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明末清初，一批西方传教士远渡重洋而来，为古老的中华帝国带来了新鲜的色彩。他们传播天主教文化和西方科学知识，一定程度上唤醒了皇族统治者与上层知识分子；他们持有的许多先进观念也与当时中国不少愚昧落后的思想发生碰撞，从而为他们的人生平添了几许坎坷与浮沉。
“玛法”汤若望
在明末清初来华的传教士中，汤若望是影响最大的一位。他来自日耳曼（今德国），出身贵族，学识广博，一心热衷于传教事业。明万历四十八年（1620），汤若望远渡重洋来到中国澳门，后来又转徙到广州、北京、西安等地学习汉语并传播宗教。由于汤若望通晓天文历法，当时一位明朝官员很赏识他，便举荐他到钦天监（中国古代国家天文台）供职，专门负责观察天象、译著历书。
清顺治元年（1644），清军入关，明朝灭亡。在八旗疯狂圈占民居和驱赶城中居民的时候，汤若望没有临阵脱逃，而是据守在北京宣武门附近的天主教堂，并上疏清顺治帝称，未编修完的历书、天象仪器及教堂礼器等众多，一时难以搬迁，且损坏后难以修复，希望能够继续安居在天主教堂。当时主持朝政的摄政王多尔衮开明地应允了汤若望的请求，并任命他担任钦天监监正。
顺治帝亲政以后，对汤若望更加钦佩尊重，特许他可以随意出入朝廷，有事启奏可以直接入内庭，不必拘于常礼。顺治帝常常召汤若望至宫中深谈，还多次亲临汤若望住宅，向他请教天文历算、社会人生等各种问题。据史料记载，顺治帝曾加封汤若望为“通政大夫”、“太常寺卿”，赐名“通玄教师”，并亲切地称他为“玛法”（满语“爷爷”或“老翁”）。
历法之争
康熙帝登基后，权力落到了四大辅臣手中，而尤以鳌拜权力最大。鳌拜等满洲老臣思想守旧，对西方文化的态度与先前的摄政王多尔衮、顺治帝截然不同。他们主张排斥汤若望等西方传教士的学说，从而掀起了一场影响深远的中西历法之争。
康熙三年（1664），安徽歙县人杨光先参奏汤若望，称汤若望蓄谋造反、妖言惑众、历法荒谬。此前，杨光先曾多次诬告西方传教士学说荒诞、教义邪恶，还愚昧地说，“宁可使中夏无好历法，不可使中夏有西洋人”，然而都被顺治帝驳回。这一次，杨光先的诬告正合鳌拜心意。这年冬天，鳌拜下令废除西方新历，逮捕汤若望、南怀仁等几位传教士。汤若望入狱时已经中风瘫痪，在狱中被扣上脚镣手铐，几乎天天被提审，健康状况严重恶化。
不久，鳌拜又下令取缔天主教，拟将汤若望凌迟处死，将南怀仁等传教士放逐。恰在此时，北京连日发生地震，宫中又发生火灾，朝中开始有些大臣心怀畏惧，以为是触犯了天怒。一向赏识汤若望的孝庄太皇太后便借机干预此事，以汤若望效力多年又年事已高为由，下旨免除其死罪。
康熙五年（1666），70多岁的汤若望被释放出狱。然而年迈体弱的他经过这场牢狱之灾已经到了油尽灯枯的地步，不久便与世长辞了。
汤若望死后，中西历法之争还未结束。杨光先凭借诬告汤若望的表现，被鳌拜提拔为钦天监监正。然而他不懂历法，只好以自己“仅知历理，不知历数”为由，多次提出辞职。康熙八年（1669），康熙帝命令杨光先与传教士南怀仁辩论历法，经过实际观测，南怀仁所用西方历法被证明是准确的。于是，康熙帝下令追究杨光先诬告之罪，并为汤若望、南怀仁等传教士平反昭雪。这场历时多年的历法之争终于以科学的胜利而告终。
