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一八三一年八月，达尔文的朋友汉斯罗教授收到了剑桥的天文学教授皮克如下一封来信，信云：
亲爱的汉斯罗：
菲茨.罗伊舰长要为测量大地岛的南岸而去作一次旅行，然后将访问南海中的许多岛屿，再经印度群岛返航。所乘的军舰特别适于进行与测量有关的科学研究工作，因此这次航行将为一个博物学家提供一个难得的机会，而如果失去这个机会，那将是一个很大的不幸。
有关方面曾请我推荐一位合适的人，作为博物学家一同前去考察，他将受到各方面的照顾。舰长是一位年轻人……非常热心于他所担负的使命。并受到了别人的高度赞扬；如果列奥纳尔德.詹宁斯能够去，他会带回许多珍宝的，因为只要他认为有必要或者愿意进行考察的话，这只船将会供他调用。不过现在还没有一位理想的博物学家，您能否热心推荐一位呢？他应当是一个不辜负于您的推荐的人。请考虑一下这个问题，如果失此良机，那对自然科学将是一个严重的损失。
该舰约在十月底起航。
请立即写信告我，您能够做到么。
下次再谈，我亲爱的汉斯罗。
您最真挚的乔治.皮克首先，汉斯罗邀请了自己那位酷受自然史的亲戚詹宁斯。他起初欣然接受了这一聘请，但他是一位教区牧师，管辖着两个教区，因此，虽然他全家都不反对他去，可他最终还是婉言谢绝了。汉斯罗也是位牧师，他也想去，不过他不愿使妻子伤心，所以决定留下来。他当然会想起他那位年青的朋友达尔文的，因为他有着一种要亲眼看一看热带自然界的热烈愿望。于是他向皮克推荐了达尔文，并给达尔文本人写了一封信，把菲茨.罗伊的聘请告诉了他，并说服达尔文接受这一聘请。
汉斯罗写道：“我已经告诉他，我认为，在我所认识的人中，您是在这方面最合适的人选。我这样断言，并不是认为您是一位完美的博物学家，而是因为您具有充分的条件可以去搜集、观察和注意自然史方面一切值得注意的事……据我所知，菲茨.罗伊舰长不单单是要物色一位蒐集者，他更需要一位同伴，不论多么出色的博物学家，如果被推荐的不是一位高尚人士，他是不会接受的。关于薪金方面的详情细节我一无所知。这次航行要延续两年，如果您想带许多书的话，您可以随便地带，这对您是一个少有的机会。总之，对于一个热心、有志的人来说，我以为这是一个从来没有的良机了。我劝您立刻去同皮克谈谈，并进一步了解详情细节。不要由于谦虚而怀疑或者害怕自己不合适，因为我可以肯定地对您说，您正是他们所物色的人。请您想象一下您的这位拙劣的领导者，同时又是您的忠实朋友，正在拍您的肩膀哩。汉斯罗。”
达尔文刚同塞治威克进行地质考察回来，姐妹们就告诉他汉斯罗和皮克来了信。皮克是根据汉斯罗的推荐，向查理提出了同样的聘请的。皮克所讲的同汉斯罗在给他的信中所讲的大致一样，只是作了如下的补充：
“菲茨.罗伊舰长是一位头脑非常清醒的、勤于职守的军官……并且深受同僚的爱戴。
他曾同比奇舰长一起到过国外，他花了一千五百英镑从巴塔哥尼亚买回三个土著人，并且自己出钱来教育他们。这次自费聘请了一位美术家和他同去，年薪是二百五十英镑。因此，您可以相信，您一定会有一位使您非常愉快的同伴，他会诚心诚意地尊重您的一切意图。
该舰定于十月底起航，所以您必须抓紧时间把您接受邀请的决定告诉博福尔特舰长——海军部的水路测量专家。关于这件事，我曾同汉斯罗通过多次信，他同我一样，也非常渴望您能够去。我相信任何其它的安排都不会干扰这件事……海军部不打算给您支付薪金，但是他们将给您一个正式的委任并提供各项设备。如果需要薪金的话，我想他们也会批准的。下次再谈。乔治.皮克。”
