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先来看一个真实案例。
【案例2-1】
甲房地产公司注册在A市，到异地城市B市购得土地一块，面积7万平方米；土地出让合同约定土地净价70000万元，市政建设配套1000万元，有线电视配套费800万元，土地出让合同总额71800万元，由甲一次性支付给财政局，合同签订时点2012年6月18日，合同约定交地时点2012年12月18日。2012年8月1日，甲一次性支付财政局71800万元，由财政局统一开具土地出让金收据。
项目公司乙于2012年9月11日设立后，甲、乙、国土局三方签订补充协议，将购地主体由甲房地产公司变更为开发该地块的项目公司壳主体乙公司。当地土地使用税5元/平方米·年，契税税率为3%。
首先，甲房地产公司签订土地出让合同时，由于需要对项目公司的组织形式、注册地、注册资本进行论证与调研，项目公司壳主体一般没有成立，因而待项目公司成立后土地出让合同的签约主体不久后需要做一次变更，因而土地出让合同签订后不能立刻将土地过户至甲公司名下，否则将被税务机关认为是一次土地转让。其次，由于土地款7.18亿元由甲公司支付，财政收据抬头是甲公司，部分税务机关要求项目公司乙公司必须到财政局换开收据或者更改收据抬头，企业所得税与土地增值税才允许成本扣除。
（一）印花税
印花税是针对正列举出来的凭证征收的一种税，在中华人民共和国境内书立、领受条例所列举凭证的单位和个人是印花税的纳税义务人。印花税的具体税目、税率和适用范围如表2-1所示。
表2-1 印花税税率税目表
在案例2-1中，甲房地产公司自签订土地出让合同时，应交印花税=71800×5/10000=35.9（万元）。
是否可以按土地出让合同约定土地净价70000万元交纳印花税呢？笔者认为，由于71800万元是土地出让合同的总价，并且由财政局统一开具土地出让金收据，因而笔者认为按土地净价7000万元交纳印花税存在较大的涉税风险。
问题1：甲、乙、国土局三方签订的补充协议是否要再次交印花税？
三方补充协议，属于对原出让合同主体的变更协议，不属于再次签订一次土地出让合同或土地转让合同。因而不需要再次交印花税。
问题2：印花税的纳税主体是甲公司还是乙公司？
《中华人民共和国印花税暂行条例》第七条规定：“应纳税凭证应当于书立或者领受时贴花。”由于签订土地出让合同时，土地出让合同的签订人是甲公司，因而印花税的纳税主体是甲公司。
在甲、乙公司属于不同主管税务机关的情况下，存在税务机关要求乙公司补交印花税的案例，并且也具有一定的征税理由。由于印花税不存在退税抵税机制，将会出现甲公司已纳印花税不退不抵却需要乙公司补税的情况。由于原出让合同及补充协议最终都会由乙公司保管，最终土地的受让人也是乙公司，因而从税收实践的角度，笔者建议由乙公司作为纳税义务人交纳印花税，甲公司主管税务机关由于缺少涉税信息来源而不会就此事项进行交涉，这样操作更符合目前的税收征管习惯。
（二）土地使用税
在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地的单位和个人，为城镇土地使用税的纳税义务人。因而只要使用土地，即可构成纳税义务人，而不是要形式上拥有土地使用证。根据财税［2009］128号文，对地下建筑物征收土地使用税，但是地下建筑物多数没有土地使用证。实践中未遇到对没有土地使用证的地下建筑物征税的案例。
案例2-1中，合同约定交地日为2012年12月18日，根据财税［2006］186号规定：“以出让或转让方式有偿取得土地使用权的，应由受让方从合同约定交付土地时间的次月起缴纳城镇土地使用税；合同未约定交付土地时间的，由受让方从合同签订的次月起缴纳城镇土地使用税。”因而自2013年1月1日起，由乙公司按季交纳土地使用税7×5/4=8.75（万元）
问题3：案例2-1中，如果没有约定交地日期，如何交土地使用税？
根据财税［2008］152号规定：“纳税人因房产、土地的实物或权利状态发生变化而依法终止房产税、城镇土地使用税纳税义务的，其应纳税款的计算应截止到房产、土地的实物或权利状态发生变化的当月末。”
因而甲公司自缴纳土地出让合同签订次月起至乙公司成立月末的土地使用税，即2012年7月1日~2012年9月30日的土地使用税，甲公司应纳土地使用税=7×5/12×3=8.75（万元）；乙公司自2012年10月1日起交纳土地使用税。实践操作中，笔者建议统一由乙公司交纳土地使用税。
问题4：案例2-1中，如果国土局没有按期交付土地，乙公司如何交土地使用税？
笔者曾经遇到这样三个案例，两个案例是延迟交地，一个案例是提前交地。对于延迟交地的情况，税务机关一般要求企业按合同约定的交地时间交纳土地使用税，但企业可以通过与国土局补签协议修改交地时间的方式减少这部分不必要的税收成本。
