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乘“贝格尔”号旅行前的准备
1831年8月，剑桥的天文学教授皮克寄给汉斯罗教授一封信，内容如下：
亲爱的汉斯罗：
为了测量大地岛的南岸，菲茨.罗伊舰长要去作一次旅行，返航时还会经过南海中的许多岛屿和印度群岛。用于旅行的这艘军舰，很适于进行科学研究工作。因此在这次航行中，我们决定提供一个难得的机会给一个博物学家。如果失去这次机会，对博物学家们来说，将是一个很大的遗憾。有关方面请我推荐一位合适的博物学家一同前去考察，他将受到各方面的照顾。舰长对博物学家的工作非常敬佩，愿意为他们提供热心的帮助。我听说有个叫列奥纳尔德.詹宁斯的博物学家，他能够去的话，将会发现自然史上的许多珍宝。不过现在还没有一位理想的博物学家人选。我写此信的目的，就是让你帮忙看看，有谁愿意去，或者你帮忙推荐一位，只要他愿意进行考察的话，这只船将会供他调用。我相信你推荐的人，是不会令我们失望的。这次游行对自然科学的发展是一个绝佳的机会，望你考虑一个人选推荐给我们。我们定在10月底起航。
亲爱的汉斯罗，如若找到人，写信答复我。
乔治.皮克
汉斯罗自己其实很想去，不过，他是个牧师，同时由于妻子的原因，他决定放弃这个机会。于是，汉斯罗想到了詹宁斯，便邀请自己这位酷爱自然史的亲戚前去。詹宁斯开始的时候不假思索地接受了这一聘请，但他也是一位管辖着两个教区的牧师，考虑到这一点，他也拒绝了。
汉斯罗想起了达尔文，这个年轻的朋友对自然界有着强烈的探索愿望。于是，他把达尔文推荐给了皮克，他给达尔文本人写了一封信，把这件事告诉了达尔文。
汉斯罗在信中写道：
我已经告诉菲茨.罗伊舰长，我认为您在我所认识的人中是最合适的人选。我这样说，是因为您具有充分的条件可以去收集、观察和注意自然史方面的一切值得注意的事，也许您还不是一位完美的博物学家，但这份工作您还是胜任的。菲茨.罗伊舰长这次不仅仅是要一位出色的博物学家与他同行，他更需要这个人品格高尚。不过，薪金方面的事我还不清楚，我想你不会太在意吧。这次航行可能会用两年的时间，您要是怕旅途寂寞，可以随便带一些书。对于一个热心、有志的人来说，这绝对是个千载难逢的机会，我想，你一定不会放弃这次机会。您要想了解详细情况，可以和皮克谈谈。我可以肯定地说，你正是他们想要的人，所以你不要存有谦虚、怀疑、害怕等念头，勇敢地去就行了。我恨不能站在你面前，拍着你的肩膀说：“去吧！”最后，作为你忠实的朋友，祝你旅行愉快！
同塞治威克进行地质考察回来后，达尔文看到了汉斯罗和皮克的来信。因为汉斯罗的大力推荐，皮克也给达尔文写了一封信，内容就是要聘请达尔文随舰游行。两人信中的内容大同小异，不过，皮克在信中还补充了以下内容：
菲茨.罗伊舰长是一位勤于职守的军官，为人镇定，深受同僚的爱戴。在国外，他花了1500英镑从巴塔哥尼亚买回了三个土著人，为了教育他们，他亲自出钱。他还以年薪250英镑自费聘请了一位美术家和他同去。如果您去的话，他会尊重您的一切意见。有那个美术家和您做伴，您在旅途中也不会觉得太寂寞。
我和汉斯罗非常希望您能够去，我相信您会放下手头的一切事情，全力准备参加这次航行的。该舰定于10月底起航，所以请您尽快作出决定，并告诉博福尔特舰长——海军部的水路测量专家。
海军部将给您一个正式的委任，并为您提供各项设备，不过，他们不打算向您支付薪酬。但假如您需要薪金的话，他们一定会批准的。
读完这封信后，达尔文马上表示同意。但达尔文父亲坚决反对他的这个决定，他只好写信谢绝了这一聘请。在给汉斯罗的信中，他这样写道：
我昨天很晚的时候才回到家，皮克先生的来信我已经看过。就我个人而言，您如此盛情地提供给我这个机会，我当然会极其高兴地接受，我非常想去参加这次航行。但我父亲坚决反对，我怎能忍心不听他的话呢！
