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卡尔·路德维希·尼采出生于一个牧师世家，这个宗教世家的家庭成员都是虔诚的路德教派成员。和他的父亲、祖父以及他妻子的父亲、祖父一样，卡尔·路德维希·尼采义无反顾地走上了从事牧师这一职业的道路。这样的工作决定了卡尔·路德维希·尼采不会像当时的年轻人一样关注时代潮流的方向，也不会关心身处于时代之中的那些民众的焦虑，他只会在宗教这条传统而又稳重的道路上前进。在这条道路上，上帝能够给予其信徒启示，君主会为其臣民指引。上司们对他赞许有加，普鲁士国王弗里德里希·威廉四世给予他王权上的庇护。要是没有头痛症和神经质的毛病，卡尔·路德维希·尼采应该会有一个锦绣的前程，但是由于病痛的折磨，他不得不把大量的时间都花在了休息上面，从而耽误了自己的晋升。
卡尔·路德维希·尼采提出了申请，要求去负责一个乡村教区，因此他被任命去了洛肯。洛肯是一个位于普鲁士和萨克森边境的辽阔平原上的贫穷乡村，这里的地势十分荒凉，村里都是些低矮的小房子，但是卡尔·路德维希·尼采对这里的孤独幽暗还算满意，因为对于他羸弱的身体来说，这很适合。卡尔·路德维希·尼采在洛肯表现出了自己在音乐方面的天分，每当黄昏时分，他就把自己关在教堂里，在粗糙的风琴上即兴演奏音乐。他弹奏的音乐总会吸引他所属教区里的村民，他们站在教堂外，静静地倾听，脸上满是羡慕的神情。
在卡尔·路德维希·尼采牧师婚后的第四年，他的年轻妻子生下了他们的第一个孩子，这是一个男孩，出生于1844年10月15日。获得儿子本来就让父亲十分愉悦，而更为特殊的是，孩子出生的日子恰巧与国王生日是同一天。这种巧合令这个备受国王关照的牧师父亲更加高兴，他在教区的登记簿上记录下了自己初为人父的喜悦，卡尔·路德维希·尼采写道：“哦，十月，受到祝福的十月，在过去的日子里，我沉浸在你带给我的无尽欢乐当中，但是在你带来的所有欢乐中，最深沉、最重要的莫过于我为我的头胎子洗礼……我的儿子，我给予你弗里德里希·威廉的名字，并以此来纪念和你同日诞生的我们高贵的恩主。”
不久以后，卡尔·路德维希·尼采牧师的妻子生下了他们夫妻的第二个儿子，很快，弗里德里希·威廉又有了一个妹妹。此时，弗里德里希·威廉过着幸福快乐的日子，他学说话很慢，直到两岁半的时候才说出了第一句话。同时，他是个沉默的孩子，总是用严肃的目光安静地注视着周围的一切。小威廉的这些特点并没有影响到父亲对他的疼爱，牧师深爱着这个沉默安静的儿子，每当出去散步时，他总要把小威廉带在身边。虽然那时的威廉年纪还很小，但在他的记忆中，父亲牵着他的手散步的情景总是清晰而又深刻，他和父亲走在村外广阔的平原上，平原上有很多的小池塘，钟声从远处飘来，在平原上回荡，此时，威廉总是紧紧地握着父亲那双强有力的大手，这让他感觉到了温暖。
但那些幸福的日子，小威廉却没有经历太久，很快，不幸便降临在了这个家庭。1848年8月，卡尔·路德维希·尼采从自家门口的石阶顶上重重地摔了下去，在倒下的过程中，他的头部猛烈地撞到了其中一级石阶的边缘上。这次撞击并没有立刻夺取卡尔·路德维希·尼采的生命，但是它却招致了一场可怕的疾病，头部严重的撞击加剧了他的头痛症和神经质的毛病，卡尔·路德维希·尼采完全失去了理智，而随之而来的神志不清和体力衰竭的并发症终于在一年之后夺去了卡尔·路德维希·尼采的生命。父亲去世时，威廉只有四岁，在这段时间里，他经历了父亲的生病和去世，而这其中发生的各种事件都在他心灵里留下了深刻的印象。无论是深夜中突然响起的报警声、房子里传来的哭泣声，还是密室里的恐怖、死样的寂静、尽情宣泄的悲伤，甚至是教堂的丧钟声、赞美诗以及葬礼上的布道、深深埋在教堂石板底下的灵柩，这些都深深地刻在了这个四岁孩子的心头。虽然让一个四岁的孩子来面对这些实在是有些残忍，但是命运的车轮还是将威廉推到了这场悲剧的面前。从此之后，威廉总是从梦中惊醒，他总能在梦中预感到某些灾难，这是威廉在十四岁的时候记录的一个梦：
