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滁州学院的生活让孔祥熙接触到了自由、民主思想，开始对清王朝的腐败不满，同情革命运动，1900年爆发了义和团运动，孔祥熙一面庇护山西的洋教士，之后又奔走京城，促成了山西教案的解决，从而为自己赢得了多方面的好感和赏识。
在潞河书院学习期间，孔祥熙以他的聪明伶俐，很快赢得了同学们的尊敬。老师们也都非常喜欢他。老师们的“宠爱”，并非只因为孔祥熙聪明伶俐，更重要的是，他们把孔祥熙接受基督教洗礼并进入教会学校读书，视作来中国传教的重大收获和成就。
因为，潞河书院的教师教书一般都属“第二职业”，传教才是他们的主业。平日里，他们传教遇到的最大麻烦，就是中国士大夫阶层对基督教的指责。当时，许多中国士大夫指责基督教为：“崇天主之教，弃孔氏之经，但知有天，无所谓君；但知有天，无所谓父。蔑中国之人伦，从夷狄之谬妄。”面对这些指责，西洋教士往往是张口结舌，无言以对。现在则好了，连孔圣人的后代——孔祥熙都来了。传教士们认为，孔祥熙到教会学校读书，本身就是最有价值的宣传。所以，每当出去布道总要带上他，让他以身说教。
孔祥熙既有深厚的国学基础，又接受了西方基督教义的洗礼，加上他的伶牙俐齿，他确实能自圆其说地找出儒学和基督教相似的地方来。孔祥熙向人解释说：基督教称天为父，称一般男女为兄弟姐妹。而《论语》中就有“四海之内皆兄弟也”之训，宋代人也有“民吾同胞”之说。所以，从平等博爱的角度看，中西学说可谓殊途同归。渐渐地，孔祥熙成了传教士讲经传道的得力助手。
就在这时，传来了中国在甲午战争中惨败的消息。1895年春天的日本下关，清政府在丧权辱国的《马关条约》上签了字。该条约规定：
（一）中国承认朝鲜“独立自主”、实际上朝鲜沦为日本的殖民地）。
（二）中国割让辽东半岛、台湾和澎湖列岛以及附近岛屿给日本。
（三）中国赔偿军费库白银2万万两。第1年交一半，余分6年交清，未交清前每年须偿付利息百分之五。
（四）添开沙市、重庆、苏州和杭州为通商口岸。
（五）开辟内河新航线，一自宜昌上溯长江至重庆，一自上海沿吴淞江和运河至苏州及杭州。
（六）日本人得在中国通商口岸城市任意设厂制造货物，并运销中国内地，且只按进口货例纳税，免除中国一切内地税。
《马关条约》是个极不平等的条约。它的签订，标志着西方列强侵略中国进入了一个新阶段。随后各帝国主义国家在中国掀起了一个划分势力范围的新高潮，中国近代社会亦更进一步殖民地化了。所以，《马关条约》签字的消息传出，便激起了中国各阶层人民的极大愤慨。尤其是台湾人民，得知割台消息后群情激愤，哭声四起。人们一致表示：“愿人人战死而失台，决不愿拱手而让台。”
孔祥熙所看到的和听到的此时皆是西方列强横行霸道、侵略中华大好山河的种种劣行，以及中国的清朝政府腐败黑暗，皇宫贵族穷奢极侈。连年的战争和对内横征暴敛造成国家日见贫穷，人民屡遭涂炭。这铁一般的事实，使得孔祥熙周身热血沸腾。他在心灵深处萌发了一种朴素的爱国主义思想，青年人所特有的狂热和责任感，激励着孔祥熙决意要做出几件惊天动地的事情来。
在听到孙中山的革命活动和兴中会的革命宗旨后，深受启发和鼓舞。孔和同学李进方于1899年在校秘密组织“文友会”，联络同学探讨新思想。早在几年前，孔祥熙就听说他在日本檀香山成立了一个叫做兴中会的反清革命组织。变法的路走不通，只好走革命的路了。这时的孔祥熙，对孙文是相当崇拜的，并渴望加入其组织。当然，后来孙文成了他的襟兄，并对他的崛起起了重要作用，此系后话。