父亲对我说：“作为一个未来的牧师，航行对你来说是不合适的。时间这样紧迫，你还没有航海的习惯。”除此之外，父亲还担心菲茨.罗伊舰长，怕我与他合不来。不过，最令他担心的还是准备的时间太短，他怕我无论在身体方面，还是在精神方面，都没有做好准备。他最后说，只要有一个头脑清醒的人主张你去，我就同意。如果不是父亲，我肯定会参加这次航行的。这确实是一个很好的机会，我对您为我做的一切表示感谢。不过，他们早些时候为什么指定一位博物学家呢？”
达尔文又给皮克写了封回信，遗憾地表示自己不能接受这一邀请。于是，他就又到梅尔维茨沃德家去打猎了，回到了他以前熟悉的生活当中。没想到在维茨沃德家，事情却出现了转机，这里的亲戚都主张他接受这一聘请，还劝说他不要错过这么好的机会。在维茨沃德一家人的劝说下，他也开始心动了，便用非常恭敬的语气给父亲写了一封信。查理在信中请求父亲再考虑一下自己的决定，还说乔斯舅舅已经同意了这次航行。他还说，如果父亲还是坚决拒绝这次旅行的话，那他以后就永远不再提这个问题，坚决服从父亲的决定。在信末，他还附上了舅舅劝说父亲的意见。
查理把写给父亲的信寄了出去。第二天上午，他正在打猎的时候，舅舅让他和自己一起去施鲁斯伯里。达尔文心想，也许这个问题解决了。果不其然，父亲非常重视舅舅的意见，同意这次旅行。查理那时不知道自己该说什么才好，他对父亲最终能赞同他去航行很是感激。在剑桥时，达尔文老是乱花钱，他安慰父亲说，在“贝格尔”号上，我要想花掉赚到的钱，必须变得很机灵才行。父亲看着这个怀有科学志向的儿子，用略带讽刺的语气回答：“听说，现在你已经是一个很聪明的人了。”
达尔文赶紧给皮克又寄了一封信，说已经征得了父亲的同意，并表示自己随时愿意去航行。第二天，查理告别父亲，直奔剑桥。到达剑桥时，天已经黑了，他给汉斯罗寄去一张便函，内容是：“您猜我为什么突然来这里！父亲改变主意了，他同意我去。去航行的那个位置不知道有没有给别人。我一路坐车，来到这里很累，先休息一下，明天早晨安排个时间我们可以见个面……”
第二天，达尔文同汉斯罗见了面。汉斯罗对他说，我有一个叫伍德的朋友，和菲茨.罗伊非常要好。在菲茨.罗伊面前，伍德也推荐了达尔文。看来达尔文运气还不错，他们还没有邀请别人。
事情突然发生了变化，菲茨.罗伊写给伍德一封信，信中说他反对和达尔文一起去。达尔文听到这个消息，就像一下子掉进冰窟一样，汉斯罗也很气愤。
对这次旅行，达尔文已经不抱什么希望了。不过，他还是按原计划来到了伦敦，希望还能有那么一丝希望，他去拜访了菲茨.罗伊舰长。出乎意料的是，菲茨.罗伊非常热情。在写给伍德的信里，菲茨.罗伊曾说自己不希望和达尔文一起去航行，对此他是这样说的，他有一位朋友叫切斯.杰尔，他很想和切斯.杰尔一起去，但切斯.杰尔最后拒绝了他，就在达尔文来这里之前，也许连五分钟都不到。这个位置现在还是空着的，看来只能让达尔文去了。
后来，达尔文同菲茨.罗伊成了朋友。有一次，两人谈话时回忆到此事，菲茨.罗伊对达尔文说，我是拉法.杰尔的热心崇拜者，拉法.杰尔曾教导我说，有着像达尔文这样鼻子的人，是不会具备这次航海所必需的精力和决心的。所以，我因为你的鼻子差点就拒绝了你，不过，我当时虽然怀疑，但还是马上同意了。
菲茨.罗伊彬彬有礼，热情而又坦率，达尔文很喜欢这个人。菲茨.罗伊告诉达尔文说，如果你同意这次和他们一起航行，就得注意以下几个问题。我们一行人将会一起长期住在军舰上，要同舟共济，不能对这个不满，对那个不满；他带了一些书，没事的时候，达尔文可以看看；船舱里有各种用具和武器，这些达尔文都可以使用；伙食很简单，也没有酒，建议达尔文同他一起用餐；主要的问题是，军舰很小，住处很挤。之后，他又对达尔文说了一些在舰上的各种不方便之处，之所以提前对他说，是怕他以后抱怨。最后，菲茨.罗伊补充道：“刚才我说的这些问题，你考虑一下，看看能不能克服。如果您觉得没问题的话，我们就算达成了协议；如果您不同意，那我们再找别人。”
