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南京大学历史系有两个源头。
1902年（清光绪二十八年），两江总督刘坤一邀请张謇、缪荃孙、罗振玉等商议办学事宜，旋即上《奏陈筹办学堂情形折》，其中称“江南地大物博，素称人文渊薮。省会高等学堂规模必求宏敞，俾可广育人才”，是为三江师范学堂开办之始。刘坤一未几即病逝，其继任者为洋务派名臣张之洞。张之洞再上《创办三江师范学堂折》，清廷准奏。1903年9月，三江师范学堂在前明南京国子监旧址开学，设有历史科，学制4年，此为南京大学历史系之肇始。之后，历经两江师范学堂国史科、南京高等师范学校国文史地部历史科、东南大学文理科史学系、中央大学历史学系等阶段。
1888年，美国基督教美以美会在南京干河沿创办了汇文书院（The Nanking University），由学贯中西的美籍加拿大传教士福开森（John Calvin Ferguson）担任院长。1910年，汇文书院合并位于南京的另一所美国教会学校宏育书院（1907年由基督书院和宏智书院合并而成），金陵大学堂（The University of Nanking）因此正式成立。金陵大学建立之初即设有历史学科。
自1903年至1949年，历经47年，南京大学历史系从蹒跚学步的婴儿成长为英俊彪悍的壮汉，虽历经风雨，但其长期积淀形成的学术传统赓续不断，蜚声海内外。1952年院系调整，原中央大学史学系、边疆政治系和金陵大学历史系合并，形成现 今学术底蕴深厚的南京大学历史系的基本学科架构。
110年来，南京大学历史学大师辈出，柳诒徵、徐养秋、陈汉章、雷海宗、郭廷以、朱希祖、金毓黻、沈刚伯、贺昌群、缪凤林、蒙文通、商承祚、韩儒林、王绳祖、蒋孟引、郑鹤声、贝德士（Miner Searle Bates）、陈恭禄、陈登原和王伊同等，为南京大学历史系“严谨求实”学风的确立奠定了扎实的基础。
南京大学历史系培养的学生己超过6 000人，其中本科、专科生逾4 000人，硕士、博士研究生2 000余人，他们或为学界翘楚，或为政界精英，或为商界巨擘，群星璀璨。如1923年毕业的南高师国文史地部第三班，即走出了著名史学家缪凤林和向达，著名地理学家胡焕庸和张其昀，以及著名图书馆学家陈训慈。此外，著名历史学家束世徵、郭廷以、王聿均、唐德刚、吴天威、章开沅、李时岳、王觉非、蒋赞初、茅家琦、梁白泉、张宪文、陈得芝、魏良弢等，均为本系毕业生。
学衡派是南京大学历史上最有影响的学术流派，而历史系教授则为其学术中坚。柳诒徵先生所阐述的《学衡》杂志宗旨为“论究学术，阐求真理，昌明国粹，融化新知。以中正之眼光，行批评之职事。无偏无党，不激不随”。 [1] 在《学衡》杂志的旗帜下，一群以本国固有文化为根本的学者，展开实证研究。对于国学，他们主张“以切实之工夫，为精确之研究，然后整理而条析之，明其源流，著其旨要，以见吾国文化，有可与日月争光之价值”；对于西学，他们主张“博极群书，深窥底奥。然后明白辨析，审慎取择”，反对“道听途说，呼号标榜，陷于一偏而昧于大体”。 [2] 学界对于学衡派“攻击新文化运动”、“复古倒退”的传统定论显然并不公正。现在看来，学衡派所倡导的兼采中西文化之长的观点，倒是显得更加理性。历史已证明，《学衡》杂志及学衡派的主张和追求，在近现代中国学术史上有着不可磨灭的地位。学衡派的为学宗旨和治史方法，在南京大学历史系也得到了一定程度的体现。
1952年院系调整后的南京大学历史系，历经政治运动的冲击，师资与学科结构遭受了重创，但学术传承却从未间断。在韩儒林、王绳祖、蒋孟引、陈恭禄、王栻、刘 毓璜、洪焕椿、茅家琦、王觉非、蒋赞初、陈得芝、魏良弢、蔡少卿、张宪文等一批著名学者的引领下，形成了今天的学科结构与科研格局，也源源推出了影响中国史学进程的良史佳作。
为推动学术发展，总结南京大学历史系学术成果，激励南京大学历史系学人潜心治学，我们编集了这套《南京大学史学丛书》，以图继往开来，克绍箕裘，将南京大学历史系的优良传统发扬光大。必须强调的是，这批丛书仅仅是南京大学百年历史发展进程中的一个阶段性成果的展示。
2010年4月20日，台湾润泰集团总裁尹衍樑先生与南京大学校长陈骏教授签署了“南京大学人文基金”的协议，由台湾光华教育基金会和南京大学“985三期”项目按照1比1.5的比例，共同出资人民币6000万元，资助南京大学的人文学科建设。《南京大学史学丛书》得到了“南京大学人文基金”的全额资助，谨此鸣谢。
陈谦平
2013年1月于南京
[1] 《学衡杂志简章》，《学衡》第1期（民国十一年1月）。
[2] 《学衡杂志简章》，《学衡》第1期（民国十一年1月）。