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辛酉政变的成功，只是慈禧太后迈上权力巅峰的第一步。要想在政治的旋涡中不被淹没，她还要一步步奠定自己无可动摇的地位。终于，在打压恭亲王、扶立光绪帝之后，慈禧太后的地位再也无人可以挑战。她堂而皇之地成为中国王朝历史上继武则天之后最有权势的女人。
重建权力核心
处置了八大臣之后，慈禧太后为了彰显自己消除八大臣影响的决心，取消了八大臣为新皇帝载淳拟定的年号“祺祥”，代之以“同治”，以1862年为同治元年。咸丰十一年（1861）十月九日，同治皇帝举行登基大典。新皇帝的圣旨中规定，以后无论行政性还是军事性的奏折都要先请慈禧和慈安两位皇太后过目，最后军机处的处理办法也要经两位皇太后批准才可以执行。就这样，慈禧太后与慈安太后“同治”的垂帘听政就开始了。
为了更好地应对内外局面，也为了巩固自己垂帘听政的成果，慈禧太后开始重建权力核心。在辛酉政变中，奕发挥了举足轻重的作用，因此当慈禧和慈安两位太后垂帘听政后，没有忘记这位股肱之臣，开始对他进行大力封赏和褒奖。早在辛酉政变甫一结束，奕就被授予了议政王的头衔。清代以前虽然也有过议政王，但都是同时授予多人的，而奕竟然独自一人被授予议政王，可见权势之显赫。接着，奕又被补授宗人府宗令、总管内务府大臣等职，加上他此前所任的总理各国事务衙门大臣的原职，奕很快集军、政大权和外交大权于一身。军机处是中央权力的中枢，很快，在奕的领导下，军机处选任了一批有能力、有见识的军机大臣，一切政务很快回到了正轨。
在地方，太平天国运动这次如火如荼的农民起义在辛酉政变发生时正处于高潮阶段。而在镇压太平天国的过程中，清政府的正规军连吃败绩，只有曾国藩等汉人领导的湘军对太平军起了扼制作用。出于保住江山、坐稳权位的考虑，慈禧太后在地方上给予了曾国藩等汉人更多的实权。在辛酉政变大约发生半个多月以后，慈禧太后就任命曾国藩为钦差大臣，督办江苏、安徽、江西和浙江四省军务，四省巡抚、提督以下的文武官员都归他节制，集该地区军、政、财权于一身。与此同时，李鸿章、左宗棠等汉人将领也得到了大力提拔。也正是这些人最终镇压了太平天国运动，让慈禧太后坐稳了权力宝座。
罢免议政王
同治四年（1865），在清朝的权力中枢爆发了一场权力争夺战。这场没有硝烟的战争双方，正是四年前联手发动辛酉政变的盟友--慈禧太后与奕。
随着对外交好列强、对内镇压太平天国运动的顺利进行，慈禧太后感觉到自己的地位已经巩固，便开始着手对付和她分享权力的奕。虽然在辛酉政变刚刚结束的时候，两位皇太后曾对奕大加封赏，但限制奕权势的行动也同时被提上了日程。奕被授予议政王之后的第二天，两宫皇太后就发出郑重宣告：军国大事都要经由两位皇太后亲自处理，其他大臣有什么重大的事务还可以向两位皇太后上密折奏报。这无疑是给奕一个下马威，也是避免大权旁落的鲜明举动。
奕自然一眼就看穿了慈禧太后的用意，但他觉得是自己一步步苦心经营北京，才有今天的结果，况且北京的很多官员都是他提拔起来的，因此他并没有忌惮慈禧太后发出的警戒信号，依然我行我素、权势熏天。甚至有时政见不合，奕竟敢与慈禧太后当面争辩。奕这种“不敬”行为更加促使慈禧太后下定决心要限制奕的势力。
奕的主要势力在总理衙门和军机处。
慈禧借着一次和奕闹僵的机会，连发两道上谕，明确指出奕今后不得为发展自己的势力而推荐官员升迁。慈禧太后还逐步罢免了倾向于奕的一些官员，既达到了震慑奕的作用，又剪除了奕的羽翼。
随着慈禧太后与奕矛盾的加深，一些投机取巧的官员正在紧紧盯着这个机会，把投慈禧太后所好看成是自己飞黄腾达的绝佳良机。蔡寿祺就是这样的一个官员。他仔细权衡后，认为还是倒向慈禧太后这一边有利可图，于是上了一道奏折，指出议政王奕有贪污、骄横、大权独揽、徇私舞弊四大罪状。慈禧太后看到奏折后心中大喜，立即召见奕进宫，对其当面斥责。奕不仅没有诚惶诚恐，反而火冒三丈地要找蔡寿祺算账。慈禧太后见奕如此骄横，便命人将他逐出大殿，随后避开被奕掌控的军机处，命一些老臣直接发布诏书，责成一些官员对奕所犯罪状进行一一核查。
诏书一出，内外震惊。在内，大量身居要职的官员力保奕无罪，指责蔡寿祺诬告，一份份替奕求情的奏折雪片般飞到了慈禧太后的眼前；在外，外国使馆的官员也对奕的事十分关注，甚至想出面干涉。这样的局面是慈禧太后没有料到的。另一方面，奕见慈禧太后发布了这样一道措辞严厉的诏书，知道其手腕之强硬，因此请其他大臣向慈禧太后转达了自己的和解之意。慈禧太后正好有了这么一个台阶下，于是召奕进宫，当面训诫。在训诫过程中，奕收起了以前的倨傲，慈禧太后则顺水推舟地取消了奕的议政王封号，使奕的地位与权力较以前都有了很大的削弱。本想投机取巧的蔡寿祺最终不仅没有捞到好处，反倒被革除官职，罢职回乡。
扶立光绪帝
同治帝载淳，本是慈禧太后的亲生子，但是他畏于生母的严厉和心机，一直与慈禧太后较为疏远，反倒与慈爱敦厚的慈安太后走得很近。这一状况，激起了慈禧太后的不满。同治十一年（1872），在选皇后的问题上，同治帝与慈禧太后又产生了矛盾。当时慈安太后看中的是阿鲁特氏，慈禧太后看中的是富察氏。两个人争执不下，最后决定让同治帝自己选择。同治帝选择了阿鲁特氏。这让慈禧太后大为不快。
同治十二年（1873）正月，同治帝亲政以后，处理政务仍多受母亲的掣肘，因此一直郁郁寡欢。加之他所选的皇后阿鲁特氏，也经常惹得慈禧太后不悦。故而不仅他的皇后受到慈禧太后的百般刁难，连他本人也多次受到慈禧太后的训斥。同治帝为了免受母亲的斥责，只好尽量少与皇后接触，自己独居乾清宫，整天与小太监嬉戏打闹，有时还在内侍的引导下偷偷溜出宫逛酒馆妓院。也许是积郁成疾，也许是酒色伤身，也许是不幸地感染了天花，同治十三年十二月五日（1875年1月12日），同治帝在久病不起后，撒手离开了人世，在人间走过了悲苦交织的不足20个春秋。
同治之死，给慈禧太后再次全面把持朝政创造了机会。同治去世时，没有留下子嗣，慈禧太后选来选去，将载恬推上了皇位，即光绪帝。载恬的父亲是醇亲王，从咸丰帝这个角度来看，他是慈禧太后的侄子；载恬的母亲是慈禧太后的妹妹，从慈禧太后的角度来看，他又是她的外甥。
更重要的是，载恬此时年仅4岁，这使原本已经表面上让同治帝亲政的慈禧太后再次名正言顺地站在政治舞台的中央，此后，将没有人再能挑战她的地位。