随后，他们转移了话题，谈起了航行航线的问题，还有就是从这次旅行中，达尔文将能得到什么收获的问题。菲茨.罗伊说：“一路上会遇到许多艰难险阻和考验，但你也会遇到许多有意义的事或动植物。总之，这次航行对你来说绝对值得。”
海军部决定，这次航海计划只是勘察南美洲和火地岛海岸。这令达尔文多少有些遗憾，达尔文所梦寐以求的是环球旅行。菲茨.罗伊个人也赞成环球旅行的计划，此事他已经向海军部提交了申请，但还没有得到答复。如果环球旅行能够批准，达尔文就着手安排旅行计划。
达尔文问菲茨.罗伊大概需要多少费用，他回答说，不需要很多钱，一年的伙食费30英镑，加上全部装备的费用，大概不会超过500英镑。菲茨.罗伊还向他担保说，假如他受不了海上的颠簸，随时都可以回来，因为一路上经常碰到回程的船舶。值得一提的是，达尔文在测量期间，有权在岸上进行搜集各类标本的活动，还有权留用一艘小船。
接下来，达尔文便开始忙着准备航海所需的物品。在汉斯罗的推荐下，达尔文去拜访了伦敦的几位旅行家，请教他们该带些什么。菲茨.罗伊却劝他只带必需的衣服和东西就行，能不带的东西尽量不带，达尔文表示同意，听从了他的劝告。但同时，菲茨.罗伊却劝他买一箱手枪，这项开支大概需要花60英镑，他说，如果没有手枪就不能到岸上去。这一笔开支令达尔文很是不解和无奈，但他还是花了50英镑买了一支极品背枪和一箱好手枪。此外，他还花了5英镑，买了望远镜和指南针。在购买火器上，菲茨.罗伊比达尔文出手大方多了，花了400英镑多。同时达尔文还委托姐姐苏珊娜，让她把他的一些用品寄来，包括旅行用的地质指南针、显微镜、几件衬衫、鞋子、一些西班牙书籍等。
出发前，达尔文去参观了“贝格尔”号。“贝格尔”号很小，这让他很是惊讶。它是一艘军舰，排水量只有235吨。达尔文不禁对这艘小军舰的安全性表示担忧，后来证明，这种担忧没有必要。在环球航行中，它不辱使命，多次经受住狂风暴雨的袭击。
菲茨.罗伊舰长才23岁，是位矮个子的年轻人，黑黑的皮肤，长得很漂亮。他给达尔文留下了非常好的初步印象。他人虽年轻，出海经历却很丰富，1826～1830年，他乘坐这艘“贝格尔”号完成了对火地岛沿岸的勘察工作。“贝格尔”号上的军官和水兵都愿意同他一起再次出航，这也充分说明了众人对他的信任。
菲茨.罗伊在这艘军舰上领导勘察工作，除了他之外，船上还有这些人：他的助手斯托克斯，2名尉官——季.韦克姆和布.谢利万，1名医生，10名军官，1名水手长，42名水兵和8名少年见习水手。斯托克斯坐在一张大桌子旁，主要协助菲茨.罗伊一起进行绘图工作，达尔文工作的地方也在这张桌子旁。此外，舰上还有1位美术家和1位绘图员埃尔德，1个专门看管仪表、天文钟和其他仪器的人，1名曾去过火地岛的传教士，还有3名火地岛人。上次航海时，菲茨.罗伊将这三个火地岛人带到了英国，他们这次要返回故乡。
达尔文准备行装的同时，还抽时间学如何确定地方的经度和纬度。有一次他上街买东西时，发现所有的店铺都停业了，一问才知道，原来是在举行国王加冕典礼仪式。英国有规定，每逢举行这种仪式时，店铺一律停业。达尔文随着众人，也观看了这种仪式。达尔文惊奇地发现，看到国王时，民众并没有兴奋和热情。他后来向姐姐苏珊娜说起过此事，他认为，这种加冕典礼如果在50年后举行的话，估计都没人看了。
“贝格尔”号原本打算10月底起航，但起航日期不断被推迟。原因是，经过第一次探险后，“贝格尔”号需要修理。这只军舰已经破烂不堪，需要重新改造：首先，抬高上层甲板，这样在风浪中它会变得安全可靠些；不仅如此，甲板抬高了，下面也腾出了更多的地方，可以住人和堆放食品。其次，加固船底，这样船会变得更坚固。
