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肾主骨、生髓的生理功能，实际上是肾的精气具有促进机体生长发育功能的一个重要组成部分。中医学认为，肾藏精，精生髓，髓居于骨腔之中，髓滋养骨，促进其生长发育。因此，肾精充足，髓化生有源，骨质得养，则发育旺盛，骨质致密，坚固有力。反之，如肾精亏虚，骨髓化生无源，骨骼失其滋养，在小儿，就会骨骼发育不良或生长迟缓，骨软无力，囟门迟闭等；在成人，则可见腰膝酸软，步履蹒跚，甚则脚痿不能行动；在老年，则骨质脆弱，易于骨折等。
髓，有骨髓、脊髓、脑髓之分。藏于骨腔内的髓，称为骨髓。位于脊椎管内的髓，称为脊髓。位于脑腔中的髓，称为脑髓。这三种髓，均由肾精所化生。因此，肾中精气的盛衰，不仅影响到骨的生长与发育，而且也影响到髓的充盈和发育。中医学认为“脑为髓之海”，亦称脑为“髓海”。肾精充沛，髓海满盈，脑得其养，则精力充沛，思维敏捷，耳目聪明，记忆力强。反之，若肾精不足，髓海失充，在小儿，则表现为大脑发育不全，智力低下，或形成傻呆病；在成年人，多表现为记忆力减退，精神委顿，思维缓慢，头晕，眼花，耳鸣，失眠；在老年人，可表现为健忘症或老年痴呆。
牙齿属骨的一部分，且属于骨最坚硬的部分，故称“齿为骨之余”。既然牙齿与骨同出一源，所以牙齿也依赖于肾中精气所充养。肾精充足，则牙齿坚固、致密齐全。若精髓不足，则牙齿稀疏松动，甚至脱落。对于牙齿松动等病证，临床上亦常采用补肾的方法治疗，亦能获效。
“发”指头发。“肾主黑色，其华在发”，意思是说，头发黑不黑、是否润泽跟肾精相关。发为肾之华，就是说头发是肾的花朵，是肾的外现。肾又是主黑色，所以黄种人的头发是否乌黑靓丽，实际上跟肾的好坏密切相关。发的生长与脱落，荣润与枯槁，不仅和肾中精气的充盛程度有关，而且还和血液的濡养有关。所以，又有“发为血之余”的说法。但头发的生长，根本在于肾，这是因为肾藏精，精能化血而充养头发的缘故。因此，头发的荣枯、润泽等变化常随着肾中精气盛衰的变化而变化。从幼年时期开始，肾的精气开始充盛，头发开始生长；青壮年时期，肾的精气旺盛，因而头发乌黑发亮，到了老年，肾中精气渐衰，故头发变白，枯槁少华，容易断落。这些都属于正常的生理变化。在临床所见，凡未老先衰，头发枯萎，或早脱早白者，多与肾中精气亏损有关。
肾在上开窍于耳，在下开窍于二阴。
耳是听觉器官。听觉灵敏与否，与肾中精气的盛衰有密切关系。只有肾精充足，才能使听觉灵敏。故《黄帝内经》说：“肾气通于耳，肾和则耳能闻五音矣。”若肾精不足，则可引起听力减退，甚或耳聋。至于老年人的耳聋失聪等，则是由肾中精气生理性衰减所致。
二阴，包括前阴和后阴。前阴，指外生殖器，有排尿和生殖功能。尿液的排泄虽由膀胱所主，但仍靠肾的气化功能才能维持正常。因此，排尿异常的病证，如小便清长，尿频，遗尿，尿失禁，少尿，尿闭，尿余沥等，常责之于肾气虚。生殖系统功能也受到肾功能影响，如肾虚则会出现阳痿，遗精，早泄等症。后阴，即肛门，主要排泄大便。粪便的排泄，虽然主要和大肠、脾等有关，但也与肾的气化、温煦、封藏功能有关。因此，肾病时，常影响到粪便的排泄。例如，肾阴虚，可见大便秘结；肾阳虚则大便溏泄；肾气不固，则久泄滑脱。
腰为肾之府，意思是说，肾的位置在于腰部，腰是肾之精气所覆盖的区域。肾精充足，则腰脊有力，肾精不足，就会出现腰脊不举，足不任地。肾阳虚，腰部脉络失于温煦、濡养，可致腰部冷痛；肾阴不足，腰部脉络失于濡养，可致腰膝酸软无力。
肾志为惊，为恐。惊恐，是指突然遇到意外，导致精神上的卒然紧张，魂不守舍。惊与恐不同，惊是事先不知道而惊吓；恐是自己知道而恐惧，是因精神极度紧张而造成的胆怯。惊恐伤肾，当人受到惊恐之际，轻则心神不安，重则大惊卒恐，二便失禁。在日常生活中，有人因遭遇抢劫而致二便失禁，有人因观看恐怖片出现四肢冰凉，面色苍白，更有甚者被惊恐的语言或行动暗示，惊吓而死。这些就是“恐则气下”的后果。因此，治恐当补肾，治惊应安神。养肾就需避惊恐，防止“恐则气下”，损伤肾气。
口液中较稠厚者为唾。唾由肾精所化，应咽而不吐，有滋养肾中精气的作用，有“玉浆”之美称。如习惯于多唾或久唾，则易耗损肾中精气。所以古人有咽下唾液以养肾精的养生方法。