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民国元年八月，国会组织法、各议员选举法公布。根据约法的规定，袁总统于民国二年一月十日正式发布召集国会令。接着又发布省议会议员召集令，举行参议院选举。
这两道命令公布后，各省着手办理选举事宜。由于党派不同，竞争非常激烈，有的用强力胁迫，有的用金钱收买，有的用情面恳托。选举人受这三股势力的影响，不管是什么党派，只管依着投票。遇到势力、金钱、情面都相当的情况时，选举人左右为难，不知该投哪方的票。一方当选，另一方怎肯甘心，于是现场气氛十分混乱，吵的吵，闹的闹，甚至有人强夺投票箱，砸毁投票所，扰乱秩序，最终导致选票散失。
袁总统得此报告，命严格遵守法律，并将《刑律》第八章中关于妨害选举罪的各条法规，贴在投票所最醒目的位置，又在投票所周围临时增派警力，维持秩序。这时，各选举区才稍稍平静下来，但暗箱操作仍在进行，各立党帜，各争党权。
当时，国民党为第一大党，其次是共和党，再次是民主党和统一党。但民主、统一两党，由于刚刚组织，人数比较少，敌不过国民党。就连共和党也不及国民党的人数多，因此国会议员多半是国民党人当选。袁总统最忌恨国民党，他知道参、众两院国民党议员占十分之六七，并料到将来必受牵制，于是密谋来一个釜底抽薪。
前任农林总长宋教仁卸职后，便担任国民党理事，主持党务。宋教仁是湖南桃源人，字遁初，别号桃源渔父。在校时，已萌发革命思想，后被学校斥退，宋教仁自己筹借银钱，游学东洋。之后，加入孙中山、黄兴等组织的同盟会，办《民报》，宣扬革命。与黄兴等人屡次革命，均遭失败。武昌起义时，他已是党中领导，奔走往来，不辞劳苦。孙中山回国设立南京政府后，宋教仁曾受任法制院院长，临时政府的法令大多是他一手制定的。袁世凯当选大总统后，宋教仁曾与蔡元培、汪精卫等同赴北京，迎袁南下。当时，正值京津兵变，袁号称分身无术，便在北京就职。唐绍仪出组内阁，邀宋教仁为农林总长，并经参议院通过，但就职不过两月，因唐内阁猝倒而连带辞职。经此以后，宋教仁看透了老袁的心思，决意从政党入手。他四处活动，把共和、统一党党员引入同盟会中，携手联盟，同组国民党，并被党员推选为党中理事，代理理事长。
民国二年三月九日，宋教仁应江南国民党支部的邀请，抵达南京。江南国民党支部借浙江会馆为会场举行欢迎会，会员共到三千余人。都督程德全为主席，因口疾未愈托人代做报告，并请宋教仁发表政见。报告完毕后，宋登台演说。演说时间约有两个小时，言语多是批评时政，每到精湛之处，掌声如雷鸣。随后，宋又去上海演说数场，反响都很强烈。很快，北京出现匿名书，驳斥他演说时曾指斥政府。接着，又出现北京救国团，通电各省斥责宋言论荒谬。对此，宋教仁登报一一辩答。没过几天，袁总统发来急电，邀他即日赴京，商决要政。人们还以为袁世凯醒悟了，召宋入京，将任命他为第一要员。就连宋自己也以为此次北行，定会不负初衷，组成政党内阁。于是，决定三月二十日从上海启程，乘车北上。当时，国会议员已陆续进京，上海、南京车站上设有议员接待室。宋启程的时间大概是晚上十点，上海的同志都相偕送行，挚友黄兴也特地赶来送行。在议员接待室小憩后，十点四十分火车进站，招客登车。宋出接待室，与黄兴等人并行至月台，向车站出口处行进。不料，刚刚走到检票处，猛然听见“啪”的一声，一颗子弹从宋教仁背后飞来，不偏不倚，穿入胸中，直达腰部。
