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当天朝上国的自信被残酷的现实击碎的时候，清政府不得不面对危局做出一系列的调整。就在60多年前，乾隆帝还能趾高气扬地面对着马戛尔尼访华使团；然而60多年之后，咸丰帝被时事所趋，批准了总理衙门的建立，把对外事务看成是重中之重。
世易时移
道光二十二年（1842）七月，鸦片战争爆发两年后，清政府代表和英方代表在南京江面的英国军舰上签订了中国近代历史上第一份不平等条约--《南京条约》。而签订这样一份丧权辱国的条约，竟然与乾隆帝那次趾高气扬地面对马戛尔尼使团访华时隔了仅仅半个世纪。
1793年，马戛尔尼奉英王乔治三世之命，踏上了大清帝国的国土。尽管马戛尔尼并不愿意，他所率领的使团的船上还是被插上了“贡使”的旗子。尽管马戛尔尼在向乾隆帝行叩拜大礼问题上也进行了适当的妥协，但是最后这个使团希望大清帝国能够增开通商口岸，降低关税，设常驻外交使节，并开租界等请求仍旧遭到了清政府的拒绝。乾隆帝并不关心通不通商，因为他认为大清帝国物阜民丰，应有尽有，他只是把马戛尔尼的访华看做是自己的一次恩威远播而已。
但是，在鸦片战争之后，在《南京条约》之后，一切都变了。列强将物阜民丰、市场广阔的中国看成是美餐，每个国家都想分得一杯羹。因此，《南京条约》仅仅是一个开始，套在清政府脖子上的绳索将越拉越紧。
到了咸丰十年（1860），咸丰帝被迫出逃热河，圆明园被焚，更使偌大的清朝显得不堪一击。奕在北京主持与列强签订《北京条约》之后，也陷入了反思。列强的实力已经再也不容忽视，清政府也不能靠闭目塞听来自欺欺人了。奕于是奏请皇帝建立总理各国事务衙门，总理外务事宜，以免总是对外务缺乏系统的认识和管理。
政治博弈
咸丰帝看到奕的奏折后，立即召见心腹大臣肃顺、载垣等人商议。商议的内容不是是否应该建立总理衙门，因为外务的重要性已经不容置疑；而是建了总理衙门后是否会出现总理衙门权势过大，造成尾大不掉的局面。
肃顺思忖再三后，向咸丰帝提出的建议是：随着时事变迁，洋务事宜的增多，的确需要一个部门来加强对外务的管理。但是，不同意“总理各国事务衙门”这个提法，应该给这个衙门的名号再加上“通商”两个字，这样一来以往设立的礼部、理藩院都还有事可干；同时也分散了总理衙门的权力，不至于使这个部门总揽大权，不至于让奕的权势大到难以控制。肃顺的这个提法立即得到了咸丰帝和其他大臣的一致同意。
奕接到咸丰帝的批示，发现总理各国事务衙门的名号上加了“通商”两个字，立即明白了其中的意思。但他并不肯就此罢休。一方面总理衙门如果权力过小，对他自己肯定没有什么好处；另一方面，如果总理衙门在诸多的外务事宜上还要和礼部、理藩院互相扯来扯去，那么这个部门的意义也就不大了。于是，他又上了一道奏折，强调单纯的通商事务已经有其他的部门来管理，现在清政府所面对的列强，不单单是通不通商的问题，总理衙门的管理范围也应该是包罗万象的，这样才能够更好地应对列强的诸多举措。
奕的第二道奏折，振振有词，情真意切，虽然肃顺等人仍然坚持要在总理衙门上加上“通商”二字，咸丰帝权衡之后还是同意了奕的请求。咸丰十年十二月十日（1861年1月20日），总理各国事务衙门正式批准成立，总揽外交以及与外国相关的财政、军事、教育、矿务等多方面的内容。
风雨历程
总理各国事务衙门（简称总理衙门）正式建立之后，不仅成为了清政府的外交机构，还成为了与军机处并驾齐驱的权力部门。而总理衙门的组织结构也是效仿军机处建立的，主要由总理大臣和章京组成。首席总理大臣一人，由亲王等皇族兼领。奕任总理衙门的首席总理大臣时间最长，长达28年。总理大臣总体上无固定数额，总理衙门初设时，由奕、桂良、文祥3人担任，此后人数略有增加，从七八人至十多人不等。在内部组织上，由英国股、法国股、俄国股、美国股、海防股及清档房、司务厅组成，每个股办理与自己管辖范围相关的对外事务，责任明确。在京师有海关总税务司及京师同文馆两个附属机构，抽调各衙门章京，分属办事。
咸丰十一年（1861）辛酉政变之后，随着奕权势的提升，总理衙门的地位也有了进一步的提高。总理衙门管辖的范围一步步拓展，凡是和外国有关的且不属于六部管辖范围的，都划归总理衙门管辖。
关税、学堂、铁路、电报、海防、传教等等，都是总理衙门的管辖范围。
在洋务运动时期，总理衙门又成为洋务运动的中枢。在奕等洋务派的作用下，总理衙门成为了“洋务内阁”，在洋务运动中发挥了举足轻重的作用。无论是筹建军事工业还是兴办民用工业，都能看见总理衙门的身影。洋务运动的代表人物之一左宗棠曾说：“洋务关键，在南北洋通商大臣，而总理衙门揽其全局。”由此可见，总理衙门对近代中国还是发挥了很大积极作用的。
到了清朝末年，由于清政府已经沉疴在身、积重难返和列强的进一步掠夺，加上一次惨痛的甲午中日战争，使大清帝国处于风雨飘摇之中，总理衙门的地位也因洋务运动不见成效而日渐衰弱。与此同时，西方列强也开始对总理衙门产生了越来越多的抱怨，经常指责总理衙门各部分分属机构职责不清、办事拖延。
光绪二十六年（1900），八国联军侵入北京。慈禧太后带着光绪帝及亲信仓皇出逃西安，并再次被迫向列强求和。次年清政府与列强签订了《辛丑条约》。在条约中，列强要求将总理衙门改为外务部，位居六部之首。清政府只好照办。此后，按照列强的要求，在外务部之外陆续增设了商务、学部、邮传部、陆军部等机构，行使原总理衙门的其他部分职权。
从1861年正式建立，到1901年最终被裁撤，总理衙门走过了40年的风雨历程。
在这段历程中，总理衙门在晚清的政局中发挥了重大的作用，甚至与军机处同时成为清政府的权力核心。总理衙门的设立是因为列强的压力，总理衙门的撤销同样是迫于列强的压力，这样的命运已经说明了一个十分浅显的道理：当一个国家丧失了独立发展的能力时，命运就将悬于他国的好恶之间。