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基层卫生网络的重建，提供了廉价、可靠的就医通道，但另一个问题是，即使再便宜的服务也需要钱，那么钱从哪里来？
换成马安宁的说法是，“尽管我们在每个角落都建好了餐厅，但居民没有钱同样不去”。尤其是对“大病”来说，钱是解决问题的最重要元素。在这个意义上，补偿机制的重建关系着医疗改革的最终效果。“这是医疗服务‘可得性’的问题。”马安宁告诉我。
事实上，目前政府对于医疗机构本身的直接补助在逐渐减少。在潍坊，公立大医院每年获得的卫生经费仅约占工资总额的5%〜10%，医院购买设备、扩建院址的费用都由自己筹措，并要通过卫生局的审批。政府卫生经费多用于公共卫生方向，如疾控中心、血库、120急救系统等。
另一方面，各级财政对于公民看病就医的直接补偿则明显提高。尤其是在新农村合作医疗（简称‘新农合’）体系中，从2003年每人补助10元钱，大幅提高到2009年的每人80元（在这个体系中，参合农民每年将资金汇总，形成一个风险共担体，按照大数法则确定报销和补偿比例，每个年度将所有参合资金消耗完毕）。
依循新农合的发展脉络，观察补偿机制与比例的调整，则可能昭显其全局性的价值。
2001年，潍坊青州市开始在全国率先探索新农村合作医疗制度。原有的农村合作医疗制度已经濒于崩溃，其原因在于经费全部由农民支付，农民没有交纳积极性。在实际执行中，也经常被当作“农民负担”而被砍掉。
“我们首先在青州的山区、丘陵和平原地区选择一个镇共9000多人，做入户基线调查。”青州新农办主任杨春花对我回忆说，“了解农民参合的积极性，详细记录每户人每年的医疗支出，以便计算报销比例。”按照2001年青州的实验方案，每名农民出资10元，乡镇财政补贴2元——这笔钱原是财政补贴乡镇医院的资金，再由3家医院各补贴1元，形成每人15元的份额。这一年青州在3个乡镇14万农民中启动了这项影响深远的实验，设定门诊报销比例最多10%，住院最多可报40%。由于第一年参合人数少，计算不够精确，到年底新农合资金超支了8万元。2002年青州继续将试点区扩大到了5个乡镇。
2003年卫生部开始在全国推广新农合的试点。青州将试点区增加到了9个乡镇，资金配给的比例也进行了调整，乡镇财政投入资金2元/人，同时县财政每人给付3元，省财政每人给付5元，形成了“10+10”的资金构成。“这一年的整体参合率只有61%，还有一个乡镇因为参合率仅超过10%，最后不得不取消试点。”杨春花说。
2004年补贴资金的结构再次发生变化，乡一级的财政不再支付新农合补贴。到2006年，各级财政补贴增加到了20元/人，省、市财政的补贴比例不断增加。2007年为40元/人，2008年为69元/人（省级财政36元，市级12元，县级21元），2009年增长到了80元/人。农民参合率达到97.63%，农民出资额也上升到了20元，青州农民则达到了25元。2008年的筹资总额达到了5.56亿元。
补偿机制的拨转改变了农民的就医范围和就医频率。
越在基层医疗机构就诊，新农合报销比例就越大，在乡镇医院以下门诊可报销20%；在一级医院住院补偿比为55%〜70%；在二级医院住院实行三段式补偿，起付线至5000元段，补偿比25%〜35%，5001元至10000元段，补偿比35%〜45%，10001元以上段补偿45%〜70%。农民开始大量进入基层医院就诊，住院最高可获2万元补偿。
根据潍坊卫生局新农合办公室的统计，自2003年试点启动以来，全市新型农村合作医疗共筹集资金11.97亿元，补偿1531.09万人次，支付补偿金10.06亿元，其中获得万元以上补偿的3293人。“农民现在参合的积极性很高，我们不需要再敲锣打鼓地去送钱了。”青州市卫生局局长付光春告诉我。
“从某种意义上说，新农合的资金也救活了大量乡镇卫生院。”潍坊市新农合办公室的一位工作人员说。补偿机制的阀门从医疗机构转向基层民众，资金流入不仅减轻了“看病贵”的困境，同时也使基层医疗机构的再造成为可能。“小病拖成大病，大病熬成晚期”的制度根源在逐渐消解。
但目前从新农合的筹资总量上来说规模仍旧不足。2008年，潍坊市农民人均医疗费用为380余元，新农合年人均筹资88元，不足农民人均医药消费的1/4，与城市职工医疗保险的报销比例相比仍有很大差距（城镇职工的缴付数额也几十倍于农民）。从根本上解决农民医疗负担，还有待于财政加大投入以及农民个人缴付数额的提高。