宋教仁疼痛难忍，退靠在铁栅上，凄声说道：“我中枪了。”正说着，又听见两声枪响，幸好未伤及行人。站中顿时大乱。黄兴等人也惊愕异常，慌忙将宋教仁扶出月台，急呼车站中巡警速拿凶手。谁知四面一望，并没有一个巡警。只看见外面停着一辆汽车，众人来不及详问便扶宋上车，命车夫火速前往沪宁铁路医院。等站外巡警赶来，凶手早不知去向。当时，送行的人大多留在站中，满心期待巡警能缉获凶手。同行人又电致各处机关，委托侦缉。国民党干事于右任将宋教仁送到医院已是半夜，医生们都不在医院。宋教仁此时已面如白纸，用手抚着伤处，呻吟不已。于右任想看看他的伤口，宋却不让，流着泪说道：“我恐怕不行了，人总有一死，死亦何惜，只是我有三事相求：一是将我在南京、北京及日本东京寄存的书籍捐给南京图书馆；二是我家寒苦，老母尚在，请克强与君及诸故人替我照料；三是诸君仍当继续努力，千万别因我遭不测而退缩，放弃国民的责任。我欲调和南北，费尽苦心，没想到暴徒误会我意，置我死地，我受痛苦也是自作自受。”过了一会儿，医生赶来检查伤口，不禁咂嘴。原来，宋受伤的位置正在右腰骨稍偏处，离心脏很近。医生说伤势很重，生死难卜，现在首要任务就是取出子弹，然后再医治。好不容易取出弹子，弹形尖小，像新式手枪所用。宋教仁呼痛不止，医生只好再次注射止痛药水，希望他能安睡。但他仍呻吟连连，根本无法安枕，勉强挨到黎明。黄兴等人来到病室探问，宋教仁叹气道：“我要死了。但我死后，诸公仍要往前做去。”黄兴向他点头，宋又让黄代拟电文，向中央报告情况。电文写道：
北京袁大总统明鉴：
仁本于今夜乘沪宁车赴京。不料十时四十五分，在车站突被奸人自背后施枪，弹由腰上部入腹下部，势必至死。窃思仁自受教以来，束身自爱，虽寡过之未获，从未结怨于私人。今国基未固，民福不增，遽尔撒手，死有余恨。伏冀大总统开诚心，布公道，竭力保障民权，俾国家得确定不拔之宪法，则虽死之日，犹生之年，临死哀言，尚祈鉴纳！
稿已拟定，黄兴立即出病室派人发电。上海的同志也陆续到医院探望。宋教仁皱着眉头说道：“我不怕死，只是疼痛难忍。出生入死，我已习惯，若医生能帮我止痛，我就死了也罢。”同志们再三劝慰，宋又瞋目道：“罢了罢了，可惜凶手在逃，不晓得什么人与我有这等深仇？”大家听得酸楚不堪，便与医生协商，请多找良医，共同研究治疗方针。于是，又找来三四个有名的西医，检查后，都认为肠道受伤，必须剖验补修才有可能活下来。于右任便对众人说道：“宋君病已至此，与其不剖而死，还不如从医剖治。”大家踌躇一会儿，多主开刀，于是将宋教仁抬至二层割诊室，共有五位医生实施手术。医生先用麻醉剂，然后取出大肠，洗去淤血，缝好肠上弹孔，最后缝合创口。麻醉剂的药力散去后，宋渐渐清醒，仍是喊痛。医生屡次用吗啡为他止痛，但终归无效，而且大小便流血不止。经医生检查，原来内肾也受了伤。这天晚上，宋教仁病情加重，双手渐渐变凉。黄兴、于右任等人都来到病床前探视，宋对他们说：“我想要说的，都已跟于君说过，诸公可问明于君。”说到这里，已是上气不接下气。他先是两手合十，似与同仁诀别；忽又回抱胸际，似有说不尽的苦况。黄兴用手抚摩，手脚已冰凉，脉搏也没有了，医生们称已无回天之力。再看宋教仁，仍是满脸的依依不舍。黄兴附宋耳语道：“遁初，你放心去吧，后事归我等担任。”宋才长叹一声，气绝而逝，年仅三十二岁。死时两眼未瞑，双拳紧握不开。
一帮友人痛哭流涕，前沪军都督陈其美边哭边说道：“这事真不甘心，真不甘心！”大家听了此话，更是悲从中来，大哭不止。等到稍稍平静些，便着手殡殓事宜，并决定摄张遗像留作纪念。天微微亮时，就去照相馆请来两位摄像师，黄兴提议先裸尸骸上身，露着伤痕拍一张；穿衣后，又拍了一张才入殓。此时，党员们都已陆续到来，还有几个日本朋友也同来送殓。第二天，从医院移棺至湖南会馆。当时，医院门口人山人海，拥挤异常。中午前后开始发殡，送丧执绋和护丧导灵的约有两三千人。