达尔文是怎样对待这一聘请的呢？在这件事上发生了一系列动摇不定和意想不到的事情，这些情况一会儿使他几乎决心要去，一会儿又使他决定不去。
达尔文在笔记中写道：“我读了这一聘请之后，马上表示同意”。但是第二天早晨，达尔文确信父亲一定要坚决反对整个旅行计划的，于是他就给皮克和汉斯罗回信谢绝了这一聘请。他给汉斯罗的信中写道：
“……皮克先生的信是星期六收到的，可我在昨天很晚的时候才读到它。就我自己的意见来说，我当然是极其高兴地接受您如此盛情地提供给我的这个机会的。但是我父亲一再地劝我不要去，虽然他并没有坚决地拒绝我。所以，如果我不听从他的劝告的话，我会觉得于心不安的。
我父亲的反对意见是：航行对我这个未来的牧师来说是不合适的。我既没有航海的习惯，准备的时间又太短，还有，我可能同菲茨.罗伊舰长合不来。当然，最主要的反对意见是进行一切准备的时间太短，因为不仅是在身体方面，就是在精神方面，都要对此有所准备。不过，如果不是父亲不同意的话，我是无论如何要冒这个险的。为什么他们不早就为此事而指定一位博物学家呢？我对您在这件事上所花费的一切心血非常感激，这确实是一个再好没有的机会。”
父亲在同儿子谈话结束时曾经这样表示：“如果有一个头脑清醒的人主张你去，我就同意。”
达尔文作出了明确的决定后，就给皮克回信谢绝了这一邀请，于是他就又重新过那种他所习惯的生活。他到梅尔韦季武德家去打猎。当然，他把自己的心情告诉了他们全家。可是韦季武德一家人却有不同的看法。全家人都主张他去旅行，主张他接受这一聘请，不要错过这个机会。在韦季武德一家人的影响下，他拟定并且实现了这样一个计划。达尔文给父亲写了一封非常恭敬的信，信中说，父亲非常敬重的乔斯舅舅与达尔文医生的着法完全不同。查理请求父亲再一次考虑一下自己的决定，并且答应，如果父亲坚决拒绝这次旅行，他就绝对服从，还肯定地说，以后永远不再提这个问题。另一方面，他把父亲向他列举的反对这次旅行的各种理由都一一写了下来。乔斯舅舅对其中每一条理由都提出了自己的反驳意见。乔斯舅舅也很客气地补充说，这只是他个人的意见，至于如何做，当然要由达尔文医生和儿子去决定。我们把父亲的反对理由和乔赛亚.韦季武德对这些反对理由的评语列举如下：
一、旅行与查理将来作牧师的志向是不相容的。
我不认为这次旅行在某种程度上对于他作为一名牧师来说是不合适的。相反，我认为这一邀请对于他是特别光荣的；同时研究自然科学——虽然这同他的志向并不直接有关——对于一个牧师来说也是非常适合的。
二、这是一个荒谬的计划。
我不知道应该怎样来对待这一反对理由，但是在查理的前面有他已经在从事着的确定的目标，因此他将获得勤奋地致力于这些目标的习惯，并加强这一习惯。我认为，这是可能的，正如他在两年之后一定要回到家中一样。
三、在请查理担任博物学家这一职位以前，他们可能已请过了许多其他人。
当我读那封信时，我并没有产生这种想法。在我根据您的看法专门重读那封信时，我没有找到任何根据，可以同意这种想法。
四、从没有接受这个聘请来看，那艘军舰或这次探险一定有着某些严重的值得反对的地方。
我想海军部不会派一艘坏的军舰去执行这样的任务。至于对参加这次探险的反对意见，每个人的看法都不尽相同；有一些障碍对一些人来说是障碍，但是不能由此得出结论说，这些障碍对查理来说也是障碍。
五、此后，查理将永远不会过安定的生活了。
对于查理的性格，您当然要比我知道得更清楚。有两种情况：一、假如他去的话，最近两年将会产生什么结果；二、假如他拒绝聘请的话，结果又将怎样。如果您会认为在第一种情况下，他将变得不安静，无法在任何地方安定下来。这无疑是一个重要的反对理由。但是，难道说海员们就不愿意安排好家庭生活，过安静的生活吗？