对于提前交地的情况，虽然机械理解财税［2006］186号规定：“以出让或转让方式有偿取得土地使用权的，应由受让方从合同约定交付土地时间的次月起缴纳城镇土地使用税。”仍应按合同约定交地日次月起作为土地使用税交税起点。但是，提前交地的行为实际上是以一种事实履行来修改原合同的交地时点，笔者倾向于按实际交地时点次月起作为交纳土地使用税的起点。
问题5：房地产公司开发用地的土地使用税什么时候停止交纳？
对于这个问题，国家层面并没有明确的文件规定，完全由各地税务机关各自掌握。就我的工作经验而言，房地产公司开发用地的土地使用税停征时点分以下三种：
（1）开发项目取得预售许可证，整个项目用地即停征土地使用税，采用这种方法的较少，如苏州工业园区即采用这种方法。
（2）根据小业主办出土地证的面积停止征收相对应面积的土地使用税。江苏北部的一些城市采用这种方法。
（3）根据签订合同的销售面积占（预售许可证载明的）全部可售建筑面积的比例分摊出已销售的土地面积，停止征收对应面积的土地使用税。
需要说明的是，以上三种方法是税收实践中形成的经验总结，仅属于税务机关的征管习惯。在实践操作过程中，需尊重企业所在地税务机关的管理习惯。
问题6：未办理流转手续的集体用地，由谁交税？
《财政部、国家税务总局关于集体土地城镇土地使用税有关政策的通知》（财税［2006］56号）规定，在城镇土地使用税征税范围内实际使用应税集体所有建设用地，但未办理土地使用权流转手续的，由实际使用集体土地的单位和个人按规定缴纳城镇土地使用税。
但是实际上全国范围内，对于集体土地的“实际使用人”有不同的理解，有以村委会作为纳税义务人的，有以第一承租人作为纳税人的，但都是一些市级税务机关的文件，层次较低。目前省级文件有江苏省和山东省对这个问题进行了解释，并且口径一致。
苏地税函［2011］240号进一步明确，“江苏省常州地方税务局：你局关于《集体土地城镇土地使用税纳税人的请示》（常地税发［2011］68号）收悉。经研究，现批复如下：对于在城镇土地使用税征收范围内使用集体所有建设用地，并已办理土地使用权流转手续的，城镇土地使用税由拥有土地使用权证的单位和个人缴纳；对于在城镇土地使用税征收范围内使用集体所有建设用地，但未办理土地使用权流转手续的，城镇土地使用税由实际使用人即最终使用土地的单位和个人缴纳。”
鲁地税函［2008］126号亦有相同的规定，“《财政部、国家税务总局关于集体土地城镇土地使用税有关政策的通知》（财税［2006］56号）规定，在城镇土地使用税征税范围内实际使用应税集体所有建设用地，但未办理土地使用权流转手续的，由实际使用人缴纳土地使用税。上述集体土地是指未由国家征用并办理出让等土地使用权流转手续的，包括单位或个人以集体土地所有权和集体土地使用权两种形式拥有的集体土地。集体土地出租后再将土地转租的，由最终租用土地的单位或个人缴纳土地使用税。”
（三）契税
在中华人民共和国境内转移土地、房屋权属，承受的单位和个人为契税的纳税人，应当依照条例的规定缴纳契税。
案例2-1中，契税非常清楚明了，由乙公司交纳契税71800×3%=2154（万元）。
问题7：案例2-1中，市政建设配套1000万元是作为土地出让合同总金额的组成部分，因而作为契税的计税基础。如果土地出让合同中没有包含市政建设配套1000万元的金额，市政建设配套费通过规费的形式在前期报批报建时收取，这市政建设配套1000万元是否作为契税的计税基础？
部分税务机关（如江苏盐城）认为根据财税［2004］第134号：“以协议方式出让的，其契税计税价格为成交价格。成交价格包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等承受者应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益。”因而市政建设配套费无论是否包含在合同中，均应作为契税的计税基础。笔者认为，根据《中华人民共和国契税暂行条例》的规定，国有土地使用权的出让、土地使用权出售、房屋买卖，应以成交价格作为契税的计税依据。再根据《中华人民共和国契税暂行条例细则》第九条规定“条例所称成交价格，是指土地、房屋权属转移合同确定的价格”。因而可以明确地得出结论，契税的计税基础以合同作为依据，如果财税［2004］第134号列举的土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费构成合同的金额，应该将其作为契税的计税依据，否则，则是片面地理解了税收规定，不分析土地出让合同的具体形式，一刀切地将市政建设配套作为契税的计税依据不免过于牵强。
从全国范围来看，市政建设配套费收取的方式、节点与用途并不相同，例如江苏省一些地区（如南通）市政建设配套费是在建设工程规划许可证领取之后按地上建筑面积收取，用于建造公共设施。这种市政建设配套费无论如何也无法与土地开发相挂钩，也从反面说明不做区分统一对市政建设配套费计征契税在开发程序与商业习惯上也难以自圆其说。不同地区对于以政府规费形式收取的市政建设配套费是否需要补交契税有不同的理解与操作，并不统一。