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结构决定品质，课程结构决定着人才培养的规格与层次。为实现课程目标，清华附小精简、整合国家课程，补充适合的校本课程，逐步形成了一套基于国家课程且高于国家标准的、符合清华附小学生发展需求的、科学的清华附小“1+X本校课程”体系。当下，整合数学的课程结构和具体课程内容如下表所示。
为了适应整合、改革后的课程内容，学校在保证课时总量不变的前提下，将原来固定的每节课40分钟，变为长短不一的大、小课时。
“大课时”60分钟，主要安排小课题研究及数学建模、数-科科学整合等课程，使学生能够在较长的时间内，进入情境，深入研究，同时有充分的时间进行实践操作和质疑辨析。调整后的大课时使学生能够更好地运用自主、合作、探究的学习方式开展学习。
“基础课时”35分钟，主要进行整合的国家基础性课程，如生活数学、文化体验等课程的学习，同时要求教师必须带领学生精学精练。课堂要以动力值、方法值、意义值和容量值四个增值点考量学生的学习是否有效，努力让“精讲精练、增效减负”成为课堂增值的途径。