“当一棵树的树冠被毁坏，树上的鸟儿就会离开树枝，而树木最终也会枯萎。现在，我们家的树冠已经遭到了毁坏，欢乐像鸟儿一样离开了我们的心灵，只给我们留下了深深的悲哀。然而，就在我们的伤口快要愈合的时候，痛苦再次来临，将伤口重新撕裂。大约就在这个万分痛苦的时期，我做了一个梦，在梦里，我听到忧伤的风琴声从远处飘来，这和我在父亲葬礼上听到的声音一模一样。我四处张望着，想打探到这声音的来源，这时，一座坟墓突然间裂开了，我看到父亲从坟墓里面走了出来，他穿着下葬时的那件寿衣，向教堂走了过去，等到他穿过教堂重新走回来时，我看到他的怀中抱着一个小孩，紧接着坟墓再一次裂开，父亲走了进去，在我面前消失了，随后墓石又重新挪回了原处，好像一切都没有发生过似的，此时，哀伤的风琴声也停了下来。我从梦中惊醒了。第二天早上，我把这个梦原原本本地告诉了我亲爱的母亲。紧接着没过多久，我的小弟弟约瑟夫就生病了，经过几个小时的折腾，他最终还是死了。弟弟的死让我们全家悲伤至极，我的梦完全应验了，因为小弟弟的尸体就被安埋在父亲的怀里，这和我梦中看到的情景基本一样。在经历了父亲和弟弟的死亡之后，我们对生活不抱任何期待，天父和天堂成了我们唯一的安慰和活下去的希望。这件事发生在1850年1月底。”
在威廉弟弟死去的这年春天，卡尔·路德维希·尼采的遗孀带着全家人离开了肯洛，移居到萨勒河畔瑙姆堡附近的小镇上，这个可怜的女人选择这里是因为亲戚们就住在相邻的乡间，在这里她可以和她们离得近一些，互相有个照应。没过多久，她的婆婆和丈夫的姐姐也搬过来跟她一起住在一幢小房子里，亲戚们的到来使还处在悲痛当中的孩子们渐渐从悲伤中走了出来，并且习惯了一大家人的生活。
临近的瑙姆堡的统治阶级由官僚和牧师组成，他们受到霍亨索伦王室的眷顾，因此虔诚地效忠于他们的王朝。这些资产阶级上流社会的成员都住在高大的城墙内，城墙上长满了绿草并设有五道城门，一到夜晚城门就紧紧关闭。统治阶级和整个瑙姆堡居民的生活都是刻板严谨、井井有条的。都市教堂里的钟声洪亮辽远，响彻整个小镇，控制着居民的生活作息，它或将人们从睡梦中叫醒或者催促人们入眠，甚至还可以召集人们去参加国家和宗教的节日典礼。尼采作为居民中的一员，他的生活同所有人一样，虽然他还只是一个孩子，但他的生活也是刻板严谨、井井有条的，尼采生命中的特质与瑙姆堡十分契合，这让他很快便适应了这里的生活节奏，同时孩子天性中的好奇也让尼采不断发现新生活里的美好。这里有肯洛没有的雄壮的阅兵仪式，还有风琴伴奏和合唱的宗教典礼，周年庆典是如此盛大，这让从小村庄来的尼采赞叹不已，最打动尼采的便是每年一度的圣诞节的来临。相较之下，他自己的生日虽然不能像圣诞节那样深深地打动他，但仍然能给他带来巨大的快乐，他在纸上这样写道：“我和我们敬爱的国王同一天生日，每到那一天的早上，军乐声总是能将我从睡梦中唤醒，庆祝国王生日的仪式就在这会儿开始，我也把这个仪式看做是庆祝我自己生日的集会，因此整个仪式中的各个活动也便是我的生日礼物。庆祝仪式很短，等到它一结束，我们一家就会一块儿去教堂。我知道教堂里牧师念的布道词是献给国王的，并不是给我一个人的特别祝福，但我却喜欢把其中最好的句子挑出来献给我自己，作为给自己的生日礼物。随后我要和我的同学们聚集在学校来庆祝这个重大的日子……集会在一首优美的爱国歌曲中结束了，接下来的时间就是我一天中最快乐的时光，我的朋友们将陪伴我度过快乐的一天。”
在弗里德里希的心中，父亲的形象依然深刻，他将父亲的形象牢牢地记在了心中，并且把父亲当做了自己前进的榜样，很小他就立下了志向，希望自己能够像父亲及家族中的其他叔叔一样，成为一名牧师，来向信徒们传达上帝的讯息。在这个孩子的心里，还没有更为崇高的职业存在，他甚至也想不出还有别的什么更适合自己的职业。尽管他还很年轻，但在他的身上却显示出了严谨的作风，他做事高度严格、一丝不苟，即使只是受到了些许的责备，弗里德里希的自尊心都会受到强烈的打击。弗里德里希喜欢自己一个人做事，从不接受别人的帮助，当他焦虑不安时，他会将自己隐藏起来，躲避在某个偏僻的角落内审查自己的行为，这个时候的他不会再跟妹妹一块儿玩耍，直到他通过深思熟虑之后，对自己的行为作出了明确的对错的判断。有一天，他像平常一样从学校迈着缓慢的步伐回到了家中，此时天空正下着倾盆大雨，他母亲看到他虽然没有带雨伞或斗篷，却丝毫没有慌乱的样子，因此便将他叫住了，弗里德里希不慌不忙地稳步走到了她的面前，母亲问他为什么下大雨还不赶快回家，弗里德里希答道：“老师总是教导我们，不要在街道上随便奔跑。”他还告诉母亲，他的伙伴们给他取了个“小牧师”的外号，因此每当他大声地给同学们朗读《圣经》里的某一章节时，同学们就会安静下来，带着敬意去倾听。
