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蔡元培直到晚年还心有余悸地回想起1887年第一次参加乡试
时的情景。
那一年，整个浙江省参加乡试的学子多达10600人。考试的时候，“集万人于考场，偶有神经错乱，于试卷上乱写情诗或漫画杂事，甚而至于自杀的”
。由此可以想见参加科举的学子们精神压力之大，毕竟，这几乎是决定读书人一生命运的大事。
“学而优则仕。”读书、考取功名，是传统社会里世世代代的父母对下一代的殷切期望。读书人，不但明了人情事理、文质彬彬、气质雍容，而且一旦博得入仕的机会，更在身份名位上荣宠无比。在民间一般的百姓中间，知书达理的知识分子总是备受推崇。
固然，很多读书人读书的目的就是为了求取功名，以至于想得功名想得发了疯。比如吴敬梓现实主义长篇讽刺小说《儒林外史》的著名人物范进，以下是《范进中举》一段描写范进考中举人的消息传到他家里后的情形：
那邻居飞奔到集上，一地里寻不见；直寻到集东头，见范进抱着鸡，手里插个草标，一步一踱的，东张西望，在那里寻人买。邻居道：“范相公，快些回去！恭喜你中了举人，报喜人挤了一屋里。”范进当是哄他，只装不听见，低着头往前走。邻居见他不理，走上来，就要夺他手里的鸡。范进道：“你夺我的鸡怎的?你又不买。”邻居道：“你中了举了，叫你家去打发报子哩。”范进道：“高邻，你晓得我今日没有米，要卖这鸡去救命，为甚么拿这话来混我?我又不同你顽，你自回去罢，莫误了我卖鸡。”邻居见他不信，劈手把鸡夺了，掼在地下，一把拉了回来。报录人见了道：“好了，新贵人回来了。”正要拥着他说话，范进三两步走进屋里来，见中间报帖已经升挂起来，上写道：“捷报贵府老爷范讳高中广东乡试第七名亚元。京报连登黄甲。”
范进不看便罢，看了一遍，又念一遍，自己把两手拍了一下，笑了一声，道：“噫！好了！我中了！”说着，往后一跤跌倒，牙关咬紧，不省人事。老太太慌了，慌将几口开水灌了过来。他爬将起来，又拍着手大笑道：“噫！好！我中了！”笑着，不由分说，就往门外飞跑，把报录人和邻居都吓了一跳。走出大门不多路，一脚踹在塘里，挣起来，头发都跌散了，两手黄泥，淋淋漓漓一身的水。众人拉他不住，拍着笑着，一直走到集上去了。众人大眼望小眼，一齐道：“原来新贵人欢喜疯了。”
这个一辈子屡试不第、穷困潦倒的范进，初听人说自己中举，根本就不相信这种天大的好事落到了他头上，及至梦想果真，不禁欢喜得过了度，以至于一时间发了疯。
从这个故事里我们可以看到中国古代科举制下的一种荒谬的现象。读书求知不是为了学习人生的智慧、寻求世间的真理，而是像做生意赌大运一样，读书成了一种换取名利的工具，也难怪几十年孜孜以求的目标一日成真，得到功名这样一个稀缺资源，能让人如狂如颠。
从上面范进的故事也可见，科举致仕对于当时的读书人来说，是一条艰辛之路，就像现在“千军万马过独木桥”式的高考一样。在科举中获得成功，既有在读书上聪明勤奋的因素，也有极运气的成分，这让千万读书人曾不禁一再慨叹“时也、命也”。
我们可以稍看一下历史上数不清的名人不第的例子，就可知科举入仕之艰。一生未考得任何功名的读书人里，最著名的大概要数李白和杜甫这两位大诗人了。这一长长名单上，还可列入黄巢、孟浩然、唐伯虎、蒲松龄、金圣叹、洪秀全、袁世凯……简直举不胜举。李时珍14岁考中秀才，之后9年3次落榜，最后弃学从医，历时29年著《本草纲目》；吴敬梓在落榜后愤而写下传世的《儒林外史》。著名唐代文学家韩愈、晚清重臣左宗棠都曾三试不第。
由此不但可见看科举取士对于古代读书人之残酷，也可以看出以作文取士的科举考试的极大局限。它所青睐的，并不见得都是有真才实干的才俊。在这种科举制度，中则荣宠无比、败则一文不名，简直像买彩票一样，难怪上文中的范进在中举后一时喜而发疯了。
当然，上面引文中范进的事例讽刺的是科举制度下的一种极端状况。人性本来是不同的，一样米养百样人。既可以说，科举制度使儒学经典成了一种功利的工具，而且使读书人的人格僵化到了可笑的地步，但反过来说，中国儒学精神中可贵的一面，又恰恰是依托着科举制度而得以遗存下来的。
古代的仁人义士层出不穷，无不深受儒学精神的熏陶，把仁义礼智的最高信念融入到自己的人格，把取得功名作为实现自己抱负的手段，而非终极的目的。所以范进式的人固然不少，但文天祥、方孝孺式的人也总是代不乏人。况且，古代一个优秀读书人的标准，不但学问要学富五车，而且人品要彪炳千秋，才不枉读了一场“圣贤书”。那么，无数的读书人中间，用道德礼仪门面者不少，用生命践行圣贤遗教也多不胜数。
与上面那些数都数不过来的科场上的倒霉蛋不同，蔡元培的运气似乎特别好，在艰险崎岖的科举道路上步步登高，真可谓一帆风顺。
1883年，蔡元培16岁，考中秀才。此后两年，他在家乡设馆教书，自由阅读。1885年开始参加乡试，未中，连考了三次，在1889年考中举人。接下来，1890年会试中的，成为贡士。又在1892年通过了殿试，成为进士，被钦点为清政府最高学府翰林院的庶吉士（从通过科举考试中进士的人当中选任，明朝首辅张居正、清朝重臣曾国藩都干过这个职务）。1894年，27岁的蔡元培又被提升为翰林院编修。
这一向上攀登的历程，虽非一考而就，但结果总算是功得圆满，蔡元培可谓少年得志，科场生涯几近圆满地完成了。
当中举消息传来时，蔡元培显然没有像范进那样发疯。这时的蔡元培毕竟是一个风光无限的年轻人，考取功名，也不过是他十年寒窗苦读之后一个情理之中的收获。但得偿所愿、用成绩证明了自己，光了宗耀了祖，这时的蔡元培着实兴高采烈了一番。
蔡元培在考进士时所做的文章广征博引，文章中的有些字句用典很为生僻，连主考官都不懂。结果，考中进士的蔡元培立即受到大名鼎鼎的清廷户部尚书、学问家翁同龢赏识，赞誉他是“年少通经，文极古藻”的“俊才”。
按照惯例，通过考试的同科士子都要去拜谒主考官翁同龢。其实，这也是例行公事、走一走过场。大概因为这样，翁同龢对一批批的来访者中的大多数人其实并无印象，他在自己的日记里往往简单地记下“新庶常来者八九人”“新门人两人来见”，连名字也不记。当科的状元、探花来访，也只记了“刘福姚来见”，“陈生伯陶来”而已，惜墨如金。
有意思的是，在1892年6月1日的日记里翁同龢记道，“新庶常来见者十余人，内蔡元培，乃庚寅贡士，年少通经，文极古藻，隽材也，绍兴人，号鹤青，向在绍兴徐氏校刻各种书”，这真是奇怪得很，他对蔡元培印象深刻，简直是刮目相看。
一时间，不足30岁的蔡元培成了“声闻当代，朝野争相结纳”的名人士大夫了。
从清朝中叶以降，殿阁大学士、总督、巡抚、军机大臣这些朝廷的要职，大多系翰林出身，对于蔡元培来说，诱人的政治前景正在向他频频招手。如果蔡元培贪恋权位，再如果当时中国的政治没有发生翻天覆地的大变故，那么蔡元培沿着这条路继续走下去，则就可能青云直上、跻身达官显宦之列。
然而上面的两个如果都没有成真，蔡元培体制外的另类人生书卷，恰恰就从此时开始书写了。
大概这就是命运的召唤。蔡元培进入翰林院没多久，清王朝的国内外时势突变。
1894年，农历甲午年，是中国近代史上极不平凡的一年。这年，爆发了撼动中外的中日“甲午战争”。