宋教仁逝世的噩耗传出去后，远近各省均致电上海国民党交通部，询问缉凶情况，兼慰问吊唁。袁总统也连发两份电文，命上海各部火速缉拿凶手归案。
江苏都督程德全、民政长应德闳当即通电地方官一起协拿，限期缉获。上海县知事、地方检察厅都悬赏缉捕。黄兴、陈其美又函致公共租界总巡卜罗斯，托他密捕，如能破案，给酬劳一万元，沪宁铁路局也悬赏五千元。上海的所有巡警以及中外侦探，哪个不想发些小财？于是，全体出动，日夜侦缉。天下无难事，只怕有心人，渐渐地探出些踪迹来。原来，宋教仁在沪宁医院时，曾收到一封很奇怪的信，是从上海本地寄出，信外署名是“铁民自本支部发”，信内全是讥嘲的话。
二十三日晚上，正是上海租界热闹的时候，灯红酒绿，清和坊、迎春坊等妓院更是生意兴隆，门前车马往来不绝。突然，来了数名巡捕将迎春坊的所有门堵住，总巡卜罗斯和西探总目安姆斯脱郎带着几名巡捕径直走到李桂玉妓馆门前站住。一个穿西装的人进入妓馆，大声呼问。龟奴听到“夔丞兄”三字，问道：“来看应老爷吗？”那人向他点头，龟奴又道：“应老爷在楼上饮酒。”那人不等他说完，便大踏步上楼，连声道：“应夔丞君！楼下有人请你谈话。”座上立即有一人站起说道：“什么人找我？”此人年约四十余岁，面带酒容，隐含杀气。说着便下楼，刚走到门口，卜总巡便开口问道：“你是应夔丞吗？给我带走！”旁边的巡捕立即上前将应夔丞扯出来，押到总巡房。
应夔丞，名桂馨，是上海滩大名鼎鼎的角色，也是宋教仁案的教唆犯。他有两个头衔，一是中华民国共进会会长，一是江苏驻沪巡查长，家住新北门外文元坊。宋案发生以前，他曾委托一名叫王阿法的古玩贩子暗杀宋，并承诺千元酬金。王阿法是一个小商贩，并不是暗杀党，哪里敢做这种事？当即拒绝了此事，但心中又艳羡那酬金。一天在一客栈，王阿法巧遇友人邓某，便谈及应事。不料，两人密语时，被栈主张某听见。张某向来与几个国民党员熟识，于是赶紧跑去通报。国民党员便责问邓、王二人，王将原委一一告知，并称自己当时就拒绝此事，并未参与。国民党员让他向总巡报案，并告诉他破案后有重赏。这王阿法又起了发财的念头，便直接到卜总巡处报告，使应落网。
应桂馨被带到巡捕房后，并没有人找他问话，冷清清地坐了一夜。第二天清晨，卜总巡亲自押着应桂馨，会同法捕房总巡一起前往应家。到了应家门前，卜总巡命数名巡捕先行把守大门，其余的入室检查。搜出许多公文信件，全都搬入箱内，由卜总巡亲手加封，移解巡捕房。又查验应宅住人，除了家眷外，还有好几位客人。其中有一个身穿男装的少妇，还有一个身着新衣，口操晋音的外乡人，二人看起来形迹可疑。于是，总巡索性将所有男客押到法捕房，所有女眷一律赶到楼上小房间中软禁起来，派安南巡捕看守。因为上海新北门外属法国租界，所有案犯都归法巡捕房收押，如果英总巡去应家搜查，必须会同法总巡。
应宅的男客到了巡捕房后，卜总巡立即派人到沪宁车站找到当时值勤的西崽，据说他“曾见过凶手面目，约略可忆”。西崽来到捕房后，将所拘人犯逐一细认，看到身着新服、口操晋音的外乡人时，不禁惊喜交集，大声说道：“就是他！就是他！”吓得那人面如土色，忙把头低了下去，但口中仍是百般抵赖：“本人名叫武士英，山西人，曾在云南充当管带。现因军队被裁，来上海一游，因与应桂馨素来认识，特地探望，并没有暗杀等事。”法总巡怎么可能相信？自然把他拘留起来。但武士英既是凶手，为何没有逃匿，反而在应宅安居呢？