国家的贫穷落后，遭到了列强的侵略。国人的麻木不仁、不思进取，洋人的歧视、凌辱，使孔祥熙产生了一种责任感，一种安邦定国、辅政安民的使命感。国家的落后，也使他产生了科学救国的思想。于是，他把更多的精力投入到了知识的海洋。刻苦的学习，使他成了潞河书院最优秀的学生。
自从西方教士跟随各帝国主义列强用大炮和精神鸦片打开中国大门的那一天起，中国民众自发兴起的反洋教运动就一天也没有停止过。十九世纪下半叶以来，在中国各地城市及乡村焚毁教室、杀戮传教士的事件此起彼伏，愈演愈烈。待到1895年中日甲午战争中方惨败、各帝国主义列强因此又掀起一股瓜分中国的狂潮时，多年都积在人民心中的仇视洋人洋教的怒火便再也无法抑制地爆发出来。于是，中国民众又一轮反抗帝国主义文化侵略的浪潮又掀起了，其发展势头迅猛如燎原之火，很快就遍及大河上下，长江南北，这便是世纪之交震惊中外的伟大的义和团运动。当时反洋教运动最初的一个著名的口号就是：“我君可欺，而我民不可欺；我官可玩，而我民不可玩！”这个口号，可以说典型地反映了清朝末年中国百姓的苦闷心声。中国人民再也不能忍耐下去了，他们要奋起，要抗争，要夺回失去的大好山河，要重铸迷失已久的中华民魂。就这样，以义和团为首的各地反帝群众运动，终于在山东等地率先揭竿而起，锋芒所向，直指各帝国主义列强及其他们在华的侵略急先锋——洋人教会。
正因为如此，1898年11月，震惊中外的义和团运动正式开始了。义和团打出“扶清灭洋”的旗号，把矛头指向帝国主义及其急先锋——教会。他们拆毁、焚烧教堂，杀戮传教士，驱散教民，给予教会势力以沉重的打击。1900年开始，运动中心由山东逐渐转向直隶。孔祥熙就读的通州潞河书院距北京城仅有40华里，并且是南北交通的枢纽，所以，义和团运动中心转移到直隶以后，通州当然就首当其冲了。义和团运动发展到了通州，潞河书院的外国教师（当然都是传教士）们闻风丧胆，纷纷逃亡或者藏匿。潞河书院不得不停课放假，学生各自回乡。1900年6月，就在孔祥熙毕业的前夕，学校停课，他只得返回山西太谷。
1900年6月，孔祥熙从通州潞河书院动身，返回老家山西太谷。他途经保定、石家庄、太原、榆次，沿途所见，都是焚烧教堂、杀戮传教士的轰轰烈烈的场面。那些头裹红巾、赤身裸体、腰缠神符的义和团民，其革命热情让他胆颤心惊。他惦记着太谷城里的那几个恩师。他很清楚，义和团的火已经烧到了山西，烧到了太谷。他的几位恩人高雅格、卫禄义、贝如意……也许他们正在灾难之中，等着他去拯救。
此时的山西，义和团运动也正轰轰烈烈。此时的山西巡抚毓贤是刚从山东调来的。毓贤是一个仇视洋人和洋教的旧官僚，在任山东巡抚时，他便利用义和团打击洋人。由于对义和团围剿不力，1899年10月，美国公使康格向清政府总理衙门提出把毓贤撤职的要求，清政府于是便把毓贤调任山西巡抚。毓贤到了山西，对洋人恨之入骨。山西紧邻直隶，义和团运动发展的速度也很快。毓贤于是暗中指令义和团在太原烧教堂、杀教士，在太原制造了几个教案。
孔祥熙回到太谷家中，情况正如他预料的那样糟糕。父亲孔繁慈告诉了他太谷县义和团运动的情况：义和团民烧毁了太谷的教堂，解散了华美公学、仁术医院以及其它所有的教会机构。抓捕了高雅格、卫禄义、贝如意等人。调查、了解教民，关押、杀戮有罪的教民。
一定要救他们！孔祥熙坚定了自己的信念。高雅格对他有救命之恩，卫禄义有慈父之情。“知恩不报非君子，万古千秋作骂名”，即使要冒生命危险，也在所不惜。