达尔文10月份来到“贝格尔”号的停放地——普利茅斯，修船已进入尾声，船员们正忙着修船舱、刷油漆等。
达尔文在等待出发的时候，经常同这些军官和海军准尉们一起吃饭，慢慢地彼此熟识了。天好的时候，在普利茅斯近郊外，他有时候会同斯托克斯散步，一起测量了太阳高度。在阴雨绵绵这种恶劣的天气下，达尔文就躲在家里读书。有时候，他同物理学家哈里森和鱼类学家汉密尔顿.斯密特在一起；也和菲茨.罗伊在一起消磨时间，同他和水兵们一起作一些磁性观测，或同他们一起用餐。
11月12日，“贝格尔”号上所有物品收拾停当，所有甲板也已经都被清扫干净，油漆粉刷完毕，终于快到航行的日子了。
11月23日，下午1点，“贝格尔”号扬帆起航，从停泊处向前行驶约一英里，换了个地方停泊，在这里又停了一些日子。
在这些日子里，达尔文开始收拾自己和斯托克斯在航行时同住的船舱，没事的时候在附近散步。由于航行时睡觉的地方不够，所以每天晚上都得搭起吊床，达尔文还学会了怎样一下子跳上吊床的本领。
终于一切准备就绪，只等起航。但“贝格尔”号还是没启动，这次是因为逆风一个劲儿地刮个不停。达尔文的情绪随着起航日期的一拖再拖而开始变得低落下来，恶劣的天气让他感到愁闷和沮丧，他不禁开始想家人，想到一去就是三年，感到有些失落。因为情绪不高，那段等待的时间让他甚至以为自己是不是病了。
12月10日，军舰终于起航出海了。行驶中的船摇摇晃晃的，这让达尔文感到十分不舒服。他很快还发现了自己的一个问题：晕船。
傍晚，海面突然刮起了大风暴。迫不得已，“贝格尔”号第二天早晨又返航回到了它的停泊处。达尔文受到风暴和晕船的折磨，感觉全身没有一丝力气，他努力在海岸上散了一会儿步，才觉得恢复了一些元气。
利用这次停泊的时间，达尔文制订了航海时的计划，并把这些计划写进了《航行日记》。这是个宏大的规划：考察和阅读自然史的“各个领域”，搜集搜集品，观察气象，学习数学、西班牙语、德语和少量的古典语，星期天读希腊语《圣经》，无聊的时候读点英语书。在剑桥时，他制订了一个比这还庞大的规划，但后来都没能实现。这次的规划到后来都实现了，只有学习数学和阅读希腊文《圣经》他没能做到。
逆风天天刮来刮去，也不知道什么时候可以开始第二次起航。
12月21日，“贝格尔”号第二次出海，经过德霍克岛时，军舰触礁了，在岛上停了半个小时后驶进了公海。达尔文因为晕船，一直睡到第二天早晨，醒来后有人告诉他，由于风向改变，“贝格尔”号又返航回到了普利茅斯停泊。
这几次被迫返航使查理心情抑郁，但另一方面，查理也空出了许多时间。这次返航回来后，他去请教了一些有经验的人，那些人告诉他：作为一个博物学家航行时需要带哪些书籍，哪些工具是收集自然史搜集品必需的。他把这一切准备妥当。所以说，这次返航也是幸运的，让他准备了不少以后航行中用得到的东西。
12月25日是圣诞节，水兵们为了庆祝，一起大喝了一场。第二天，几名优秀的水兵依然处于酒醉状态，还做出了粗野的举动，最后被罚戴八九个小时的重镣。所以尽管这天天气很好，“贝格尔”号还是未能出海。
12月27日，这一天微风拂面、阳光灿烂。上午11点，“贝格尔”号起锚，开始了第三次出海。这一次，它很幸运，没有因为天气的原因而返航。经历了几次延期，克服了种种障碍之后，这次航行开始了。
达尔文的环球航行开始了！
英国当时力求夺取南美洲的市场，促使英国的资本渗透到这里各个国家的经济中去。这次探险，英国打着科学的旗号，只不过是用来掩饰而已，只是对南美洲进行扩张的一张假面具。所以，“贝格尔”号的航行并不是一次纯科学性的旅行。不过，达尔文对此毫不知情。这次探险的任务是研究和详细勘察南美洲的东西两岸，即使这次旅行没有达尔文，也一样会得出一些科学成果。英国出于政治和经济的利益，进行了这次航行。但对达尔文来说，这次航行有着重大的作用，决定了他整个未来的事业。