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1862年10月中旬，弗里德里希·威廉·尼采离开了瑙姆堡，他和同学保尔·杜森及杜森的一个表兄弟前往波恩大学。
当时，三个年轻人选择了马匹作为交通工具，他们骑着马在路上慢慢走着，尽情享受那自由的时光，他们在莱茵河边短暂地停留了一阵，快乐得忘记了所有烦恼。三个年轻人还在乡村的小酒店内喝了很多啤酒。
尼采看起来有些醉，他似乎对自己那长着长耳朵的坐骑很感兴趣，他俯下身仔细观察测量了一下那对长耳朵，断言道：“这是一头驴。”
杜森和他的表弟立刻回答道：“不，这是一匹马。”
尼采再次测量了一下耳朵，肯定地说道：“这是一头驴。”
他们就在路上闲逛，直至傍晚时分才回去。三个人一路上高谈阔论，吵吵嚷嚷的声音令镇上的居民很反感。尼采柔和地唱着情歌，吸引了好多女孩在床边倾听，她们都躲在窗帘后面，小心地从缝隙中窥探着这三个年轻人。最后，一位正直的居民忍无可忍，不得不出来呵斥这三个喧闹者，用恐吓的语气将他们赶回了旅店。
到达波恩后，三个年轻人安顿了下来。
而当时的德意志正处在四分五裂的境地，大学却依然能够保持住自身的活力，过着强有力的生活，这是同这些大学光荣的历史和荣耀的传说密不可分的。人们都知道莱比锡、柏林、耶拿、海德堡和波恩大学。
老师们鼓励青年学子勇敢地武装起来，为拯救德意志民族而去与拿破仑作斗争。为了反对暴君和僧侣们对德意志自由原则的践踏，这些勇敢的学生们曾经愤然反抗，并且现在还仍然进行着战斗。
德意志民族热爱这些严肃的老师和斗志昂扬的青年，他们是祖国尊严的象征，替那些为劳动而武装起来的勤劳的祖国人民指引了方向。少年们都把自己学生时代的梦想视为人生的顶峰，温柔的姑娘也将纯洁高尚的学生作为自己暗恋的对象，对富于梦想的德国人来说，没有什么会比大学的梦想更具吸引力了。整个国家都为这些充满知识、勇气、美德和欢乐的杰出学校感到骄傲。
到达波恩后，尼采和伙伴们都为自己的所见所闻而激动。他写道：“我到达了波恩，看到无限美妙的前景，我为这一切感到骄傲。”
尼采急于结识新朋友，希望同他们共同学习并将对他们的思想产生影响。
波恩大学的学习风气是集体学习，大多数学生都习惯于结成社团，共同进步。尼采开始有些迟疑，但他意识到如果不加入社团，自己就会孤僻离群，因此他加入了其中的一个学生协会。
在接下来的几个星期里，尼采尽量让自己融进新生活中，但是他依然保持了自己一贯的严谨作风，他不沾烟酒，但是却淋漓尽致地享受学术讨论和水上泛舟带来的简单乐趣。
他喜欢去河畔的饭馆吃饭，黄昏时和朋友在回家的路上即兴合唱，他沉浸在这样的生活之中。
很快，尼采就对这样的生活感到了厌倦，快乐的情绪也随之烟消云散了。12月初，他的娱乐生活开始变得越来越少，他又开始重新回到了从前的状态，不安的情绪再次袭来，而亲人的远离让他倍感孤独，随着圣诞节和新年的到来，他内心的伤感愈加明显。
尼采不想浪费时间，决定采取一种更为严格更为专注的方式来生活，但这就必须和他的同伴们断绝关系，面对这个结果，尼采犹豫了：“虽然伙伴们同我一样年轻勇敢，但显得有些粗野，我该不该跟他们断绝关系呢？”
尼采在给格斯道夫的信中说道：“当一个人对出现于眼前的邪恶没有了源自本能的反感，那么他就走得太远了。”
尼采选修了一门难度很大的课程，他决定跟他的朋友们坦率地谈谈，以便使他们的生活脱离粗俗低级而朝着高尚的方向发展。因此，他呼吁禁止或减少抽烟喝酒协会，因为这种协会是令他反感的。
但是，尼采的建议没有被采纳。并作为倡议者受到了冷落，被孤立到了一边。协会成员对他进行了无情的讽刺，这使他感到愤怒。他用激烈的语言进行了回击，他失去了所有的友情与关爱。这时他体会到了被打败者的痛苦的孤独。最终尼采被他们“请”出了协会。