原来，武士英受应桂馨指使，枪杀宋教仁后逃回应家。应桂馨非常赞赏他，即于二十三日晚间邀请他到李桂玉家饮花酒。此外，还有座客数名，彼此各招名妓侍宴。有一李姓客人招到妓女胡翡云。胡妓刚入席坐定，应桂馨就被巡捕房带走了。在座的人都大吃一惊，武士英和胡翡云更是慌张。武士英做贼心虚，而胡翡云的富贵梦也破灭了。胡应二人关系异常亲密，像夫妻一样。应老大曾答应带胡一起去北京，应做官，胡做他妻子，现在出了这样的事，胡能不惊慌吗？那李姓客人听说应被捕，对胡妓说道：“应君被拘，不知何事？卿与他素有感情，要不先到西门，将此事告知他的家人？”胡妓自然答应。武士英插嘴道：“我与她一起去吧。”于是两人一起乘坐应桂馨原乘的马车，到了应宅。结果刚进门没多久，那法租界总巡便派人将应宅包围了，再不准出入。之前所说的男装女人便是胡翡云。
又过了一天，法总巡带着三名西探、四名华捕和一名国民党员又到应桂馨住宅搜查，竟然搜出一把五响手枪。枪内尚存子弹二枚，拆验枪弹，与宋教仁腰间取出的子弹样式相同，这下宋案主凶已经罪证确凿，无从抵赖了。当天下午，由法国李副领事、英租界会审员关炯之、城内审判长王庆愉列坐会审。凶犯武士英起初不肯供认，经审问官婉言诱供，他才开始坦白：“我名叫吴福铭，山西人，曾在贵州一学堂读书，后来投入云南军队，被裁后来到上海。一天，在茶馆饮茶，遇到一位姓陈的朋友，邀我入共进会。晚上，陈告诉我应桂馨会长想办一人。陈说：‘这人是无政府党，我等将替四万万同胞除害，所以想除灭那人，并非有什么冤仇。’我迟疑不决。第二天，到应宅会见应会长，应当面委托我，并说击死此人，名利双收，于是我便答应了。另外，应会长还送我一把五响手枪。陈又找了两个人，到了火车站后只买了三张月台票，一人留在外面看风。票才买好，宋教仁就已经到了，姓陈的指着他对我说：‘这就是宋某。’后来，等宋从招待室出来走到半途时，我开了一枪，就往外逃。因怕被逮住，又朝天放了两枪。逃出车站后，我就直接回到应家。进门时，陈已经到了，他对我说道：‘如今好了，已替四万万同胞除害了。’应会长也不停地夸我能干，还说要设法送我出洋游学呢！随后，我便把手枪还给陈了。”
审问官又问道：“你行刺后，他们是否给你酬劳？”武士英回答说：“当时曾答应给我一千大洋，但我只拿到三十元。”问官又问道：“姓陈的哪里去了？叫什么名字？”武答道：“名字已不记得了。他的下落，我也不知道。”于是问官命人把他带回巡捕房。过了一天，再次讯问。又问及姓陈的名字，武士英回忆了一会儿，才说出“玉生”二字，其余的口供竟与前一天的大不相同，说：“我与应桂馨只见过一面，刺宋一事都是陈玉生教唆的，与应没有关系。”
应桂馨被押回巡捕房的第二天，卜总巡禀请英副领事，会同审判员聂榕卿开特别公堂审问，并命王阿法与应对质，但应一味狡赖。英副领事只好将应押回，等集齐证据再审。江苏都督程德全亲自赶到上海，与黄兴等商量办法。孙中山当时正在日本旅行，听说此事后立即乘船赶到上海。大家聚在黄公馆中，日夜研究。陈其美问程都督：“应桂馨自称江苏巡查长，当初是否由贵督委任？”程德全道：“确有此事。”黄兴插口道：“程都督为何委任他呢？”程德全过了好一会儿才回答：“唉！这是内务部洪荫芝，就是洪述祖所保荐的。”黄兴点头道：“洪述祖吗？他现为内务部秘书，与袁总统有瓜葛，是老袁第六妾之兄。我知道了，这案的主犯还不止一个应桂馨呢！”程德全道：“要彻底清查，免使宋君含冤。”黄兴道：“但望都督能如此秉公，休使元凶漏网，我当为宋渔父拜谢。”说着，便起身向程德全鞠躬。程德全慌忙答礼，彼此又细谈多时，决定由交涉使陈贻范致函各国总领事和英法领事，文中大意为：“此案发生地点在沪宁火车站，地属华界，所获教唆犯及实行犯均系华籍，应由华官提讯办理，请指定日期将所有人犯、各项证据解交”。英领事看函后也表示同意，但因目前证据尚未搜集齐全，羽党尚未全部抓获，要等案件有眉目时才好转送中国法庭办理。