“只有当一个人成为自己的主人的时候，他才能成为世界的主人。”这是弗里德里希经常讲给妹妹听的话，因为他在对待自己的声誉时从不马虎，他骨子里有着天生的骄傲，并且深信尼采家族拥有非常高贵的血统。年迈的祖母总是热衷于给他讲述家族的传奇历史，这让尼采和妹妹伊丽莎白对家族的过去充满幻想。家族的远祖住在波兰，名叫尼兹克，他拥有伯爵的封号。在宗教改革运动时期，先人们反抗宗教迫害，并与天主教会断绝了关系，从此之后，他们就开始了悲惨的流浪生活，在整整三年的时间中，他们无家可归，只能从一个村落被驱逐到另一个村落。在流亡前夕，他们的儿子出生了，先人们只能带着这个新生儿一块儿踏上了流浪的旅程，在流浪的过程中，虽然这个孩子经历了各种各样的磨难，但是由于母亲全心全意、始终不渝的看护，这个孩子终于奇迹般地长大了，并拥有健康的身体。这个孩子成为了家族的传承人，他活了一大把年纪，最终将自己的强健和长寿传给了自己的后代，令这个家族最终欣欣向荣起来。
虽然这个优美的传奇已经被自己听过很多次了，但是弗里德里希从来都没有感到过厌倦，他还经常主动要求别人给他讲述波兰民族的历史。说故事的人告诉他，当年贵族们聚集在辽阔的平原中央选举国王，这是一个平等的选举，因为即使是那些地位最低下的人也有权利按照自己的意志投上一票。弗里德里希为他听到的这一切而感动，他十分羡慕当时的生活。这些故事让他深深地相信，这个民族是世界上最伟大的种族。弗里德里希总是向妹妹宣称：“一个尼兹克伯爵决不会撒谎。”
童年的这些故事深深地刻在了弗里德里希的心里，他做事虎虎生风，和他的祖先毫无分别，即使在三四十年之后，这些故事和传奇依然是尼采工作中强有力的激情和愿望的鼓动之源。但另一方面，每当他在家里时，他总是被家中那几个相依为命的妇人抱入怀中，百般爱抚。
等弗里德里希长到九岁的时候，他的兴趣便扩大了。教堂里听到的汉德尔的合唱曲音乐向这个孩子打开了另一扇通往音乐时间的窗户，他开始学习弹奏钢琴，并且可以即兴演奏，他甚至可以和着《圣经》的朗诵来进行伴奏。弗里德里希这些过人的能力并没有让他的母亲感到高兴，反而让母亲感到不安。她在儿子的进步中回忆起了丈夫的命运，他和弗里德里希一样喜欢弹奏风琴，在肯洛时他也常常即兴演奏。
此时的弗里德里希已经被身体中的天性紧紧地抓住，这种天性开始表现为某种专横和残暴。弗里德里希开始尝试去创作优美的旋律，他谱写了狂想曲及许多马祖卡舞曲，他把他的这些作品献给他伟大的波兰祖先。同时他也写作诗歌，每当纪念日来临时，他便将他的配乐诗作献给自己的祖母、母亲、姑姑和妹妹。他还起草了包括各种原则和建议的说教性的论文，并将这些作品分发给伙伴们看。一开始，弗里德里希教伙伴们建筑学，1854年，塞瓦斯托波尔被围，弗里德里希在被困期间研究了弹道学和设防地的防御。而等到塞瓦斯托波尔被占领以后，弗里德里希难过地哭了。他在心里深深地热爱着所有斯拉夫人，他打心眼里憎恨革命中的法兰西。在被围困期间，他还和两个朋友共同创办了一个艺术剧院，剧院里上演着古代戏剧和早期文明剧，他自己还为剧院创作了《奥林匹斯山诸神》和《奥卡达尔》两个剧目。
小学毕业后，弗里德里希去瑙姆堡上了中学。一进中学，他那惊人的天赋和才华就显露了出来，由于弗里德里希具有超乎常人的智商，中学老师们便向他的母亲提议，让她把她聪明的孩子送到质量更高的学校去学习。这个可怜的妇女在这个问题上犹豫不决，母亲的本性让她更愿意让孩子离自己近一点，因此她拒绝了老师们的建议。
此时已经是1858年。尼采在这一年度过的假期注定会不同寻常。跟往常的假期一样，尼采在布莱的乡间度假。那里绿树成荫、群山起伏，而村庄坐落在萨勒河畔。萨勒河缓缓流淌，河水清冽，每天早上，尼采都要到清澈的河里去洗澡。此时，尼采和他的外公外婆以及他的妹妹伊丽莎白住在一起，他对这种充实丰富的生活感到十分满意，但另一方面也在为未知的前途暗暗担心。
尼采渐渐地长大了，很快他便要到外面去闯荡，也许他就要离开自己的亲人，住在另外的地方，去结交新的朋友了。面对未知的人生道路，他有些许的焦虑。他总是回忆自己整个漫长的童年以及自己的孩子气。在他看来，没有人可以对此报之以嘲笑。在那渐渐远去的十三个年头里，有父亲的慈爱及家人去世的悲伤，也有对家族传奇的骄傲和深深的向往，还有对音乐和诗歌的卓绝的发现。这些情景统统涌上了尼采的心头。它们栩栩如生、扣人心弦。突然间，尼采沉醉于自己所经历的丰富人生当中了，他拿出钢笔，在短短十二天的时间中写出了一部自己的童年史。当这部回忆录写完之后，他高兴极了。他这样写道：“此刻，我已经恰到好处地结束了我的笔记，对于我过去的工作，我感到满意。在我写作的过程中，巨大的喜悦充满了我的心间，这让我丝毫不感到疲倦。我认为，对早年的生活历程和灵魂的发展轨迹进行回顾是件很有意义的事情。我已经如实地记述了所有的事实，不带诗意，不加修饰，还原了生活的本貌。但愿我以后还能再多写一些像这样的东西。”