尼采是一个骄傲的人，所以要他继续待在波恩是很难做到的。他刻苦钻研索然无味的语言学，想要借此锻炼自己的心智，纠正自己的神秘主义倾向和有些混乱的思维。
同时，尼采也能通过直觉感受到古希腊文那令人吃惊的美感，但在进行分析的时候却使他丧失了兴趣。他的语言学老师里奇尔劝他不要进行其他科目的研究：“假如你想成为一个强者，就要取得某一方面的专长。”
尼采接受了这个忠告，他放弃了自己要对神学进行深度钻研的念头。不久，他就已经能够写出受到里奇尔褒奖的论文了。
尼采经常聆听同学们的议论。他们中有些人毫无信念、不带感情地一遍遍重复着黑格尔、费希特、谢林的各种理论，另一些喜爱实证科学的人则阅读沃格特、毕希纳的唯物主义论文。尼采读过这些论文就不愿再读第二遍了。因为他是一个诗人，需要的是抒情、直觉和神秘，冰冷清晰的科学世界是不能令他感到满意的。
尼采太具有诗人气质了，而且也太具有贵族气质了，这注定他不会对平民政治感兴趣。他把美、善、力量、英雄主义看作是理想目标，并且希望自己有朝一日能够实现它们。
当然，尼采有自己明确的爱好，他热爱古希腊诗人，喜欢巴赫、贝多芬和拜伦。
已经21岁的尼采跟从前那个17岁的喜欢对不确定的意见表示沉默的他还是一样的。他的朋友杜森认为祈祷没有实际的效力，只是给祈祷者的心灵以虚幻的自信而已。
尼采尖锐地回答他说：“那是费尔巴哈式的蠢话。”
杜森在别的场合还提起过施特劳斯刚刚再版的《耶稣传》，并对书中的意见表示了赞同的观点。但尼采拒绝在这个话题上发表看法：“这个问题非同小可。要是你信奉耶稣，那么你同时也必须供奉上帝。”
那时，尼采的妹妹还是基督教的信仰者，她写信对尼采说：“人们必须从事情的最痛苦的一面中去寻求真理。就目前而言，要去相信基督教的玄妙教义而妄想不费劲儿是不可能的，由此推断，基督教义是真实的。”
尼采立刻给妹妹回了一封措辞激烈的信。这封信表露出了他内心的不快：
你认为要接受并承认这些信仰真的很困难吗？我们是在这种信仰的熏陶下长大的，它已经一寸寸深入地扎根于我们的生活之中。我们的亲朋好友及他人都把它视作了真理。而且无论真实与否，它确实安慰并提高了人性的品质。
你认为承认这种信仰比与一个人的习惯作斗争更为艰难吗？那是一种疑虑重重的孤独的斗争，并会因为各种精神上的消沉和悔恨而变得更为阴沉。这种斗争常使一个人深陷于绝望当中，但却忠实于他的永恒追求，即对通往真、善、美的新道路的发现。
这就是已经明确划分好了的生活的道路，如果你想要得到灵魂的安宁和幸福，那么你就要相信；如果你想做真理的信徒，那么你就要探索……
尼采尽力忍受着这种痛苦的生活。他去乡间散步，把自己关在屋里研究艺术史和贝多芬。但是这些努力都是徒劳无用的，他无法忘记波恩的人们。他曾两次去科隆参加音乐节，但是每一次回去都会增加他的忧郁。
尼采坐船离开了生活一年的波恩。这是他临离开时的心境：
我像亡命之徒一样离开了波恩。夜半时分，我和我的朋友们一起站在莱茵河的码头上。我们在等从科隆开出的轮船。在即将离开这繁华美丽的地方和那些青年同学的时候，我没有感到一丝一毫的痛苦。
事实正好相反，我是从他们身边逃离的。我不想再像以前那样对他们进行一番不恰当的评价。但是因为我的天性与他们格格不入，我是如此腼腆内敛，而且在如此多的作用力面前我没有能力去坚持自己的角色。一切都强加于我身上，我无法成功地控制自己所处的环境。我感到自己对科学和生活都将无所作为，却让各种谬误填满了自己的大脑，想到这里，我便感到心情沉重。轮船来了，把我带走了。我在潮湿阴冷的夜里待在驾驶台上，看见那勾勒出波恩河畔轮廓的小灯逐渐熄灭，此情此景使我倍添逃亡之感。