甲午战争以1894年（清光绪二十年）7月25日丰岛海战的爆发为开端，至1895年4月17日《马关条约》签字结束。这场战争以北洋水师全军覆没告终。
古老的东方泱泱大国，一战而败在东邻小邦日本手下。接踵而来的《马关条约》，割地赔款、丧权辱国，举国为之震惊。近代以来，内乱外忧不断，中国屡受列强侵略，但这是最让国人震动的一次。东方的蕞尔岛国居然不知不觉地陡然崛起，而且很快将爪牙伸到泱泱中国，成了耀武扬威的获胜者。实际上，接下来的50年间，直到抗战胜利，日本这个近邻都是中国最具威胁的敌人，中国的国防策略也基本上是针对日本这个东亚故邻。
同许许多多关心天下事的中国人一样，闻知甲午黄海海战战败的消息，27岁的翰林蔡元培简直不敢相信自己的耳朵。他悲愤交加，与其他朝中的忧国之士一齐，在海战发生半个多月后联名向皇帝上奏：
日讲起居注官翰林院侍读学士臣文廷式等跪奏，为敌情叵测、宜出奇计、以弭兵衅、恭折密陈、仰祈圣鉴事：
……然倭人乘胜之时，震惊陪都，窥伺近甸，我虽布置严密，尤虑瑕隙未周，比闻倭将以倾国之兵，道出黄海。此时李鸿章既有暮气，而所调诸将，或多新募，或未成军……
战国之时，秦攻齐，则韩、魏救之，攻韩魏，则赵救之。唐之藉兵，远及大食。宋之谋金，兼约西辽。
此时倭人得志，势将不利于英；法人与其兵谋，德国亦所深忌。故闻英人颇有藉端与倭开衅之志，兵船五十余号，已尽集南洋。德人亦特厚于我，凡将弁之效力于中国者，其主皆特赏宝星；又任中国购买军火，借资驭敌，此非偏有所厚也，卫我即所以自卫也。……资其兵费，使伐倭人。……伏乞皇上圣鉴，谨奏。
翰林院侍讲学士臣文海……臣徐世昌……臣蔡元培，修撰臣张骞，编修臣尹铭绶。
——《与文廷式等奏请密连英德以御倭人折》
（一八九四年十月七日）
在长长的上奏人名单中可以看到，除了蔡元培，还有文廷式、徐世昌、张骞等这些近代史上的名人，而且，清一色的全部是汉人大臣。有清一代，汉人大臣一般在给皇帝的奏折中自称为“臣”，而满人官员一般自称“奴才”。“奴才”是比“臣”更为亲近的自称，汉臣是没有资格在皇帝面前自称为“奴才”的。
这个奏折里，大家一方面痛恨李鸿章不争气，另一方面又指出，在中国问题上，列强们并不完全与日本站在同一立场，反而有与中国交好的，如英国、德国。应该利用世界强国之间的罅隙，学中国战国时代的合纵连横之术，联合英、德列强以抵御野心勃勃的日本人。这批汉臣愁愤国事的心境可见一斑。
但这时，暮气重重的清王朝当权者早没有了昔日入关时的意气风发和果决悍勇，再也焕发不出励精图治的精神，去搞什么合纵连横了，偌大的王朝只想在列强的夹缝中挨一天算一天。而后来的北洋军阀则不同，纷纷找各国列强做自己的靠山，形成了积弱的近代中国颇为奇葩的一段历史。
最终，清朝政府和日本明治政府于1895年4月17日（光绪二十一年三月二十三日）在日本马关（今山口县下关市）签订《马关条约》。《马关条约》的签署标志着中日甲午战争的结束。根据条约规定，中国割让辽东半岛（后因三国干涉还辽而未能得逞）、台湾岛及其附属各岛屿、澎湖列岛给日本，赔偿日本2亿两白银。中国还增开沙市、重庆、苏州、杭州为商埠，并允许日本在中国的通商口岸投资办厂。
《马关条约》签订的消息传到国内，中国的失败、不平等条约的签字，深深刺痛了蔡元培这位青年知识分子的心。个人正春风得意之时，国家却面临灭顶的危难，蔡元培还没来得享受功名带来的荣耀、施展满胸的才华，就值逢国家倾危的巨祸。巨大的反差，对于蔡元培的刺激是巨大的。
也许这就是命运的安排，蔡元培精神中对家国一生的忧患，以及他为民族“救亡图存”的生涯，就将从此开始了。
蔡元培将再也无法安心地正襟安坐于朝堂之上，闲散优游于诗酒酬对之中。我们从蔡元培青年时的一些作为中也大致可以看到，这是一个深深把济世情怀、忠孝信义的儒家品质写入灵魂深处的人，这样一个人，绝不会只关心个人宠辱而把世事的安危置之度外。
蔡元培认为甲午战败乃是中国数千年历史上前所未有的奇耻大辱，“聚铁铸错，一至于此，可为痛哭流涕长太息者也”。他说，“韩、魏于秦，宋于金，不如是之甚也”，就是说，他认为这个马关条约简直比战国时期韩、魏屈事于秦，南宋屈事于金更加让国人屈辱。他谴责清王朝的治下“疆臣跋扈，政府阘茸，外内狼狈，虚疑恫愒，以成炀灶之计，聚铁铸错，一至于此”。
在极度的愤懑和失望之下，1895年秋，蔡元培向上司乞假回乡一年，直至1896年12月才回京销假。1897年冬，又发生了德国传教士在山东被杀，德国派兵强占山东胶州湾的事件。闻事后，蔡元培气愤地说，当朝“不自强而恃人，开门揖盗，真无策之尤也”。处于朝堂之中的蔡元培见识了清廷当权人物们的昏庸，他渐渐感到这个政权已经没什么指望了。
蒋梦麟曾这样回忆他所见到的蔡元培：
蔡先生年轻时锋芒很露。他在绍兴中西学堂当校长时，有一天晚上参加一个宴会，酒过三巡之后，他推杯而起，高声批评康有为、梁启超维新运动的不彻底，因为他们主张保存满清皇室来领导维新。说到激烈时，他高举右臂大喊道：“我蔡元培可不这样。除非你推翻满清，否则任何改革都不可能！”
进入翰林院之前，蔡元培就是一个典型的忠孝节义式的传统知识分子，但国家的惊天之祸袭来，蔡元培的意识开始转变了。
他慢慢地开始意识到，在一个新的时代来临、在一个新的强族环伺的世界丛林里，中华古国千年来以自我为中心的“天下”观已彻底被颠覆，中国人固有的政治体制、文化传统、生活面貌，已经不足以正常运转、抵御外侮了，必须为民族的生存寻找新的生机。
这一时期的蔡元培进行了一些思考。故纸堆再也找不到出路，有清一代流行的考据、训诂做学问的路子，不足以解决现实的问题。
长期传统教育熏陶出的对家国天下的责任感和使命感，使蔡元培不愿再埋头于经史子集这些给他带来功名荣耀的经典。他把头抬了起来，放眼四望。他想扩展自己的知识面，向西方先进国家学习治理经验，发掘救国救民的方略，寻找世界观、方法论上的支撑点。
蔡元培在这一时期转而以极大的热情，去阅读西方的新式书籍。这种阅读，几乎是没有筛选式的。史地政教，声光化电；自然人文，数学物理，各个方面的新知，蔡元培凡能接触到的，几乎无书不看。在认真阅读了一些先进的中国启蒙人物，如郑观应、马建忠、梁启超的著作后，蔡元培还特别一一写上评注。
从1894年至1899年，这一时期蔡元培认真阅读过的中外新书有：《游历日本图径》《日本新政》《海国图志》《环游地球新录》《电学纲目》《盛世危言》《化学启蒙》《量光力器图说》《几何原本》《代数难题解法》《农学新法》《支那教案论》《西学启蒙》《日清战史》《生理学》《进化新论》，等等。
在这些书籍中蔡元培看到的，几乎是一个和以往完全不同的全新的知识天地和全新的世界。他简直像获得了精神上的新生一样。
在维新思想家中，对蔡元培影响最大的是严复。严复译述的赫胥黎的名著《天演论》于1898年4月出版后9个月，蔡元培便认真地读完这部书，他后来写道：“丁戊之间，乃治哲学。侯官浏阳，为吾先觉。”是严复等人的新思想唤醒了蔡元培的精神世界。