六、查理住的地方一定是令人极不愉快的。
对此我可以提出这样的反对意见：如果他是由海军部委任的话，那么他在船上就有权利要求得到按规定应得的安置。
七、父亲把这看作是查理的志向再一次改变。
如果我看到了查理现在正在全神贯注于他所热爱的事业，那我也许不会劝他离开这个事业的；但是我认为现时的情况并不是这样。他现在的科学志向同他在探险中所要追求的志向是一致的。
八、这是一件没有什么益处的事情。
如果只考虑他的志向的话，这样事情也许是没有什么益处的。可是，如果把他看成是一个具有广泛的好奇心的人，那么这次航行就为他提供一个难得的机会，使他能观察各种人和物。
我认为在这些反对意见中最主要的是第七、八两条。达尔文医生想让查理将来当一个著名的医生或牧师，这是大家可以理解的，但是查理的真正志向却明显地表现在另一方面，即表现在自然史的研究方面。父亲没有注意到这一点，或者也许是不想注意到这一点。可乔斯舅舅却清楚地看出了这一点。他是一个坦率的人，由衷地喜爱查理，在反对意见的第七条中清楚地表明了这一点。
查理把给父亲的信发出后，第二天早晨一早就出去打猎。上午十点钟，乔斯舅舅的仆人找到了他：舅舅叫他同自己一块坐车到施鲁斯伯里去。看来这个问题解决了。父亲非常亲切地表示同意这次旅行。这位“最聪明的人”非常重视乔赛亚.韦季武德的意见。查理觉得他应该说些什么来表示对父亲许可的感激。他在剑桥时“挥金如土”。为了安慰父亲，他说：
“我要变得十分机灵，才能在“贝格尔”号上想出办法来花掉我能赚到的钱”。从各面得知儿子怀有科学志向的父亲，多少带点讽刺意味地回答说：“是的，据说你现在已经是一个很聪明的人了。”
父亲的各种反对意见都消除了。第二天，查理便奔赴剑桥，并且给皮克又寄了一封信。
到达剑桥时天色已晚了，他便给汉斯罗寄去了如下内容的便函：“我是刚到这里的。您猜我为什么来。父亲已改变了主意。我希望那个位置还没有让给别人。我感到非常疲倦，想睡觉。明天早晨什么时候我可以到您那里去？请给我一个口头答复……”
达尔文同汉斯罗见面后得知，他的一位熟人，名叫伍德，是菲茨.罗伊的密友，伍德也向菲茨.罗伊推荐过达尔文。在剑桥达尔文还得知，在他之前有两个牧师，即詹宁斯和汉斯罗，差一点同意要去旅行。他把这一情况写信告诉姐姐，他知道姐姐一定会把这一情况转告父亲的。因为这一事实驳斥了旅行与牧师的身分是不相容的那种意见。
突然又出现了一个去不成的情况。伍德收到了菲茨.罗伊的一封信，信中菲茨.罗伊表示反对达尔文陪同他去。这对达尔文来说，不啻是当头泼了一桶冷水。汉斯罗很气愤。皮克不该写那么一封许了很多愿的信。
达尔文完全确信，他这次旅行已经吹了。不过他还是按照原先的打算，来到了伦敦，并且抱着侥幸的心理去拜访了菲茨.罗伊舰长。菲茨.罗伊非常热情地接待了他，对自己写给伍德的信解释说，当时他希望他的朋友切斯捷尔先生能作为他的旅伴同他一道去。但是在达尔文来到之前的五分钟，菲茨.罗伊收到了切斯捷尔最后谢绝前往的通知。这样，这个位置就还空着，推荐达尔文来是再好不过了。尽管在很久以后，当达尔文同菲茨.罗伊成了好朋友时，菲茨.罗伊向他承认，由于他的鼻子的形状，他当时险些遭到谢绝，因为菲茨.罗伊是拉法捷尔的热心崇拜者，而拉法捷尔曾教导他说，有着象达尔文这样鼻子的人，是不会具备这次航海所必需的精力的决心的。不过，他当时显然是把自己的怀疑藏在心间，而立即同意的。达尔文喜欢菲茨.罗伊那种彬彬有礼、热情而又坦率的作风。菲茨.