这段话之后是尼采自己写的一首四行小诗：
生活如镜，
首当其冲，
便是认识自己，
千万要努力求索。
位于萨勒河畔的普尔塔学校距离瑙姆堡有五英里远，这是一所历史悠久的学校，自德国存在之日起，普尔塔就被建立起来了。早在12世纪的时候，西多教团僧侣从拉丁西部来到了这片斯拉夫人聚居的土地，他们试图改变斯拉夫人的宗教信仰。他们获得了河岸两边土地的所有权，并开始在土地上修建房子和教堂，在四周筑起了高高的围墙。他们还在此地建立起了一套传统，这套传统历经风霜，传承至今。僧侣们的好日子只持续到了16世纪，很快他们就被萨克森君王驱逐出境，路德派教的信徒们定居在他们修建的教堂和房子里。信徒们保留了僧侣们创办的学校，一同被保留的还有僧侣们那一整套的教学方法。1540年，学校的管理者在学校的教育指导中写下了这样一段话：“要培养孩子们，让他们适应宗教生活。他们要接受为期六年的文学知识和道德戒律的训练。”在这所学校中，学生们必须住校，同老师们待在一起。学校一直坚持禁止任何带有安闲逸乐行为的规章制度。学校中还有一套明确的等级制度：每个老师指导二十名学生，最大的学生要照管最小的学生。学校开设了宗教、希伯来文、希腊文和拉丁文的课程。
在这所古老的修道院式的学校里，新教的伦理和德国民族所特有的一丝不苟、人道主义精神水乳交融，形成学校里一种独特的生活方式和精神风格。这里培养出了许多非凡卓绝的人物：诺瓦利斯、施莱格尔兄弟，以及兼哲学家、教育家为一身，被学校引以为荣的费希特。长久以来，尼采就被普尔塔深深吸引，渴望能够获得去普尔塔学习的机会。1858年10月，他的愿望终于实现了，他被授予了一份奖学金，从此离开家进入了这所历史悠久的名校。
自从进入学校起，尼采在好长一段时间里都没有做出惊人的事情，唯一一件逸事发生在第一学年，事件的过程极富英雄色彩和孩子气。事情的起因是因为尼采的同学们都不相信穆奇乌斯
的故事。他们认为“没有一个人会有勇气把手放进火里”，因此这个故事是不真实的。面对这些年轻批评家们的言论，尼采不屑于争辩，他只是伸手从炉中抓出一块燃烧的煤，把它放在了自己的手掌里。最后的结果便是，这个烧灼的疤痕跟随了尼采终生，为了让这块荣耀的疤痕历久如新，尼采甚至让融化的蜡流过伤疤，来使疤痕变得更加显眼。对于尼采来说，接受这种新生活很困难，他需要花上很长的时间来学会忍受。他很少把时间花在玩乐之上，同时，他还特立独行，不轻易地和学校里的陌生人接触。再者，从很小开始，尼采就是整个家庭中唯一的男性，因此他身上具有在女性环境中形成的温柔气质，这种气质让他很难适应普尔塔的清规戒律。每个星期天下午，他的母亲、妹妹和他在瑙姆堡的两个朋友都会到校门口接他，这时他才会外出，与家人和朋友们在学校附近的小酒馆里消磨剩下的时光。
1859年7月，尼采获得普尔塔学校提供给学生的最长的假期——一个月。在这难得的自由时间中，他重访了自己喜爱的故人旧地，还到耶拿和魏玛匆匆旅行了一趟。在学校里那长达一年的时间里，功课剥夺了他大量的时间，使他没办法发挥自己写作的才能，可是现在，写作的灵感和乐趣又重新在他身上得以展现了，于是他把自己旅行的夏日印象写成了一篇略带悲怀的抒情散文。
他在文中这样写道：“太阳已经下山之后，我们离开了暗黑的围场。此时，我们背后的天空沐浴在金色的霞光里，而在我们头顶的上空，云彩闪耀着玫瑰色的光芒。夜晚的和风轻轻吹拂着，静静的城市在我们眼前。啊，威廉，我对我的朋友说，还有什么事情比我们结伴漫游全世界更令人感到快乐呢？哦，快乐的友谊，忠诚的友谊！嗬，呼吸一下这夏夜里美丽的气息吧，这花香，还有这绯红的晚霞！难道你没有感觉到你的思潮正在翻越飞升吗？它就像纵情欢唱的云雀，栖息在金光璀璨的云端。看看这夜晚中的胜景！我自己的人生展现在自己的面前。我自己的命运如此安排：暗黑的阴影里一部分被封锁其中，其余的则飞升于自由的空中！就在那一刻，路旁的疯人院内传出了一声尖锐的叫喊，将我们的耳朵都撕裂了。我们感到好像有某个恶魔正在扇动着邪恶的翅膀触及我们的皮肤，因此我们把手握得更紧。滚开，你这邪恶的势力！即使是在如此美丽的世界里，依然存在着痛苦的灵魂！但是痛苦究竟是什么呢？”