第二天，孔祥熙向父亲撒了个谎。他说他要点钱去探望一些亲友。孔繁慈没有犹豫，他拿出平时积蓄的钱，全部交给儿子。孔祥熙把这些钱拿去买通了看守，终于见到了那些关押着的洋人。卫禄义等人见到孔祥熙，即惊又喜。他们自从被关进来以后，与外界隔绝，提心吊胆地等死。孔祥熙的出现，给他们带来了一线生的希望。孔祥熙告诉他们，在这里只有等死，没有谁能救他们，唯一的办法只有越狱逃走。他把自己设计好的越狱计划告诉他们，并且把剩下的钱交给卫禄义，叫他找机会送给看守，制造越狱的条件。
两天以后，孔祥熙再次探监。他把这两天多方筹措的一大笔钱交给了看守。与看守和卫禄义等人商议了具体的越狱办法。他希望传教士们都能逃出去，了却一桩心愿。当然，他又给洋人们送去了一笔不小的“路费”。
几天以后，麦纳、麦美德等三名传教士越狱逃跑了。但不知何故，卫禄义等六人，越狱竟未成功。后来，麦纳女士对孔祥熙感激不尽。她专程到太谷了解孔祥熙的家世，到华美公学和通州潞河书院了解孔祥熙的事迹。她把孔祥熙的事与潞河书院另一个救过洋人的费起鹤的事合在一起，写了一本书叫《华夏两英雄》，在英国出版。于是，孔祥熙在洋人中名声大噪，这为他留学美国铺平了道路。
只是世上没有不透风的墙。孔祥熙的行动再诡秘，也逃不过众人雪亮的眼睛。当义和团得知孔祥熙看望并放跑3个传教士的行为后，团众们不禁个个怒火满腔，声言抓到孔祥熙要立即处死。并由此将孔祥熙这个名字，列入义和团通缉的名单。
没办法了，孔祥熙在父亲的帮助下，东躲西藏。但躲得了初一躲不了十五，紧急中孔祥熙的父亲只好求助于他的五弟孔繁杏。
孔繁杏时任榆次知县。对于子侄辈，孔繁杏最偏爱的就是孔祥熙。在孔祥熙眼里，除了父亲，最能谈得拢的就算这位小叔叔了。在孔家人的眼中，叔侄二人都是违背祖训的叛逆者，一个应科考走官场，一个背家训皈依基督教。相同的经历，使得叔侄二人同命相怜，心心相印。怎么救呢，也是急中生智，孔繁杏想出一条妙计：他托辞回老家搬运器物，带了县府内的一批人马，鸣锣开道回到太谷。他们把大木柜底部打了几个通气孔，把孔祥熙藏在其中然后抬上骡车。就这样孔祥熙从义和团群众的眼皮底下溜走了。
就当孔祥熙在太谷老家营救洋教士的同时，1900年八月下旬，八国联军攻占了北京和天津。这是继40年前的1860年英法联军占领北京以后，北京城再一次沦陷为帝国主义强盗所占领。北京沦陷的时候，慈禧太后携了光绪皇帝和一些皇族大臣，仓皇离宫自北京城西北出德胜门逃走了。一路上他们经昌平、出居庸关，辗转进入山西省境内。一时间，大内无主，真是天下大乱了。
侵略军占领北京以后，并没有停止进攻。当年8月20日侵略军进至保定，稍事休息后又向南攻至正定一带，并做出了要进兵山西省的姿态。当时应侵略军的要求，在直隶省境内的清军都自动向西撤退，一直退到了山西省灵丘和平型关一带。同年12月德法两国军队由正定向西出兵，清军再次后退至娘子关。次年3月，法军又进占了娘子关。后来也是侵略者自感兵力不足，才放弃了攻占山西的计划。
大约也就在此时，孔祥熙接到潞河书院发来的复课通知，于是他便收拾行装从山西返回北京通州。
但是，当孔祥熙回到北京通州后，并没有立即回校上课，而是穿梭于外国传教士之间，与他们频繁地接触起来。孔祥熙先后拜见了英国传教士叶守贞和李提摩太。
叶守贞是英国贵族，有30年在中国传教的历史，精通多国语言，现正在八国联军总部担任要职，干着有损于中国人民的罪恶勾当。李提摩太也是一个有名的英国传教士，在上海办有广学会，侨居中国多年，能说一口流利的中国话，当时正应李鸿章的邀请，帮助协调中外关系。孔祥熙不愧是基督教会培养出来的好青年，很会揣摩洋人的心理。当叶守贞询问“山西教案”的情况时，孔祥熙特别解释道：“山西教案完全应由山西巡抚毓贤一人负责，与一般平民无关。”并进一步提醒说：“教案之发生，纯因人民无知所至。为求永息教案，必须先开通民智，提倡科学及兴办新文明教育。”孔祥熙还请求二位传教士，用他们的地位去影响八国联军，停止对中国的进攻特别是对山西的进攻。由于彼此气味相投，孔祥熙当即得到了叶守贞和李提摩太的欣赏。