这一时期的蔡元培接触了大量近代科学与民主思想。他还自修日文，在翰林院内钻研那些被固守封建传统的旧派人士斥为“奇技淫巧”“左道旁门”的西方科学知识。原因很简单，在蔡元培看来，中国不是败于“道”，而是败于“术”。就“道”而言，中国传统哲学的深邃精微，世难匹敌；但重道而轻术，导致中国完败于船坚炮利的重术之国，使他不得不转变思路。蔡元培兼有着中国知识分子的厚重和东南文士的轻灵，他不愿也不屑因循守旧，这从他做文章上也看得出，不一味迎合科考的需要，爱独辟蹊径。
此时蔡元培所热衷的事，正像他北京寓所书房中悬挂的十个大字所说：“都无做官意，惟有读书声。”这也可见，蔡元培要在知识领域寻找新的天地，为民族的出路找到根本的解决之道，而不是斤斤计较在个人前途和功名上。
1898年又发生了一件撼动中国的政治大事件——“戊戌变法”。
“戊戌变法”，是指1898年6月至9月21日以康有为、梁启超为主要领导人物的改良派通过说服光绪帝倡导学习西方，提倡科学文化，改革政治、教育制度，发展农、工、商业等的政治改良运动。
在满清当权者中的那些机谋深算的政客官僚眼中，“戊戌变法”简直就是一场极不成熟政治闹剧：一小撮激进的维新派愤青妄图用最小的代价，给政权机器换几个零件，就给偌大的中国来个天翻地覆、改头换面式的变革。结果证明，这种强烈想要用最快、最省事的办法改变中国现状的理想主义变革，遭到的几乎是彻头彻尾的失败。
本来，执掌实权的慈禧太后对于维新变法冷眼观之。但一众热血的维新派这时头脑一热，想要干脆把慈禧太后和一班守旧迟暮的官僚们一举从权力的中心踢出局，转而扶正全力支持维新派但权力完全被架空的年轻皇帝光绪帝。这是以慈禧太后为首的旧官僚势力所绝不能容忍的事。
结果，由于袁世凯的叛卖，1898年9月21日慈禧太后等发动政变，光绪帝被囚至中南海瀛台。腥雨欲来，闻讯的维新派中，康有为、梁启超分别远循法国、日本，唯有谭嗣同宁死不逃，愿以性命唤醒国人，与康广仁、林旭、杨深秀、杨锐、刘光第共6人被昏庸的清廷问斩于北京菜市口刑场。中国上层政治变革“百日维新”宣告失败，前后仅仅历时103天。
“戊戌六君子”的死再次极大地触动了蔡元培，他对维新人士的精神当然是感佩有加的，这些同龄人的那一种热血和牺牲的精神，以及他们所胸怀的抱负唤起了他的强烈共鸣。
对于一身侠气的谭嗣同，蔡元培格外佩服，他几年后的一封信中还念念不忘地写下了这样的话：
盖元培所慕者，独谭嗣同耳。苦康、梁之首事而逃，经元善之电奏而逃，则固所唾弃不屑者也，况其无康、经之难而屑屑求免也乎。且夫避祸者，所以求生也。充求生之量，必极之富贵利达。
其实，维新派在活动之初，不可能不引起蔡元培的注意。何况，蔡元培与维新派、大才子梁启超有着己丑（1889年）同年的关系。但蔡元培本人没有参与这场近在身边、力图改变中国命运的变法，这可不是因为他胆小怕事。蔡元培本人为变法之事感奋的同时，却有着他自己独有的冷静。
在“戊戌变法”前后，维新派的人士在先进的知识界以及朝廷中，可谓风光一时。但一方面，由于梁启超与谭嗣同等人当时在社会上知名度已经很高了，假使真的变法得逞，从权位上来说，就是新时代里炙手可热、翻云覆雨的人物，质朴而耿介的蔡元培不愿被世人说自己“攀龙附凤”，并未前去结交。
他在《自写年谱》这样写道：“康有为氏与谭嗣同、杨锐、刘光第、林旭诸氏被任用，励行新政，我虽表同情，然生性不喜赶热闹，未尝一访康氏。我与梁氏虽为乡试同年，但亦未与见面。”
另一方面，蔡元培总是隐隐感到，这种用上层政治斗争改变国家命运的策略并不是拯治国家的一付回春妙药，在他看来，中国的问题是深入骨髓的。“不先培养革新之人才，而欲以少数人弋取政权，排斥顽旧，不能不情见势绌。”这是蔡元培肚子里的想法。
他认为这些维新变法的烈士们并没有建立起什么群众基础，而只想凭一己之力、少数精英的奋斗，用最省事儿的办法、最小的代价，动点儿小小的外科手术，就想给中国来个改天换地，这简直是痴人说梦。
当“戊戌六君子”血洒菜市口的噩耗传来，血的事实对蔡元培还是对造成了很大的刺激，他进一步意识到政治斗争的残酷。此外，他感到清王朝的掌权者已经失去基本的理智，只顾自己的既得权位而不顾民族的整体利益，冥顽到了极点，这也让蔡元培对这个君、这个国失望到了极点。
蔡元培再也没有心思在北京当官了，断然于1898年秋天离开北京南归。蔡元培这种举动，很容易让人怀疑他是康梁同党，但他丝毫不作辩解。
经过十天的行程，1898年10月26日，蔡元培从京城回到了阔别多年的绍兴老家。
回到家乡，恰好这时家乡绍兴城中成立了一所中西学堂，缺少一位校长。身为翰林、颇负学名的蔡元培成为众望所归的人选，被推荐为学堂的监督（校长）。
这时的蔡元培回顾了他所接触的新知对他产生的强烈冲击，他感到，只有千千万万的中国知识分子具备他这样对世界的认知，具备全新的思维，在灵魂深处来一场革命，从意识上改造中国人，才可能从根本上改变中国的国是。他现在就要做这样的事业。
蔡元培觉得，康梁变法，没有预先培养革新人才，而妄图以少数人夺取政权、排斥顽旧，注定是要失败的。现在，他入主中西学堂，这恰巧给了他用新知培育英才、施展教育救国的第一个实践机会。蔡元培义无反顾地以翰林之身放弃继续向上进阶名位的机会，并要用他认定的方式实现报国之道。
当时，蔡元培给人留下这样的印象——身材短小、文质彬彬、儒雅风流，时常与朋友喝酒、畅谈，一起分析戊戌变法失败的原因，于是就出现了文首的那一幕。
我在中西学堂里首先学到的一件不可思议的事是地圆学说。我一向认为地球是平的。后来先生又告诉我，闪电是阴电和阳电撞击的结果，并不是电神的镜子里发出来的闪光；雷的成因也相同，并非雷神击鼓所生。这简直使我目瞪口呆。
从基本物理学我又学到雨是怎样形成的。巨龙在云端张口喷水成雨的观念只好放弃了。了解燃烧的原理以后，我更放弃了火神的观念。过去为我们所崇拜的神佛，像是烈日照射下的雪人，一个接着一个融化。这是我了解一点科学的开端，也是我思想中怪力乱神信仰的结束。
多年以后，曾在中西学堂第一斋读过书的蒋梦麟这样回忆，接触新知后的震撼溢于蒋梦麟的言表。
而当时中国普通知识分子在知识和思想意识上的陈旧、落伍亦由之可见一斑。这也足以证明蔡元培要做的这个事业，是何等的重要。
绍兴作为文化重镇，在这个时期理所当然的也受到甲午战争后维新思潮的冲击，出现了一批热心研究西学的有识之士。就在蔡元培回绍兴的前一年春，本城县绅徐树兰和绍兴知府熊起磻利用当地公款，创办了绍兴唯一一所新式学校——绍郡中西学堂。
由于蔡元培的身份和学问上的声望，这年12月，徐树兰和熊起磻礼请蔡元培为学堂的总理，成为新的校长，主持校务。这正是蔡元培想干的事，蔡元培马上就进入角色，着手接管校政。
蔡元培可不是茫无头绪，在传统教育之下当了多年的好学生，传统的那一套学堂的教学方式蔡元培可谓了如指掌，当一个胜任的先生绰绰有余。但现在，因应新的时势，他要对那种老的教育模式做出一定的革新。作为一个有清醒世界观和明确目标的实干家，他不假思索地马上干了以下几件事：
一是延请名师，进行最好的“软件”建设。
在接办学校的第六天，便将所聘教员名单报知府熊起磻批示：由马用锡（湄莼）、薛炳（阆仙）为经学、词学教员，马纟冋章（水臣）、冯学书（仲贤）为词学教员，赏乃勋（星槎）、褚闰生为蒙学教员，蓝寅（筠生）、俞墉（伯音）、陈凤锵（子仪）为英文教员，戴儒珍（铭甫）为法文教员，杜炜孙（亚泉）为算学、物理教员，寿辅清（孝天）为算学教员。这些教员，都是当时绍兴“极一时之选”的人物。蔡元培还不惜重金聘请外籍教员，如学堂先后聘请日本人中川外雄、藤乡担任日文和体操教员，月薪高达50圆。