8月初，尼采短暂的假期结束了，他重新回到普尔塔，此刻他心感悲哀，和初到那里时的感觉一样。他开始连续记载详细的日记，日记中记叙了他无法接受学校对学生粗暴约束的心情，还有他对自身的反省。这些日记告诉我们他如何支配自己的时间以及每一天他的情绪变化。我们可以看到，日记以他改写的老师们所说的鼓舞士气的格言警句开始，这些是用来对抗尼采的厌倦无聊的，接下来他记叙了自己的学习、娱乐、阅读和令人沮丧的病痛。他充满童真，时而反抗学校的清规戒律，时而痛苦地服从规定。每当内心的情感澎湃激涌时，他便放弃写散文，在他看来，只有音乐才能够宣泄自己内心的忧郁，而散文却不具备这样的功能，因此在灵感的驱使下，他写下一些韵文、四行诗或是六行诗。尼采从不主动寻求这种充满诗情的时刻，他总是处之泰然，等到它出现时才去跟随它，一旦发现诗情减弱，他就会选择散文来替代，用莎士比亚戏剧对白一般的语句来表达自己的情感。
然而，普尔塔并不总是充满了刻板的条约，学校有时也会拥有片刻的快乐。比如说学生们可以外出散步、合唱、洗澡。尼采参加了这些愉快的活动，并详细地记录了过程。每当天气过于炎热时，学生们都会走出书斋，把大部分的时间花在水中生活里面，学校里两百多个学生齐声唱着歌，踏着拍子来到河边站好队，然后跳入水中，学生们经常顺流而下，兴高采烈地游着，直至筋疲力尽，当老师的口哨声传来时，孩子们便爬上岸，一只尾随其后的渡船给孩子们送来校服，这些孩子穿好校服，又唱着歌，秩序井然地回到学校，继续各自的功课。尼采很喜欢这种活动，他在日记中写道：“这实在是棒极了。”
时光如白驹过隙，转眼就到了8月底。尼采的日记开始中断，先是中断了八天，接着是六天，后来又是整整的一个月。等他又重新开始记日记的时候，他的这本日记已经快要结束了。
“自从开始写这本日记以来，我的心境就已经和从前完全不同了。那个时候还是夏末，世界一片葱茏，而现在，唉！我们已经来到了深秋。那时我还是一个只会疯玩的小孩子，而转眼间我已经快要变成大人了……我的生日来了又去，在这个过程中，我逐渐变老——匆匆的时光就好像是春日的玫瑰，绽放着美丽却又像山涧里的泡沫一般容易流失。
此时此刻，强烈的求知欲抓住了我，让我对知识、对世界文明燃起了无尽的渴望。这种冲动源自洪堡的书，我刚刚在读。我希望这种对知识的渴求能够像我对诗歌的热爱那样持久不衰。”
在这一新的时期，尼采着手制订了庞大的学习计划。他计划把地质学、植物学、天文学与拉丁语读物、希伯来文、军事科学以及各种技能的学习结合在一块儿。他说：“首当其冲的研究对象是宗教，因为它是所有知识的基础。知识的领域无比巨大，而对真理的追求则永无止境。”
在孜孜不倦的研读过程中，冬天和春天转瞬而逝，尼采的第二个假期来临了，短暂的假期后是第三次返校。此时秋天来临，普尔塔校园里巨大的橡树褪去了绿装。此时的弗里德里希·尼采已经十七岁了，他感到自己内心凄凉。在过去很长的一段时间里，他强迫自己对生活采取唯命是从的态度，这让他感到万分痛苦，而此时的他已经阅读了席勒、荷尔德林、拜伦的作品，他梦想着古希腊的神祇，尤其是那个阴沉的法力无边的魔术师曼弗雷德。魔术师对自己的万能感到厌倦，试图从死亡中寻求安宁，但死亡早已被他自己的艺术所征服。尼采究竟对什么课程有兴趣呢？他深入思考了几行浪漫主义诗人的句子：
痛苦就是知识，只有最深地体味了痛苦的人，
才能透悟致命的真理，
知识之树并不等同于生命之树。
尼采最终厌倦了学校里的一切。他强烈渴望着能从日常课程和功课中解脱出来，这些几乎占据了他所有的时间，他常常独自聆听那发自灵魂的独白，并以此为基础，理解自己大脑中那天马行空的幻想。他向母亲和妹妹吐露了自己的想法，宣布他将改变原来对人生的规划，他不再想做教授，因为一想到大学他就厌烦，他想做音乐家。母亲对尼采晓之以理，平复了他激动的心情，但这次平复的效果没有持续太久，尼采喜爱的一位老师逝世了，这悲惨的事件彻底结束了他内心混乱的状态。尼采开始逃避功课，与人隔绝，终日沉浸在冥想之中。