罗伊告诉达尔文说，他最关心的是要长期风雨同舟，要是他知道自己的旅伴感到不满意的话，这对他来说是不幸的。他把自己的书籍交给达尔文阅读，把自己船舱里的用具和武器供达尔文使用；他还建议达尔文同他一起用餐，并预先告诉说，伙食很简单，没有酒喝。然后，他认为事先有必要指出各种不方便之处，免得以后抱怨。主要的问题是，军舰很小，住处很挤。菲茨.罗伊补充说：“您能否心平气和地对待我现在对您所说的话？我想给自己留一间舰长室，我应该一个人住。我想，如果您同意这一点的话，我认为，我们就算达成了协议；如果不同意，那我们就分道扬镳，各奔前程吧。”
他们接着把话题转到了探险、探险的航线、以及达尔文将从这次旅行中能得到什么收获的问题。菲茨.罗伊说：“当然要经受许多考验和艰难险阻，不过也会有很多有意义的观感。我认为您从这次探险中所得到的愉快要多于忧虑。”
至于这次航海计划，达尔文非常遗憾他打听到，海军部决定这次航海的目的只是勘察南美洲和火地岛的海岸。达尔文所梦寐以求的环球旅行，那只是菲茨.罗伊个人的计划，虽然菲茨.罗伊还在坚持这个计划，但是海军部尚未予以答复。达尔文决定，如果最后的环球旅行航线能够批准，他就着手安排自己的旅行。
关于费用问题，菲茨.罗伊的回答是：“您一年要付伙食费三十英镑，这不算贵。加上全部装备费用，你的花费未必能超过五百英镑”。菲茨.罗伊担保说，如果达尔文确实经受不了海上的颠簸，那随时都可中途返回，因为经常有很多迎面开来的船舶。其实，在测量期间，达尔文有权留用一艘船，要是他愿意，他还有权在岸上进行搜集各类标本的活动。
这样，从菲茨.罗伊方面来说，一切都很顺利。达尔文从他那里出来后，又顺路来到了海军部，并同水文地理学家博福尔特进行了商谈。博福尔特告诉他，他已编入了供粮名册，他应该支付和其他军官相同的费用。博福尔特还告诉达尔文，说他们有希望经太平洋和印度洋返回。
于是便开始忙于编制航海所必需的什物清单，忙于购买和包装这些物品。达尔文根据汉斯罗的推荐，在伦敦请教了几位旅行家。菲茨.罗伊劝他节约开支，东西尽量少带，只带最必需的衣服和其他东西。在这一方面达尔文是准备听从劝告的。但是另一方面，菲茨.罗伊却劝他一定要花六十英镑买一箱手枪，说如果不带手枪，决不要到岸上去。达尔文对这样一笔开支感到气愤，于是写信给姐姐说，他宁愿吊死，也不想花这么多钱买这种东西。结果他还是花了五十英镑买了一支非常好的背枪和一箱好手枪，花五英镑买了一个望远镜和一个指南针。而菲茨.罗伊自己在购买火器上至少花了四百英镑。同时达尔文还委托姐姐苏桑娜把他的几件衬衫、鞋子、一些西班牙文书籍、显微镜和旅行用的地质指南针用包裹给他寄来，还请她定购枪支的各种备件。
十月份，达尔文去参观“贝格尔”号。正如他给自己的朋友福克司写的那样，“贝格尔”号规模之小使他感到惊讶。这是一艘排水量为二百三十五吨的军舰。他写道：“要把我的身体放进这艘军舰，就得把所有的东西都包起来装进箱子里。在陆地上的人们看来，‘贝格尔’号显得非常小。至于它是否安全可靠，我希望海军部能作出最好的判断”。但是这艘小小的军舰在环球航行中确实不辱使命，它不止一次地经受住了狂风暴雨的袭击。
