尚书仆射谯诜率一万多名贼众驻守在平模对岸,筑城据守。
当时正值盛夏,赤日炎炎。朱龄石有些踌躇,对刘钟说:“现在天气这么热,贼众据险自固,我军不容易攻入。我想先养精蓄锐,再伺机发兵,你认为怎么样?”刘钟回答道:“这就错了!我们专门派老弱士兵从内水进军,迷惑敌人,使得谯道福驻守涪城。侯晖等人虽然前来抵抗,但十分惊慌,我军如果趁他们惊疑未定时全力进攻,相信一定能够取胜。平模一被攻克,我军乘胜杀过去,谯纵自然守不住成都。相反,如果我军就此裹足不前,反而会暴露我军的虚实。一旦谯纵调谯道福军赶来援应,我军既不能进,又不能退,师衰食绝,两万人都将成为蜀虏!”朱龄石惊愕道:“幸亏你点醒我,我差点误了大事!”随即麾兵齐进,才半天就拿下平模。臧熹也从中水趋入,一路过关斩将,占据广汉。两军会师,直逼成都,势如破竹。
谯纵接连收到兵败的消息,吓得魂飞天外,急忙弃城出逃。他十五岁的女儿哭着劝他说:“逃跑也难免一死,只能自取其辱,不如到先人墓前,一死了事。”谯纵不听,拜辞先人墓,掉头就走了。他的女儿竟撞死在墓旁。谯道福听说平模失守,忙从涪城回军救援,途中与谯纵相遇,见到谯纵狼狈的模样,不禁愤恨地说道:“你怎么能这么轻易放弃好不容易才建立起来的功业?人生总有一死,有什么好畏怯的?”随即拔剑掷向谯纵,正中马鞍。谯纵慌忙逃避,后来见身边的侍卫都已经离散,只好解带自缢。王志斩下他的首级,献给了朱龄石。
谯道福犒赏军士,打算背水一战,可是军士得了赏银,仍然散去。谯道福孑身远逃,被当地人送到朱龄石军前,斩首示众。入城后,朱龄石只杀了谯纵的亲属,其他人一概不问罪。捷报传到京城,晋廷令朱龄石监管梁、秦州六郡军事,赐封他为丰城县侯爵。