尼采经常写作。从孩提时代起，他就表现出了驾驭语言和清楚表达思想的天赋。他接连不断地书写，记录下了自己内心所有不安的阴影。他考察了庞大的浪漫主义体系和阴沉、纷乱、冰冷无情的科学体系。他沉浸在自己广阔的阅读视野中，但同时阅读又使他惊恐。童年时代养成的虔诚的生活方式仍然深深刻在他的灵魂里，虽然他常常对宗教提出胆大妄为的否定论断，但没过多久他又会谴责自己刚才的罪恶，他极力维持着自身的宗教信仰，但他明白宗教信仰正在他身上逐渐减弱，他选择缓慢、心有余悸地离开，而不是法国人或天主教徒那种尖锐的摆脱方式。毕竟，宗教代表着他的过去，宗教的存在意味着他对整个家庭和父亲的教义及信条依然怀有敬意。他处在矛盾之中，他清楚如果弃绝了宗教就意味着失掉了安全感，他感到惊恐，因为他担心自己找不到新的信仰来取而代之，这种局面只会让他措手不及。这个权衡如此重要，以至于尼采承受了巨大的压力，不停地在辗转思量。
解决这个事业不仅仅是几个星期的事情，而是关乎到终生。仅仅依据一个乳臭未干的小子的思索就摧毁两千年来被世界最深邃的思想家论证过的权威，这可能吗？仅仅根据这个小子的不经论证的幻想和尚未成型的思想雏形就将深深嵌入历史的宗教的痛苦和祝福一把推开，会有人冒这个险吗？
想要一劳永逸地解决人类思想中几千年来被无休止论证的哲学问题；想要革命性地推翻被人类中最高权威所接受的本质性的终极信仰；如果只是对哲学或者自然科学所带来的一般性后果知之甚少而就把二者结合起来，或者只是在理智还没有掌握全部历史和那些最基本原则的情况下就从自然科学里推衍出一套体系，那么这些行为都只能算作鲁莽轻率。
那么人类究竟是什么呢？是整体中的一个阶段，还是大化流行中的一段时间，抑或是上帝随心所欲的创造物？在历经植物界和动物界过渡性的漫长进化以后，人类在所有方面都比石头更为优越吗？此后它将向终极完美前进吗？换句话说，历史到底为它准备了什么结局？是否基本的时间永无止境，人类将永远处在去成为的过程中？是什么驱动了这个巨大生命之钟的发条？所有这一切都还是个谜。然而无论历史的浩瀚时间延续多久，它的每一分钟又都运行于当下。决定性的历史时刻就都存在于钟面之上，因为时针永在走动，而到达十二点的时候，它又开始新的一轮旋转，就好比人类开创新的时期一样。
没有向导，没有指南，在疑问重重的汪洋大海中，大多数的年轻大脑都只能面对迷失或者发疯的结局，冒险者都被风暴打垮了，没有人可以在风雨之后发现新大陆……我们的全部哲学像谜一般的巴比塔呈现在我面前……其无法指引大众，只会无休止地干扰大众的思考。当大众发现整个基督教思想是建立在虚妄之上时，一次巨大的变革将铺天盖地而来。上帝的真实性、永生、《圣经》的权威、启示，这些永远带着谜团。我试图否定这一切，但是，唉！摧毁极其容易的，但想要创造新的信仰却很难。
尼采将自己令人惊叹的天赋在这些字里行间显露了出来！弗里德里希·尼采明确地提出了他对宗教的疑问，并且预见了他将作出的带有变革性的有力答案。这些答案就是：人类就是虚无，是上帝随心所欲的创造物；一次荒唐的开始把人类推向永无休歇的无穷开端，驱向永恒轮回；一切权威最后都可归因于盲目地仅服从于机会的力量……
弗里德里希·尼采从不轻易肯定什么，他不喜欢在重大问题上仓促地下结论。只要还有可回旋的余地，他都会选择回避。然而一旦他投身其中，就必定会全力以赴。那时，他还试图掩饰自己的想法，但这些想法却情不自禁地从他的笔下流露了出来。他写道：“我们往往在本应直面我们命运的当口软弱，服从于上帝的意志或是服从于谦卑的态度，这不是信仰，只是懦弱和胆小的借口。”尼采全部的伦理观和英雄观就浓缩为这不多的几句话。
在这段时期，尼采钟爱席勒、拜伦、荷尔德林等人的习作，而他最爱的便是荷尔德林，当时荷尔德林毫不出名，而尼采慧眼识珠，就像在人群中一眼认出朋友一般相中了荷尔德林。这是非常伟大的相遇，此刻这位还未走向世界的少年的人生与这位刚刚逝世的诗人极为相同。荷尔德林也出生在牧师家庭，同样怀揣着子承父业的志向。1780年，荷尔德林在蒂宾根大学研读神学，同黑格尔、谢林成为同窗，也就是在那时，他摒弃了一直信仰的宗教。他从书本中熟悉了卢梭、歌德、席勒并深深陶醉在浪漫主义中。神秘的大自然和清澈的希腊心灵深深吸引了荷尔德林，让他产生了要将这两部作品完美结合在一部德语作品里的愿望。像大多数诗人那样，荷尔德林的生活极其窘迫。他到富人家里去做家庭教师，忍受着那里的无聊和白眼，唯一一次得到的尊重让他备受鼓舞，狂热地工作，但这种日子极其短暂并最终以他的失望告终。故乡的空气和人民吸引着荷尔德林，让他回到了自己的故乡。他在工作的间隙写作，但他无法忍受自己这种靠家庭资助的生活方式，于是再次离开了故乡。荷尔德林将自己的诗作发表出来，这些诗篇十分优美，他通过自己天才般的想象将奥林匹斯山诸神召唤至苏比亚茂密的森林和莱茵河地区，然而公众对这种诗作不感兴趣。创作的受挫让荷尔德林郁郁寡欢，他梦想着更为广阔的创作，但那只是一场梦：德国和古希腊是完全不同的两个世界，要把二者结合起来，就需要用歌德似的灵感，在永恒的文字中融入浮士德的胜利和海伦的被劫掠。