二是购置教学仪器和设备，这是“硬件”建设。
平时一有机会，蔡元培总是托人求购各种新书和有关教学仪器设备。1899年6月，校董徐树兰前往上海，蔡元培即托其购买日本教育社物理、化学、助力器械及化学药品和动物标本，并写信给上海的张元济，托其代购南洋公学所编书籍。
此外，还曾托徐树兰之子徐显愍从日本东京购得日本所制小学物理器械第二号1组，共33种；化学器械二号1组，包括药品共31种；化学标本1组，40种；庶物标本1组，200种；动物标本乙号1组，85种；植物标本乙号1组，105种；矿物标本乙号1组，65种；另三球仪1架，三角及两脚定规3具，助力器模1组，8种，立体几何1组，平面几何l种。由于蔡元培的重视，中西学堂成为当时绍兴藏书最丰、教学仪器设备最好的一所新式学校。
三是进行合理的学制分类。
中西学堂根据国学程度的高低把学生分为三斋（相当于年级），分别教授不同程度的国学课程，第一斋为蒙学斋，第二斋为词学斋，第三斋为理学斋。同时，学生又可按自己算学、外语的程度，到不同的级别去听相关的课程。例如，有的学生根据其国学程度被列在第三斋，但外国语可到第二斋就读，算学可到第一斋学习，并不受原来所在斋的限制。这在今天的眼光看来，也是极为合理的。
四是进行极为严格的管理。
中西学堂的学生每天早晨5点起床、盥洗，6点吃早饭，上午7点外语及算学各班上课，12点吃午饭；下午2点起，国学（读书、温书、讲书）各班上课，6点体操，7点晚饭，8点余课，9点就寝。有制度还要有监管执行的人，蔡元培聘请人品诚笃的胡钟生为监学，在学堂大门左傍辟一房间，监视学生出入，另每一斋派一国学教员督导学生攻读。这可真是得了中国私塾严格管教风格的真传。
最有意义的一件事，就是增设课程。
在蔡元培执掌校务期间，中西学堂的课目已经大致包含了中国深浅层次不同的国学，以及外文、数学、物理学、化学、动植物学和体操等与世界近现代教育接轨的科目。从课程所涵盖的知识面上来看，已经完全突破了传统中式经典教育的内容，这也反映了蔡元培的教学理念，那就是传播广博、先进的文化新知。
鉴于当时学堂教术不一，课本不定，蔡元培模仿外国学堂评议之例，于1899 年11月发起组织绍兴府学堂学友会，集合有志之士，推动绍兴地区的教育改革。学友会相约凡“已通国文溥通学，而究心教术，不沾沾于利禄者”，均引为同志。规定学友所做的工作：一、对学堂办事授业章程“有欢成纠正之责”；二、学友有志学习算学及外国语者，可住学堂，并可不付膳金，但须为学堂编写教科书，或任检束学生之责；三、住学堂的学友须以每月15日在学堂集议，无论远近，都须到会；四、学友住学堂而自愿编写教科书，书成，经各学友评议，足为善本者，即由学堂出资付刻，但仍署编者名。
在任绍兴中西学堂总理的两年里，蔡元培不光关心他这个校长当得成不成功，他还关心整个绍兴地区，乃至放眼天下，关心浙江、全国的教育。同年12月，蔡元培撰写《绍兴推广学堂议》 一文，宣传教育救国的主张，指出：“由今之道，毋变今之俗，虽荟千圣之粹言，胪五洲之良法，为拙御易车，为拙庖更刀，必无济矣。且今天下志士，所抵掌奋谭，为保国强种之本者，非学堂也哉。”他呼吁绍兴所属八县改变各自为政的做法，筹集绍兴八县公款，统一兴办学校，在府城设高级、中级学堂各一所，各县城均设一初级学堂，为本省和全国的教育改革树一模范。
维新党人吾所默许，乃不及于难，鹿车南返、鹪巢暂栖，尚有青毡，博得工资同一饱；
自由主义君始与闻，而未能免俗，天足将完、鬼车渐破，俄焉属纩
，不堪遗恨竟终身。
蔡元培在他的第一任妻子王昭病逝时，写了上面这么一副长长的、满含悲切的、工整的挽联，文字可谓优美凄婉，并且随后干出了一些在时人看来惊世骇俗的事来。是什么样的事呢？
在中西学堂的校长任上，时间一长，蔡元培这位翰林校长就几乎快把旧派人士们全给惹恼了。
中西学堂里所聘用的教授西学的教员，如马用锡、杜亚泉、胡道南等人，由于受西方思想影响，推崇“进化论”这样的学说。他们常常会在课堂上向学生们灌输“民权”“女权”等当时世界上的新思想潮流，对“君尊民卑”“男重女轻”这样的传统文化观念则大加驳斥，有时甚至激烈地主张革新政治、改良社会。这些的言行引起校内另外一些传统守旧派的教员不满，可以说，新旧思想要完全和谐地相处几乎是不可能的事。
例如，每天午餐饭桌上，学堂的教员们聚在一起难免谈及社会风俗和当下的时政。这时，新派的教员就显得人多势众、气势嚣张，他们既冲动而又富于激情。相较之下，传统派的教员就显得势单力薄，拙于应对，每每在和新派教员的辩论中居于下风，在学生面前也就大失面子。
守旧派的教员们一合计，这都是由于蔡校长引进新课目、纵容新风气导致的结果。他们跑去向校董徐树兰汇报这些情形，认为蔡元培等人言论过于激进，用人有误，还提出一些经费使用及学校管理的问题。
徐树兰本人其实也是传统派的，一听之下，认为有理，便于庚子年（1900）正月二十六日给蔡元培写信，要求蔡元培将当月二十一日清廷的一道有关“正人心”的“上谕”抄录，并挂到学堂的礼堂中。这则“上谕”的内容，是清廷镇压“戊戌变法”后向同情变法的维新人士发出的一道警告，里面指斥同情与支持变法者为“援引匪人，心怀叵测”，警告士人们今后“自当以名教纲常为己任，以端学术而正人心”。徐树兰借这个举措来表明自己的立场，同时也是对蔡元培的警诫。
蔡元培对徐树兰信里的要求断然拒绝。他在复徐树兰的信中毫不客气地指出，这个上谕“皆黎邙之鬼所为”，“岂有取顽固者之言而崇奉之之理”，他表示自己宁愿辞职，也不做违心之事，他直白地说，“虽迫之以白刃而不从。盖元培所慕者，独谭嗣同耳”。
这位“总经理”只干自己认为对的事，他可不会为了职位和人情而给“董事长”面子。为表辞意，蔡元培于写信的当日即离开绍兴，前往嵊县。这大概是蔡元培教育生涯中第一次辞职。后经他人从中调解一番，蔡元培不久才又重回绍兴，继续留任中西学堂总理。
不久，翰林校长蔡元培又干了一件让老夫子们大跌眼镜的事。
1900年6月，蔡元培的夫人王昭病逝。他们是1889年结婚的，此时共同度过了十一年。本来是这一段很传统的婚姻，可是后来蔡元培渐渐接触到了新思潮中男女平等的思想，他不但马上予以接受，而且身体力行地先在自己的家庭里实践开了。
他一改自己的大男子作风，对妻子平等礼待，“一切申其意”，平常和妻子讲话，“以解足缠，去华饰，不惑鬼神为言”，但又绝不强求妻子接受他的观点，两人的关系处得“伉俪之爱，视新婚有加”。妻子病故，蔡元培痛切地怀恋和自责一番。他写道：
君澹于世荣，自归余，余侥幸入科第，君不以为喜。及官京师，阒然不趋事权要。戊戌九月，决然相与携两儿出都。孑孓道路，辛苦备尝，君不以为怨。
这说的是，王昭不因为丈夫有了权势，就兴高采烈，也不因为跟着丈夫备受艰辛，就抱天怨地，实在是一种娴良的好妻子。又写下了前面那副长长的挽联。
妻子去世，蔡元培沉浸在久久的哀思之中。这时，给这位30出头丧偶的青年翰林说媒的各路人等纷至沓来，门槛都快要踏破了。
