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关于共济会的传说很多，有人认为共济会源于古巴比伦的石工大会组织，另一种说法是源于耶路撒冷建造宫殿的石匠们。尽管关于共济会的起源和传说一直没有定论，但是人们依旧比较偏向于《圣经》中的传说。
在《圣经》创世纪中，有一个关于共济会的美丽传说。
相传，该隐的后代叫拉麦，他有两位貌美的妻子，亚大和奇拉。亚大和奇拉分别为拉麦孕育了两个孩子，亚大生了雅八和犹八两个男孩，奇拉则生了一男一女，男孩取名为土巴该隐，女孩取名叫拿玛。
虽然这四个孩子的兴趣爱好各有不同，但同属于自然科学领域。雅八在地理方面颇有天赋，他喜欢观察大自然中的事物，喜欢归纳总结;他善于认知或尝试一些新鲜事物，比如，他已经具备区分家养山羊和野生山羊的能力，利用大自然中的石材、木材修建房屋，他的存在揭开了人类地理发现的序幕。
犹八酷爱音乐，他的欣赏鉴别能力很强，习惯沉浸其中，并能感受到声音的优美和律味，知晓大自然万物的和弦，他应该算是人类历史上的第一位音乐学家。
历史上赫赫有名的冶炼钢铁的技术是由土巴该隐发现的，他经过反复的摸索和实验，终于掌握了其中的奥秘，从而造福人类千万年之久，推动了人类前行的步伐。
身为家中唯一的女儿，拿玛也丝毫没有懈怠，她从女性的角度出发，结合人类文化的基调和对真善美的理解，发明了纺织技术。
他们四个因为自身的兴趣和智慧，探索发现了一系列的自然科学规律和知识，这使得天神们异常不安，天神震怒，为了惩罚肆意窥探天神隐私的人类，宇宙万物的缔造者天神，意图用水来淹没他们，用火来炙烤他们。由于四兄妹知道自身在劫难逃，因此他们无畏生死。但是，他们却不甘心让自己辛苦钻研出来的智慧结晶就此消亡，于是处在生死边缘的，趁着洪水尚未到来时，将自己获得的知识镌刻在了两个奇特的石柱上。这两根石柱都有自己的名字和特色，其中叫作亚伯的石柱不会被火烧坏，而叫作拉特拉斯的石柱则可以抗击洪水。
这场灾难结束之后，其中的一根石柱侥幸逃脱，并被赫尔墨斯发现。赫尔墨斯是一个很传奇和充满神话色彩的人物，是自然科学和自然哲学史上的先哲，有人称其为埃及智慧神。不管是人还是神，他俨然就是自然科学的代名词。赫尔墨斯潜心研究并消化了这些知识，而后将方便理解的一小部分传授给了人类。
那场洪水给人类带来的是惨痛和悲伤，天神对此已有所感悟。而恰好此时一个叫挪亚的人的虔诚之心感动了天神，天神心生喜爱，并打算到此为止，饶恕人类。人类虽遭遇了巨大的挫折和灾难，但依旧没有放弃对自然科学领域的研究，其程度有过之而无不及。只是当时的人类虽有那份心性，却无力突破，在有限的知识水平下，目光短浅，思想愚昧。而此时，唯一可以挑起重担的便是石工们。石工们对自然科学和几何学都有深层次的认识，他们自知可以挑战和战胜自己。而人类和天神的区别就在于其是否完美，倘若人类可以修正肉体上的缺陷，完善精神上的欠缺，势必可以变成神灵，重返神的领域也自当是指日可待。
人类迫切需要去实践这种意愿。身为巴比伦国王的宁录是挪亚的孙子，他自身有着很多的缺陷和错误。他号令修造一座通天塔，于是为了实现这一伟大的举措，全世界优秀的工匠们都被他招集在了巴比伦。然而，上帝不会成全他们的美梦，他再次给予了人类惩罚，只不过方式和暴力的洪水、烈火不同——这一次，他肢解了人们的思想和情绪，迫害人们的精神和灵魂，扰乱了人们共有的语言，以致这些工匠纷纷躲避，逃离到了世界的各个角落，而修建通天塔的工程也就此搁浅。
漂流在外地的石工们，或出于对过往的尊重，或出于自我保护，闭口不言，他们不会在公开场所谈及自然科学及相关理论，但却从未停止探索，只是变明为暗。他们是一个完整强大的组织，他们自己秘密结社，有专属于他们自己的入会礼仪、规章制度、组织结构等。通过他们的口令暗号和握手方式，就足以确认对方的身份，甚至可以详尽到所处级别及其职务。
这些拥有独立自主意识的石工，做出了一系列惊世骇俗的不朽之作。他们被称为丢尼修建筑团，在耶路撒冷修建了气势恢弘的所罗门王神殿，而当时中世纪一些基督教堂和大型石造建筑也是出自他们之手。
石工们都虔诚而又诚恳，关于组织秘密是一项禁忌，不允许任何人亵渎或者泄露。他们一方面进行各种修建，一方面继续钻研自然科学。当然，他们并不仅仅满足于此，而是会在闲暇之时开会交流，讨论归纳。他们的头脑已经相当灵活，其所拥有的智慧也是前所未有的;他们信奉神灵，坚持有神论;他们研究的领域有天文学、人体解剖学、几何学等;他们所涉及的学科和延伸所至的领域宽广宏大，其精神人文的富饶迫使他们以“兄弟”自称，友爱和谐，为共建人类社会发达体系而同舟共济、不懈努力，而这些石工们，便是古代最早的共济会成员。