荷尔德林用散文诗的笔法描写了几个片断：他的主人公是一名年轻的希腊英雄，他的祖先查拉图斯特拉在战斗中不堪一击，很快覆灭，因此他对自己的民族有着深深的悲悯并倡导一种勇敢人性的再生。荷尔德林创作了一个三幕悲剧，主人公是阿格里真图的暴君、诗人、哲学家、傲慢的民众煽动家、英雄恩培多克勒，他出众的才华让他与其他希腊人格格不入，悲剧讲述至高无上的恩培多克勒厌倦富足的生活，隐退到埃特纳山巅，他决绝了家人和朋友的苦苦哀求，他把群众打发走后，在落日的余晖中纵身跳进了火山口。这部作品充满了力量，可是荷尔德林最终却把它放弃了。郁郁寡欢造成了他身体的衰弱和情绪的高昂。他希望能够离开德国，以此来摆脱磨难，同时减少对亲戚的拖累，当他在法国的波尔多找到工作后，便消失了。六个月后，他又皮肤黝黑、衣衫褴褛地回到了家里。他没有告诉任何人自己的经历。之后有人通过艰难的调查才发现他是在8月的骄阳下徒步穿越边境去了法国。从法国回来后，荷尔德林开始神智涣散，在余下四十年的时间里，他一直处于身心麻痹的状态，最终于1843年去世。荷尔德林去世的时间和尼采出生的时间只差几个月。一个柏拉图主义者也许愿意认为，这是荷尔德林天才般的灵魂转世投胎到了尼采的躯壳之上。现实看起来果然如此，因为他们拥有如此多的相同点，他们的身上都带有德国灵魂深处的浪漫主义，对待宗教都雄心勃勃，充满生气，而最终的结局都相同——被自己的野心击倒。这两位天才相似的生活历程不得不让后人对这个民族盲目的生育感到惊叹：孩子们的生活相似且充满磨难，和德国单调乏味的民族性毫无区别。
这一年的春末，尼采患上了严重的头痛和眼疾，医生无法诊断出病因，只能揣测病症是由神经性病变引起的。由于生病，尼采的假期被彻底毁掉了，不过他设法争取到了两个月的假期，在瑙姆堡住到了8月底，假期的延长使得生病的苦恼被一扫而光，他在这里度过了一段快乐的时光。
在两个月的假期中，尼采对自己思想中的疑问做了深入的探索，尽管问题还没有得到解决，但微小的进展足够令他精神饱满地重返普尔塔。在一偿夙愿的前提下，他终于可以安心做一名勤奋的学生了。他依然继续博览群书，坚持创作，每个月按时给瑙姆堡的两个朋友寄去诗歌、歌曲、舞曲、评论和哲学论文。这些创作并没有耽误他的学业，反而令他在一些出色老师的指导下，学习了古代语言和古代文学。尼采愉快的生活一直持续到了毕业前夕，此时，他将不得不面对选择职业的困扰。面对着未知的前途，尼采显得很迷惘。
1862年5月，尼采在给母亲的信中这样写道：“我经常想到自己的前途问题，外界环境和我自己的因素使这个问题显得麻烦并且难以定夺。毫无疑问，我想凭借自己的能力在我所从事的职业内取得成功，但我放不下这些充满趣味、形形色色的问题。我知道这是必须由我自己来权衡定夺的事情，可对于将要研究什么的问题，我脑海里真的还没有形成一个明确的观念。不可否认的是，无论面对什么，我都会充满激情地一干到底，这样一来却让选择变得更为艰难，因为问题的关键在于我们的希望正在欺骗我们，而我们却无法发现一个能够让我们为之献身的职业。一个暂时的偏好、某种家庭传统、一个愿望都有可能让人走上错误的道路！选择职业犹如让一个人去抽奖，其间大多数人都铩羽而归，中奖者寥寥无几！此时此刻，我不对自己的处境感到乐观，我对很多的领域都颇有兴趣，如果我能满足自己广泛的兴趣，那么我必然能在很多领域深有成就，但这些成就对我的职业而言却毫无用处。我明白自己当前的任务——选择一个合适的职业，但这就意味着我要摒弃自己现有的许多爱好，同时去增加新的爱好。但我应该抛弃哪些呢？如果被我抛弃的那些恰好又正是我最钟爱的呢？
