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习性的变化能够形成遗传效应，例如植物从一种气候移植到另一种气候时，开花期会产生变化。对于动物来说，身体各部分的器官的常常使用或者不使用，效果更加明显。例如，家鸭的翅骨与整体骨骼的比重要小于野鸭，而家鸭的腿骨与整体骨骼的比重要大于野鸭。显然，这种变化的原因是家鸭走动比较多、飞行比较少。我们来看另一个“器官使用就会发达”的例子：对于母牛和母山羊的乳房来说，经常挤奶的地方要比不挤奶的地方发育的好一些。在一些地区，家养动物的耳朵往下垂。某些人认为，由于动物受到的惊吓比较少，使用耳肌的机会减少，所以耳朵才会下垂，这种说法有着一定的道理。
支配变异的法则非常多，但我们只能发现几条而已。我在以后会简单介绍，在这里只是讨论一下相关变异。如果胚胎和幼体产生巨大变异，可能会导致成体的变异。对于畸形生物来说，不同构造之间的相关作用非常奇妙，小圣提雷尔的作品中的许多事例和这一点有关。饲养者们认为，四肢长的动物脑袋也比较长。有些相关变异的例子，显得非常怪异。例如，白毛蓝眼的猫大部分会耳聋，但泰特先生说，只有雄猫会出现这种情况。在动植物中，有许多关于色彩和体质特征相关联的例子。赫辛格经过观察发现，某些植物会对白毛的绵羊和猪造成伤害，但不会对深色的绵羊和猪产生影响。韦曼教授询问弗吉尼亚的农民，他们饲养的猪为什么都是黑色的。农民回答说，猪食用赤根（Lachnanthes）之后骨头会变化红色，而且只有黑猪的蹄子没有脱落。当地的牧人说：“在一胎猪仔中，我们只选择黑色的进行饲养，因为黑猪的生存机会比较大。”此外，无毛的狗的牙齿不健全；毛长且粗的动物的角又长又多；脚上长毛的鸽子的外趾间有皮；短喙鸽子的脚小，而长喙鸽子的脚大。因此，如果人们依据某个性状选种，那么，相关变异法则会在无意间改变其他的构造。
各种未知或者了解不透彻的变异法则会产生各种各样的效应。认真阅读一下关于古老栽培植物的论文是非常有必要的，例如风信子（hyacinth）、马铃薯、大理花等。变种和亚变种在构造特征和体质上的微小差异，让我们觉得无比惊讶。这些生物的整体构造变得可以塑造，而且慢慢地远离亲代的体制。
我们无需关心不会遗传的变异。不过，能够遗传的变异，不管是微小的还是有重要生理作用的，其频率和多样性难以计算。关于这一点，卢卡斯（Lucas）在自己的两部作品中进行了详细描述。饲养者们从来不会怀疑遗传的强大作用，他们信奉“物生其类”。只有空谈理论的人们才会怀疑这个说法。如果构造偏差出现的很频繁，在父代和子代都会出现时，我们会认为这是同一个原因造成的。不过，有些构造变异非常罕见，在众多环境条件的影响下，促使这种变异出现在母体和子体上，那么，我们会将这种巧合看成是遗传作用。大家应该都听过这样的事例，同一个家族的某些成员会出现白化症、皮刺、多毛症等状况。如果将罕见且怪异的变化看成是遗传，那么，常见的变异应该也是可以遗传的。于是，这个问题要这样理解：各种性状的遗传是通例，而不遗传是特例。
现在还不清楚支配遗传的法则。谁都无法说明，为什么同种或者异种的同一性状，有时候可以遗传，有时候不能遗传；为什么后代的身上常常出现其祖父母甚至更远祖先的特征；为什么一种性别可以将某一性状有时遗传给雌雄两性后代，有时遗传给单性后代，当然，多数情况下遗传给同性后代，偶尔遗传给异性后代。雄性家畜的性状只会遗传给雄性后代，或者大多数时候遗传给雄性，这是一个非常重要的情况。我认为另一种重要规律也是可信的，即生物体在某个阶段出现的性状，其后代也会在相同阶段出现（虽然有时会早一点）。对于许多生物来说，这种性状会定期出现，非常准确。例如，牛角的遗传特性只会出现在性将要成熟时；蚕的各种性状只会出现在幼虫期或者蛹期。遗传性疾病等事实让我明白，这种定期出现的规律的适用范围更加广泛。为什么遗传性状会定期出现呢？虽然还不清楚根本原因，但的确存在这种趋势，那就是它在后代中出现的阶段与其在父辈或者祖辈中出现的时间相同。我认为这个规律在解释胚胎学中有着重要的作用。上述内容针对的是性状“初次出现”这一点，不会涉及到作用在胚珠或者雄性生殖质的内部因素。例如，短角母牛和长角公牛的后代的角会变长。虽然这个性状出现的比较晚，但雄性生殖因素起着决定作用。
博物学家们觉得，如果让家养变种回归野生状态，一定会慢慢地表现出祖先的性状。因此，有人得出结论，我们不能用家养动物的特征去推论其在自然状态下的情况。我曾经尝试着寻找出现这种说法的原因，但都没有成功。的确，这种说法的真实性很难证明。而且，我可以肯定地说，许多性状突出的家养变种，在野生状态下无法生存。此外，我们不清楚许多家养动物的原种，因而不能断定是否会出现返祖现象。为了避免杂交产生的影响，我们要将实验的变种单独放在新地方。尽管如此，有时家养变种确实可以表现出其祖先的某些性状。例如，将甘蓝（cabbage）种植在贫瘠的土地中，数代之后，它们会在很大程度上表现为野生原种状态（在此，贫瘠土地有着重要的作用）。无论这种试验能否成功，都不会对我们的观点造成影响，因为生活条件在试验过程中发生了变化。如果有人能够证明，将大量的家养变种在相同的条件下饲养，让它们自由交配以便充分混合，从而消除了构造上的细微差异，此时要是依然能够出现明显的返祖倾向，即丧失它们已有的性状，那么，显然无法用家养变异推断物种在自然状态下的变异。但是，我们没有发现能够证明这个说法的证据。如果由此断言，驾车马、赛跑马、长角牛、短角牛、鸡等物种无法一直繁殖下去，这种观点违背了经验事实。