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由于当时琉球群岛的地理环境和人们生活习惯有所不同，所以对于空手道的练习和技巧也形成了不同的流派。琉球群岛就有“首里手”和“那霸手”两大流派，除此之外，日本其他地区还形成了一派，称为“泊手”。
在空手道中，“首里手”由系洲安恒先生所创，其风格特点主要沿袭了我国北方的少林拳法；“那霸手”为东恩纳宽裕所创，其风格特点更多地受到福建等地少林拳法的影响。一些日本空手道的权威大师又将“首里手”和“那霸手”融合自己多年的实战经验和演练风格，分别又创造出一些新的流派，丰富了空手道的内容。
近代日本空手道分为五大流派：少林流、昭灵寺流、系东流、刚柔流和上地流，各流派风格特点各有不同。
动作轻灵、敏捷，进退自如，柔多刚少，追求灵巧，借力打力这些都是少林流的技术特点，其锻炼目的以“体”为主，以“用”为辅。
昭灵寺流的风格特点是动作沉稳、迟滞，非常强调沉力、稳重、坚毅，刚多柔少，动作要求有力度，它的锻炼目的以“用 " 为主，以“体”为辅。
系东流的创始人是曾经拜师学习“首里手”和“那霸手”的摩文仁先生，而系东流这个新流派名称的由来，是摩文仁为了感激恩师系洲安恒和东恩宽裕的教育，取两位先生名字的第一个字以作纪念。系东流的风格基本属于“首里手”，动作活泼，富于变化。
刚柔流的创始人宫城长顺先生是东恩宽裕的弟子，曾到中国福建拜师关贤贵先生，习得一些福建南派拳术，在回国之后将之与呼吸吐纳之术相结合，创立了刚柔流。其流派特点是强调不偏于刚，亦不失于柔。刚柔流现今已成为全日本以及世界最主要的流派之一。
上地流的创始人上地文翁先生也曾到过中国福州，拜周子和先生为师，苦修 13 年研习虎形拳， 1910 年返回日本开始致力于普及日本武术运动，根据自己独特的风格创立了上地流。上地流主要有三套拳法，分别是“三战”、“十三”和“三十六”，这三套拳均属于少林拳法。在当今的空手道流派中，上地流发展很快，已经推广到世界各地。
除了上述五大流派外，日本的权威级大师们在总结整理的基础上，又从古拳术中提取精华，产生了一些风格迥异的流派，如船越义珍先生的“松涛馆流”，大山信达先生的“极真会流”，小西良助先生的“神道自然流”，上岛散之助先生的“空直流”，有寄先生的“贤支流”等。