最后一个假期悄悄地过去了，尼采的学习生涯只剩下最后一个学年。尼采即将毕业，无忧无虑地重返学校。此时学校的清规戒律对即将毕业的学生变得松懈了，并向学生提供了一间属于他们自己的屋子。尼采获得了某些自由，总有些老师会邀请他出去吃饭，这些娱乐活动让尼采首次在修道院般的学校里感受到世俗的乐趣。有一次，在一位老师家里，尼采见到了一个迷人的姑娘。当他再次见到她时，便陷入了对这位姑娘深深的爱恋之中。有好几天，他总是梦见这位姑娘，幻想着能将书借给她并和她一起弹奏音乐。当尼采正津津有味地品尝着内心的情感时，这个姑娘却离开了普尔塔，姑娘的离开让尼采重新回到了自己正常的人生轨迹上。他认真阅读了柏拉图的《会饮篇》、埃斯库罗斯的悲剧，然后埋头学习正规课程。有时候，在吃晚饭之前，他会坐在钢琴边弹奏，常选择贝多芬或者舒曼的曲子，甚至是自己的即兴创作。他的两个同学——格斯道夫和保尔·杜森成为了他固定的听众，而他们后来也和尼采保持了一生的友谊。
尼采陷入了狂热的诗歌创作之中，只要稍有空闲，只要作业可以拖延几个小时，他就会再次成为抒情诗人。一个复活节的早晨，他离开学校返回了家中，没有和任何人打招呼，径直走进了自己的房间，他独自待在那里，如同沉入梦呓一般，接着飞速运转的思维便包围了他，给予了他强烈的乐趣，他随即将自己的感觉记录了下来。以下抄录的一页难道配不上查拉图斯特拉吗？
“复活节之夜，窗外飘着毛毛细雨，一片静谧。我独自一人，裹着晨衣，坐在火边。桌上躺着一张白纸。我凝视着它，陷入了深思。我转动着钢笔，为蜂拥而至的无法摆脱的问题、感觉和想法所困扰。它们向我逼来，嚷着要付诸于笔端。喧嚣吵闹制造出了巨大的骚动：它们像年轻人一般渴望获取生活的思想，有的打着手势，奋力抗争；它们像老绅士一般谨慎而清醒，用不愉快的目光注视着那些血气方刚的年轻思想的混战。我们的情绪被这种新旧的交战决定着，战争的结果，无论胜利还是失败都是我们的心境和情绪……我经常窥探自己的思想和情感，带着虔诚的心紧紧地研究它们——在剧烈摩擦所带来的忙碌和骚动中，空气震颤着被撕裂了，就像是某个思想或是某只鹰长啸一声，直射太阳，这样的过程让我无法忘怀。
灵魂从斗争中汲取了力量，并在斗争中取得了甜蜜和辉煌的成就。甜蜜在前方诱惑它，让它燃起对新鲜养料的欲望，于是它被驱使着奋力作战，大肆破坏，但是当它把猎物诱捕到手并吞入腹中时，它脸上的表情又何其温柔。
此刻的欢乐和痛苦都会瞬息即逝，它们仅仅是作为更深广感觉的帷幕而存在着，当那些更为成熟、更为高级的感觉出现之时，它们就会消失。正因为此，当它们稍纵即逝，那些曾经独一无二、无与伦比、迅捷而又无法形容的感觉会越来越深地铭刻于我们的记忆之中。
此刻，我正想着我曾经爱过的一些人，他们的名字、音容笑貌在我脑海里一闪而过。我相信，我的想念并没有让他们的性格变得更加深刻、更加完美。但是不能忽略的是，不论是这些回忆中的哪个片断被重新想起时，它们就都会唤醒我心中那些更为敏锐的感觉，因为精神不能容忍它的原地踏步，它需要被不断地扩充，向着更高的高度进发。亲爱的感觉，我拜倒在你的脚下，你代表着灵魂骚动之下那绝妙的悸动。你和大自然一样丰富，却比大自然更为壮观，因为你永远在斗争，为着达到更高的高度，而植物们却在原地不动，它们在今天发出的香味与初生时发出的香味毫无区别。我现在的爱迥异于我几周前的爱，而且此刻我的心境也与我提笔之初的完全不同。”
回到普尔塔之后，尼采参加毕业考试，他差点没能通过，事实上，是他的数学成绩没有达到毕业所需的及格线，不过老师们依然将毕业证书颁给了他。他满腹悲伤地离开了母校。他的心灵总是容易融入所处的环境，并恪守着相同分量的愉快和忧伤。
毕业典礼是每个学校都要举行的仪式，毕业生们聚集在一起做最后一次祈祷，接着向他们的老师致书面感谢词。弗里德里希·尼采的感谢信哀婉庄重，动人心弦。他在感谢词中首先向上帝致意：“我首先感谢上帝，他赐予我一切。对于他的慷慨，我只能向他奉献发自内心深处的强烈谢意和对其爱的信任。他给予了我在此地度过一生中最欢乐的时光的机会。祈愿他，仁慈的万物之主，继续把我置于其庇护之下。”接着尼采在文中感谢国王：“由于国王的仁慈，我才有机会来到……我决心有一天自己能够为他和我的祖国增光添彩。”接着是向尊敬的老师和可爱的同学们致辞：“亲爱的同学们，我深知，移植一棵树很困难，它需要在新的土壤环境中慢慢生根。我很怀疑在离开你们的日子里我能否习惯？再见吧，亲爱的同学们。”
似乎这篇长文还不足以宣泄他心中的感情，于是他又在文章后为自己写了几行抒情诗，在诗中表达了自己的感情：
人生之路就在脚下，就是这样，
让生命像普照他人一般普照我，
他们出发了，生命击碎了他们的轻舟，
他们沉入海底，消失无影，
没有人知道他们究竟在哪儿。
再见了，再见！汽笛已经发出了起航的召唤，
船长的催促击退了我的徘徊，
从今往后，
披荆斩棘，千帆竞发。
再见，再见吧！