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一般在土壤水溶性硼低于0.5毫克／千克时施用硼肥。植物需硼的总量不大，适量和过多造成毒害的范围很窄，所以首先要注意用量，施用均匀，避免造成局部毒害。
硼肥的主要施用方法是做基肥。在缺硼的情况下，每公顷施11.3～18.8千克硼酸或硼砂。为了施得均匀，可以与氮肥、磷肥等混合施用，或与干土、砂等混合施用。硼肥有一定后效，施用一次肥效可以延续3～5年。
其次是处理种子，用硼酸或硼砂溶液浸种，常用浓度为0.01％～0.1％，浸种6～12小时。拌种时每千克种子用硼砂或硼酸0.2～0.5克。
根外追肥（叶面喷肥）用硼砂溶液的浓度一般为0.2％（即50千克水中加100克硼砂，先将100克硼砂加0.5千克60℃的热水溶解后再稀释到所需的浓度）；硼酸含硼量较高，一般用0.1％～0.15％的浓度即可，晶体硼镁肥一般用1.5％～2.0％的浓度进行喷洒。