蔡元培先是一一客气回绝，然后大笔一挥，抛出他结婚择偶五项原则：一、女子须不缠足者；二、须识字者；三、男子不娶妾；四、男死后，女子可改嫁；五、夫妇如不合，可离婚。这几项条件里可贵的是，不但对女方有要求，而且男方自己也主动提出承诺和自我约束，真是平等而又平等。
“不缠足、再嫁、离婚”，这些惊世骇俗的字眼儿竟出自一个翰林之手，这种离经叛道、混淆纲常的几项原则一抛出来，在当时的社会风气中，就像给死水面上抛了一块巨大的石头一样，达到了石破天惊、一语惊世的效果。还想来说媒的人一看，早都被吓跑了，因为这五项原则哪一项都有极大的杀伤力，完全跟传统的男尊女卑的婚姻观念相违背。
蔡元培在当地士人界是有影响的人物，他的作略马上就能成为轰动一时的大事。上面提到蔡元培和校董徐树兰之间出现分歧，蔡元培愤而辞职，经人说和，他又回到绍兴学堂任教。但蔡元培一再干出这种在当时看来离经叛道的离谱之事来，把守旧传统的人们吓坏了，简直认为他人品上有问题。
以徐树兰为代表的当地传统派士绅要办的教育是“只以金银遗子弟，何如道德教儿孙”式的传统教育，在他们看来，新学的设置只是为了因应新的时势而对中国传统的教育方式略加调整，并应以不破坏传统的“道统”为前提。可是蔡元培于公于私的种种作略实在是一再地冲击了他的底线。校董徐树兰先生不再热衷于绍兴中西学堂的校务，到了1900年底，学堂需要经费投入，蔡元培又去与徐先生协商，但徐先生冷淡以对。蔡元培最后只好于1902年2月底离开中西学堂，移交出校职。
当不当校长这个官，并不是蔡元培最在意的事。在他的想法里，国家的兴亡有赖于新式思潮的广播，国之不存，民将焉附？他不是要故意标新立异。他知道，旧的观念不得不用激烈的方法去冲击。更何况，这些新思潮并没有违背他道德人品的底线，并没有违背“忠恕”之道，相反，执死教条、陈旧不化反而是他所鄙夷的。
再略述一下蔡元培的第二段婚姻。话说经过一年选择，蔡元培找到了他想要的意中人。蔡元培的第二个妻子黄仲玉出身书香门第，识字而且精通书画、孝敬父母，完全符合蔡元培心中的爱人形象。
结婚那天，蔡元培不让闹洞房，只请一班好友来家里聚会，并在聚会上大讲男女平权、男女平等。有一位客人半开玩笑地质问蔡元培：“照你说的，假如你的夫人比你学问高，那你就应该把夫人当做老师，以对待老师的礼节对待夫人。”蔡元培笑嘻嘻地回答，“学问总是有大有小，但从人格上看，却无所谓大小，而是平等的”。
至1921年1月，黄仲玉女士在北京病逝，时在欧洲的蔡元培在悲痛之中写下了这样的祭文：
呜呼仲玉，竟舍我而先逝耶！自汝与我结婚以来，才20年，累汝以儿女，累汝以家计，累汝以国内、国外之奔走，累汝以贫困，累汝以忧患，使汝善书、善画、善为美术之天才，竟不能无限之发展，而且积劳成疾，以不能尽汝之天年。呜呼，我之负汝何如耶！……汝爱我以德，无微不至。对于我之饮食、起居、疾痛、疴养，时时悬念，所不待言。对于我所信仰之主义，我所信仰之朋友，或所见不与我同，常加规劝，我或不能领受，以至与汝争论；我事后辄非常悔恨，以为何不稍稍忍耐，以免伤汝之心。呜呼！而今而后，再欲闻汝之规劝而不可得矣，我惟有时时铭记汝往日之言以自检耳。……
后来，这篇情意悲切真挚的祭文在社会上传播一时，被选入当时全国的中学国文教科书作为范文。
我们可以评价蔡元培上面的作略，是反对封建式的“卫道士”。但究根而论，如果卫道士不仅仅是一个贬义词的话，蔡元培也不是一个不折不扣的卫道士。他在捍卫他心地上的“忠恕、平等、理想、赤诚”之道。这种捍卫，却恰恰以打破传统伦理纲常、显奇立异的面目出现了。
中国国民在极度痛苦中，还没有知道痛苦的由来，没有能站立起来，结合起来，用自力解除痛苦，这是中国根本弱点，你们将来出校，办学校以外，还要唤醒民众，开发他们的知识。这些固然可以靠文字，但民众识字的少，如能用语言，效用更广，你们大家练习演说罢！
上面就是蔡元培在南洋公学担任总教习时，在公学里的学生组织——演讲会上讲的一段勉励。继绍兴中西学堂之后，蔡元培开始执教的第二所新式学校是南洋公学。
南洋公学，由洋务派代表人物盛宣怀1896年创建于上海。清末民初，称江苏、浙江、福建、广东等沿海各省为“南洋”，称江苏以北沿海各省为“北洋”。南洋公学是中国近代历史上中国人自己最早创办的大学之一，也是上海交通大学和西安交通大学的前身。
在当时这所学校是报请清政府同意之后成立的，目的是想为当时的清王朝培养一批了解世界大势、有专门知识的人才。这所新式学堂，蔡元培在主持中西学堂时就关注过。1899年11月，蔡元培曾写信给在南洋公学任职的张元济，请其代购教科书，后又专门到上海徐家汇游览了南洋公学。
1901年5月，从绍兴中西学堂去职后赋闲的蔡元培应上海澄衷学堂总理刘葆良之邀，前往襄助校务。在此期间，他开始与南洋公学的督办盛宣怀有所往来，曾在6月间出席盛宣怀在南洋公学的宴请。
9月，南洋公学特班开课，蔡元培正式受聘担任特班生总教习。中国近现代史上的许多著名人物，如邵力子、谢无量、李叔同、黄炎培等，都是蔡元培这个时期教过的学生。
蔡元培在特班采用了一种书院式的教学法，即，由学生自由读书，每天要写札记送他阅批；每月终由他命题考试一次，评定成绩，然后送学校总理鉴定。
1901年9月21日，蔡元培亲拟《南洋公学特班学习办法》，规定每天上课的7小时之外，学生可随意看书，对于阅读时的心得和疑义可做笔记，与札记一同呈交；札记须每七天一篇。为指导学生，蔡元培亲自写下他认为的各门类科目应读的参考书及读书的次序，然后由学生们根据自己的志趣，选择其中的一门或几门科目按他所开列的书目按顺序阅读。此外，蔡元培还每天晚上轮流召两三名学生到他的寝室进行个别谈话，或向学生发问、或让学生自述学习的心得、或一起座谈对时事的感想。
特班的教学内容把西学放在重要的位置上，其功课分前后两期，各学三年。前期功课有英文语法，数学中的代数、几何、三角，物理，化学；后期功课还加上地理、史学、政治学、经济学、逻辑学等。
蔡元培在讲学过程中，不但大力提倡西学，而且引导同学们进行中西比较。他为特班生所出的作业题目，多关政治、法律、道德、哲学、教育、时事等问题。
据蔡元培日记中所记，他给学生出的题目先后有：
《论史事为人类进化之资藉》《读道学家书分德行与性理两类说》《原法》《论土耳其受保护于英之利弊》《论罚锾》《论英国保护土耳其之得失》《日本维新名士多出于阳明学派说》《论信陵、平原、孟尝、春申四君与其国之关系》《律有自首免罪以公理证明之》《拟外务部大臣移葡萄牙外部长书》《宋明道学家同出孔子，而有宗教质性与哲学质性之不同试概论之》《论秦汉重农抑商》《论刑逼招供之非理》《论法人占土耳其弥低偏海岛》《宋儒论性有文理气质两种然否》《游侠平议》《殷法刑弃灰于道辨》《评英特之争》《俄皇大彼得遗训于五条为彼国二百年来外交政策之方针其中有已实行者试条举以证之》《论监禁与放流两刑用意之异同》《程正叔论寡妇再醮之非谓饿死事不小失节事大然再醮即失节乎以公理断之》《论者谓民智末开不能设议院然否？》《外人目我为君权无限辨》《揭唐律今律之大不同而有关系者评其得失》《论国家彩票富签票之弊并陈筹还外债之策》《论强国对弱国不守公法之关系》《希腊苏格拉第有知即德之说试申引之》《论教育之关系》《宪法精理著人民权利十三条以我国现行法制比较其违合之度》《新民丛报公民自治篇举广东人自治之成绩各任其例以所居本省之事证之》《论立法、司法两权分立之理》《论国际公法之性质可以国家学中之民约论证明之》《论改定盐法及抵制洋盐进口之策》《斯宾塞尔言谬误事中自有真理，试以所知之事证明之》《普之胜法毛奇将军归功于小学校教育试论其理》……