不管是不是真的由于孔祥熙的乞求，还是什么别的原因，当时八国联军果真停止了对山西的进攻。对此孔祥熙在1943年11月1日，其就任财政部长10周年纪念会上，曾非常生动并大加渲染地描述了他一生中这段最为得意的一页：
“当八国联军占了北京、天津，将要再向西进攻的时候，清廷恐惧万分，以为如果再攻山西，和议必不能成，国家就要全盘动摇了。当时，我接到潞河学院通知，复课在即，我便赶回北京，希望完成毕业考试。
“到京后，有英国的叶守贞大夫来询问其在山西太原所设立之医院情形……当他问到山西拳匪杀害教士教民的情形，我就特为解释，并述明晋省的拳匪暴乱，完全应由山西巡抚毓贤一人负责，与一般贫民无关。例如巡抚衙门门口200余外国男女老幼之屠杀，即为毓贤卫队以红布包头，伪装拳匪所为者。叶大夫听到我的报告以后，他又转知（告）了李提摩太先生……固自教案发生以来，议和大臣李鸿章在外交上十分困难，为了便利外交工作的进行，他就聘请李提摩太先生协助，代为折冲此案。
“当时问题的症结所在，就是联军对山西进军一事，主张分歧。李鸿章的意思，希望借重李提摩太先生的关系，来设法阻止联军向山西进攻。倘使能将山西教案作一合理公平的解决，就使交涉上便利的多了。同时他还拨出库平银75万两，作为山西殉难教士的抚恤金，交付李氏处理。李提摩太先生由叶大夫处知悉我来京捎息，次日即来访我，我们二人当天曾作了一次很深很长的谈话，谈话内容是先将教案之经过详细说明，其次将拳匪倡乱动机仔细剖解，结论指出，此案之发生，纯因人民无知所致……
“李鸿章虽身为议和大臣，而清廷却无人主政，办理交涉，颇费周章，尤以德法意三国力主向山西进军最感棘手。由我对叶、李两氏说明山西教案之真相，而英美乃坚定立场，决定由联军要求清廷惩办祸首毓贤等，不再进军扰民。于是联军入攻山西计划，就因外交之折冲而作罢。
“联军方面的放弃山西，连李鸿章都觉得有些奇怪，他摸不清联军的态度何以会由强硬转为缓和了，就向各方面打听其中的缘故……吴挚甫（汝给）知道联军态度转变，其中有一部分是我的作用，所以就把这始末根由向合肥（李鸿章）说了。
“合肥那时已经七十有八岁了，凭他几十年办理外交的经验，知道折冲是很难办的一回事，这个刚刚走出茅庐的后生晚辈，居然可以片言解纷，化干戈为玉帛，替国家在外交上解决了重大的困难，使他非常警异，凭着他那喜欢‘奖掖后进’的脾气，立刻命吴挚甫……来找我，约去谈话，并且想要邀我出来‘参办教案’，给我一个‘帮办洋务’的名义。但是我因前时曾发誓不与西太后主持下的政府合作，同时觉得要为国家做事非求新知不可，所以就谢绝了李合肥的好意。
“后来我想起山西那几位被害的传教士，有两位是美国人，曾经托我把他们的信送回家去，我借着这个机会，何不到美国去一趟，而且顺便在美国读书深造呢？我把这个意思间接和李鸿章说了，李鸿章很表同意，……发给了我一个赴美的护照，动身的时候，李鸿章还电我国驻美公使伍秋府关照。这种殊荣，简直就不是我始料所及的了。”
就在孔祥熙为阻止八国联军进军山西一事奔走的同时，他参加了潞河书院的毕业考试。1901年3月，他结束了潞河书院的读书生涯。掐指算来，他从入学华美开始，在教会学校里已经是“十年寒窗”了。