陈交涉使也无可奈何，只好耐心等着。法领事以应桂馨所住文元坊属法租界管辖为由，认为提审应的地方应在法租界。英领事不同意，说抓获应的地点在英租界，必须在英租界审讯。最后，双方决定由英、法共同审理。法领事将凶犯武士英转解至公共租界会审公堂，听候对质。
应桂馨仗着外面的爪牙，暗中疏通人脉，并请了三位洋律师替他辩护。宋教仁的叔叔宋宗润从湖南赶到上海，也请了两名洋律师为侄申冤。在审判席上，原告、被告各执一词，争论不休。原告只想赶紧定案，被告只想拖延。就是应、武二犯也是今天这么说，明天那么说，没有一定的口供。
应桂馨千方百计找人给武士英传话，叫他承认杀宋教仁是武士英自己的意思，并以某钱庄存银作为事后奉赠。于是，武翻去前供，一口咬定杀宋教仁是自己的意思，并说他与应根本不认识，前天去应家，只是为了和陈会面。当被问及在应家查获的手枪时，武竟然回答说，那不是他的手枪，他的曾有七发子弹，已抛弃在车站旁草场上。问他为什么杀宋，他说：“宋自尊自大，想做国务总理，甚至想做总统。若不除他，定要二次革命，扰乱秩序，我为四万万同胞除害，所以把他杀死。”审讯员见他如此狡辩，只好转诘应桂馨。应更是荒诞，将自己罪名推得干干净净。程德全、孙中山、黄兴等人只好向法捕房索取应宅被搜文件作为书证，法捕房却不肯交出。不过从法捕房传出消息，从应宅抄出的文件中，有很多与洪述祖的往来信件。此时，程德全都督会同应德闳民政长又从电报局调取应桂馨送达北京的电稿，并一一校译。原来，应桂馨不但与洪述祖通同一气，就是国务总理赵秉钧也与他频繁通信，电文多为密码。程、应两人又会同地方检察厅长陈英一起研究，将密码中的语意破得七八分，于是电致内务部，请求拘留洪述祖。谁知洪述祖已闻风而逃，程都督只好电呈袁总统，请他下令严拿。袁总统居然也下令地方官严拿！
此外，北京的什么探长、什么勤务督察长也陆续来到上海，声称来调查宋案。其中，最引人注目的是总统府秘书长梁士诒和工商总长刘揆一，二人匆匆南下，又匆匆北去。刘与孙、黄见了一面，返回天津后就称病辞职了。或许刘已洞悉宋案真相，不愿在恶政府中再做事，以此托故求归。
程都督应孙、黄等人的要求，屡次与领事团交涉，要求交出凶犯及所有证据。北京的内务部、司法部也电饬陈交涉使与英法交涉，将此案移交中国官厅处理。英、法两领事按照惯例将全案人犯、证件移解华官，由上海检察厅接收。谁知才过了几天，还没经华官审讯，凶手武士英竟在监狱里服毒自杀了。试想，这武士英是为了得人千金，才将所有的事揽在自己头上，怎么可能自寻短见呢？这服毒的原委，显然是受人欺骗，或遭人胁迫。
程德全与上海检察厅厅长陈英，连日检查教唆犯应桂馨的文件，并电请政府设特别法庭，审讯案犯。但该要求被司法部驳回。孙中山、黄兴等人听了此事，便请程、陈两长官将应犯函件中最重要的，有关应桂馨与洪述祖、赵秉钧的密电载入呈文，并请政府批准设特别法庭审理。
谁知这电文去后，不仅袁总统没有复电，连国务总理赵秉钧也不肯答复。于是，上海审判厅开庭传讯应犯，应犯仍一味狡赖。此时，双方所请律师都已改为中国人，原告律师金泯澜要求洪述祖、赵秉钧两人来案对簿，这样才能水落石出，洞悉真实案情。当即由检察厅特发传票，令洪、赵两人来上海质审。可是洪述祖已安居青岛，怎么可能自投罗网？至于一国总理赵秉钧，更是不会来了。
各处纷纷追悼宋教仁，如挽词、演说等多半指斥政府，就是上海各报纸也连日讥弹洪、赵二人及袁总统。赵秉钧自觉不安，被迫辞职。宋案于是不了了之，应犯仍羁狱中，其余受牵连的人经审讯后，只要是无辜的，一律取保开释。