这里不厌其琐地列举出来，可以让读者一见当时蔡元培所倡行的新式学风的关注范围和研究课题。这些课题已经完全脱离了四书五经的范围，绝不是为了应付以获取功名为目标的科举考试，或仅仅是坐而论道式的学术研究，而是几乎都有强烈的现实意义。当中的一些课题，其意义之深远，即使放在今天来探讨也并不过时、陈旧。
从这里也可见，一个优秀的知识分子具有的先见和透过时空的智慧，而担任教职的蔡元培就是这种知识分子中的典型。
为使学生们更好更快地了解各种西学知识，蔡元培在南洋公学里还十分重视外语的教学。他曾对特班的同学们说：
现在中国被各国欺侮到这地步，知彼知己，百战百胜，我们要知道自己弱点，还要了解国际情况。了解国际情况，就要通晓外国文，读外国书。
蔡元培认为英文自然要学，但鉴于英文难学，而大多数西方著作，都有日文译本，他建议学生不妨先学习与汉语较为接近的日文，以了解世界大势。他本人则亲自教授日文和翻译方法。在蔡元培的悉心指导下，很多学日文的同学“不数日，人人能读日文，且有译书者”，这倒是颇为让人称奇的事，也可见蔡元培在教育方法上确实用了很多心思和智慧。
蔡元培在教书、编书之余，还跟马相伯
学习拉丁文。本来，马相伯告诉蔡元培，拉丁文在西洋的学术界已经成了古董，其使用范围也仅限于一些大学的研究机构，中国学者完全没有必要花工夫去学它。但蔡元培想，欧洲各国语言多数都起源于拉丁文，不通拉丁文，便无从了解西洋的古代文化，而这正是引发蔡元培极大兴趣的地方。西洋的今日何以有发达的成就、领先于世界，西方人的所思所想、所作所为在文化上的源头是什么？逐源而后可知流。蔡元培执意要学，他绝不是为了拿学问来装点门面，而是为了要穷究西方的“道”术。
每天一大早，蔡元培便从南洋公学走两三公里的路到徐家汇土山湾马先生的住处。有时，早上5点钟就早早地到达马老师的家门口，在外面叫门。这时马先生还未起床，而且身为基督徒的他起床后还要先做祷告，于是，便开门告诉蔡元培：“太早了，太早了，八九点钟再来吧。”后来，蔡元培又选了24名学生，一道师从马先生学习拉丁文。
这是一首清末流传一时、脍炙人口的革命诗名作：
慷慨歌燕市，从容作楚囚；引刀成一快，不负少年头！
写下这首诗的，是20世纪初一个志在推翻满清的青年革命志士。他在刺杀满清摄政王载沣失败被捕后，在狱中写了这样一首以死酬国的明志诗，至今读来仍让人心潮澎湃、壮怀不已。诗的作者叫汪精卫，这一年不过27岁。
汪精卫（1883—1944）是中国国民党人里最早期的革命志士之一，后来更是《总理遗嘱》的起草人，写下“革命尚未成功，同志仍需努力”的名句，在当年的国民党内其政治资历之雄厚一时无出其右者。他早期一直是一个革命理想主义者，但在中国的复杂政治生态中，曾经集历史荣宠于一身的汪精卫不甘于在政坛上做一个二流的角色，在政治生涯的最后岁月里走上降日叛国的歧途，成为了一个时代的悲剧。
这个时期，忧国的中国精英分子们纷纷走上了暴力推翻满清政权的道路，在中华大地上涌现出千千万万像汪精卫这样的人物。
这些志士们都以为，非颠覆满清政权不能从根本上解决中国的问题。其时，在世界范围内，民族主义、无政府主义的暗杀活动正风靡全球，这同样也被当时中国的热血青年奉为最时髦、最便捷、最有希望推翻一个破落王朝的不二之法。当时中国的革命党人，在日本的留学生如徐锡麟、秋瑾、汪精卫、任鸿隽、鲁迅等都曾纷纷投身到这股激流飞溅的大潮之中。
再略举一例。蔡元培在1919年12月《在林德扬追悼会上的演说词》中提到了一位志士：
一位是杨笃生先生。他在中国没有革命前就想排满。他到日本去做炸弹来实行暗害，不过壳子做不好，他就焦急起来。前清五大臣出洋的时候，有人放炸弹来暗杀他们，这个炸弹就是杨先生做的，不过里面放点炸药，外面仍旧用药线引火的。后来杨先生到英国去求学，他一心要造炸弹，所以他专心用功物理、化学等科。可惜他从前没有普通知识，他想从极短时间内一齐补完，是很困难的……他就想到中国杀死几个满人，虽然拼了一命，也算尽他的心了。……后来炸弹也精巧了，辛亥革命也成功了，杨先生的志愿，有人替他达到了。
蔡元培在演说中提到的这位杨笃生（1871—1911）先生，在清宣统三年（1911年）听说广州起义失败、无数同志牺牲的消息后，心情极度灰丧、夜不成寐，于同年7月初蹈海自尽。再例如，年轻的革命家邹容（1885—1905）死于清廷狱中时，年仅20岁。另一个革命家陈天华（1875—1905）蹈海自杀时，年仅31岁。这于今天的年轻人似乎难以理解。
可以说，每一个青年，都会有狂热追求理想和真理的冲动，乃至于不惜牺牲生命的代价。今天的年轻人可能会追逐明星、财富、成功，这是社会风尚和舆论环境造成的。但在20世纪初那样一个国家兴亡的年代，干革命、拯救国家几乎就是一代青年知识分子追求理想的最高时尚，风靡一时。每一种时尚中，都满含着青年的冲动、奋不顾身。我们很难去区分不同的追求有什么高下之分。以汪精卫本人为例，他刺杀满清摄政王时的年龄是27岁。当然，青春的冲动和理想也容易破灭，并没有伴随他走过一生，而是随着在政治漩涡的浮沉而变质。
如果我们把时光倒推100年，蔡元培这时候就相当于是今天的一个60后、70后。这本是一个从激情走向沉潜和成熟的年龄，但是革命的火焰显然也灼热了他。汪精卫刺杀载沣是在1910年。但早在几年前，蔡元培这个儒雅温良的翰林就已经开始准备和当朝以命相搏了，这在下一节将会提到。
这时的蔡元培，英雄豪情丝毫不输于这些革命家们。但是，他比这些年轻人多了一份成熟和周详。我们来看一看蔡元培在清末的革命事业。
在任教于南洋公学期间，蔡元培投身到了大时代的革命洪流之中。
蔡元培曾经回忆说：“自组织爱国学社，我已离开公学为学社教员。那时候同任教员吴稚晖、章太炎诸君，都喜言革命，并在张园开演说会，凡是来会演说的人，都是讲排满革命的。我在南洋公学时，所评改之日记及月课，本已倾向于民权女权的提倡，及到学社，受热烈环境的影响，遂以公言革命无所忌。”
又回忆说：“自36岁（1902年）以后，我已决意参加革命工作。觉得革命自有两途：一是暴动，一是暗杀。在爱国学社中竭力助成军事训练，算是下暴动的种子。又以暗杀于女子更为相宜，于爱国女学，预备下暗杀的种子。”
1904年底，蔡元培联络江浙一带的同志，一起成立了近代中国近代史上赫赫有名的反清革命组织光复会，蔡元培被推举为会长。光复会又名复古会，是辛亥革命时期中国的三大革命组织之一（其他两个是同盟会、华兴会）。总部设在上海新闸路仁和里，后迁三马路保安里。
入会仪式上，蔡元培胸前佩戴一个金牌徽章，中间用篆文刻一个“复”字，取“光复”之意，并举手念育光复会的入会誓词：“光复汉族，还我河山，以身许国，功成身退！”