正如我们所说的那样，达尔文对菲茨.罗伊舰长的初步印象是非常好的。这位年轻人才二十三岁，矮矮的个子，黑黑的皮肤，长得很漂亮。他虽然年轻，但已出海多次，在一八二六——一八三零年间，就曾乘坐这艘“贝格尔”号完成了对火地岛沿岸的勘察工作。原来的那些成员们，即军官和水兵们，都表示愿意同他一起再次出航，这一点充分说明了他很孚众望。在这艘军舰上，除了领导勘察工作的菲茨.罗伊外，还有进行这项工作的助手斯托克斯，斯托克斯同他坐在一张大桌子旁负责进行绘图工作，达尔文也在这张桌子旁工作。舰上有两个尉官：季.韦克姆和布.谢利万，一名医生，十名军官，一名水手长，四十二名水兵和八名少年见习水手。此外，舰上还应有一名博物学家（查理.达尔文），其次还有一个专门看管仪表、天文钟和其他仪器的人，一名美术家和一名绘图员埃尔德，一名曾去过火地岛的传教士和三名火地岛人（他们是菲茨.罗伊在上次航海时带到英国来的，这次他们要返回故乡）。
达尔文一边忙于准备行装，一边挤时间学习如何确定地方的经度和纬度。但是在伦敦购买东西一事因举行国王加冕典礼仪式而被中断，因为每逢举行国王加冕典礼仪式时，所有的店铺一律停业。达尔文观看了这种仪式。使达尔文感到惊讶的是，人们在看到国王时，并不那么兴奋和热情。他在向姐姐苏桑娜描述这种仪式时补充说：“我认为，五十年后人们就不会再来庆祝这种加冕典礼了。”
“贝格尔”号的启航日期一再推迟。最初打算在十月底启航。达尔文去看了一趟“贝格尔”号后，于九月二十二日回到了施鲁斯伯里，以便在临行前再与父亲和姐妹们一起过一段时光。十月二日他离开家，继续办理旅行的准备事宜，在伦敦购买东西。十月二十四日，他终于来到“贝格尔”号停泊地普利茅斯，并留下来，焦急地等待“贝格尔”号最后启航。
启航之所以推迟，最初是由于“贝格尔”号在第一次探险后要进行修理。达尔文在九月份第一次去参观“贝格尔”号时，看到它还没有桅杆，它的形状“与其说象是准备作环球旅行，不如说象是遇了难。”这只舰确实破烂不堪，因此实际上它被重新改造：上层甲板被抬高，这样它在风浪中就变得安全可靠（虽然全体船员仍然把这块甲板叫做“半湖礁”，因为在狂风暴雨的天气里，波浪不断地从这块甲板上头冲过去）；在它的下面腾出了更多的地方来住人和堆放食品；而主要是对船底进行了加固，使这只船坚固多了。当达尔文在十月份再次来到普利茅斯时，船员们正在忙着给船首部分油漆和装修船舱。
达尔文很快就同这些军官和海军准尉们认识了，因为他一会儿同一些人在一起吃饭，一会儿又同这另一些人在一起吃饭。他同斯托克斯在普利茅斯近郊散了几次步，同他一起测量了太阳的高度，关心磁性仪器。倒霉的是遇到了极其恶劣的天气，阴雨绵绵。在这种情况下，达尔文就呆在家里，读点书。在其他日了里，他有时同菲茨.罗伊在一起消磨时间，同他和水兵们一起用餐，或同他们在一起作一些磁性观测，有时同博物学家们——鱼类学家哈米尔顿.斯米特和物理学家哈里森——在一起。
十一月十二日，“贝格尔”号终于油漆完毕，所有甲板已清扫干净，各种物品已收拾停当，于是很快就要启航便有了一些眉目了。
十一月二十三日下午一点，“贝格尔”号解缆了，第一次从停泊处移动，行驶约一英里，改换了停泊地点。达尔文在《航海日记》中指出，为了最后准备启航，要做的事剩下不多了。他写道：“舰上装满了各种储备品……货舱里恐怕连一筐粮食也难以再放进去。我对舰内情况的了解是很模糊的，就象人们对一个人腹内情况的了解一样，也就是说，我对装载空气、水和食物的大船舱的了解是极其模糊的。”
此后，又过去了一些日子，在这些日子里，达尔文有时忙于收拾和布置自己和斯托克斯同住的船舱，有时学习一下子跳上吊床的本领（由于地方不够，所以每天晚上都得搭起吊床），有时在附近散步。终于一切都准备就绪。可是，“贝格尔”号还没有开动，因为逆风一个劲地刮个不停，所以启航日期一拖再拖。达尔文的情绪低落了：他想念亲人，并且想到一离别就是三年，就感到害怕。天气不断使人感到愁闷和沮丧。此外，他还感到心脏有点痛，心搏过速，于是他就象那些只有一知半解的医学知识的青年人所经常表现的那样，猜想自己得了严重的心脏病；不过他没有去找医生，因为他怕医生不让他去航行。