这一年冬季，已逝世三年多的汤若望被重新安葬在著名传教士利玛窦的墓地旁边。
康熙帝还为汤若望举办了隆重的葬礼。
“勤敏”的南怀仁
南怀仁是继汤若望之后又一位著名的西方传教士。他生于比利时，清顺治十六年（1659）到达中国澳门，次年被朝廷选派协助汤若望编修历法。
南怀仁也是历法之争的主要受害者之一。康熙三年（1664），在杨光先的诬告下，南怀仁与汤若望一同入狱。当时，汤若望身患重病，言语困难，无法在大堂上进行申辩。南怀仁无微不至地照料汤若望，并挺身而出为汤若望辩护。年轻健壮的南怀仁受到的刑罚最重，然而他始终鼓励其他几位入狱的传教士，每天一同祈祷、诵经，积极地面对磨难。一年后，南怀仁等几位传教士被判流放。
康熙八年（1669），康熙帝下旨开释南怀仁，并任命他到钦天监供职。南怀仁回到京城后，立即开始为汤若望的平反和其他传教士的开释而奔走。在他的努力下，汤若望一案得以澄清，天主教得以恢复，西方传教士被准许在全国各地自由传教。
几年后，平西王吴三桂等三藩叛乱，清军出兵平叛，需要一批先进的火炮武器。南怀仁奉命将汤若望曾经铸造的火炮修复完好，并主持制造了轻巧小炮及红衣铜炮共一百余门。
据史料记载，南怀仁一生为清朝制造火炮超过566门，其中他所设计的三种火炮还被选入清朝国家典籍。
后来，南怀仁还曾在清朝与沙俄的外交活动中发挥了重要作用。
他进行了大量的翻译工作，还曾亲自写信给俄国沙皇表示友好诚意。
在雅克萨之战后，南怀仁不顾重病之身，极力争取中俄缔结和平友好条约。后来，中国使团采纳了南怀仁的建议，通过谈判实现了两国和平。在治理水患、开凿运河等事务中，南怀仁也利用自己的工程科学知识，参与了不少研究和决策。
南怀仁在西方自然科学领域有很深的造诣，对于天文历算、地图绘制、机械活动等知识的传播做出了重要的贡献。他奉旨修订了《时宪书》、《永年历法》，能将年历推算到数千年以后；改造了观象台，制造了六件大型天文观测仪器；绘制了多种地图，编写了多种地理学著作……
康熙二十六年（1687），南怀仁坠马受伤，第二年逝世于北京。南怀仁死后，康熙帝赐谥号为“勤敏”，以昭示他一生勤勉效力、聪敏博学。南怀仁也是西方传教士中唯一一位得到身后谥号的。
康熙帝的“老师们”
康熙帝重视自然科学的学习，曾经师从多位西方传教士，如白晋、张诚、徐日升等。这些传教士为康熙帝讲授了系统的西方科学。
白晋与张诚是法国人，清康熙二十六年（1687）来到中国。当时，南怀仁年事已高，康熙帝正欲选派新的传教士接替他，白晋和张诚便被留在北京供职。他们向康熙帝进献了一批天文仪器，并运用西方科学讲解天文现象，深得康熙帝喜爱。康熙二十九年（1690），白晋、张诚开始向康熙帝讲授几何学和算术，后来又讲授人体解剖学与世界地理学。
徐日升来自葡萄牙，康熙十二年（1673）来到北京，曾在钦天监供职，也因精通音律而担任过宫廷乐师。雅克萨之战后，中俄在尼布楚举行谈判，徐日升和张诚担任过翻译员。
清初传教士的活动不同于清朝中后期带有侵略和扩张性的传教，其发挥作用主要是积极的。他们来华最重要的贡献是传入了西方的科学文化知识，对当时士大夫阶层的一些学者起到了思想启蒙的作用，推动了清朝前期自然科学的进步，为古老的中华帝国带来了许多新生的气息。