蔡元培发起成立光复会的宗旨，就是要以暗杀、暴动为手段推翻满清政府。蔡元培的学生俞子夷回忆说：
将近寒假前，蔡师与我谈起组织问题，他提示几点纲要，嘱我起草一种章程，会名定“光复”，以示光复我们汉族祖国之意……
章程以外，有一套通信用的暗语，多以商业中词汇语句作代，例如：“销路畅”代“工作顺利”，“生意不好”代“情势不利”之类。成员亦各有一类似店号的代用姓名，例如我的代号是“怡康”。更有一套相见时探询用的暗语，例如：你认识黄先生吗？（是否成员）何时认识？（参加年月）何地认识？（入会地点）问答时，必须做些手势，例如问答那一题时，右手伸中指，无名指，小指并置右膝上，问答另一题则须头向左看看。据说此种方式均是模仿会党的做法。从此等情况看，那时发起组织的光复会，是个秘密的暗杀团体。
可见光复会在蔡元培等人的领导之下，不但有明确的纲领，而且出于革命斗争的需要建立了颇为严密的组织纪律。
蔡元培动员了浙江一带的会党人士加入光复会，例如徐锡麟、陶成章等人，壮大反清的力量。浙江会党，主要源于明末清初的反清秘密组织天地会，又称“洪门”，是东南一带的抗清势力在斗争失败后保留下来的秘密组织。因为有相近的目标，这个时候，会党组织便成了革命党人的坚定同盟军。至于后来光复会中的会党人士和同盟会系统的革命党人发生流血政治纷争，这是后话。
光复会成立后，积极开展秘密反清活动，上海、嘉兴、绍兴先后是它的活动中心，在日本以及南洋都有很大的影响力。他们通过办报纸、设学校等方式，宣传革命思想，培养革命青年，同时，联络会党，运动新军，准备开展武装革命。
当时蔡元培的个人声望对于扩大光复会在国内的影响起到很大的作用，一时间，蔡元培成了中国东南地区革命活动的核心人物。这一时期，经蔡元培介绍加入光复会的，有黄炎培、秋瑾、柳亚子、刘师培、马宗汉、李燮和、孙毓筠等人。
黄炎培
曾这样回忆蔡元培介绍他加入同盟会的经过：
民国成立前七年乙已秋，吾师忽召至其寓庐，郑重而言曰：“我国前途至危，君知之矣。诸强虎视于外，清廷鱼烂于内，欲救亡，舍革命无他道。君谓然乎？”则敬答曰：“然”。曰：“欲革命，须有组织。否则，力不集，事不成。今有会焉，君亦愿加盟乎？”则敬答曰：“苟师有命，何敢不从”。期以某日深夜宣誓，出誓文，中有句：“建立民国，平均地权，驱逐鞑虏，光复中华。”吾师即指“平均地权”句说明其理由。小子卒在吾师之前，宣誓加盟焉。
这一段回忆，栩栩如生地再现了当时场景：文雅瘦弱的蔡元培把坚定的目光投向学生黄炎培，询问他愿不愿意投身救亡革命。而黄炎培则在老师的感召之下，既恭敬又慷慨地回答，“老师的命令，后生小子怎么敢不听？”
这时的蔡元培，极力要干的是就是推翻满清封建王朝。他所从事的各种社会活动，都是从反封建的革命需要出发的，与当时整个革命的发展形势相一致，他的活动成为孙中山革命的重要组成部分。有句俗话“秀才造反，三年不成”，形容文人不满现状，想抗争但又软弱胆小。到了蔡元培这里，把这个词就升级换代了。别人是“秀才造反”，他是“翰林革命”，雄猛刚烈。
绍兴人的明智与能干的性格也体现在光复会的这些骨干们身上。徐锡麟运用亲戚的社会关系迅速打入官场，掌握起枪杆子的实权。秋瑾在督办大通学堂时表面上与绍兴官方打得火热，开学典礼还请知府来讲话。陶成章努力运作，使浙江会党势力日益强大。光复会会员最初只有四五十人，到1905年初增至六七百人。
干革命归干革命，蔡元培比那些会党首领的粗质豪爽，以及年轻学生的奔放热情，多了很多书卷气。
“元培德行有余，而方略颇短，性又好学，不耐人事烦扰”，会党首领陶成章后来曾这样形容身为光复会会长的蔡元培。这大概也就是书生闹革命的一个侧影吧，既有舍生而取义的节操、高绝的理念，但却不太谙于实务，善于把握宏观的大方向，一到具体细致的工作又有点儿挠头。但是，蔡元培儒厚的风格、赤诚的人格和亲和力已经足以使他得到诸多同志们的景仰了。
光复会成立的第二年，即1905年，孙中山、黄兴、陈天华等人在日本成立同盟会，比光复会晚了一年。孙中山成立同盟会的原因是当时中国国内的反清革命团体缺乏统一领导，不能形成合力。鉴于蔡元培的影响，同盟会在成立后，把蔡元培任命为上海分会会长。蔡元培一时成了同盟会和光复会的双料会员。
蔡元培这时可没有考虑自己的小团体利益和宗派，他从革命形势的大局出发，在接受孙中山的委任后，他便积极地说服光复会同志，化解罅隙，把光复会置于同盟会的领导之下，停止以光复会名义在上海的活动，这就为孙中山的革命事业平添了一股生力军，扩大了其在国内的影响。
这之后，部分光复会会员并不完全认可孙中山的领导，或独立或继续以光复会名义活动。1907年，徐锡麟发动安庆起义，失败牺牲；同年秋，秋瑾在绍兴大通学堂谋响应安庆起义，被捕就义；次年，熊成基在安庆发动岳王会起义失败；1910年（宣统二年），陶成章在日本重建光复会。
早在蔡元培到南洋公学任教的第二年，1902年4月，他就与叶浩吾、蒋观云等同志一起在上海发起成立了“中国教育会”和“爱国女学”“爱国学社”，并被推举为会长、总理。这些组织则成了蔡元培革命工作最好的掩护。
1904年，经何海樵介绍，蔡元培加入反清政府的秘密暗杀团，并邀钟宪鬯、俞子夷等人参加。为制造暗杀工具，蔡元培找来懂化学的朋友，还弄来一只猫进行试验。开始，他们造出一种液体毒药，给猫服下，只几滴便毒死。但蔡元培觉得，液体毒药使用起来不方便，也容易被人发现。于是他从日本邮购了一批药物学、生药学、法医学方面的书，从头进行研究，随后，开始自己试制炸药和炸弹。
制造的工作庄严而神秘。在秘密制造工厂中供奉着中华民族祖先黄帝的牌位，试制前，蔡元培等一众志士写好誓言，人手一纸签上自己的名字，神情严肃。有人宰掉一只鸡，将鸡血洒在纸上，又滴入酒碗。然后，大家一齐向牌位跪下宣誓，尔后将鸡血酒一饮而下。仪式过后，人们将宣誓纸条揣入怀中，制造炸药的工作便正式开始了。参与其中的俞子夷后来回忆说：
蔡师知道我对化学有兴趣，嘱我研制毒药，所需器材由科学仪器馆供应。……我课余读书，试验，试制氰酸，一试即成。蔡师嘱工友弄来一猫，强令其服，只几滴，猫即中毒死。蔡师认为液体毒药，使用不便，易被人发觉，必须改制固体粉末。于是向日本邮购了一批药物学、生物学、法医学等书，从事研究，但无大进展，而研究的对象，不久即转向炸药。试制炸药有个秘密组织，人数不多，地点在冷僻的弄里，邻近全是贴召租的空屋。
陈独秀、章士钊、刘光汉等人随后也加入这个秘密组织。陈独秀后来曾回忆这段经历说：“那时杨笃生、何海樵、章行严等，在上海发起一个学习炸药以图暗杀的组织，行严写信招我，我由安徽一到上海便加入了这个组织。住上海月余，天天从杨笃生、钟宪鬯试验炸药。这时孑民先生也常常来试验室练习，聚淡。”
在蔡元培出任北京大学校长后，林语堂还曾在校长室玻璃柜里看到陈列着当年蔡元培和同志们制作的炸弹，这也许是他对这一段革命生涯的怀念。
蔡元培所做的事情不可能完全躲过朝廷的耳目。清政府得知相关消息后非常恐慌，两次开列出逮捕革命党人的名单，而蔡元培的名字都排在第一位。但由于爱国学社设在租界里，清政府想抓蔡元培的目的并没有达到。
不但要武斗，还要文争，蔡元培还积极地制造推动社会变革的舆论。这里要提到蔡元培干的另一件革命事业：办报纸。