十二月十日终于出海了。达尔文很快就患了晕船病，船的摇晃使他感到十分难受。傍晚，海上迎面刮起了大风暴，因此第二天早晨“贝格尔”号又返航。到中午时分，这艘二桅方帆军舰又回到了它的停泊处。达尔文饱受了风暴之苦，所以在他恢复知觉，稍事休息，在海岸上散了一会步之后，他感到很高兴，因为散步大大恢复了元气。这只舰又不得不停泊在港湾里。这时达尔文着手制定计划，并把他准备在航海时要做的事一一写进了《航海日记》，收集搜集品，考察和阅读他所能消化的自然史的“各个领域”，进行气象观察，学习数学、德语、西班牙语和少量的古典语，例如在星期天用希腊语读读圣经，还读点英语书来消愁解闷。这个宏大的规划比起“剑桥”时的那个规划来虽然稍微逊色，但是在这个宏大的规划中，只有学习数学和阅读希腊文圣经这两项达尔文后来未能实现。
西南风刮个不停，启航也遥遥无期。不过达尔文还是怀着高兴的心情在《航海日记》中指出，三星期前从普利茅斯启航的二桅方帆军舰又被迫返航归来。
十二月二十一日“贝格尔”号终于第二次出海了，但是在退潮期间驶经德霍克岛时触了礁，一动不动地停了半个小时，最后驶进了公海。达尔文也患了晕船病。后来他睡着了，一直睡到第二天早晨才醒。早晨他得知，“贝格尔”号舰由于风向改变又返航回来。它趁着强大的顺风很快就返回到了普利茅斯。
所有这几次延期虽然使查理心情忧郁，但也有其积极的一面。“贝格尔”号属于那种老式的二桅方帆军舰，这类二桅方帆军舰由于轻便而得了一个外号“棺材”，其所以如此，是因为这种轻便的军舰一遇到大风浪便往往沉没。它的船舷与船的大小相比显得很高，因此大浪冲击它们的时候是很危险的。前面已经提到，它从上次航行回来时已破烂不堪，所以不得不对它几乎是重新改造。这只船上用的材料都是最好的。这只小船确实没有辜负舰长和全体船员对它的种种关怀，在它从长期的艰难航行归来时几乎连一根椽木也没丢。
另一方面，查理却有很多时间向那些有经验的人请教，准备收集自然史搜集物所必需的各种装具，准备他作为一个博物学家所需要的各种装具，准备他作为一个博物学家所需要的书籍。他后来在航途中的来信中写道：“我们在普利茅斯所经历的那一切遥遥无期的停留是极其幸运的，因为我认为在出外作自然史各部门的采集和观察工作的那些人之中，没有一个比我装备得更好的了。”
为了庆祝圣诞节（十二月二十五日）水兵们个个都要痛饮一番，因此哨兵的职务只得由一名海军练习生来担任。在圣诞节的第二天，尽管天气很好，“贝格尔”号却未能出海，因为有几名处于酒醉状态的优秀水兵由于粗野举动罚戴八、九个小时的重镣。
十二月二十七日，是一个东风吹拂、阳光灿烂的日子，就在这一天，“贝格尔”号在上午十一点起锚，终于第三次出海了。这次它没有返航回来。在克服了种种障碍和经历了几次延期之后，达尔文的环球航行开始了。
当然，决不能把这次乘“贝格尔”号的旅行想象为一次纯科学性的旅行。毫无疑问，这次旅行，即使没有达尔文，也一定会提供一些科学的成果，因为这次探险的任务之一是研究和详细勘察南美洲的东西两岸。但是政治和经济任务则是这次航行的基本原因。当时的英国，力求夺取南美洲的市场，力求促使英国的资本渗透到这个洲的各个国家的经济中去。因此，这次探险的所谓科学目的，只不过是英国用来掩盖自己在南美洲进行扩张的一个最方便的假面具而已。达尔文本人与这个“崇高的”政策是毫无关系的，不过乘“贝格尔”号舰的这次旅行，对他来说，则是最终决定他整个未来事业的大事。