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作为关系到学生身体健康，运动能力的体适能训练，不能局限于套用普校的体育课，启智学校的体适能课是以评估为基础，渗透到学校各个方面的全方位课程。具体流程为：
通过体适能评估，对有需要的学生制定教学目标、确定教学计划、在五个主要方面以及其他相关班级课程开展教学。对于没有需要的学生，我们不针对其做特别的安置，只需要他们跟随班级的教学活动即可。将这些活动，通过五类课程来落实，具体如下：
1. 运动与保健：将大部分体适能目标融入课程中，运动与保健采用年级分组上课的形式开展教学，而体育社团采用的是依据目标进行学校范围内的大分组，是实现体适能目标的主要阵地。
2. 体育社团：依据学生的兴趣以及运动方面的能力，在每周二下午开展体育社团活动。体育社团中，不仅能补充运动量，同时可以对有潜能的学生进行开发，使其有机会参与特奥，提升自信心。而对于部分学生，可以用体育休闲的方式安排空余时间，避免无聊，减少行为问题的发生。针对学生在体适能方面存在的问题，进行有针对性的训练。
3. 大课间活动：通过自编的体适能课间操加强学生关节的活动度，提升下肢和上肢的力量；通过班级依据本班情况而开展的特色区域活动，有针对性地改善学生的运动能力。
4. 动作康复与知觉动作训练：对无法在集体课中实现的体适能目标进行抽离式补救教学，是建立良好体适能的保障。例如，不能行走的脑瘫学生、对体适能训练需求很多的学生，都会在上述康复训练中得到加强。
除了以上主要课程外，还可以在班级教学中、艺能课中加入体适能活动。在班级主题教学和例行性活动中，将比较容易实现的，容易和班级教学相结合的学生的体适能目标融入日常的班级活动中，例如在下课上厕所的活动中，让有提升下肢力量目标的学生用蹲厕，让有提升上肢力量目标的学生擦黑板、搬重物等。在主题教学中，加入爬行、翻滚等，提升学生腹部力量。在畅游与律动、绘画与手工等艺能课中，将学生的体适能目标融入艺能课的教学中，例如在畅游与律动中，加入鸭子走路，提升学生的下肢力量。在绘画与手工课上，加入在竖立的画板上涂色或者画画，以提升学生的上肢力量。
建立全方位体适能实施机制，不仅能为学生的健康提供保障，也可以让家长们意识到经常运动的好处，帮助子女建立经常运动或者活动的生活方式。同时提高教师推广体适能运动或者活动的教学效能。