蔡元培等人把当时在上海出版的《苏报》变成了爱国学社的机关报，在上面发表文章、宣传革命，弘扬民族主义。同时还与人合作出版《俄事警闻》（后改名为《警钟日报》）号召革命。蔡元培在上面发表政治小说《新年梦》，痛骂清朝统治者“厚脸皮”，是“糊涂东西”，呼吁国人推翻满清政府的封建专制统治，驱逐帝国主义势力，收复被侵占的国土，最终造就一个强大的新中国。
没有钱办不成事，为筹措办报以及其他革命活动的经费，一天，蔡元培启程前往南京筹款。当来到码头正准备上船时，忽然传来消息：他的大儿子在家中病死了。听到这个大不幸的消息，作为父亲的蔡元培心如刀割。但蔡元培强忍内心的悲伤，家也不回，毅然登船而去向古城南京进发，三天后如愿借得六千元而归。
办《警钟日报》的时候，蔡元培不仅剪掉了辫子，也不再穿旧式的长袍马褂，而改穿新式的德国装（即中山装），外套一件蓝色棉大衣。冬天的上海天气非常寒冷，报纸的编辑室里又大又空，也没有火炉。张罗报纸出版的蔡元培右手冻疮溃裂，肿得像个大馒头，他只好在右手上套一个半截露指的手套，左手放在大衣口袋，一边发抖、一边给报纸写文章。蔡元培每天晚上必须赶在出版之前写两篇报纸评论，一篇是文言的，一篇是白话的。
编辑所的印刷、发行乃至于办公人员的伙食、种种开销，这些繁琐的事情蔡元培都得操心。到了过年时，蔡元培发现编辑所里的账上一分钱都没剩，只好向人借了一串珠子让同事拿到典当铺子去抵押换钱。结果，典当铺的老板说珠子是假的，只能当一元钱，让他大失所望。这样一来，大家也就只好不过年了。
但最让蔡元培着急的还是报纸的销路和影响力。为多卖报纸，他让一位工人老乡背着一面旗子，上面写着爱国标语，或画上爱国漫画，然后手里敲着一面小锣，带着报纸到街上叫卖。这种新奇的促销手段倒也有效，每天居然比平日能多卖出一二百份报纸。蔡元培非常高兴，用他家乡的绍兴话直夸这位工人：“真弗错气”（真不简单的意思）。
1903年夏，清政府逮捕章太炎和邹容，查封《苏报》，制造了轰动一时的“《苏报》案”。蔡元培不顾个人安危，每月都到监狱去探望邹容和章太炎。邹容在监狱病死，悲痛的蔡元培积极参与办理他的丧事、举行追悼大会，并在墓地建立了邹容纪念塔。他还去迎接章太炎出狱，并送其去日本。
那时，有个叫沈荩的爱国志士因发布清廷和俄国人勾结的消息，被清廷逮捕，用竹鞭打得全身血肉横飞，最后刽子手用绳索勒死了沈荩。消息传出，上海的革命志士异常悲愤，在愚园举行追悼会，蔡元培当众演说，痛骂清朝廷政治暴虐、蔑视人权，听众闻言而感，全都流下了热泪。
但是，与同时代的革命党人并不尽同，蔡元培的革命主张是相对温和的。
当民族革命被推向最高潮时，“誓杀尽鞑虏，流血满地球”的激烈言论成了革命党人中的一种主旋律，尤以邹容的《革命军》为代表。就在这时，蔡元培在《苏报》上发表了《释仇满》一文，给民族革命的过度狂热作了降温处理。他的言论更合乎情理、更能服众：“满人之血统久已与汉族混合，其语言及文字，亦已为汉语汉文所淘汰。所可为满人标识者，惟其世袭爵位及不营实业而坐食之特权耳。苟满人自觉，能放弃其特权，则汉人决无仇杀满人之必要。”
也就是说，革命的对象更应该是专制腐朽的政权，而不应该针对满人。革命往往是流血、激情、过激的代名词。而在同期的革命同志中间，像蔡元培这样能保持冷静和理智的人，是少见的。
北大学者张寄谦（1925—2012）曾这样评价蔡元培：“纵观晚清数十年间，以名翰林而毅然抛弃前程、背叛本阶级、投身推翻清朝的革命，以后又能毕生坚持爱国事业的，仅蔡元培一人而已。”再放大里说，自唐代迄于清代，1200多年间科举制度下产生的翰林何其多。但主动参加革命党，去“革”给予自己身份、名位的封建秩序之命的，除了蔡元培，数不出第二人。这是值得人们思考的事。
亡国灭种的危机无时无刻不刺激着心怀天下的有志之士，去探索挽救危亡的出路。但一般而言因各人生活环境、个人经历和所受教育及社会地位的不同，其所选择的救亡道路各不相同。
以辛亥革命时期的新式知识分子为例，出身于中上层家庭且具有科举功名者，身处“体制内”的他们一般奉日本、沙俄或者英国经验为改造中国社会的圭臬，视反清革命为畏途，这些人一般主张在现成体制内进行社会改良；而出身于中下层的新式知识分子，他们改换现实的意愿更为强烈，多奉美国独立革命、法国革命道路为楷模，很多人走上“体制外”的激进改革，即暴力革命的道路。
按这个规律说来，蔡元培无疑是一个大大的例外。
蔡元培是以名翰林的身份投身到推翻现政权的暴力革命。在封建社会，取得翰林的身份，也就意味着已跻身统治阶层的中上层。在中国传统社会里，对于一个普通读书人一生的大愿、光耀门楣的结果，到这般也几乎是登顶造极了。尤其自清中叶以后，大学士、军机大臣、总督、巡抚这些权倾一时的职位多是由翰林出身者担当。翰林的前途，即使不是督抚重臣，仅仅终老于翰林院也足以誉满天下。而蔡元培就具备了这样的名分。
蔡元培能在自己正春风得意之时，投身到反清的民主革命中，甚至以文士之身投身革命暗杀活动，这不能不令人慨叹。事实上，我们可以说越是优秀的知识分子，越能超越自己的身份、名位、时势来接人处世，就越是具有独立的人格。蔡元培就是如此。
蔡元培能基于大义而跳出自己的身份、名位，从根本上来讲，仍然来自于他在儒学熏染下形成的品质，比如“经世致用”的理念。一般说来当中央政权强大、社会民生平稳安定时，也就是所谓的“治世”，儒士的经世观念就隐而不彰；而一旦社会危机四伏、专制衰弱、内忧外患纷至沓来之际，治国平天下的经世意识就会被激发出来，这种意识使他们能义无反顾，舍生而取义。
蔡元培所处的时代正是中国社会最激烈动荡、国家最衰微的时代，他的青壮年时期，在中国发生了中法战争、甲午战争、八国联军侵华，以及戊戌变法、义和团运动等足以撼动国本的大事件。风雷激荡的社会状况强烈激发了蔡元培内心深处的忧患意识，也为其经世思想的实践提供了历史条件。
此一时期，一大批有影响的儒学思想家，如林则徐、魏源、龚自珍、姚莹、何秋涛等，以治国平天下自许、以挽救民族危亡为己任，在当时中国思想学术界形成了蔚为大观的竞相追求新知的盛况，为蔡元培汲取经世思想提供了丰富的思想养料。蔡元培受龚自珍影响尤巨。他自1888年即开始研读龚自珍的著作，“自戊己来，读定庵先生文，喜而学之”，故反复阅读并作详细读书札记，对龚自珍的思想、行文风格十分熟悉。龚自珍主张“更法”，蔡元培则强调社会由“据乱世”过渡到“升平世”，必须有量的积累，也隐含着“更法”改革的要求。时人有评，称蔡元培可谓当代的龚自珍。
当我们再回看蔡元培的翰林“造反”事业，他对于自己的身份，这时早不以翰林为重，而更以一个儒士底蕴、家国天下的新知识分子为重，他干革命的思想动机，也就不难理解了。
从表面上看蔡元培很反传统，实质来看，蔡元培自身的作略，其思想底蕴恰恰来自于儒家学说的熏染。问题就在于，正是蔡元培用自己的人生践行着儒家的一些内在精神，这恰恰使他对于儒学、中国传统文化的一些外在的形式不那么看重，乃至于很快就能坚决地转到投身革命，以及后来宣扬新知、新文化的队伍中去。
他骨子里透出来的担当和关怀天下、奋不顾身的责任感，不为个人得失斤斤计较，又谦和而不冥顽，这些都可说的上是儒士风骨的延续。